肠道菌群是由许多细菌及其代谢产物组成的复杂生态系统,对人体消化、营养吸收、能量供应、脂肪代谢、免疫调节等诸多方面发挥着不可替代的作用.探索肠道菌群的结构与功能、关键基因与代谢产物,将有助于实现疾病的早期诊断与辅助诊断,发现新的治疗靶点与药物治疗效果评价,更好地指导抗生素的使用.肠道菌群的鉴定在临床诊疗及药物研发等领域都具有重要作用,因此,有必要对这一迅速发展的领域进行全面回顾.传统的鉴定方法无法全面捕捉肠道微生物多样性.随着分子生物学的快速发展,肠道菌群的分类鉴定也从最初的表型鉴定和化学鉴定演变到了分子水平鉴定.本综述整合了肠道菌群的主要鉴定方法及其应用评价,特别关注于分子生物学方法的研究进展,并重点介绍了高通量测序技术在肠道菌群鉴定中的应用,这种革命性的肠道菌群鉴定方法预示着人类对微生物世界认识的全新篇章.

目的:基于非靶向尿液代谢组学探究前列金丹片对慢性非细菌性前列腺炎大鼠的作用机制.方法:将30 只8 周龄雄性SD大鼠按照体质量随机分为空白组、模型组和药物组,每组 10 只.模型组和药物组制备慢性非细菌性前列腺炎大鼠模型(大鼠前列腺两侧叶均注入0.2 ml弗氏完全佐剂).从造模的第4 天开始,空白组和模型组予生理盐水灌胃,药物组予前列金丹片混悬液灌胃,每日1 次,连续灌胃30 d.实验结束后用超高效液相色谱-串联静电场轨道阱质谱联用仪检测各组大鼠的代谢物变化,并通过多元统计分析等鉴定各组间的差异代谢物,然后对差异代谢物进行功能注释.结果:代谢组学分析得到 8 个共同代谢物,其中 5 个代谢物在模型组表达下降,在药物组表达升高(P<0.05);其他3 个代谢物在模型组表达升高,在药物组表达下降(P<0.05).其中肌酐和染料木黄酮是重要差异代谢物,精氨酸和脯氨酸代谢通路以及异黄酮生物合成通路是前列金丹片发挥治疗作用的主要通路.与空白组相比,模型组精氨酸和脯氨酸代谢通路上调,肌酐生成增多(P<0.05);异黄酮生物合成通路下调,染料木黄酮生成减少(P<0.05).与模型组相比,药物组逆转了上述变化.结论:前列金丹片通过调节精氨酸和脯氨酸代谢通路干预L-精氨酸代谢,以及调节异黄酮生物合成通路干预柚皮素代谢,发挥对慢性非细菌性前列腺炎大鼠的治疗作用.

目的 探究胆总管结石合并胆道感染患者的胆汁病原菌分布和耐药性.方法 选取中国十九冶集团职工医院2019年6月至2023年1月收治的胆道感染的胆总管结石患者105例.根据结石的情况将患者分为初发组和复发组.收集受试者的一般资料,包括性别、年龄、临床表现、实验室检查结果及影像学检查结果等.使用VITEK 2 Compact全自动菌种分析仪分离鉴定胆汁中的菌株.使用纸片琼脂扩散法进行药物敏感试验.观察受试者的抗生素使用史,胆汁菌株培养的阳性率、分布情况,胆汁中细菌的耐药情况等.结果 结石初发组55例,复发组50例.与复发组相比,初发组的抗生素使用率更高(P＜0.05).初发组和复发组的胆汁培养阳性率分别为83.6％(46/55)和94.0％(47/50),差异有统计学意义(x2=-3.923,P=0.001).复发组革兰阴性菌为84.0％(36/50),大肠埃希菌为30.0％(15/50)高于初发组的63.6％(13/55)和23.6％(13/55),差异有统计学意义(P＜0.05).其他病原菌分布初发组和复发组差异无统计学意义(P＞0.05).与初发组相比,病原菌耐药率在复发组中明显增高,耐药性明显增强有大肠埃希菌、肺炎克雷伯菌和铜绿假单胞菌(P＜0.05).结论 初发和复发胆总管结石合并胆道感染患者的病原菌分布相似,但复发组的病原菌耐药性高于初发组,临床医生用药应根据患者结石复发情况、耐药实验慎重选择抗生素.

近年来,微生物在眼部的作用日益受到重视.传统的眼部微生物鉴定主要集中于涂片、细菌培养等检查手段,但受到培养条件等各种因素限制导致阳性率低.随着人类宏基因组计划的启动实施,高通量测序技术因其通量高、灵敏度及特异性高、信息量丰富、成本低的特点可将微生物群落定义到属、种水平,有助于更好的理解眼部疾病的病因、诊断、治疗及预防,推动眼科实现精准化医疗进程.由于眼部与鼻部在解剖结构上相通,本文旨在探讨眼部和鼻部微生物菌群策略的研究进展及眼-鼻区系微生物可能的传播途径,为眼鼻相关疾病的研究提供基础.

