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环状RNA PNN在肝细胞癌中表达及其机制
编辑人员丨4天前
目的:探讨Circ PNN(Circ PNN/hsa_Circ_0101802)在肝癌细胞中的表达,对肝癌细胞增殖和凋亡影响,以及调控肝癌细胞的分子机制。方法:通过全转录组高通量测序分析肝癌患者血浆中Circ PNN差异表达。实时荧光定量聚合酶链反应(qRT-PCR)检测肝癌细胞Huh-7、SK-HEP-1中Circ PNN表达。应用siRNA干扰技术沉默后,细胞计数试剂盒(CCK-8)检测细胞增殖、流式细胞术检测凋亡、蛋白质印迹法(Western blot)检测半胱氨酰天冬氨酸特异性蛋白酶(Caspase)-3蛋白表达。Circ Bank数据库预测Circ PNN结合的miRNA及位点。结果:Circ PNN在肝癌患者血浆中的表达量显著高于非肝癌患者[差异倍数(FC)为268.63, P<0.05]。人HCC细胞系Huh-7和SK-HEP-1中Circ PNN的表达水平明显高于人正常肝细胞系HL-7702(8.206±0.118比0.950±0.010, P<0.05;20.822±0.288比0.950±0.010, P<0.05)。在SK-HEP-1细胞中转染Circ PNN siRNA-1和siRNA-2后,siRNA-1组、siRNA-2组细胞增殖能力低于对照组(0.826±0.040比1.022±0.053, P<0.05;0.492±0.027比1.022±0.053, P<0.05);siRNA-1组、siRNA-2组SK-HEP-1细胞凋亡能力明显高于对照组(16.633±0.404比4.800±0.608, P<0.05;27.133±0.751比4.800±0.608, P<0.05);siRNA-1组、siRNA-2组凋亡蛋白Caspase-3的相对表达量高于对照组(1.121±0.926比0.805±0.628, P<0.05;1.372±0.161比0.805±0.628, P<0.05),可促进细胞的凋亡能力。Circ Bank数据库生物信息学预测Circ PNN上结合的miRNA数量为10个。 结论:肝细胞癌通过增高Circ PNN表达,通过分子海绵机制作用于miRNA,下调Caspase-3表达从而促进肝癌细胞增殖、抑制凋亡,调控肝细胞癌发生、发展。
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编辑人员丨4天前
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PCAT4通过海绵化miR-508-5p上调URGCP表达驱动乳腺癌进展
编辑人员丨4天前
目的:研究前列腺癌相关转录因子4(PCAT4)通过海绵化miR-508-5p上调细胞增殖上调节因子(URGCP)表达对乳腺癌进展的驱动作用。方法:通过癌症基因组图谱分析乳腺癌组织中具有差异表达的lncRNA和miRNA的微阵列数据。实时荧光定量聚合酶链反应(RT-qPCR)评估乳腺癌中PCAT4表达。MTT和集落形成实验测定细胞增殖能力,TUNEL法分析细胞凋亡情况,Transwell实验分析细胞迁移和侵袭变化。RNA下拉和双荧光素酶测定分析PCAT4与miR-508-5p,以及miR-508-5p与URGCP的相关性。肿瘤异种移植研究分析PCAT4/miR-508-5p/URGCP轴与体内乳腺癌细胞生长的相关性。计量资料以均数±标准差( ± s)表示,两组间比较采用 t检验,多组间比较采用单因素方差分析。Pearson相关性分析评价PCAT4和URGCP与miR-508-5p表达的相关性。 结果:乳腺癌组织和细胞中PCAT4的表达水平上调。敲除PCAT4能够抑制细胞增殖和转移,促进细胞凋亡。miR-508-5p是PCAT4的靶点,且与PCAT4呈负相关。乳腺癌中miR-508-5p过度表达可抑制细胞生长、迁移和侵袭,促进细胞凋亡。URGCP是miR-508-5p的靶点,可诱导乳腺癌的进展。肿瘤异种移植研究显示,PCAT4通过影响miR-508-5p/URGCP驱动乳腺癌进展。结论:乳腺癌组织和细胞中PCAT4表达升高,PCAT4可以作为miR-508-5p的分子海绵,并通过激活URGCP蛋白表达显著促进乳腺癌进展。
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编辑人员丨4天前
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基于生物信息学筛选结直肠癌关键长链非编码RNA及LINC00174的作用机制
