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冠状病毒所致心力衰竭的组学机制分析及药物预测
编辑人员丨1天前
目的:探讨冠状病毒感染所致心力衰竭(心衰)的机制,并预测对其可能有效的药物。方法:在基因表达数据库(GEO)检索冠状病毒和心衰,并筛选符合实验要求的组学数据。采用R语言Limma程序包进行差异表达基因分析,筛选差异表达基因。将两组差异基因导入R语言clusterProfiler包进行基因本体学(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,取两组结果的交集。采用STRING数据库对所有差异表达基因构建蛋白质互作网络并筛选核心基因。最后采用团队自主研发的表观精准治疗预测平台EpiMed预测冠状病毒所致心衰的治疗药物。结果:在GEO数据库检索并筛选得到GSE59185冠状病毒数据集,根据不同的亚型分为wt组、?E组、?3组、?5组、对照组5组样本,差异分析发现各亚组交集上调基因191?个,下调基因18?个。在GEO数据库检索并筛选得到GSE126062心衰数据集,共筛选差异表达基因495?个,其中上调165?个,下调330?个。冠状病毒与心衰差异表达基因富集分析,取交集处理共有GO条目20条,主要富集在病毒反应、病毒防御反应、Ⅰ型干扰素反应、γ干扰素调节、先天免疫反应调节、病毒生命周期负调控、病毒基因组复制调控等;共有5条KEGG通路,主要与肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、白细胞介素(IL)-17信号通路、细胞因子与受体相互作用、Toll样受体信号通路、人类巨细胞病毒感染有关。蛋白互作网络分析筛选出信号传导及转录激活蛋白3、IL-10、IL-17、TNF、干扰素调节因子9、2′, 5′-寡腺苷酸合成酶1、丝裂原活化蛋白激酶3、S-腺苷甲硫氨酸基区域蛋白2、CXC趋化因子配体10、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶3共10?个核心基因。EpiMed平台预测可能对冠状病毒所致心衰有效的药物为TNF-α抑制剂、白藜醇、利托那韦、白芍、维甲酸、连翘、鱼腥草等。结论:多个炎症通路的异常活化可能是冠状病毒感染所致心衰的原因,白藜芦醇、利托那韦、维甲酸、白芍、连翘、鱼腥草可能对其具有治疗作用。
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编辑人员丨1天前
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刚毛柽柳腺苷甲硫氨酸脱羧酶(ThSAMDC)基因的克隆与胁迫下的表达分析
编辑人员丨2023/8/6
S-腺苷甲硫氨酸脱羧酶(S-adenosyl-L-methionine decarboxylase,SAMDC)是一种通过参与多胺的代谢途径来调节植物生理生化过程的限速酶.通过分析刚毛柽柳(Tamarix hispida)的转录组数据,获得并克隆了SAMDC基因的cDNA序列,将其命名为ThSAMDC.该cDNA序列全长2 085 bp,包含tiny ORF (tORF)、upstream ORF(uORF)和main ORF(mORF)3个植物SAMDC基因特征ORF.主开放读码框(mORF)长1 107 bp,编码369个氨基酸多肽,相对分子质量为40.34 kD,理论等电点(PI)为4.72.ThSAMDC编码蛋白具有多个较强的亲水性区域,无明显跨膜区.通过与其他多个物种的氨基酸多序列比对结果表明,ThSAMDC具有两个典型的高度保守的结构域:酶原剪切位点(LSESSLF)与蛋白快速降解有关的PEST(TIHVTPEDGFSYAS)结构域.系统发育树结果表明ThSAMDC与菠菜(SoSAMDC)氨基酸序列一致性最高,为77%.实时荧光定量RT-PCR分析显示,ThSAMDC在NaC1、PEG、ABA、CdCl2诱导表达均上调,预示着ThSAMDC可能在刚毛柽柳非生物胁迫应答过程中发挥重要作用.
