长非编码RNA(lncRNA)-母系表达基因3(MEG3)和微小RNA-21(miR-21)是抑癌和致癌因子。竞争性内源RNA(ceRNA)假说为研究RNA之间的相互作用提供了新的策略。MEG3可作为miR-21的ceRNA在乳腺癌、宫颈癌、胃癌、肺癌、白血病等恶性肿瘤的发生、发展、增殖、转移以及药物耐药、预后中发挥重要作用。

目的:采用转录组测序技术(RNA-seq)筛选脓毒症相关性脑病(SAE)小鼠海马差异表达的长链非编码RNA(lncRNA)及mRNA，构建竞争性内源性RNA(ceRNA)调控网络。方法:清洁级健康雄性C57BL/6小鼠10只，6~8周龄，体质量20~25 g，采用随机数字表法分为2组( n＝5)：假手术组(Sham组)和脓毒症组(Sepsis组)。Sepsis组采用盲肠结扎穿孔(CLP)法制备小鼠脓毒症模型，Sham组只开腹不进行盲肠结扎和穿孔。分别于术前1 d及术后3 d时行Morris水迷宫实验和条件恐惧实验检测小鼠认知功能。随后Sham组随机处死3只小鼠，Sepsis组处死认知功能测试最差的3只小鼠，取海马组织，通过BGISEQ-500平台行转录组测序，得到差异表达的mRNA和lncRNA，测序结果通过深圳华大基因科技服务有限公司提供的Dr.Tom平台行可视化分析，利用Cytoscape软件构建ceRNA调控网络。 结果:与Sham组比较，Sepsis组逃避潜伏期延长，靶向限停留时间百分比和僵直时间百分比降低( P<0.05)。转录组数据分析共获得差异表达的lncRNA 62个，其中45个lncRNA表达上调，17个lncRNA表达下调；差异表达的mRNA 282个，其中173个mRNA表达上调，109个mRNA表达下调。对差异表达的mRNA进行生物学过程的GO富集分析，结果显示差异表达的mRNA参与了记忆、学习或记忆、炎症应答、衰老相关行为减退的调空、突触可塑性调节等生物学过程；对差异表达的mRNA进行KEGG通路富集分析，结果显示差异表达的mRNA富集于IL-17信号通路、TNF信号通路、NF-κB信号通路等。对差异表达的mRNA进行KDA分析，结果示Ch25h、Il6ra、Lcn2、Sgk1、Nr4a3、Osm、Saa3、Ccl7、Sqle、Dhcr24为SAE的关键基因。基于9个lncRNA、28个mRNA和134个miRNA成功构建了SAE小鼠海马的ceRNA调控网络。 结论:RNA-seq结果分析发现Ch25h、Il6ra、Lcn2、Sgk1、Nr4a3、Osm、Saa3、Ccl7、Sqle、Dhcr24 10个mRNA以及Rian、Gm35874、Gm34347等lncRNA是调控小鼠SAE的关键基因；同时成功构建了SAE小鼠海马基于lncRNA-miRNA-mRNA的ceRNA调控网络。

