老年男性右肺上叶3.5 cm×2.5 cm大小肿块，显微镜下示肿瘤由2种成分构成，主要以小到中等、蓝圆细胞片巢状分布为主，胞质较少，核呈泡状，核仁明显，另一部分肿瘤细胞透亮，2部分可见过渡，均异型性显著，核分裂象易见。免疫组织化学显示INI1（SMARCB1）缺失，BRG1（SMARCA4）未缺失，广谱细胞角蛋白（CKpan）、p40、细胞角蛋白（CK）5/6、p63、突触素均阳性，甲状腺转录因子1灶区阳性，CK7少量阳性，生长抑素受体2个别细胞阳性，CD56个别细胞阳性，Ki-67阳性指数50%。基因检测示INI1（SMARCB1）拷贝数异常以及EGFR、DIS3、BRIP1、HMCN1、PLCG2、RAD21、TSC2基因突变，病理诊断为INI1（SMARCB1）缺失低分化癌伴有鳞、腺及神经内分泌免疫表型。INI1（SMARCB1）蛋白是染色体重塑相关多聚体蛋白SWI/SNF的一个亚单位，SWI/SNF复合体缺失的未分化癌对传统化疗药物不敏感、预后差，但组蛋白甲基转移酶抑制剂治疗可能有效，而本例极易与低分化鳞癌、腺鳞癌混淆，故将INI1（SMARCB1）缺失的肿瘤识别出来十分必要。

目的:研究肿瘤突变负荷(TMB)在肾透明细胞癌患者中的临床意义。方法:通过癌症基因组图谱获取肾透明细胞癌的体细胞突变数据、基因表达数据甲基化数据和相关临床数据以及临床蛋白质组肿瘤分析协作组数据库中肾透明细胞癌的蛋白组数据，计算肾透明细胞癌患者的TMB值并分析TMB与总生存率的关系及其与临床预后的关系。TMB值按降序排列，以中位数将所有肿瘤样本分为高TMB组(171例)和低TMB组(166例)，对两组的基因表达数据进行基因富集分析，对肾透明细胞癌突变率最高的前10位基因进行多组学分析。结果:高TMB组患者的总生存率低于低TMB组( P＝0.035)；肿瘤级别越高的ccRCC患者的TMB值越高，差异有统计学意义( P＝0.036)。突变率最高的前10位基因中，突变数据和预后相关的只有BAP1和HMCN1；SETD2、HMCN1、MTOR、PBRM1、MUC16的基因表达与ccRCC患者的临床预后相关；BAP1、DNAH9、HMCN1、KDM5C、MTOR的甲基化水平与ccRCC患者的临床预后相关。 结论:高TMB的肾透明细胞癌患者预后较差，不同肿瘤分级患者的TMB值不同，其突变率最高的前10位基因在突变水平、转录组水平以及甲基化水平与肾透明细胞癌患者预后相关。

目的:通过对癌症基因图谱(the Cancer Genome Atlas,TCGA)等相关数据库的信息挖掘,研究HMCN1基因在胃腺癌中的表达,探讨其与胃腺癌发生发展的潜在机制.方法:获得Cbioportal在线分析TCGA数据库中289例胃腺癌患者的RNA数据,结合患者的生存时间信息,应用Kaplan-Meier法分析HMCN1变异与胃腺癌患者生存之间的关系.利用基因表达谱动态分析(GEPIA)数据库信息,搜索HMCN1 mRNA在正常胃腺组织与胃腺癌组织表达的区别,分析其在不同病理分期中的表达情况.应用Genecards数据库收集与HMCN1基因的相关蛋白,绘制HMCN1相关蛋白网络图,对相关蛋白进行富集分析,分析蛋白富集的信号通路、生理过程及关键下游蛋白.结果:289例胃腺癌中有66例(23%)发生HMCN1基因突变,HMCN1变异组总生存时间长于无变异组(P=0.0153),变异组无病生存时间与无变异组生存时间差异无统计学意义(P=0.0523).胃腺癌组织中HMCN1 mRNA表达明显高于正常胃腺组织;与HMCN1相关的蛋白有CTDSPL、DDX1、CLP1、CFB等25个,其中CTDSPL蛋白在胃腺癌中表达降低,相关蛋白富集分析得到Wnt信号通路、Hippo信号通路、丝氨酸型内肽酶活性通路等细胞组织生理活动.结论:胃腺癌组织中HMCN1 mRNA呈高表达,其可能通过促进CTDSPL蛋白降解发挥抑癌基因的作用.

