-
食线虫真菌洛斯里被毛孢线粒体基因组的再分析
编辑人员丨2023/8/6
[目的]鉴定洛斯里被毛孢OWVT-1菌株的线粒体基因组,验证公布的USA-87-5菌株线粒体基因组中的错误,对洛斯里被毛孢正确的线粒体基因组序列进行注释并开展不同被毛孢物种间的比较线粒体基因组学分析.[方法]借助DNA高通量测序数据并通过必要的Sanger测序组装OWVT-1的线粒体基因组.通过PCR验证OWVT-1与公布的USA-87-5线粒体基因组序列差异的真实性.利用多种生物信息方法分析和注释洛斯里被毛孢的线粒体基因组.[结果]公布的洛斯里被毛孢USA-87-5菌株的线粒体基因组存在几处序列错误,包括3处长片段的插入缺失和多处短片段的插入缺失.实际上,洛斯里被毛孢USA-87-5与OWVT-1菌株的线粒体基因组序列完全相同.该菌的线粒体基因组全长62949 bp,在7个基因中共插入13个内含子,部分内含子和基因间区显现出序列退化的特征.洛斯里被毛孢、明尼苏达被毛孢、线虫被毛孢的线粒体基因组具有较强的共线性关系.除一些独立的ORF外,核心蛋白编码基因、rRNA基因和tRNA基因的排列顺序非常保守.基因间区的长短是影响3种被毛孢线粒体基因组大小最主要的因素.[结论]公布的洛斯里被毛孢USA-87-5菌株线粒体基因组中存在序列错误.本文新报道了OWVT-1菌株的线粒体基因组,并进行注释和比较线粒体基因组学分析.
...不再出现此类内容
编辑人员丨2023/8/6
-
tRNA来源的小分子片段RNA在恶性肿瘤发生发展中的作用研究进展
编辑人员丨2023/8/6
非编码Small RNAs是生命活动重要的调控因子,通过高通量测序以及对Small RNAs片段的分析,发现了一类新的非编码小分子RNA,并能够与已知的tRNA基因相匹配,成为tRNA来源的小分子片段RNA(tRFs).根据tRFs与亲本tRNA匹配的区域不同可将不同来源的tRFs进行分类.tRFs可在多种生物体中表达,研究发现其在基因表达调控,表观遗传,肿瘤抑制,神经元退化等方面有着多种生物学功能.作为调节性RNA,tRFs在肿瘤的发生、发展过程中扮演着重要的角色,目前已知其在肿瘤细胞的增殖和转移等功能方面具有调控作用.文章主要对tRFs的分类、生物学功能及其在恶性肿瘤中的作用机制的研究进展进行综述.
...不再出现此类内容
编辑人员丨2023/8/6
-
十字花科黑腐病菌中存在tRNA衍生片段(tRF)的证据
编辑人员丨2023/8/5
tRNA衍生片段(tRNA-derived fragment,tRF)是一种由内切核糖核酸酶将初级tRNA(primary tRNA)或成熟tRNA分子剪切后形成的长度为14～30 nt(核苷酸)的稳定的RNA片段.研究表明,tRF广泛存在于各种真核生物中,它们既可以作为信号分子,又可以作为基因表达的调控因子,在细胞的各种生理过程中发挥重要的调控作用.但至今除了在大肠杆菌(Escherichia coli)和沃氏富盐菌(Haloferax volcanii)中发现了 tRF外,在其他原核生物中未见有关tRF的报道.本研究采用高灵敏度的Northern杂交技术对十字花科黑腐病菌(Xanthomonas campestris pv.campestris,Xcc)的苏氨酸-tRNA(threonine-tRNA,tRNAThr)和甲硫氨-tRNA(me-thionine-tRNA,tRNAMet)进行了检测.结果显示,除了检测到全长的成熟tRNAThr 和tRNAMet外,还检测到多个丰度各异的稳定的tRF,而且一些tRF的产生受营养胁迫的诱导.此外,我们还发现,编码tRNAMet的基因XC4381已经退化为非编码RNA基因.本研究证明了 tRF在Xcc中的存在,为深入研究tRF的功能,特别是在Xcc致病中的作用奠定了基础.
...不再出现此类内容
编辑人员丨2023/8/5
