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应用高通量测序研究人参皂苷Rh1对乳腺癌SKBR3细胞基因表达的影响
编辑人员丨2023/8/5
目的 观察人参皂苷Rh1对乳腺癌SKBR3细胞基因表达的影响,筛查人参皂苷Rh1干预下乳腺癌SKBR3细胞中差异表达的基因.方法 对乳腺癌SKBR3细胞进行样本准备,获得去rRNA链特异性转录组;测序获得原始图像文件经碱基识别后转化为原始序列文件;通过质量分析评估测序数据是否适合进行生物信息学分析,应用剪切转录产物比对软件(STAR)对测序数据与参考基因组进行比对;基于美国国家生物技术信息中心(NCBI)数据库,对人参皂苷Rh1干预下乳腺癌SKBR3细胞基因的表达及差异基因的表达进行分析.结果 高通量测序共筛查出基因26978个,其中根据NCBI数据库注释为mRNA的基因19229个,注释为lncRNA的基因4385个,高通量测序结果表明差异表达基因6580个,以Fold change>1为上调,<-1为下调,上调差异基因3403个,其中差异表达显著基因为小整合膜蛋白11A(SMIM11A)、嘌呤能受体P2X1(P2RX1)、碳酸酐酶9(CA9)、磷脂酰肌醇-3激酶催化亚基 δ 核糖核酸2(PIK3CD-AS2)、血管活性肠肽受体2(VIPR2)、非特征LOC100506314(LOC100506314)、长基因间非蛋白编码核糖核酸1389(LINC01389)、表皮生长因子受体激酶底物8-样蛋白3(EPS8L3)、视网膜筋膜基因2(FSCN2)、肠壁碱性磷酸酶(ALPI);下调差异表达基因3177个,其中差异表达显著基因为溶质载体家族1成员3(SLC1A3)、羟基类固醇17-β 脱氢酶1(HSD17B1)、碳水化合物磺基转移酶11(CHST11)、溶质载体家族25成员51(SLC25A51)、β-1,3-半乳糖基转移酶6(B3GALT6)、非特征LOC101929882(LOC101929882)、δ 连环蛋白家族成员(ARVCF)、蛋白磷酸酶2A催化亚基 α(PPP2CA)、星形胶质细胞上调基因-1(AEG1)、磷脂酰肌醇-4-激酶B(PI4KB).结论 应用高通量测序技术可筛查出人参皂苷Rh1对乳腺癌SKBR3细胞增殖相关的差异性表达基因,并对筛选出的重要基因进行总结和分类.
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编辑人员丨2023/8/5
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CTNND2基因敲除对小鼠学习记忆的影响
编辑人员丨2023/8/5
目的:探讨连环蛋白δ2(CTNND2)基因敲除对小鼠学习记忆功能的影响及可能机制.方法:聚合酶链式反应(PCR)验证野生型(WT)和CTNND2--两组小鼠基因型.Morris水迷宫检测两组小鼠空间学习记忆功能.高尔基染色法检测两组小鼠海马区神经元树突棘密度的变化.Western Blot检测两组小鼠海马突触相关蛋白磷酸化突触素蛋白(p-Syn)、富含谷氨酸/亮氨酸/赖氨酸/丝氨酸蛋白(ELKS)和突触后致密蛋白95(PSD95)的表达水平.结果:与WT小鼠相比,水迷宫实验结果显示CTNND2-/-小鼠逃逸潜伏期明显延长(P<0.05),通过平台的次数显著减少以及停留在目标象限的时间明显缩短(P<0.05),但是游泳速度不变(P>0.05).高尔基染色结果显示CTNND2-/-小鼠海马区神经元树突棘密度降低(P<0.05).Western Blot检测结果显示CTNND2-/-小鼠海马区突触相关蛋白p-Syn、ELKS、PSD95表达均下降(P<0.05).结论:CTNND2基因敲除后,可能通过p-Syn、PSD95和ELKS蛋白表达下调阻碍了小鼠海马区神经元树突以及突触发育,诱发其结构和功能障碍,这可能是CTNND2-/-小鼠学习记忆功能损伤的机制之一.
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编辑人员丨2023/8/5
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褪黑素对Ctnnd2敲除小鼠的自闭症样行为及突触相关蛋白的影响
编辑人员丨2023/8/5
目的:观察褪黑素(MT)对Ctnnd2基因敲除(Ctnnd2-/-)小鼠自闭症样行为、丝裂原活化蛋白激酶(MEK)/细胞外信号调节蛋白激酶(ERK)通路蛋白和突触相关蛋白的影响.方法:将小鼠分为四组:野生型组(WT)、Ctnnd2基因敲除组(Ctnnd2-/-)、Ctnnd2基因敲除+10 mg/kg褪黑素组(Ctnnd2-/-+10 mg/kg MT)及Ctnnd2基因敲除+50 mg/kg褪黑素组(Ctnnd2-/-+50 mg/kg MT).不同剂量MT给出生21 d Ctnnd2-/-小鼠连续灌胃28 d,行为学实验评价小鼠的自闭症样行为,Western Blot检测MEK1/2、ERK1/2和突触素蛋白(Syn)的磷酸化水平以及突触后致密蛋白95(PSD95)的表达.接下来为了验证MT是否通过与MT-R结合进而上调体感皮层MEK/ERK通路和引起突触相关蛋白的变化,在Ctnnd2-/-小鼠体感皮层局部微量注射褪黑素受体(MT-R)阻断剂,30 min后再注射MT,Western Blot再次检测MEK1/2、ERK1/2和Syn蛋白的磷酸化水平以及PSD95蛋白表达.结果:(1)与WT组比,Ctnnd2-/-组与陌生鼠社会互动时间明显减少(P<0.05),自我捋毛时间增加(P<0.05),新事物偏好降低(P<0.05),探索及自主行为减少(P<0.05),提示Ctnnd2-/-小鼠存在自闭症样行为;MT干预后,Ctnnd2-/-小鼠自闭症样行为明显改善(P<0.05).(2)Western Blot检测结果显示Ctnnd2-/-小鼠体感皮层PSD95蛋白表达、MEK1/2蛋白的磷酸化水平、ERK1/2蛋白的磷酸化水平和Syn蛋白的磷酸化水平均降低(P<0.05),MT干预后能上调这些蛋白(P<0.05),MT-R阻断剂可以使MT上调PSD95蛋白表达、MEK1/2蛋白的磷酸化水平、ERK1/2蛋白的磷酸化水平和Syn蛋白的磷酸化水平的作用降低.结论:MT可改善Ct-nnd2-/-小鼠的自闭症样行为,同时可以通过上调体感皮层MEK/ERK通路引起突触相关蛋白的变化.
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编辑人员丨2023/8/5
