目的:了解胎儿弯曲菌龟亚种( Campylobacter fetus subsp. testudinum， Cft)的分子流行病学特征。 方法:对本实验室2010—2022年收集的15株胎儿弯曲菌龟亚种进行全基因组测序，结合GenBank公布的全球 Cft基因组数据进行流行病学分析；MLST-GrapeTree分析 Cft的群体遗传结构；核心基因组单核苷酸多态性位点(cgSNP)构建 Cft的系统发育树，rhierBAPS确定其种群结构；CARD、ResFinder及VFDB注释 Cft的耐药及毒力基因； E-test法进行药敏试验，并参考CLSI-M45空肠/大肠弯曲菌药敏标准进行结果解释。 结果:基于基因组平均核苷酸一致性(ANI)分析，共纳入全球41株 Cft基因组信息，其中人类来源24株，动物来源13株，未知来源4株。流行病学资料显示，24株人类来源菌株中，20株感染对象为黄种人，1例为白种人(配偶是亚裔)，其余未知，差异分布具有统计学意义。13株动物来源菌株均分离自爬行动物，包括龟类6株、蛇类4株、蜥蜴类3株。MLST分型显示，中国分离株以ST46为主要序列型，美国则以ST15为主要序列型；Grapetree显示，中国分离株的遗传多态性高于美国分离株；通过cgSNP及BAPS重建的系统发育发现全球 Cft构成6个种群，中国分离株呈散在分布且与动物源菌株亲缘关系密切；美国分离株相对较集中(SC3)，且以ST15克隆传播为主；毒力基因分析显示，与鞭毛、糖基化系统及黏附素相关的毒力基因在 Cft中携带率为100.00%，而与侵袭性相关的Ⅳ型分泌系统 virB4、 virB9、 virD4因子及 tetO外排泵基因均存在于新发现的ST74中；15株中国分离株的体外药物敏感性试验结果表明， Cft对环丙沙星耐药率为46.67%，对红霉素敏感性为100.00%。 结论:全球 Cft的群体结构呈现出较高的遗传多态性且感染人群多伴有基础免疫性疾病，其感染可能与食入或接触爬行类动物有关；本次研究发现的中国临床分离株主要流行型为ST46及新发现ST74型别，应引起我们的关注。

目的 全面鉴定1株尿毒症患者腹水中分离的胎儿弯曲菌.方法 用血培养仪对尿毒症患者的腹水进行需氧和厌氧培养,分离阳性培养物,用生化鉴定卡进行生化鉴定,16S rRNA基因和rpoB基因序列分析进行明确鉴定.结果 该菌为革兰阴性弯曲杆菌,常规方法无法鉴定至亚种水平,结合16S rRNA基因和rpoB基因序列分析结果,鉴定为胎儿弯曲菌龟亚种.结论 16S rRNA基因和rpoB基因序列分析为常规方法无法鉴定至亚种的细菌鉴定提供了可靠的鉴定手段.

目的 建立新型弯曲菌—"胎儿弯曲菌龟亚种(C.fetus subsp.testudinum)"质谱超级图谱库,为临床提供新的检测平台.方法 对收集的建库菌株采用Illumina二代测序平台2000/miSeq进行高通量全基因组测序,JAVA 8运行环境,进行直系同源基因的全基因组平均核苷酸一致性(average nucleotide identity,OrthoANI)分析;对收集的实验菌株、标准菌株及对照菌株进行质谱分析,建立"C.fetus subsp.testudinum"的超级图谱并验证.结果 OrthoANI分析得出:建库菌株与模式菌株C.fetus subsp.testudinum03-427的OrthoANI值为:99.30%~99.96%,而其与C.fetus subsp.venerealisNCTC10354、C.fetus subsp.fetus82-40的OrthoANI值在91.05%~92.26%.参考OrthoANI≥95%作为同一菌种的判定依据,故将建库菌株最终鉴定为"胎儿弯曲菌龟亚种".新建的超级图谱库鉴定准确率100%(与基因测序一致),可信度区间为:82.3%~99.9%,同一菌株鉴定重复性100%.结论 基于高通量测序及全基因组学分析的微生物分类新"金标准"为实验室质谱自建库提供了理想的参考价值,而建立准确、客观的"C.fetus subsp.testudinum"质谱超级参考图谱,为临床快速诊断胎儿弯曲菌感染提供了新的平台.

胎儿弯曲杆菌属弯曲菌属革兰氏阴性杆菌,包括胎儿弯曲菌胎儿亚种、胎儿弯曲菌性病亚种和胎儿弯曲菌龟亚种,为人兽共患病菌,其中胎儿弯曲菌胎儿亚种最为常见[1].胎儿弯曲菌呈S型或弧型,有鞭毛,革兰氏染色呈阴性,可导致不同的临床症状,包括感染性心内膜炎、血栓性静脉炎、脑膜炎、脑膜脑炎、肠炎以及菌血症,甚至流产[2].其传播主要通过摄入污染的食物、牛奶或接触感染的动物,常发病于免疫缺陷病人,如糖尿病人、人类免疫缺陷病毒(HIV)感染者或恶性肿瘤病人[3].在人弯曲菌菌血症案例中,19％～53％是由胎儿弯曲菌感染导致的,报道的死亡率高达14％[4?6].胎儿弯曲菌导致的骨关节感染率仅为5％或以下,主要发生在髋关节或膝关节[7],腰椎感染非常罕见.本文分析我院收治的1例腰椎胎儿弯曲菌感染的病例,结合相关文献复习,对腰椎胎儿弯曲菌感染的临床表现、诊断、治疗及预后进行分析总结,现报告如下.

目的 建立一种检测胎儿弯曲菌胎儿亚种、性病亚种和龟亚种的多重PCR检测方法.方法 使用针对胎儿弯曲菌、性病亚种和龟亚种的特异性引物,优化反应体系及反应条件,使用38株菌株(18株胎儿弯曲菌和20株非胎儿弯曲菌)验证其特异性,并将该方法应用于53份爬行动物粪便筛查.结果 针对3种亚种均可扩增相应的片段,胎儿亚种只有1条359 bp大小的条带、性病亚种有2条分别为359 bp和156 bp大小的条带,龟亚种有2条分别为359 bp和266 bp大小的条带.优化后的最佳扩增条件:退火温度 58℃,引物 MG3f 和 Cf359r 浓度为 0.1 μmol/L,ISC2mf 和 ISC2mr、CoA266f 和 CoA266r 的浓度 0.2 μmol/L.对胎儿亚种、性病亚种和龟亚种的检出限分别为0.40 ng/μL、0.39 ng/μL和0.47 ng/μL.使用18株胎儿弯曲菌和20株非胎儿弯曲菌其特异性为100％.对53份爬行动物粪便进行筛查中有1份龟亚种阳性并分离出了相应的菌株.结论 本研究建立的多重PCR方法能利用1个反应体系同时鉴别3种亚种,从而为菌株快速鉴定、流行病学调查和溯源研究提供技术支持.