目的:建立及优化检测立克次体目中7种重要病原菌的TaqMan-探针实时荧光定量PCR（qPCR）方法，可同步检测并明确感染类型。方法:根据普氏立克次体、莫氏立克次体和斑点热群立克次体 ompB基因、恙虫病东方体 groEL基因、查菲埃立克体16S rRNA基因、嗜吞噬细胞无形体 gltA基因和贝氏柯克斯体 com1基因序列合成引物和探针，优化反应体系及反应程序至同一方案，对该方法灵敏度、特异性和重复性等进行评价，并使用该方法对模拟样本和实际样本进行检测。 结果:7种病原菌标准曲线的 Ct值与模板拷贝数均呈良好的线性关系（均 R2>0.990 0），所建立方法最低检测限均为1×10拷贝数/μl且具有良好的特异性。96份蜱虫核酸提取物样本中，1份样本检出贝氏柯克斯体，3份样本检出斑点热群立克次体；80份不明原因发热患者血标本DNA中，1份样本检出恙虫病东方体，2份样本检出斑点热群立克次体。 结论:本研究基于TaqMan-探针qPCR方法，将7种病原菌反应体系及反应程序优化至同一方案，克服目前不同立克次体目病原菌采用不同的反应体系和反应程序的缺点，可将临床样本中立克次体目的7种重要病原菌精确定位检测至种，明确感染病原菌类型并缩短检测时间，有助于对患者的精准诊治。

目的 对新疆蜱类携带斑点热群立克次体情况进行调查,为新疆地区蜱媒病防治提供技术支撑.方法 使用家畜体表法和布旗法采集蜱类,使用聚合酶链式反应(PCR)检测立克次体外膜蛋白A(ompA)基因片段.结果 使用家畜体表采集法和布旗法共采集7 105只成年蜱样本,经形态学鉴定共7属12种.其中,3 650只(51.4％)进行外膜蛋白A基因片段的聚合酶链式反应(PCR)检测立克次体核酸,共检测出8种斑点热群立克次体.从和硕、尉犁、玛纳斯和霍城地区采集的扇头蜱Rhipicephalus、璃眼蜱Hyalomma和血蜱Haemaphysalis中均检测出Candidatus R.barbariae立克次体、从和硕、尉犁、玛纳斯地区采集的扇头蜱Rhipicephalus和璃眼蜱Hyalomma中均检测出康氏立克次体Rickettsia conorii;从玛纳斯地区采集的图兰扇头蜱R.turanicus中检测出马赛立克次体R.massiliae;从各地区采集的革蜱中均检测出饶氏立克次体R.raoultii,其在新疆范围内分布较广;从哈巴河地区采集的银盾革蜱Dermacentor niveus中检测出斯洛伐克立克次体R.slovaca;从乌鲁木齐地区采集的亚洲璃眼蜱Hy.asiaticum中检测出西伯利亚立克次体蒙古株R.sibirica mongolotimonae;从哈巴河地区采集的嗜群血蜱Hae.concinna中检测出黑龙江立克次体R.heilongjiangensis;从博乐地区采集的全沟硬蜱 Ixodes persulcatus 中检测出 Candidatus R.tarasevichiae 立克次体.结论 新疆地区广泛分布多种蜱类,携带多种蜱传斑点热群立克次体,可能对人群健康产生潜在威胁.

全球变暖引发珊瑚礁区向大型海藻场生态演替现象与日俱增,大型海藻对珊瑚的影响主要包括抑制生长、发育与繁殖,但不同的海藻对不同的珊瑚具有不同的影响,二者之间的关系仍未有定论.为探究热压力所引起二者竞争关系的变化,以枝状风信子鹿角珊瑚(Acroproa hyacinthus)和大型底栖海藻杉叶蕨藻(Caulerpa taxifolia)为研究对象,设置了环境温度(27℃)与热压力温度(30℃),比较藻类间接接触和直接接触珊瑚对珊瑚附生微生物群落结构的影响,并从培养水环境及海藻表面微生物中寻找影响珊瑚表面微生物的原因.结果表明,去除嵌合体后共获得 3369713 条优化序列,并且大部分细菌得到注释.环境温度下,间接接触与直接接触组微生物表达模式接近,海藻的处理使得珊瑚表面附生微生物种类、丰度、PcoA区分度最高.门水平上,微生物群落主要由变形菌门、拟杆菌门、蓝细菌门、厚壁菌门、放线菌门组成.目水平上,微生物群落主要由红细菌目、黄杆菌目、肠杆菌目、蓝细菌目、假单胞菌目、噬几丁质菌目组成.这些细菌表型主要包括革兰氏阴性、好氧细菌、移动元件含量和胁迫耐受四大类,生态功能主要包括化能异养和需氧化能异养.对 12 个处理组的 36 个样本进行核心 ASV 分析(amplicon sequence variants),共获得 139 个核心ASVs.以假单胞菌目、黄杆菌目、噬几丁质菌目、红细菌目为主,还包括立克次氏体菌目、伯克霍尔德氏菌目、肠杆菌目、疣微菌目等.通过线性判别分析(linear discriminant analysis)可比较各组中相对丰度具有显著差异的细菌类群.环境温度下,群落中弧菌(Vibrio)、邻单胞菌(Plesiomonas)、奈瑟氏菌(Neisseria)以及螺旋体菌(Brevinema)相对丰度显著升高;温度升高后,珊瑚白化且胞内寄生病原微生物丰度显著升高,如米卡弧菌(Micavibrionales)与立克次氏体菌(Rickettsiales);热压力下,海藻的加入缓解了珊瑚白化、减少了胞内寄生性微生物丰度、显著提高了益生菌海命菌(Marivita)以及Halioxenophilus丰度.因此,在不同温度下杉叶蕨藻既作为压力源转移病原菌,又协助珊瑚抵抗胞内寄生菌,结果有助于理解大型海藻—珊瑚的竞争关系,解释海藻对珊瑚的潜在生态影响.