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编辑人员丨2023/8/6
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系统性红斑狼疮患者外周血单个核细胞中RSAD2表达及意义
编辑人员丨2023/8/6
目的 探讨系统性红斑狼疮(SLE)患者外周血单个核细胞(PBMCs)中干扰素诱导基因S-腺苷甲硫氨酸基区域蛋白2(RSAD2)的表达及其临床意义.方法 选择SLE患者46例作为SLE组,根据SLEDAI积分分为高疾病活动度(SLEDAI积分≥6分)25例、低疾病活动度(SLEDAI积分<6分)21例.另选同期健康对照者33例作为对照组.抽取两组晨起空腹静脉血2 mL,分离PBMCs,采用RT-PCR法检测PBMCs内RSAD2 mRNA表达水平.收集SLE组外周血血清抗核抗体(ANA)、抗小核糖核蛋白(nRNP)抗体、抗Sm抗体、抗核小体抗体及抗Ro-52抗体、抗双链DNA(dsDNA)抗体、补体C3、补体C4资料.比较不同RSAD2 mRNA表达程度的SLE患者的免疫指标,分析SLE患者RSAD2表达水平与免疫指标的相关性.结果 SLE组RSAD2mRNA表达水平高于对照组,SLE组高疾病活动度者RSAD2 mRNA表达水平高于低疾病活动度者(P均<0.05).SLE患者中,RSAD2高表达者ANA、抗nRNP抗体阳性率均高于RSAD2低表达者(P均<0.05),且RSAD2 mRNA表达水平与ANA(r=0.39,P<0.01)、抗nRNP抗体(r=0.31,P<0.05)均呈正相关.结论 SLE患者RSAD2mRNA的表达水平显著增高,并与疾病程度及免疫功能密切相关,对于疾病诊断及病情判断有一定临床意义.
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编辑人员丨2023/8/6
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赖氨酸甲基转移酶PR-Set7及S-腺苷甲硫氨酸在亚砷酸钠调控人永生化皮肤角质形成细胞碱基切除修复基因H4K20me1修饰中的作用
编辑人员丨2023/8/5
目的 探讨赖氨酸甲基转移酶PR-Set7和S-腺苷甲硫氨酸(SAM)对亚砷酸钠调控人永生化皮肤角质形成细胞(HaCaT细胞)碱基切除修复(BER)基因组蛋白H4第20位赖氨酸一甲基化(H4K20me1)修饰水平的影响.方法 体外培养HaCaT细胞,设对照(24h)组、NaAsO2(10.00 μmol/L,24h)染毒组、赖氨酸甲基转移酶PR-Set7小干扰RNA(siPR-Set7)干扰组(50 nmol/L,siPR-Set7,48 h)、siPR-Set7+NaAsO2组(50 nmol/L siPR-Set7干扰48 h后,10.00 μmol/LNaAsO2处理24 h)和SAM+NaAsO2组(SAM处理1h后10.00 μmol/LNaAsO2处理24 h),染色质免疫共沉淀(CHIP)检测N-甲基化嘌呤-DNA-糖基化酶(MPG)、聚腺苷酸二磷酸核糖聚合酶-1(PARP1)、X射线修复交叉互补基因-1(XRCC1)基因启动子区(CHIP1、CHIP2区域)和编码区(CHIP3、CHIP4区域)H4K20me1修饰水平,实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测MPG、PARP1、XRCC1基因mRNA表达水平.结果 与对照组比较,NaAsO2染毒组、siPR-Set7组和siPR-Set7+NaAsO2组MPG、PARP1基因启动子CHIP1区及XRCC1基因启动子CHIP2区H4K20me1富集减少,SAM+NaAsO2组MPG、PARP1基因启动子CHIP1和CHIP2区及XRCC1基因启动子CHIP1区H4K20me1富集减少;与NaAsO2染毒组比较,siPR-Set7+NaAsO2组PARP1基因启动子CHIP1区、XRCC1基因启动子CHIP2区H4K20me1富集减少,SAM+NaAsO2组PA RP1基因启动子CHIP1区及XRCC1基因启动子CHIP2区H4K20me1富集增加(P均<0.05).与对照组比较,NaAsO2染毒组、siPR-Set7组和siPR-Set7+NaAsO2组MPG基因编码CHIP4区及PARP1、XRCC1基因编码CHIP3和CHIP4区H4K20me1富集减少,SAM+NaAsO2组MPC基因编码CHIP3和CHIP4区及PARP1、XRCC1基因编码CHIP3区H4K20me1富集减少;与NaAsO2染毒组比较,siPR-Set7+NaAsO2组MPG基因编码CHIP4区及PARP1、XRCC1基因编码CHIP3和CHIP4区H4K20me1富集减少,SAM+NaAsO2组MPG、PARP1、XRCC1基因编码CHIP3和CHIP4区H4K20me1富集增加(P均<0.05).与对照组比较,NaAsO2染毒组、siPR-Set7组、siPR-Set7+NaAsO2组和SAM+NaAsO2组MPG、XRCC1、PARP1 mRNA表达降低;与NaAsO2染毒组比较,siPR-Set7+NaAsO2组XRCC1、PARP1mRNA表达降低,SAM+NaAsO2组MPG、PARP1、XRCC1 mRNA表达升高(P均<0.05).结论 NaAsO2可激活PR-Set7的表达,但由于甲基供体SAM不足,亦导致MPG、PARP1、XRCC1基因H4K20me1富集水平降低,进而使MPG、PARP1、XRCC1 mRNA表达水平降低,参与砷致细胞DNA损伤过程.
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编辑人员丨2023/8/5