编辑人员丨4天前
目的:应用生物信息学技术筛选结直肠癌(CRC)关键长链非编码RNA(lncRNA),并对筛选出的LINC00174在CRC中的作用机制进行初步分析。方法:对癌症基因组图谱(TCGA)数据库中638例CRC和51例癌旁组织的RNA数据分析,应用Wilcoxon检验识别筛选差异表达明显的RNA;Pearson相关性检验确定lncRNA-mRNA关系对;在Starbase v3.0数据库中确定与lncRNA-mRNA关系对中RNA分子存在互作关系的微小RNA(miRNA,miR)。对TCGA数据库中CRC临床数据使用R软件包的"survival"和"survminer"方法进行生存分析,探讨lncRNA-mRNA关系对预测预后的价值。用STRING数据库及metascape平台对mRNA编码蛋白(ZNF692)的功能进行分析。收集40例新鲜的CRC及癌旁组织,应用荧光实时定量PCR(qRT-PCR)对筛选出的RNA检测,验证生物信息学结果。符合正态分布的计量资料采用均数±标准差( ± s)表示,各指标间关系采用 t检验及Person相关分析。 结果:与癌旁组织比较,CRC组织中上调的LncRNA为820,下调的为951;上调的mRNA为1 628,下调为3127。分析后确定2775对候选lncRNA-mRNA,其中501对与患者生存有关。进一步通过功能分析发现LINC00174-ZNF692对可能在CRC进展中有重要作用。结果显示,LINC00174、ZNF692在CRC组织中表达水平(14.52±0.97、17.12±0.72)高于癌旁组织(13.50±0.60、15.53±0.44, W=26 747、31 438, P<0.01);LINC00174与ZNF692呈正相关( r=0.58, P<0.01)。生存分析结果显示,LINC00174-ZNF692对高表达是CRC患者预后差的标志( χ2=5.52, P<0.05),其风险比( HR)为1.51(1.05~2.20)( P<0.05)。对Starbase v3.0数据库分析显示,ZNF692通过海绵吸附miR-200b-3p与LINC00174形成内源性竞争RNA(ceRNA)机制发挥作用。富集分析显示,ZNF692蛋白在泛素介导的蛋白降解、mRNA监控、核苷酸切除修复等过程。组织验证结果显示,LINC00174、ZNF692在CRC水平(2.65±1.23、1.19±0.33)明显高于癌旁组织(0.83±0.39、0.42±0.17, t=8.92、13.12, P<0.01);miR-200b-3p在CRC水平(0.35±0.13)明显低于癌旁组织(0.82±0.22, t=-11.63, P<0.01)。Pearson分析显示,CRC组织中LINC00174与ZNF692呈正相关( r=0.81, P<0.01);LINC00174与miR-200b-3p、ZNF692与miR-200b-3p均呈负相关( r=-0.75、-0.53, P<0.01)。 结论:LINC00174可能通过海绵吸附机制调控miR-200b-3p/ZNF692轴在CRC进展中发挥重要作用。
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编辑人员丨4天前
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circRNA_0128846靶向miR-1183介导人非小细胞肺癌细胞放射抵抗的研究
编辑人员丨4天前
目的:探讨环状RNA(circRNA)_0128846对人非小细胞肺癌(NSCLC)细胞放射抵抗的影响及机制。方法:应用GEO数据库筛选、采用荧光实时定量聚合酶链反应(qRT-PCR)检测在人NSCLC细胞A549及其放射抵抗细胞(A549R)中差异表达最显著的circRNA作为目标circRNA,qRT-PCR检测其在人支气管上皮细胞Beas-2B及人NSCLC细胞A549、H460、H1299、H1975中的表达水平。在A549细胞中转染目标circRNA过表达载体,在A549R细胞中转染目标circRNA沉默载体,并检测以上细胞经8 Gy X射线照射后的克隆形成能力。应用人类环状RNA数据库和circinteractome数据库预测目标circRNA下游的miRNA,qRT-PCR检测A549R细胞中目标circRNA沉默后表达水平上升最显著的miRNA作为目标miRNA。