目的 利用高通量测序,研究胃癌患者口腔微生物的菌群分布特征,获得口腔菌群及牙周致病菌与胃癌的相关性的科学证据.方法 采集胃癌患者和健康对照人群口腔中的唾液及牙菌斑样本,PCR扩增,并利用Illumina Miseq测序平台,对各样本中16S rRNA V4区进行双端测序通过BIPES以及QIIME分析并比较不同人群口腔中牙菌斑和唾液样本中细菌群落结构及其多样性,聚类分析胃癌患者口腔菌群失衡的主要特征.结果 胃癌患者和健康人群的口腔菌群的交叠情况结果显示胃癌患者的口腔细菌更为复杂,菌群的组成和相对丰度分析发现,在胃癌组的唾液和牙菌斑样本中某些细菌的异常聚集,包括:红环菌目(Rhodocyclales)、梭菌目(Clostridiales)、肠杆菌目(Enterobacteriales)、假单胞菌目(Pseudomonadales)、暖绳菌目(Caldilineales)、菌目Synergistales.而芽孢杆菌目(Bacillales)、Streptophyta和立克次体目(Rickettsiales)3个在胃癌组中异常减少.结论 胃癌患者的口腔微生物群落结构与健康对照人群有所不同,提示口腔菌群发生相应改变与胃癌有一定的相关性.表明口腔微生物的检测有潜力作为未来胃癌早期诊断或筛查的一种手段.

[目的]基于昆虫肠道微生物在宿主健康与调控宿主生长发育中发挥着重要作用,本研究旨在对大分舌蜂Colleles gigos不同龄期幼虫及滞育预蛹肠道细菌群落多样性及其差异进行初步探究.[方法]利用野外采集的大分舌蜂1-5龄幼虫及滞育预蛹,提取肠道内容物细菌DNA进行16S rRNA的V3-V4基因片段PCR扩增,利用IlluminaMiseq二代高通量测序技术进行测序.依据获得的序列数据,利用生物信息学方法分析大分舌蜂幼虫和滞育预蛹肠道细菌的组成、丰度和多样性.[结果]大分舌蜂幼虫肠道细菌菌群共检测到15门,23纲,43目,80科,128属的细菌,其中最主要的门是变形菌门(Proteobacteria)(占93.74％),最主要的目是立克次氏体目(Rickettsiales)(占68.68％),最主要的科是无形体科(Anaplasmataceae)(占68.64％),最主要的属是沃尔巴克氏体属Wolbachia(占68.64％).Beta多样性分析结果显示,细菌群落变化与幼虫发育有关,显示出低龄组(1-3龄幼虫)、高龄组(4-5龄幼虫)和滞育预蛹组3个水平.Alpha多样性分析显示,滞育预蛹组细菌多样性与高龄组和低龄组的存在显著差异,而高龄组与低龄组间差异不显著.线性判别分析结果显示,滞育预蛹组与低龄组都存在显著优势菌纲,分别是a-变形菌纲(Alphaproteobacteria)和γ-变形菌纲(Gammaproteobacteria),而高龄组不存在显著优势纲.在 目水平,肠杆菌 目(Enterobacteriales)和假单胞菌目(Pseudomonadales)为低龄组优势目,立克次氏体目(Rickettsiales)为滞育预蛹组的优势目.在科水平,肠杆菌科(Enterobacteriaceae)和莫拉氏菌科(Moraxellaceae)为低龄组的优势科,无形体科(Anaplasmataceae)为滞育预蛹组的优势科.在属水平,低龄组优势属为肠杆菌属Enterobacter和不动杆菌属A4cinetobacter,滞育预蛹组优势属为沃尔巴克氏体属Wolbachia.功能基因注释结果也显示出这3个组的特点.[结论]大分舌蜂不同龄期幼虫及滞育预蛹肠道细菌群落存在显著差异,从低龄组向高龄组再到滞育预蛹组,细菌多样性逐步降低,这可能与其进食特点以及肠道微生物驱动对肠道环境适应有关.本研究为土壤筑巢独栖野生蜜蜂肠道微生物研究奠定基础,也为此类野生蜜蜂的保护提供新的角度与方向.