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苯丙氨酰-tRNA合成酶β亚基基因在肝癌中的表达及预后价值
编辑人员丨1天前
目的:研究苯丙氨酰-tRNA合成酶β亚基(FARSB)基因在肝细胞癌中的表达、临床病理特征和预后的关系。方法:从癌症基因组图谱(TCGA)数据库下载肝细胞癌和癌旁组织数据集，用R及Perl软件对下载数据进行整理分析。采用Cox回归和Kaplan-Meier分析肝细胞癌患者临床病理特征与总生存期的关系。采用基因富集分析预测FARSB调控的信号通路。采用qPCR和Western blot检测FARSB在肝细胞癌及癌旁组织中的表达。结果:FARSB在肝细胞癌组织中高表达，与临床病理分期显著相关。FARSB高表达的肝细胞癌患者预后较差。临床病理分期、T分期、M分期和FARSB基因与总体生存率显著相关，FARSB基因是独立预后因子。结论:FARSB基因在肝细胞癌患者中高表达，导致肝细胞癌患者总体生存率下降，可作为肝细胞癌不良预后标志物。
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编辑人员丨1天前
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TMT定量蛋白质组学解析Rummeliibacillus suwonensis 3B-1生长及己酸代谢机制
编辑人员丨2024/4/27
[目的]从蛋白水平阐明水源拉梅尔芽孢杆菌(Rummeliibacillus suwonensis)的生长及己酸代谢机理,为水源拉梅尔芽孢杆菌的基因工程改造提供一定技术基础.[方法]以R.suwonensis 3B-1 为研究对象,应用串联质谱标签(tandem mass tags,TMT)蛋白组学技术对该菌在好氧与厌氧条件下的差异表达蛋白(differentially expressed proteins,DEPs)进行挖掘,并对鉴定到的DEPs进行亚细胞定位、GO功能富集、KEGG信号通路注释、蛋白相互作用等生物信息学分析.[结果]从比较组中共鉴定获得810 个DEPs,其中上调蛋白 423 个,下调蛋白 387 个,亚细胞定位到 6 个条目上,主要涉及细胞质蛋白,细胞膜蛋白和细胞壁等蛋白.GO功能富集分析结果显示,肽的生物合成、翻译和肽代谢过程等生物学过程;核糖体的结构组成和结构分子活性等分子功能;核糖体和核糖核蛋白复合物等细胞组分发生了显著变化.810 个DEPs 注释到 113 条KEGG信号通路,主要涉及辅因子生物合成,双组分系统,磷酸戊糖代谢,糖酵解/糖异生,以及氧化磷酸化等信号通路.苯丙氨酸-tRNA连接酶β亚基和核黄素生物合成蛋白RibD在蛋白互作网络中关联度最高.[结论]厌氧条件下,糖酵解途径中丙酮酸脱氢酶和丙酮酸激酶表达下调,氨基酸代谢和生物素蛋白连接酶等辅因子相关蛋白表达均呈现下调,表明该菌适合在好氧环境中生长.己酸合成方面,酰基辅酶A硫酯酶的表达量显著上调,同时,糖酵解/糖异生途径、三羧酸循环和磷酸戊糖途径为己酸合成提供了充足的前体物质和还原当量,共同促进了己酸合成.
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编辑人员丨2024/4/27