qRT-PCR检测A549细胞中过表达目标circRNA后目标miRNA的表达情况;通过双荧光素酶报告基因分析人胚肾细胞293T中过表达目标miRNA后目标circRNA的表达情况;qRT-PCR检测目标miRNA在A549、A549R细胞中的表达水平。在A549细胞中转染目标miRNA抑制剂以沉默目标miRNA,在A549R细胞中转染目标miRNA模拟物以过表达目标miRNA,并检测以上细胞经8 Gy X射线照射后的克隆形成能力;将过表达目标circRNA的A549细胞进行8 Gy X射线照射并在该细胞中过表达目标miRNA,检测细胞的克隆形成能力。组间数据的比较采用独立样本 t检验。 结果:qRT-PCR检测结果显示,circRNA_0128846为目标circRNA,且其在人NSCLC细胞A549、H460、H1299、H1975中的相对表达水平均高于人支气管上皮细胞Beas-2B( t=6.200、7.903、6.010、6.132,均 P<0.01)。过表达circRNA_0128846的A549细胞经照射后的克隆形成能力增强(0.22%对0.45%, t=4.427, P<0.05);沉默circRNA_0128846后A549R细胞经照射后的克隆形成能力降低(0.23%对0.10%, t=3.780, P<0.05)。qRT-PCR检测结果显示,miR-1183为目标miRNA,在A549细胞中过表达circRNA_0128846显著下调miR-1183的表达( t=6.002, P<0.01);双荧光素酶报告基因分析证实过表达miR-1183可显著下调circRNA_0128846的表达( t=4.562, P<0.05);miR-1183在A549R细胞中的相对表达水平显著低于亲本A549细胞( t=6.025, P<0.01)。过表达miR-1183显著降低A549R细胞经照射后的克隆形成能力,沉默miR-1183显著增强A549细胞经照射后的克隆形成能力(0.26%对0.15%、0.21%对0.31%, t=3.671、3.293,均 P<0.05),且过表达miR-1183显著降低了过表达circRNA_0128846对A549细胞克隆形成能力的促进作用(1.90%对1.20%, t=6.325, P<0.01)。 结论:circRNA_0128846作为miR-1183的吸附海绵,可抑制miR-1183的表达进而抑制其放疗增敏作用,从而促进人NSCLC细胞的放射抵抗。
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编辑人员丨4天前
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长非编码RNA 00467基于竞争性内源RNA调控丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶3基因参与胶质瘤细胞免疫及耐药的机制
编辑人员丨4天前
目的:探讨胶质瘤细胞中长非编码RNA 00467(LINC00467)通过竞争性内源RNA(ceRNA)机制调控丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶3基因(RIPK3)与肿瘤微环境(TME)及药敏性的关系及其机制。方法:对癌症基因组图谱(TCGA)数据库和基因型-组织表达(GTEx)数据库胶质瘤及正常脑组织基因表达进行分析,筛选差异表达基因(DEGs)( P<0.01且表达变化大于2倍的基因),确定有意义的长链非编码RNA(lncRNA)-mRNA关系对,进行生存分析。在Starbase v3.0数据库中筛选微小RNA(miRNA,miR)-lncRNA关系对,确定ceRNA。在metascape、TISCH、CancerSEA数据库进行分析。取25例新鲜胶质瘤组织及25例正常脑组织,应用荧光实时定量反转录聚合酶链反应(qRT-PCR)检测基因表达。应用R软件包及SPSS统计分析软件对结果进行处理。 结果:对TCGA和GTEx表达谱进行差异表达分析,发现6 095个差异表达的lncRNA(3 083上调,3 012下调)和10 164个差异表达的mRNA(6 803上调,3 361下调)。对胶质瘤中的319 795对候选lncRNA-mRNA对进行筛选,确定LINC00467-RIPK3为研究对象,发现LINC00467、RIPK3在胶质瘤组织高表达,且呈正相关( r=0.66, P<0.01)。数据库分析发现RIPK3可能通过海绵吸附miR-3612与LINC00467形成ceRNA。生存分析显示LINC00467-RIPK3高表达的患者预后较差( P<0.05)。