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基于生物信息学筛选影响胃癌患者预后的糖酵解相关基因
编辑人员丨2024/4/27
目的 通过利用生物信息学开发糖酵解相关基因以预测胃癌(gastric cancer,GC)患者预后.方法 使用癌症基因组图谱数据库中GC患者信使核糖核酸表达谱数据,通过进行基因集富集分析以鉴定GC组织和正常组织间显著差异的基因集.通过最小绝对收缩和选择算子回归分析构建糖酵解相关基因预测GC患者预后的模型,并使用Kaplan-Meier分析、受试者工作特征曲线、单因素及多因素Cox回归分析验证模型预测性能.采用基因集变异分析分析高低风险组间生物途径状态的差异.结果 获得15个糖酵解相关基因(PFKFB2、UHRF1、ACYP1、CLDN9、STC1、EFNA3、NUP50、ADH4、ANGPTL4、PKP2、VCAN、HIF1A、LHX9、ANKZF1、ALDH3A2)与 GC患者预后相关.根据15个基因特征风险评分,通过Cox回归分析将患者分为高风险组和低风险组.这15个基因标记是GC患者预后的独立生物标志物,低风险评分的GC患者预后更好.结合基因标记和临床预后因素的列线图可有效预测总生存期及无疾病生存期.结论 建立的15个糖酵解相关基因标记可作为预测GC患者预后的可靠工具,可能为GC提供潜在的糖酵解治疗靶点.
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编辑人员丨2024/4/27
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lncRNA NUP50-AS1在食管鳞癌组织中的表达及其对Eca109细胞恶性生物学行为的影响
编辑人员丨2023/8/6
目的:探讨长链非编码RNA (long non-coding RNA,lncRNA)NUP50-ASl在食管鳞状细胞癌(esophageal squamous cell cancer,ESCC)组织及细胞株中的表达及其对人食管癌Eca109细胞增殖、迁移和侵袭的影响.方法:选取自2015年1月至2016年12月河北医科大学第四医院生物标本库的49例ESCC手术患者的癌组织和相应癌旁组织,qRT-PCR检测ESCC癌组织、癌旁组织及5种食管癌细胞株(TE1、TE13、Eca109、Kyse150和Kyse170)中NUP50-AS1表达水平.shRNA转染NUP50-AS1后,选用sh2-NUP50-AS1进行后续功能实验.采用MTS法、克隆形成实验检测敲减NUP50-AS1表达对Eca109细胞增殖的影响,划痕实验检测敲减NUP50-AS1表达对细胞迁移的影响,Transwell小室实验检测敲减NUP50-AS1表达对细胞侵袭的影响.结果:NUP50-AS1在ESCC组织中的相对表达量显著高于癌旁组织(2.003±0.870 vs 1.000±0.000,P＜0.05);NUP50-AS1在ESCC组织中的表达水平与淋巴结转移及TNM分期相关(均P＜0.01),NUP50-AS1在5株食管癌细胞系中相对表达量均明显上调(P＜0.05),其中Eca109细胞的NUP50-AS1表达水平最高.转染后,sh2-NUP50-AS1转染组干扰效率最高,敲低NUP50-AS1可明显抑制Eca109细胞增殖、迁移和侵袭能力.结论:ESCC组织中1ncRNA NUP50-AS1表达明显高于癌旁组织,且与癌症分期和淋巴结转移有关,敲减其表达明显抑制食管癌细胞增殖、迁移和侵袭能力,NUP50-AS1的高表达可能与ESCC的发生发展密切相关.
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编辑人员丨2023/8/6