目的 探讨寻常型银屑病患者皮损处细菌感染主要病原菌构成以及对抗菌药物的耐药性,指导临床合理使用抗生素.方法 收集2021年1月至2023年12月首都医科大学附属北京中医医院皮肤科住院送检的154例寻常型银屑病患者皮损处分泌物标本,分离出的菌株采用VITEK 2 Compact全自动微生物鉴定及其药敏分析系统进行细菌鉴定及药敏实验,分析检出的病原菌分布特点及药敏结果.结果 寻常型银屑病患者共分离鉴定出病原菌154株,其中121株革兰阳性菌,占78.57％,30株革兰阴性菌,占19.48％,主要菌株为金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌、溶血葡萄球菌及铜绿假单胞菌;金黄色葡萄球菌对青霉素耐药率较高,达80.82％,表皮葡萄球菌对青霉素、左氧氟沙星耐药率较高,分别为86.96％、73.91％,溶血葡萄球菌对环丙沙星、左氧氟沙星、青霉素高度耐药,均为100％,铜绿假单胞菌对喹诺酮类、氨基糖苷类、碳青霉烯类、头孢类抗生素均未呈现出耐药现象;73株金黄色葡萄球菌中耐甲氧西林的金黄色葡萄球菌(MRSA)检出率10.96％(8/73).结论 寻常型银屑病患者皮损处细菌感染的病原菌以金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌等革兰氏阳性细菌为主,对青霉素、左氧氟沙星耐药率较高,伴随一定比例的MRSA感染.

目的:探讨来自弗氏枸橼酸杆菌的产碳青霉烯酶的新型不相容群组质粒pNY2385-KPC的耐药机制及基因结构特征。方法:从宁波市医疗中心李惠利医院急诊病房的发热患者尿液样本中获得1株多药耐药菌。采用16S rRNA基因扩增和平均核苷酸一致性（ANI）进行菌种鉴定；采用全自动细菌鉴定及药敏分析系统检测细菌MIC值；通过“三代”测序方法获得基因组序列，然后通过BLASTP/BLASTN、RefSeq、ConservedDomains、ResFinder、Isfinder等对基因功能进行详细注释及比较基因组学分析。结果:弗氏枸橼酸杆菌NY2385携带的质粒pNY2385-KPC为一种新型不相容群组质粒，包含 blaKPC-2，具有接合转移（Ⅳ型分泌系统）基因，可发生接合转移。NCBI中共检索到同型质粒15个，来源于弗氏枸橼酸杆菌、黏质沙雷菌、大肠埃希菌、阴沟肠杆菌、肺炎克雷伯菌和植生拉乌尔菌等细菌，为泛宿主质粒。通过对来自弗氏枸橼酸杆菌中6个该新型质粒进行序列比较分析，发现该新型质粒结构具有一定的保守性，具有携带 blaKPC-2的Tn 6296变体结构，而且质粒pCF1807-3同时具有 repApNY2385-KPC和 repAIncX8。 结论:弗氏枸橼酸杆菌中的pNY2385-KPC型质粒均携带 blaKPC-2耐药基因，分为 repApNY2385-KPC单复制子和 repApNY2385-KPC/ repAIncX8双复制子两种亚型，属于泛宿主质粒，作为可移动遗传元件促进了 blaKPC-2的传播。

目的:构建针对大肠埃希菌的重组发光噬菌体（HT7），并评估其对大肠埃希菌的鉴定能力。方法:首先通过基因工程构建小向导RNA表达质粒pCRISPR-sg（1~10）和PFN-1000同源重组质粒菌株，并用双层平板筛选切割效率最高的小向导RNA（sgRNA）；采用同源重组与规律成簇的间隔短回文重复（CRISPR）系统联合介导的基因编辑技术，将Nanoluc萤光素酶基因整合入T7噬菌体10A基因下游的非编码区，并成功构建发光噬菌体HT7；通过噬菌斑实验和液体扩增实验评估HT7噬菌体与T7噬菌体生物特性差异；此外用2022年1月至2023年6月解放军总医院第一医学中心临床采集分离的51株大肠埃希菌、20株肺炎克雷伯菌、14株金黄色葡萄球菌、6株屎肠球菌、5株粪肠球菌、3株鲍曼不动杆菌和1株铜绿假单胞菌评估HT7噬菌体的检测专一性和检出限。结果:构建的10个CRISPR靶向切割系统中，sgRNA8靶标的切割效率最高，成斑效率为0.18；噬菌体经pCas9/pCRISPR/PFN-1000 3质粒系统3轮重组筛选后，PCR验证均为2 798 bp的重组噬菌体条带，说明成功构建了HT7噬菌体。重组噬菌体在裂解效率（ P<0.001）、一步生长曲线（ P=0.001）、感染复数（ P=0.031）的生物特性分析中，均有显著差异，裂解暴发点和对数生长节点均延长了10 min，最佳感染复数为0.1；临床样本测试，可识别裂解6株大肠埃希菌，其余菌株均不裂解，4.5 h内可检出低于10 CFU/ml的病原菌。 结论:成功开发了一种高效的噬菌体基因编辑系统，并成功构建发光噬菌体HT7，该噬菌体在4.5 h内能特异性检测出低于10 CFU/ml的大肠埃希菌，且对其他菌株无裂解作用，显示出良好的检测专一性和低检出限。