目的 对1个常染色体显性遗传的视网膜色素变性家系进行变异分析,寻找该家系的致病基因.方法 收集该家系临床资料,提取10名家系成员(5例患者,5例正常人员)及30例正常对照外周血DNA.对家系中3例患者及1例正常人员进行全外显子组测序,采用Sanger测序对候选致病基因位点进行验证.结果 通过查阅资料将测序结果中的SPATA 7、HMCN 1、RHO作为首批候选基因进行Sanger测序,结果显示,家系中5例患者均存在视紫红质基因RHO第3个外显子c.560G>A(p.Cys187Tyr)杂合变异,而5例正常的家系成员及30例正常对照中均未检测到此变异.结论 视紫红质基因RHO c.560G>A(p.Cys187Tyr)杂合变异为该家系视网膜色素变性的致病原因,变异位点的发现为该家系的遗传咨询和产前诊断提供参考依据.

目的 从TCGA数据库中探究肿瘤突变负荷(TMB)与膀胱癌的相关性,有助于膀胱癌免疫机制的深入研究,为膀胱癌的免疫治疗提供更多的预测信息和机会.方法 对从TCGA数据库获取的共443例膀胱癌样本进行突变分析、依据TMB表达高低进行分组,并分析高低TMB组与临床相关性、预后值以及与免疫细胞的关联性.差异表达基因(DEGs)从TMB分组中识别而来,再进行功能分析以评估差异表达基因的潜在生物学功能.22个免疫细胞与TMB亚型的相关性的分析采用CIBERSORT算法推导.结果 443例膀胱癌样本的突变类型中最多的是错义突变,变体类型最常见的是单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP).突变类型中单核苷酸变异(single nucleotide variant,SNV)以C>T突变为58755,占最大部分,其次是C>G突变为29935.研究发现膀胱癌中突变率居前三的基因分别是TP53、TTN、KMT2D,突变率分别为47％、40％、26％.其中存在互斥现象的突变基因是TP53和FGFR3,TP53与突变的RB1基因存在共现.出现共突变现象的是TTN基因与FAT4、ATM、MACF1、HMCN1、PIK3CA和MUC16基因.KMT2D基因和KMT2C基因存在共突变.在膀胱癌患者生存期比较中,高TMB表达组明显高于低TMB组,差异具有统计学意义(P=0.006).预测高TMB组膀胱癌患者预后较好.此外,TMB与性别(P=0.016)和肿瘤分级(P<0.001)具有相关性.差异表达基因富集分析在参与调控肾素-血管紧张素系统、P13K-Akt信号通路、细胞因子-细胞因子受体相互作用和Ras信号通路等方面表现显著.此外,观察到CD8+T细胞、记忆激活CD4+T细胞、静息的NK细胞和肥大细胞的免疫细胞组成在高低TMB组中表达存在差异.结论 本研究通过探讨TMB与膀胱癌的相关性,发现TMB较高的膀胱癌患者可能在免疫治疗中获得较好的预后.CD8+T细胞和记忆激活CD4+T细胞亚群在高TMB组中表现出比较高的浸润丰度.

目的:在中国人非综合征型唇裂伴或不伴腭裂(non-syndromic cleft lip with or without palate,NSCL/P)核心家系中,利用全外显子组测序探索与NSCL/P发病相关的新生突变位点.方法:对22个中国NSCL/P核心家系进行全外显子组测序,采用基因组分析工具包(Genome Analysis ToolKit,GATK)通过对比亲代与子代同一位点的等位基因识别新生突变位点,采用SnpEff软件对位点进行功能注释.对新生突变位点进行富集分析,检验全外显子区域内存在的新生突变数量是否高于预期值,以及是否存在包含新生突变数量显著高于预期值的基因.通过查阅文献总结既往研究提示与NSCL/P发病存在较强证据支持的基因,根据注释信息筛选能够引起蛋白质改变的新生突变位点,对该类位点所在基因编码的蛋白质与NSCL/P相关基因编码的蛋白质进行交互作用分析.利用R软件的denovolyzeR包进行富集分析(Bonferroni多重检验校正:P=0.05/n,n为基因个数).利用STRING数据库预测新生突变所在基因与已知NSCL/P致病基因编码的蛋白质间的交互作用.结果:全外显子组测序得到的位点中共有339 908个位点通过质量控制,经GATK软件比对共筛选出345个高置信度新生突变,其中错义突变44个,无义突变1个,经典剪接位点2个,同义突变20个,内含子区或基因间区位点278个.富集分析显示,全外显子组中引起蛋白质改变的新生突变数量显著高于预期值(P＜0.05),KRTCAP2、HMCN2、ANKRD36C、ADGRL2和DIPK2A 5个基因所含的新生突变位点高于预期(P＜0.05/(2×19 618)).蛋白质交互作用分析纳入46个包含能够引起蛋白质序列改变的新生突变所在的基因及13个既往研究提示与NSCL/P存在关联的基因,两类基因编码的蛋白质之间存在6组交互作用,其中RGPD4与SUMO1编码的蛋白质的交互作用证据可信度最高,STRING数据库交互作用评分为0.868.结论:研究为NSCL/P的发病提供了新的证据,对携带新生突变的基因进行功能分析有助于揭示复杂疾病的遗传结构.

