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传染病时间序列预测模型选择探讨
编辑人员丨2024/5/11
目的 比较不同时间序列模型对不同法定传染病的拟合及预测效果,为预测预警模型的选择提供参考.方法 以荆州市2012-2018年肺结核、丙型病毒性肝炎(丙肝)、肾综合征出血热(HFRS)、手足口病(HFMD)、其他感染性腹泻病周发病率数据为例,分别建立SARIMA、ETS、TBATS、NNETAR、SPLINE、THETA、prophet和BSTS8种时间序列模型.预测2019年1~52周5种法定传染病报告发病率并与实际值比较.采用平均绝对误差百分比(Mean Absolute Percentage Error,MAPE)评价模型拟合及预测效果.结果 其它感染性腹泻病(9.12%)、手足口病(13.80%)拟合效果最优模型为SPLINE,肺结核(3.82%)和丙肝(15.53%)、肾综合征出血热(1.83%)拟合效果最优模型为NNETAR.其它感染性腹泻病(20.27%)、肾综合征出血热(34.73%)预测效果最优模型为TBATS;手足口病(65.67%)预测效果最优模型为prophet;肺结核(16.66%)、丙肝(26.19%)预测效果最优模型为SARIMA.其它感染性腹泻病(14.89%)拟合及预测综合精度最高的模型为TBATS,手足口病(32.05%)、肺结核(6.52%)、丙肝(19.92%)和肾综合征出血热(8.50%)拟合及预测综合精度最高的模型为TBATS.结论 不同模型对不同疾病拟合及预测精度均不同,应根据研究需要择优选取.
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编辑人员丨2024/5/11
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鹅掌楸属GST家族基因的克隆与表达分析
编辑人员丨2023/8/6
该研究以鹅掌楸属植物为试验材料,在北美鹅掌楸和鹅掌楸转录组数据库中筛选出54条GST基因家族的EST序列,通过比对将其归为Tau、Zeta、Theta和Phi等4个亚类.在这4个亚类中各选取1条EST序列设计引物,通过反转录PCR (RT-PCR)与cDNA末端快速扩增(RACE)技术,从鹅掌楸属植物中克隆出4条全长分别为1 150、932、1 022和1 067 bp的基因,并分别命名为LtGS Tpa rCb、LtGSTZ-like、LtGSTF13a和LcGSTT1.对LtGSTparCb、LtGSTZ-like、LtGSTF13a和LcGSTT1这4个基因编码蛋白质的结构预测发现,其蛋白质的分子质量分别为25.17、25.34、24.49和28.09 kD;理论等电点分别是5.60、6.53、6.66和9.20,即LtGSTparCb、LtGSTZ-like、LtGSTF13a蛋白质属于酸性蛋白,LcGSTT1属于碱性蛋白;不稳定系数分别是33.01、36.97、43.19和47.96,即LtGSTparCb、LtGSTZ-like为稳定蛋白,LtGSTF13a、LcGSTT1为不稳定蛋白;α-螺旋(alpha helix)是这4个蛋白质二级结构的主要成分.利用在线软件TargetP并结合GST蛋白质在其他植物中亚细胞定位的结果,推测这4种蛋白质极有可能位于鹅掌楸属植物的细胞质内.实时荧光定量PCR分析结果表明,这4个基因在北美鹅掌楸各个组织中均有表达,其中LtGSTparCb和LtGS TF 13a在叶中的表达量最高,在其他组织中的表达量均较低;LtGSTZ-like在花器官中的表达量最高,在叶中的表达量最低,在其他组织中的表达量居于两者之间;LcGSTT1在叶中表达量最高,花器官中表达量其次,在茎和叶芽中的表达量偏低.该研究结果可为鹅掌楸属GST家族基因的功能研究奠定基础.