目的:寻找与肺鳞状细胞癌(LUSC)预后相关的受甲基化调控的长链非编码RNA(lncRNA)。方法:从癌症基因组图谱(TCGA)数据库下载502例LUSC患者的基因表达、甲基化和临床数据，进行甲基化和lncRNA表达的差异分析。筛选出位于差异甲基化区域(DMRs)的lncRNA，并进行生存分析和临床相关性分析。构建竞争性内源性RNA网络并对网络中的靶基因进行通路富集分析。用实时荧光定量聚合酶链式反应(qPCR)在14例LUSC术后组织样本中验证lncRNA的表达。结果:共鉴定出40 680个差异甲基化位点(dm-CpGs)和14 418个DMRs。dm-CpGs大多数位于基因体，转录起始位点上游200、1 500 bp和5’非翻译区(UTR)。37个差异表达的lncRNAs(DElncRNAs)位于DMRs中。其中14个DElncRNAs与DNA甲基化水平呈负相关。生存分析显示，3个DElncRNAs(TBX5-AS1、SFTA3、MAGI2-AS3)低表达组的总生存率(OS)均高于高表达组[5年OS(TBX5-AS1)：50.8%比45.3%，风险比( HR)＝1.39， P<0.05；5年OS(SFTA3)：54.4%比41.8%， HR＝1.37， P<0.05；5年OS(MAGI2-AS3)：52.6%比43.3%， HR＝1.44， P<0.05]。多因素Cox回归分析显示，由这3个lncRNA所构建的预后模型可作为LUSC总生存的独立预测因素( HR＝2.746，95%可信区间：1.380～5.466， Z＝2.88， P<0.01)。SFTA3在女性LUSC患者中表达高于男性[0.964(0.909，1.216)比0.672(0.393，1.014)， W＝26 701， P<0.01]。TBX5-AS1在>60岁患者中表达高于≤60岁患者[0.720(0.411，1.034)比0.596(0.298，0.907)， W＝22 152， P<0.05]，在女性患者中表达高于男性[0.746(0.453，1.078)比0.637(0.370，1.002)， W＝19 635, P<0.05]，在Ⅳ期患者中表达高于Ⅰ＋Ⅱ＋Ⅲ期患者[0.964(0.909，1.216)比0.672(0.393，1.014)， W＝740， P<0.05]。通路富集分析显示MAGI2-AS3的靶基因主要富集PI3K-Akt、MAPK和Rap1等信号通路。qPCR结果显示，临床LUSC样本中TBX5-AS1、SFTA3、MAGI2-AS3在肿瘤中表达均低于正常组织[TBX5-AS1：0.006(0.001，0.013)比0.019(0.012，0.044)， W＝154， P<0.01；SFTA3：0.003(0.001，0.004)比0.022(0.015，0.030)， W＝187， P<0.01；MAGI2-AS3：0.030(0.009，0.052)比0.148(0.094，0.217)， W＝162， P<0.01]。 结论:lncRNA(SFTA3、MAGI2-AS3和TBX5-AS1)的表达与LUSC预后密切相关，在LUSC中表达下调且受DNA甲基化调控。

环状RNA(circular RNA，circRNA)是一类具有闭合环状结构的非编码RNA分子，大量存在于真核转录组中。环状RNA在不同的物种中具有保守性，同时存在组织及不同发育阶段的表达特异性。由于环状RNA对核酸酶不敏感，故比线性RNA更稳定。环状RNA具有竞争性内源RNA机制(competing endogenous RNAs，ceRNA)，调控可变剪切和转录过程，以及与功能蛋白结合等功能。基于环状RNA的特征和生物功能，其在疾病中发挥着重要的调控作用。随着研究发展，环状RNA在组织和疾病的表达机制和功能机制也取得了进步。本综述旨在总结环状RNA的起源、特征、生物功能以及在疾病中的最新作用。

目的:探讨胶质瘤细胞中长非编码RNA 00467(LINC00467)通过竞争性内源RNA(ceRNA)机制调控丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶3基因(RIPK3)与肿瘤微环境(TME)及药敏性的关系及其机制。方法:对癌症基因组图谱(TCGA)数据库和基因型-组织表达(GTEx)数据库胶质瘤及正常脑组织基因表达进行分析，筛选差异表达基因(DEGs)( P<0.01且表达变化大于2倍的基因)，确定有意义的长链非编码RNA(lncRNA)-mRNA关系对，进行生存分析。在Starbase v3.0数据库中筛选微小RNA(miRNA，miR)-lncRNA关系对，确定ceRNA。在metascape、TISCH、CancerSEA数据库进行分析。取25例新鲜胶质瘤组织及25例正常脑组织，应用荧光实时定量反转录聚合酶链反应(qRT-PCR)检测基因表达。应用R软件包及SPSS统计分析软件对结果进行处理。 结果:对TCGA和GTEx表达谱进行差异表达分析，发现6 095个差异表达的lncRNA(3 083上调，3 012下调)和10 164个差异表达的mRNA(6 803上调，3 361下调)。对胶质瘤中的319 795对候选lncRNA-mRNA对进行筛选，确定LINC00467-RIPK3为研究对象，发现LINC00467、RIPK3在胶质瘤组织高表达，且呈正相关( r＝0.66， P<0.01)。数据库分析发现RIPK3可能通过海绵吸附miR-3612与LINC00467形成ceRNA。生存分析显示LINC00467-RIPK3高表达的患者预后较差( P<0.05)。胶质瘤单细胞数据集分析发现RIPK3在巨噬细胞中高表达，bulk数据集分析发现RIPK3与巨噬细胞表面分子表达正相关( P<0.01)。应用使用表达数据估计恶性肿瘤中的间质和免疫细胞算法计算胶质瘤患者的免疫得分，分析发现RIPK3与Estimate、基质计分、免疫计分以及肿瘤纯度显著相关( P<0.01)。药敏数据分析显示，RIPK3的表达与多种药物的半数抑制浓度(IC 50)值有关( P<0.01)。qRT-PCR结果显示，胶质瘤组织中LINC00467、RIPK3的表达水平高于正常组织(0.74±0.28、0.34±0.20， t＝8.94、9.38， P<0.01)，而胶质瘤组织miR-3612的表达水平(0.57±0.27)低于正常组织(0.79±0.33， t＝－2.17， P<0.01)。 结论:LINC00467可能通过ceRNA机制促进RIPK3表达而参与胶质瘤TME和药敏性调控。

