目的:以拥有不同抗菌药物耐药性的幽门螺杆菌( H. pylori)临床菌株为研究对象，基于全基因组测序探索 H. pylori对克拉霉素和左氧氟沙星(LVX)耐药相关新基因。 方法:纳入2016年9月1日至2019年8月31日在香港大学深圳医院消化及肝脏科因上消化道相关症状就诊且 13C尿素呼气试验阳性的1 749例患者，在行胃黏膜活体组织检查后进行胃黏膜组织 H. pylori分离培养，成功保存 H. pylori菌株90株。依据体外药敏试验结果，分别筛选克拉霉素单耐药(克拉霉素组)10株，LVX单耐药(LVX组)10株，克拉霉素和LVX双重耐药(双重耐药组)10株，克拉霉素、LVX、阿莫西林、呋喃唑酮、四环素、甲硝唑全敏感(全敏感组)10株，总计40株 H. pylori菌株。通过全基因组测序，与综合抗性基因数据库(CARD)进行比对，分析单核苷酸变异(SNV)和插入缺失突变情况，筛选 H. pylori对克拉霉素和LVX耐药相关基因并分析耐药相关新基因在4组间的表达差异。统计学方法采用独立样本 t检验、单因素方差分析、最小显著差数法和卡方检验。 结果:克拉霉素组、LVX组、双重耐药组、全敏感组SNV位点数[(74 952.00±8 755.21)、(77 128.10±3 191.35)、(78 639.90±601.23)、(77 474.60±2 421.05)个]和插入缺失突变数[(2 582.20±265.45)、(2 653.60±108.37)、(2 667.10±43.82)、(2 641.10±80.25)个]比较差异均无统计学意义(均 P>0.05)。与CARD进行比对，共检出223个耐药相关基因，其中克拉霉素组克拉霉素单耐药相关基因19个，LVX组LVX单耐药相关基因24个，双重耐药组中有克拉霉素单耐药相关基因16个，LVX单耐药相关基因14个，双重耐药相关基因12个；全敏感组中有克拉霉素单耐药相关基因11个，LVX单耐药相关基因17个，双重耐药相关基因13个。克拉霉素单耐药相关基因中，红霉素酯酶基因( ere)B在克拉霉素组、LVX组、双重耐药组、全敏感组的检出率(0/10、0/10、3/10、0/10)比较差异有统计学意义( χ2＝5.79， P＝0.049)；红霉素核糖体甲基化酶基因( erm)家族在克拉霉素组和双重耐药组中的检出率高于LVX组和全敏感组[45.0%(9/20)比10.0%(2/20)]，差异有统计学意义( χ2＝6.14， P＝0.013)，游离甲硫氨酸-(R)-亚砜还原酶基因( msrC)在克拉霉素组、LVX组、双重耐药组、全敏感组检出率(10/10、7/10、6/10、4/10)比较差异有统计学意义( χ2＝8.97， P＝0.030)。LVX单耐药相关基因中，喹诺酮抗性五肽重复蛋白基因( qnr)家族在LVX组和双重耐药组的检出率高于克拉霉素组和全敏感组[60.0%(12/20)比25.0%(5/20)]，差异有统计学意义( χ2＝5.01， P＝0.025)； qnrB4在克拉霉素组、LVX组、双重耐药组、全敏感组检出率(1/10、3/10、7/10、1/10)比较差异有统计学意义( χ2＝10.17， P＝0.010)。4组中克拉霉素单耐药相关外排转运的基因个数少于LVX单耐药和双重耐药相关基因个数(11个比29个，11个比23个)，差异有统计学意义( χ2＝11.87、5.80， P＝0.001、0.016)。LVX相关外排转运基因在克拉霉素、LVX组、双重耐药组、全敏感组检出个数(28、40、24、27个)比较差异有统计学意义( χ2＝10.26， P＝0.016)。 结论:erm家族和 msrC可能是介导 H. pylori对克拉霉素耐药的重要基因， qnr家族与介导 H. pylori对LVX耐药相关。外排转运基因可能在药物外排过程中有协同作用，其更倾向介导 H. pylori对LVX耐药。

目的 了解耐万古霉素屎肠球菌EFM277的耐药基因分布特点及机制.方法 用Illumina Hiseq平台对EFM277进行高通量测序,用生物信息学技术对数据进行拼接和分析.结果 对耐万古霉素屎肠球菌测序数据进行分析,发现编码氨基糖苷类耐药基因包括aac(6′)?Ii、aph(3′)?Ⅲ、aac(6′)?aph(2″);四环素耐药基因tetM;大环内酯类耐药基因包括msrC、ermB;同时检出糖肽类耐药基因vanA、vanM,较为罕见.多位点序列分型(MLST)分析发现其可能是一种新的ST型,与ST17型最相近.毒力基因分析中发现其携带acm、esp、hyl 3种毒力基因.结论 利用高通量测序技术阐明EFM277耐药机制,为临床用药提供更为有力的依据.

目的 研 究 慢性 阻塞性 肺疾病 急 性加重(acute exacerbation of chronic obstructive pulmonary disease,AECOPD)患者的肠道菌群结构与功能基因、耐药基因、毒力因子的表达差异,探索肠道菌群在AECOPD发生发展中的作用.方法 2020年12月—2021年10月,入选符合AECOPD诊断的患者共15例,并选取年龄、吸烟史相匹配的健康对照组5例,收集所有肠道粪便标本,进行宏基因测序,结合临床数据,分析AECOPD与对照组肠道菌群结构及功能等方面的差异性.结果 AECOPD患者肠道微生物α多样性与对照组无统计学差异,β多样性存在差异(P=0.022).AECOPD组栖粪杆菌属(Faecalibacterium)、布劳特氏菌属(Blautia)、厌氧棒菌属(Anaerostipes)相对丰度低于对照组,肠球菌属(Enterococcus)、Lachnoclostridium相对丰度高于对照组(P＜0.05),AECOPD信号通路富集在糖酵解Ⅰ、Ⅱ通路,肠球菌属相关的耐药基因及毒力因子表达丰度增加.AECOPD在属水平表达相对丰度较高的肠道微生物菌群为肠球菌属(Enterococcus),其表达相对丰度与年龄呈正相关(P＜0.05);肠球菌属表达丰度与耐药基因msrC、efmA表达丰度呈正相关(P＜0.05),与毒力因子acm、EcbA/fss3表达丰度呈正相关(P＜0.05).栖粪杆菌属、布劳特氏菌属、厌氧棒菌属的表达丰度与AECOPD用力肺活量(force vital capacity,FVC)呈正相关(P＜0.05);布劳特氏菌属、厌氧棒菌属的表达丰度与BMI呈正相关(P＜0.05);布劳特氏菌属、厌氧棒菌属两者的表达丰度呈正相关(P＜0.05);Lachnoclostridium属的表达丰度与血液中CD4+/CD8+T淋巴细胞比例呈正相关(P＜0.05).结论 AECOPD患者肠球菌属(Enterococcus)相对丰度高,栖粪杆菌属、布劳特氏菌属、厌氧棒菌属相对丰度较低,信号通路富集在糖酵解相关代谢通路.栖粪杆菌属、布劳特氏菌属、厌氧棒菌属的表达丰度与临床指标FVC及T淋巴细胞比例存在一定的相关性,提示肠道微生态的失衡可能通过"肠-肺轴"参与AECOPD的发生发展.