胶质瘤单细胞数据集分析发现RIPK3在巨噬细胞中高表达,bulk数据集分析发现RIPK3与巨噬细胞表面分子表达正相关( P<0.01)。应用使用表达数据估计恶性肿瘤中的间质和免疫细胞算法计算胶质瘤患者的免疫得分,分析发现RIPK3与Estimate、基质计分、免疫计分以及肿瘤纯度显著相关( P<0.01)。药敏数据分析显示,RIPK3的表达与多种药物的半数抑制浓度(IC 50)值有关( P<0.01)。qRT-PCR结果显示,胶质瘤组织中LINC00467、RIPK3的表达水平高于正常组织(0.74±0.28、0.34±0.20, t=8.94、9.38, P<0.01),而胶质瘤组织miR-3612的表达水平(0.57±0.27)低于正常组织(0.79±0.33, t=-2.17, P<0.01)。 结论:LINC00467可能通过ceRNA机制促进RIPK3表达而参与胶质瘤TME和药敏性调控。
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编辑人员丨4天前
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环状RNA在类风湿关节炎中的研究进展
编辑人员丨4天前
环状RNA(circRNA)是一类以共价键形成闭合环状结构的特殊非编码RNA,具有充当miRNA海绵、与蛋白质相互作用和介导翻译的功能。类风湿关节炎(RA)是一种慢性系统性自身免疫病,以滑膜增生和关节进行性破坏为主要特征,损害滑膜关节导致疼痛和功能受限。随着对circRNA的研究,人们发现与健康个体相比,很多circRNAs在RA患者中表达异常,circRNA作为生物标志物具有诊断RA的潜力,进一步探究发现异常表达的circRNAs能通过不同信号通路影响RA的发生和进展,为RA的诊疗提供了新靶点。
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编辑人员丨4天前
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环状RNA生物特性与非小细胞型肺癌的研究进展
编辑人员丨4天前
环状RNA(circRNA)是一类反向剪切、由下游剪接供体与上游剪接受体相连接,形成一个共价闭合环路结构的非编码RNA。它既没有5′-7甲基鸟嘌呤的帽结构,也没有3′-腺苷酸尾结构,不被核酸外切酶水解,在细胞、组织、唾液及外泌体中稳定存在。circRNA可以通过"海绵"miRNA直接参与基因转录、转录后及剪接过程,可作为模板直接翻译成多肽或蛋白质等发挥作用。近年来的研究发现,circRNA在非小细胞肺癌的发生与发展中发挥重要作用,可能成为非小细胞肺癌诊断、治疗及预测预后的生物标志物。
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编辑人员丨4天前
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长链非编码RNA UCA1通过微小RNA-203对食管癌细胞增殖、凋亡和侵袭的影响
编辑人员丨4天前
目的:探讨长链非编码RNA(lncRNA) UCA1通过微小RNA(miRNA,miR)-203对食管癌细胞增殖,凋亡和侵袭的影响。方法:选取河南省人民医院2021年2月到2022年1月手术切除的142例食管癌和癌旁组织,采用荧光定量聚合酶链式反应(PCR)分析lncRNA UCA1和miR-203表达水平;乳腺癌MCF-7细胞系随机分为lncRNA对照组、短发卡RNA(shRNA) UCA1组、miRNA对照组和miR-203组。采用蛋白质印迹法(Western blot)、流式细胞术和Transwell实验分析不同处理的细胞增殖、凋亡和转移情况。荧光素酶基因报告实验检测lncRNA UCA1和miR-203的关系。蛋白质印迹法(Western blot)分析增殖、凋亡和转移蛋白表达水平。组间计量资料比较采用 t检验。 结果:癌旁组织lncRNA UCA1表达水平(0.89±0.14)低于食管癌组织(2.71±0.20),差异有统计学意义( t=4.661, P<0.05);癌旁组织miR-203表达水平(1.18±0.16)高于乳腺癌组织miR-203表达水平(0.34±0.11),差异有统计学意义( t=3.917, P<0.05)。lncRNA对照组细胞48 h吸光度( A)值(2.19±0.21)高于shRNA UCA1组细胞48 h A值(1.47±0.10),差异有统计学意义( t=3.198, P<0.05)。