目的:应用网络药理学分析方法，从整体水平观察牛黄－靶点－角膜炎的复杂网络关系，探讨牛黄治疗角膜炎的分子作用机制。方法:首先通过DisGeNET在线数据库收集角膜炎相关的基因，构建角膜炎相关蛋白质的互作网络，然后经中药系统药理学分析(TCMSP)平台、中国科学院化学数据库查询，结合文献报道，收集牛黄中分离鉴定的组成成分，导出各成分SMILES结构式信息，利用在线软件SwissTargetPrediction预测作用靶点，进而构建牛黄活性成分－预测靶点网络图，最后将角膜炎相关蛋白质的互作网络与牛黄活性成分－预测靶点网络进行合并，得到牛黄活性成分－潜在靶点网络，系统分析牛黄治疗角膜炎的潜在作用靶点及其在信号通路中的作用，构建成分－靶点－通路网络图，分析牛黄治疗角膜炎的作用机制。结果:共搜索到39个已分离鉴定的牛黄组成成分，角膜炎相关靶点65个，牛黄治疗角膜炎的潜在靶点28个；28个潜在靶点中包含7个直接作用靶点，即肿瘤坏死因子、含半胱氨酸的天冬氨酸蛋白水解酶-1、Toll样受体9、C-X-C基序趋化因子配体8、白细胞介素(IL)6、丝裂原活化蛋白激酶8和神经营养受体酪氨酸激酶1。28个潜在靶点可被注释入12项生物过程、18项细胞组分、13个分子功能，经京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析，共纳入10条KEGG信号通路，主要涉及人巨细胞病毒感染、阿米巴病、抗叶酸耐受性、PI3K-Akt信号通路、类风湿性关节炎、凋亡、细胞因子－细胞因子受体相互作用、疟疾、非酒精性脂肪肝、IL-17信号通路。结论:牛黄可能通过抗炎、抗菌、抗病毒、免疫调节和炎症调控等作用发挥对角膜炎的辅助治疗作用。

目的:通过网络药理学方法研究二妙散干预特应性皮炎的药理机制，分析其作用的活性成分、分子靶点和信号通路。方法:通过TCMSP和Drugbank数据库获得二妙散活性成分和靶点。通过GEO数据库分析差异表达基因，获得特应性皮炎疾病靶点。通过Cytoscape的Bisogenet和CytoNCA插件获得二妙散治疗特应性皮炎的靶基因。通过DAVID数据库进行GO和KEGG富集分析。结果:经筛选获得二妙散12种活性成分和107个靶点；鉴定出274个特应性皮炎差异表达基因（矫正 P值<0.005和|log2（差异倍数)|>1.5)。得到187个二妙散治疗特应性皮炎的靶基因。靶基因的功能注释与端粒组织、蛋白异四聚体化、基因表达调控等相关。PI3K-Akt、MAPK、HIF-1信号通路等20条通路显著性富集。MAPK1、AKT、RELA、和TP53等多个基因为二妙散基因通路网络中干预特应性皮炎的关键基因。 结论:二妙散中槲皮素、四氢小檗碱、豆甾醇等核心成分可能通过参与PI3K-Akt、MAPK、HIF-1等信号通路，调控MAPK1、AKT、RELA和TP53等基因靶点，治疗特应性皮炎。