竞争性内源RNA(CeRNA)是纵横交错的调控网络，该网络可介导恶性肿瘤细胞表型，包括增殖和抑制、自噬、无限生长、诱导血管生成和血管生成拟态、免疫逃逸等。了解CeRNA介导恶性肿瘤表型调控及其功能，有望为恶性肿瘤提供新的诊断标志物和治疗靶点。

目的:通过高通量测序鉴定子痫前期（PE）孕妇胎盘组织中环状RNA（circRNA）的表达谱，构建circRNA-微小RNA（miRNA）-信使RNA（mRNA）相互作用网络，揭示PE发病的相关通路及调控机制。方法:收集2019年11月至2021年6月在四川大学华西第二医院分娩的42例PE孕妇（PE组）和30例正常妊娠孕妇（对照组）的临床资料并采集其胎盘组织。（1）采用高通量测序技术建立其中5对PE组和对照组孕妇胎盘组织中的差异表达circRNA谱。（2）实时荧光定量PCR（qRT-PCR）技术验证其中6个差异表达circRNA在PE组和对照组胎盘组织中的表达水平。（3）使用生物信息学方法预测靶miRNA和分析共表达mRNA，构建竞争性内源RNA（ceRNA）网络；并对差异表达circRNA进行基因本体（GO）功能注释分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路分析。（4）采用logistic回归分析、Pearson相关、Kendall tau-b相关分析检验3个差异表达circRNA与PE发生风险、临床特征的相关性。（5）选择circRNA_05393进行后续功能研究，使用小分子干扰RNA、过表达质粒分别敲低或提高滋养细胞系HTR-8/SVneo细胞中circRNA_05393的表达水平，采用穿膜小室（transwell小室）体外实验检测细胞的迁移、侵袭能力，活细胞计数法检测细胞的增殖能力，细胞成管实验检测细胞的成管能力。结果:（1）高通量测序发现了72个差异表达circRNA，其中35个上调，37个下调。（2）qRT-PCR技术检测显示，与对照组比较，PE组孕妇胎盘组织中circRNA_00673（分别为1.306±0.168、2.059±0.242； t=2.356， P=0.021）和circRNA_07796（分别为1.275±0.232、1.954±0.230； t=2.018， P=0.047）的表达水平显著升高，而circRNA_05393（分别为1.846±0.377、0.790±0.094； t=3.138， P=0.002）的表达水平显著降低。（3）circRNA-miRNA-mRNA相互作用网络中包含3个circRNA、8个miRNA和53个mRNA。GO分析显示，生物过程方面主要富集于铁离子稳态、动作电位膜去极化和神经元动作电位等通路，细胞组分方面主要富集于皮质细胞骨架，质膜成分等，分子功能方面主要富集于电压门控钠通道活性、碱性氨基酸跨膜转运蛋白活性等。KEGG信号通路富集分析显示，相互作用网络中的mRNA主要富集于补体和凝血级联反应、甘氨酸、丝氨酸和苏氨酸代谢，p53信号通路，过氧化物酶体增殖物激活受体信号通路。（4）logistic回归分析结果显示，circRNA_05393表达下调是PE发生的危险因素（ OR=0.044，95% CI为0.003~0.596； P=0.019）；相关性分析结果显示，circRNA_05393与PE孕妇的收缩压、舒张压显著相关（ P均<0.05）。（5）敲低或过表达circRNA_05393显著降低或增加HTR-8/SVneo细胞的迁移、侵袭能力（ P均<0.05），但对细胞成管能力、增殖能力无显著影响（ P均>0.05）。 结论:胎盘组织中circRNA表达谱的构建、circRNA-miRNA-mRNA相互作用网络的探索为揭示特定circRNA在PE发生中参与的调控机制提供了可能。抑制circRNA_05393可能通过减少滋养细胞的迁移和侵袭来参与PE的进展。