miRNA对照组细胞48 h A值(2.28±0.24)高于miR-203组细胞48 h A值(1.33±0.17),差异有统计学意义( t=3.139, P<0.05)。lncRNA对照组细胞凋亡比例[(6.81±0.89)%]低于shRNA UCA1组细胞[(22.09±4.12)%],差异有统计学意义( t=4.871, P<0.05)。miRNA对照组细胞凋亡比例[(6.09±0.82)%]低于miR-203组细胞[(27.09±3.81)%],差异有统计学意义( t=5.557, P<0.05)。lncRNA对照组细胞侵袭数量[(132.44±11.82)个]高于shRNA UCA1组细胞侵袭数量[(68.29±6.82)个],差异有统计学意义( t=5.719, P<0.05)。miRNA对照组细胞侵袭数量[(126.98±10.54)个]高于miR-203组细胞侵袭数量[(74.29±8.71)个],差异有统计学意义( t=6.209, P<0.05)。lncRNA UCA1有miR-203的结合位点,起着海绵作用。lncRNA对照组细胞MAP3K1、IRS-1和RGS7 mRNA表达水平(1.39±0.21、1.22±0.17、1.10±0.15)明显高于shRNA UCA1组细胞(0.76±0.19、0.71±0.20、0.49±0.17),差异有统计学意义( t=3.191、3.018、3.381, P<0.05)。 结论:lncRNA UCA1在食管癌中高表达,通过结合miR-203,调控着食管癌细胞增殖、凋亡和侵袭过程。
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编辑人员丨4天前
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环状RNA ciRS-7的功能及调控机制研究进展
编辑人员丨4天前
ciRS-7是一种特殊的环状RNA分子,在哺乳动物和人类的细胞中大量存在,在基因的转录与翻译中起到重要作用进而参与调控多种生命活动。ciRS-7是近年来RNA领域最新的研究热点。ciRS-7通过调控多条信号通路在细胞中发挥特定作用,将细胞外的分子信号经细胞膜传入细胞内发挥效应。ciRS-7富含MicroRNA(miRNA)结合位点,在细胞中作为miRNA的分子海绵(miRNA sponge),通过竞争性结合miRNA,抑制miRNA的功能,进而发挥其在细胞中的功能。文章对ciRS-7在细胞中的功能及调控机制方面的最新国内外研究进展进行综述。
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编辑人员丨4天前
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女性重度抑郁障碍患者外周血环状RNA的生物信息分析
编辑人员丨4天前
目的:筛选女性重度抑郁障碍患者与健康女性之间呈现差异表达的环状RNA(circRNA),探索可能与抑郁障碍相关的目标circRNA。方法:采用高通量测序筛选3例女性重度抑郁障碍患者差异表达的circRNA,通过|log 2FC|≥1, FDR< 0.05判定circRNA是否具有表达差异。选择差异程度最大的5个circRNA,根据circRNA的miRNA海绵功能,利用在线数据库预测circRNA可能靶向的miRNA,而后预测miRNA相关靶基因。通过GO生物学过程富集分析和KEGG信号通路富集分析,预测靶基因相关的生物学过程和信号通路。根据高通量测序结果,且具有与抑郁障碍相关的生物学过程及信号通路为依据,筛选与抑郁障碍相关的circRNA。 结果:通过差异程度最大的5个circRNA(hsa_circ_0020959、hsa_circ_0005959、hsa_circ_0033064、hsa_circ_0006862、hsa_circ_0027732),预测出13个靶向的miRNA及靶基因,通过靶基因预测出了多个抑郁障碍相关的生物学过程和信号通路,如糖皮质激素受体信号通路、白介素-7的反应、神经系统发育、Wnt信号通路、FoxO信号通路、甲状腺激素信号通路、神经营养素信号通路等。结论:5个circRNA均富集出了与抑郁障碍相关的生物学过程或信号通路,其中hsa_circ_0005959、hsa_circ_0033064、hsa_circ_0006862、hsa_circ_0027732与女性重度抑郁障碍的关联可能更密切。
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编辑人员丨4天前