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编辑人员丨2023/8/6
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二化螟谷胱甘肽-S-转移酶基因的鉴定与表达模式分析
编辑人员丨2023/8/6
[目的]鉴定二化螟Chilo suppressalis谷胱甘肽-S-转移酶(Glutathione-S-trans ferase,GST)基因,明确GST基因在幼虫各组织中的表达谱,并分析GST应对氯虫苯甲酰胺胁迫的表达模式.[方法]从二化螟转录组数据库中鉴定GST的cDNA序列,使用实时荧光定量PCR技术分析GST在幼虫不同组织内的相对表达水平,并考察亚致死剂量氯虫苯甲酰胺处理幼虫之后GST表达水平的变化.[结果]从二化螟转录组中检索得到16个GST基因,分别被命名为CsGSTdl-CsGSTu1.这16个GST被划分为6个家族(Delta、Epsilon、Omega、Sigma、Zeta和Theta)和一个“未分类”亚组(Unclassified subgroup).CsGSTd2、CsGSTd3、CsGSTe1、CsGSTo3、CsGSTtl主要表达于脂肪体,CsGSTe3主要表达于马氏管.未检测到特异表达于中肠的GST基因.氯虫苯甲酰胺处理6h后,CsGSTo2显著上调,但CsGSTd2、CsGSTd3、CsGSTe3、CsGSTo1和CsGSTtl显著下调.药剂处理12h后,CsGSTdl、CsGSTd2、CsGSTd3、CsGSTe1、CsGSTe2、CsGSTe3、CsGSTo2、CsGSTo3、CsGSTo4和CsGSTtl显著上调,而CsGSTul显著下调.[结论]CsGSTdl、CsGSTd2、CsGSTd3、CsGSTe1、CsGSTe2、CsGSTe3、CsGSTo2、CsGSTo3、CsGSTo4和CsGSTtl可能参与了对氯虫苯甲酰胺的解毒代谢.
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编辑人员丨2023/8/6
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基于线粒体基因组控制区序列的中国冰清绢蝶遗传分化和谱系生物地理研究
编辑人员丨2023/8/6
[目的]分析中国冰清绢蝶Parnassius glacialis遗传多样性和遗传分化情况及其系统发生关系,推测其起源及分歧时间,并探讨其历史生物地理分布格局的成因.[方法]以2008-2016年采集于中国13个地区的冰清绢蝶的325头及绢蝶属其他11个种的11头个体样品,对其线粒体基因组的AT富集区(控制区)序列进行PCR扩增和序列测定,采用MEGA 6.0,Dna SP 5.1和Arlequin 3.5等软件分析其遗传多样性和遗传分化情况;以其他近缘绢蝶种类作为外类群,采用PhyML3.0,MrBayes 3.2和BEAST V1.8.3等软件重建冰清绢蝶的系统发生树,并利用宽松分子钟和校准方法推测中国冰清绢蝶的起源和分歧时间;同时结合现今冰清绢蝶的地理分布特点和第四纪以来的地球环境事件,分析其扩散路径,探讨其历史生物地理分布格局及成因.[结果]冰清绢蝶AT富集区序列长度介于487 ~495 bp之间,平均为491 bp,其长度的差异主要体现在Poly (T)或Poly(A)的数目差异,A+T平均含量为95.76%.供试冰清绢蝶13个地理居群325头个体中,共检测出基于线粒体基因组AT富集区序列的239个单倍型,单倍型多样性删为0.9971;核苷酸多态性指数π值为0.02948,Theta (per site) Eta值为0.06594.系统发生分析和分子定年显示,冰清绢蝶和白绢蝶P.stubbendorfii为近缘姊妹种,二者在距今7.52百万年(Ma)的中新世晚期开始分化.冰清绢蝶的祖先可能起源于我国西南地区(现今横断山脉-喜马拉雅附近的青藏高原东北缘)距今1.53Ma的更新世时期,先由起源地先期扩散到达小陇山、秦岭一带;后来,由于第四纪的冰期-间冰期轮回事件和扩散路径的不同而分化出2大支系,但两个支系之间存在少量的单倍型相互混杂现象;随后,2大支系继续向低海拔、低纬度地区扩散,即通过伏牛山脉向东北方向扩散到嵩山、泰山、昆嵛山一带,经大别山系向东南方向扩散到琅琊山、紫金山和天目山一带.[结论]中国13个居群的冰清绢蝶没有形成明显的地理分化格局,其遗传变异主要来自居群内部,居群间的遗传分化现象尚不明显;冰清绢蝶起源于更新世时期的较高海拔地区,由于第四纪的冰期-间冰期轮回事件以及扩散路径的不同而形成2大支系并向中国东部和南部低海拔和低纬度地区扩散.