嗜沫凝聚杆菌是口咽部的正常菌群，该菌感染在临床中较为少见，且营养需求较高，细菌培养及鉴定比较困难，很容易漏检。本例患者胸闷、发热1周，左侧脓胸，血培养、胸腔积液标本培养均为嗜沫凝聚杆菌。在抗感染治疗及胸腔闭式引流2周后，症状较前改善，但仍反复发热，行胸腔镜下胸膜粘连松解术，术后继续抗感染治疗，病情好转出院。

目的:探讨结石细菌培养在经皮肾镜取石术(PCNL)后感染性并发症治疗中的作用。方法:回顾性分析广州医科大学附属第一医院2016年9月至2018年9月收治的1 060例行一期PCNL肾结石患者的临床资料。男614例，女446例。年龄(52.4±12.2)岁。结石负荷(1 499.6±1 435.3)mm 2。收集清洁中段尿及术中结石标本用于细菌培养鉴定及药敏试验。记录患者膀胱中段尿和结石的细菌培养结果、药敏试验结果、围手术期抗菌药物应用情况以及术后感染发生情况，分析结石细菌培养阳性者与阴性者术后发热和尿源性脓毒血症发生率的差异。 结果:本研究1 060例，膀胱中段尿培养出22种细菌，结石培养出52种细菌。结石细菌培养阳性率高于中段尿[31.8%(337/1 060)与20.9%(222/1 060)， P<0.001]。中段尿和结石中最常见的细菌均为大肠埃希菌，但大肠埃希菌阳性率中段尿高于结石[52.3%(116/222)与43.6%(147/337)， P<0.05]。中段尿和结石来源的大肠埃希菌对氨苄西林、头孢唑啉、头孢曲松、头孢噻肟、左氧氟沙星、环丙沙星等耐药率均高于40%，而对亚胺培南、美罗培南、头孢哌酮/舒巴坦、哌拉西林/他唑巴坦、阿米卡星等药物耐药率均低于10%，两者的耐药率差异无统计学意义( P>0.05)。术后出现发热111例(10.5%)，尿源性脓毒血症22例(2.1%)。结石细菌培养阳性患者术后发热和尿源性脓毒血症的发生率均高于结石细菌培养阴性患者[23.7%(80/337)与4.3%(31/723)；4.2%(14/337)与1.1%(8/723)， P均<0.05]。术前膀胱中段尿细菌培养阴性患者中，结石细菌培养阳性者的术后发热率高于阴性者[17.9%(30/168)与4.2%(28/670)， P<0.05]。结石细菌培养阳性患者中，术后抗菌药物与结石药敏试验结果一致者的术后发热率低于与结石药敏试验不符者[17.5%(22/126)与27.5%(58/211)， P<0.05]。 结论:结石细菌培养阳性率高，细菌菌谱复杂，多重耐药比例高。即使术前中段尿细菌培养为阴性，结石细菌培养阳性仍是PCNL术后感染的危险因素。结石细菌培养结果在PCNL术后感染性并发症治疗中具有重要的指导作用。

目的:了解陕西省布鲁氏菌病发病情况及分离菌株或核酸的基因型,掌握其流行病学及分子遗传特征,为陕西省人间布鲁氏菌病的精准防控提供科学依据。方法:登录中国疾病预防控制信息系统收集2020年陕西省人间布鲁氏菌病的发病数据,分析流行特征;应用细菌学及PCR方法对分离菌株或核酸进行鉴定,进一步采用多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)方法进行分子分型,利用BioNumerics(Version 7.6)软件对MLVA结果进行分析。结果:2020年陕西省共报告人间布病1 086例,发病率为2.80/10万,涉及86个县(区),流行高峰在3 - 9月(865例),男女性别比为2.68∶ 1.00(791∶ 295),30 ~ 69岁年龄段占79.74%(866例),农民占83.43%(906例)。36株分离菌株生物型鉴定结果显示,4株是羊种变异型,3株是羊种1型,29株是羊种3型。36株分离菌株及7份核酸经BCSP31-PCR均鉴定为布鲁氏菌属,经AMOS-PCR均鉴定为羊种布鲁氏菌。经MLVA-16分型,panel1结果显示有2种基因型:42型(1-5-3-13-2-2-3-2)、63型(1-5-3-13-2-3-3-2),panel2A结果显示均为4-41-8,panel2B结果显示具有高度的多变性;36株分离菌株及7份核酸分为33种基因型,其中27种基因型为单分离株,6种基因型为共享型。结论:陕西省人间布鲁氏菌病防控形势严峻。MLVA-16是一种成熟的基因分型方法,确定了陕西省布鲁氏菌分离株或核酸存在多种基因型,可为人间布鲁氏菌病精准防控、暴发疫情分析及流行病学溯源提供科学依据。