肾细胞癌(RCC)是最常见的肿瘤类型之一。30%的RCC患者出现临床表现时已进入晚期或发生转移，而经手术治疗后的RCC患者发展为复发转移性RCC的概率仍达20%～30%。有数据证明，我国RCC的发病率呈逐年上升趋势，且目前无行之有效的防治措施。竞争性内源RNA(ceRNA)假说作为一种全新的基因表达调控模式，通过lncRNA-miRNA-mRNA网络使分子转录物具有双向调节作用，因此成为癌症诊治中的研究热点。本文重点介绍了已验证的ceRNA参与RCC的生物学功能及其对RCC的发生发展所产生的影响，从而为该病的癌前诊断和预后判断提供潜在生物靶点。

目的:应用生物信息学技术筛选结直肠癌(CRC)关键长链非编码RNA(lncRNA)，并对筛选出的LINC00174在CRC中的作用机制进行初步分析。方法:对癌症基因组图谱(TCGA)数据库中638例CRC和51例癌旁组织的RNA数据分析，应用Wilcoxon检验识别筛选差异表达明显的RNA；Pearson相关性检验确定lncRNA-mRNA关系对；在Starbase v3.0数据库中确定与lncRNA-mRNA关系对中RNA分子存在互作关系的微小RNA(miRNA，miR)。对TCGA数据库中CRC临床数据使用R软件包的"survival"和"survminer"方法进行生存分析，探讨lncRNA-mRNA关系对预测预后的价值。用STRING数据库及metascape平台对mRNA编码蛋白(ZNF692)的功能进行分析。收集40例新鲜的CRC及癌旁组织，应用荧光实时定量PCR(qRT-PCR)对筛选出的RNA检测，验证生物信息学结果。符合正态分布的计量资料采用均数±标准差( ± s)表示，各指标间关系采用 t检验及Person相关分析。 结果:与癌旁组织比较，CRC组织中上调的LncRNA为820，下调的为951；上调的mRNA为1 628，下调为3127。分析后确定2775对候选lncRNA-mRNA，其中501对与患者生存有关。进一步通过功能分析发现LINC00174-ZNF692对可能在CRC进展中有重要作用。结果显示，LINC00174、ZNF692在CRC组织中表达水平(14.52±0.97、17.12±0.72)高于癌旁组织(13.50±0.60、15.53±0.44， W＝26 747、31 438， P<0.01)；LINC00174与ZNF692呈正相关( r＝0.58， P<0.01)。生存分析结果显示，LINC00174-ZNF692对高表达是CRC患者预后差的标志( χ2＝5.52， P<0.05)，其风险比( HR)为1.51(1.05～2.20)( P<0.05)。对Starbase v3.0数据库分析显示，ZNF692通过海绵吸附miR-200b-3p与LINC00174形成内源性竞争RNA(ceRNA)机制发挥作用。富集分析显示，ZNF692蛋白在泛素介导的蛋白降解、mRNA监控、核苷酸切除修复等过程。组织验证结果显示，LINC00174、ZNF692在CRC水平(2.65±1.23、1.19±0.33)明显高于癌旁组织(0.83±0.39、0.42±0.17， t＝8.92、13.12， P<0.01)；miR-200b-3p在CRC水平(0.35±0.13)明显低于癌旁组织(0.82±0.22， t＝－11.63， P<0.01)。Pearson分析显示，CRC组织中LINC00174与ZNF692呈正相关( r＝0.81， P<0.01)；LINC00174与miR-200b-3p、ZNF692与miR-200b-3p均呈负相关( r＝－0.75、－0.53， P<0.01)。 结论:LINC00174可能通过海绵吸附机制调控miR-200b-3p/ZNF692轴在CRC进展中发挥重要作用。

近年来，长非编码RNA(lncRNA)作为竞争性内源RNA(ceRNA)在黑色素瘤中的研究日益增多。lncRNA在黑色素瘤中呈现高表达或低表达，并通过ceRNA机制竞争性地与miRNA结合，影响miRNA下游靶基因mRNA的表达，从而发挥癌基因或抑癌基因的作用。了解lncRNA作为ceRNA在黑色素瘤中的作用，可为未来黑色素瘤的诊断及治疗靶点研究提供新思路。