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编辑人员丨2023/8/6
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空间记忆中海马神经元集群的序列编码特性与机制研究进展
编辑人员丨2023/8/5
空间记忆的形成、巩固与检索依赖于海马中位置细胞集群的序列性放电模式.位置细胞集群在清醒运动状态下产生的theta序列有助于空间记忆获取,并且具有轨迹预测、促进决策等特性;而在清醒静息和慢波睡眠状态下产生的尖波-涟漪(sharp wave-ripples,SWRs)重放序列有助于空间记忆的巩固与检索.本综述主要总结了theta序列和SWRs重放序列的基本特性,探讨了二者的形成机制以及在空间记忆形成中的关系,总结了现存问题并展望其未来的研究方向,以期为相关研究提供新思路.
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编辑人员丨2023/8/5
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基于转录组的葡萄花翅小卷蛾三类解毒酶基因家族分析
编辑人员丨2023/8/5
[目的]葡萄花翅小卷蛾是我国重要的检疫性害虫,一旦入侵我国,将会对我国葡萄产业和林果业生产造成严重损失,国外主要使用化学农药防治该虫.开展葡萄花翅小卷蛾转录组测序及体内细胞色素P450单加氧酶(cytochrome P450 monooxygenase,CYP)、羧酸酯酶(carboxylesterase,CarE)和谷胱甘肽S-转移酶(glutathione S-transferase,GST)三大解毒系的表达谱分析,可为葡萄花翅小卷蛾抗药性监测与抗药性治理研究提供依据.[方法]本研究利用BGISEQ-500平台对葡萄花翅小卷蛾进行转录组测序,通过从头组装获得unigene.[结果]经数据组装并去冗余后共获得44360条unigene;通过与多个公共数据库进行同源比对,共注释了28065条unigene,通过Nr数据库注释的unigene数量最多(26388条,59.49%),显示与棉铃虫的unigene同源性最高(24.11%).基于基因序列分析表明,葡萄花翅小卷蛾有91条P450基因、31条CarE基因和22条GST基因.系统发育分析发现,葡萄花翅小卷蛾的P450基因主要集中在clade 3和clade 42个分支,与鳞翅目近源种的CYP基因聚集在一起;CarE主要包括外源化合物解毒相关的酯酶及脂质转运和代谢酯酶;GST基因聚类主要包含Delta、Omega、Epsilon、Theta和Microsomal等亚家族.[结论]本研究获得葡萄花翅小卷蛾转录组信息,鉴定了与葡萄花翅小卷蛾代谢抗性相关的基因,可为葡萄花翅小卷蛾杀虫剂和寄主植物的适应性机制研究提供数据和参考.
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编辑人员丨2023/8/5
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不同序列间隔高频重复经颅磁刺激对运动区功率谱密度的影响
编辑人员丨2023/8/5
高频重复经颅磁刺激(rTMS)范式中序列间隔(ITI)参数对神经生理作用的影响尚未被充分研究.探讨不同ITI高频rTMS刺激初级运动皮层对双侧运动区神经活动能量的影响.11名健康受试者参与ITI分别为25、50、100 s的真10 Hz rTMS及伪10 Hz rTMS,序列时长为5 s.在每次rTMS前后采集180 s闭目静息态脑电信号,分析rTMS前后双侧运动区总频段及delta、theta、alpha、beta、gamma1、gamma2各频段功率谱密度和其偏侧指数的变化.结果 表明,25 s ITI rTMS对刺激侧运动区各频段功率谱密度均没有显著影响(P>0.05);50 s ITIrTMS使刺激侧theta和beta频段功率谱密度显著增加(P<0.05,theta频段刺激前后(11.42±1.01)dB vs(12.19±1.10) dB),beta频段刺激前后(10.71±0.99) dB vs(11.20±0.88) dB);同时使gamma2频段功率谱密度显著降低(P<0.05,刺激前后(4.94±0.97)dB vs(3.35±0.61)dB);100 s ITI rTMS使刺激侧theta、alpha和beta频段功率谱密度显著增加(P<0.05,theta频段刺激前后(11.29±1.00)dB vs(12.17±1.10) dB,alpha频段刺激前后(16.17±1.20)dB vs(17.74±1.20) dB,beta频段刺激前后(10.55±0.88)dB vs(11.26±0.90) dB).rTMS诱发刺激对侧运动区各频段功率谱的变化与刺激侧运动区的变化基本相同.在实验中,rTMS均没有改变双侧运动区功率谱密度的偏侧指数(P>0.05).研究结果表明,高频rTMS范式设置的ITI不同,对双侧运动区脑活动的影响不同,提示制定高频rTMS范式时,需慎重考虑ITI的设置.
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编辑人员丨2023/8/5