目的 分析S期激酶相关蛋白1(SKP1)和S期激酶相关蛋白2(SKP2)表达水平对肾透明细胞癌、肾嫌色细胞癌、肾乳头状细胞癌这3种肾癌患者预后的预测作用.方法 使用TCGA数据库中肾透明细胞癌、肾嫌色细胞癌、肾乳头状细胞癌样本进行SKP1和SKP2表达水平及其甲基化与预后相关性分析、不同表达水平间基因突变情况分析.采用Metascape数据库分析SKP2在这3种肾癌中共表达基因功能富集情况及蛋白质相互作用情况.结果 与正常组织比较,SKP1表达水平在这3种肾癌中均显著降低,SKP2在肾透明细胞癌和肾乳头状细胞癌中显著升高.在这3种肾癌中SKP2高表达者预后均较差,AUC值和一致性指数提示预测准确性稳定.肾癌中多个甲基化位点与SKP1或SKP2表达水平及预后显著相关.肾透明细胞癌中SKP1和SKP2突变占14％.KMT2C、HERC2、PRKDC、SETD2和HMCN1基因突变与SKP1或SKP2表达水平高低相关.肾癌中SKP2共表达基因富集部分与免疫应答调节相关.结论 SKP2及其甲基化可以预测肾癌预后.肾癌中SKP1、SKP2表达高低与KMT2C、HERC2、PRKDC、SETD2和HMCN1等基因突变相关,并受多种甲基化位点影响.

目的:研究Hemicentin1(Hmcn1)基因对小鼠胚胎成骨细胞前体细胞(mouse embryo osteoblast precursor cells,MC3T3-E1 cells)成骨、迁移及增殖能力的影响.方法:体外培养MC3T3-E1细胞,对其进行成骨诱导,诱导后第0、3、7、14 天时收样,通过实时定量聚合酶链反应(real-time quantitative polymerase chain reaction,RT-qPCR)观察Hmcn1的表达量变化.使用小干扰RNA(small interfering RNA,siRNA)转染MC3T3-E1 细胞,构建Hmcn1 敲降的MC3T3-E1细胞,采用RT-qPCR检测敲降效率.采用RT-qPCR检测敲降前后骨形态发生蛋白-2(bone morphogenetic protein-2,BMP-2)、成骨细胞特异性转录因子(Osterix,OSX)、骨钙素(osteocalcin,OCN)、Runt相关转录因子 2(Runt related transcription factor 2,Runx2)、碱性磷酸酶(alkaline phosphatase,ALP)表达水平的变化.通过ALP和茜素红S(alizarin red S,ARS)染色观察Hmcn1 敲降对MC3T3-E1 细胞成骨分化的影响.通过细胞划痕实验和Transwell实验观察Hmcn1 敲降对MC3T3-E1 细胞迁移能力的影响.通过细胞计数试剂盒-8(cell counting kit-8,CCK8)实验观察Hmcn1 敲降对MC3T3-E1 细胞增殖能力的影响.结果:对MC3T3-E1 细胞进行体外成骨诱导后,Hmcn1 基因的表达出现上调.使用siRNA敲降Hmcn1基因后,BMP-2表达下调.敲降Hmcn1后,MC3T3-E1细胞的迁移能力下降,增殖能力提高,ALP染色敲降组细胞着色较少.结论:Hmcn1 基因可通过上调BMP-2 的表达,促进MC3T3-E1 细胞的迁移,抑制MC3T3-E1 细胞的增殖,促进MC3T3-E1 细胞体外成骨分化.