目的:使用斑马鱼观察中药复方四物汤对辐射损伤血液系统的干预作用，明确斑马鱼是否可应用于中药对血液系统调控的研究。方法:72只体重在0.14～0.20 g的4月龄成年雄性斑马鱼( Danio rerio)用于全部实验，首先取36只斑马鱼用于照射后血液发育动力学的变化观察，另外36只斑马鱼用于四物汤对照射后血液系统的干预作用研究。采用 60Co γ射线照射，辐射剂量20 Gy，吸收剂量率97.33 cGy/min。在照射后血液发育动力学观察中，9只未照射作为0 d对照，余27只斑马鱼分别于照射后第7、14和30天麻醉，收集外周血细胞和肾髓中细胞，采用流式细胞仪分析细胞的绝对数量。依据照射后外周血和肾髓中细胞的动态变化情况判断血液发育动力学特征，藉此实施四物汤的药效观察。四物汤对照射损伤干预实验周期7 d，36只斑马鱼采用随机数表法分为未照射组、单纯照射组、药物2 000组和药物5 000组，每组9只。两个药物组的斑马鱼按上述条件20 Gy照射后第2天分别置于稀释了2 000倍和5 000倍的四物汤水中饲养，第7天收集各组斑马鱼的外周血和肾髓中细胞，比较判断四物汤对斑马鱼辐射损伤血液系统的干预作用。 结果:照射后斑马鱼血液发育动态变化明显，血液系统消融作用在第7天最明显，与未照射比较，斑马鱼的外周血细胞和肾髓总细胞数量分别下降26%和52%，差异均有统计学意义( t＝4.535，28.987， P<0.05)，肾髓中髓系单核细胞、淋巴细胞和红细胞数分别下降46%、79%和33%，差异均有统计学意义( t＝18.457、66.900、9.872， P<0.05)，前体细胞下降49%，但差异无统计学意义( P>0.05)。照射后第14天肾髓中各种细胞数均呈现上升，第30天恢复至照射前水平以上。斑马鱼照射后第2天开始连续6 d给予四物汤，药物5 000组与单纯照射组比较，肾髓细胞总数、髓系单核细胞、前体细胞和红细胞分别增加了57%、125%、81%和35%，差异均有统计学意义( t＝12.128、21.594、15.473、4.594， P<0.05)，淋巴细胞增加了59%，而外周血红细胞数量两组比较差异无统计学意义( P>0.05)；药物2 000组各参数均与单纯照射组比较差异无统计学意义( P>0.05)。 结论:照射后斑马鱼血液系统发育呈现明显的先抑后扬的动态变化，一定浓度的四物汤对斑马鱼造血系统照射损伤有明显的干预作用，可为中药血液系统调控方面的研究提供参考。

转化生长因子(transforming growth factor,TGF)-β1/Smad信号通路是糖尿病肾病肾脏纤维化的关键信号通路之一.TGF-β1/Smad信号通路能通过促进细胞外基质(extracellular matrix,ECM)积聚,抑制ECM的降解,增加纤连蛋白和胶原蛋白Ⅳ表达,促进炎症因子释放,诱导足细胞凋亡等对肾纤维化过程进行调控,部分中药单体可调控TGF-β1/Smad信号通路,显著干预糖尿病肾病的发生发展过程,且取得良好的临床疗效.目前,已初步明确TGF-β1/Smad在糖尿病肾病发生发展中的作用机制,但仍存在许多问题:(1)TGF-β1/Smad信号通路在干性糖尿病肾病和湿性糖尿病肾病中的参与程度和差异不明确;(2)不同功效的中药对纤维化保护性通路发挥正向调节和负向调节作用方向尚不明确;(3)TGF-β1/Smad信号通路会与其他通路形成信号串扰,需探索各条通路间的相互影响机制,并在微观领域深入观察各信号通路对细胞的调控机制;(4)很多中药既能干预TGF-β1/Smad信号通路,又能干预其他通路如自噬、凋亡,在糖尿病肾病的临床治疗中,其疗效的核心机制到底是哪一通路,可能需要精准靶向药物对信号通路进行阻断和促进后,观察疗效的变化来确定;(5)现有的通过调控TGF-β1/Smad治疗糖尿病肾病的临床研究较少,主要以动物实验和基础实验为主,缺少大样本、多中心、前瞻性、长周期的高质量临床试验;(6)目前关于中药有效成分的研究较多,但在中药单体、单体组合方面的研究存在明显不足.今后,需进一步明确TGF-β1/Smad信号通路在干性糖尿病肾病和湿性糖尿病肾病中的参与程度及差异性,明确不同功效的中药对纤维化保护性通路的调节作用,应用分子对接等技术探索中药的有效成分,尤其是对中药单体及单体组合.

目的:检测肾衰泄浊汤主要活性成分,并预测肾衰泄浊汤治疗慢性肾脏病(chronic kidney disease,CKD)合并动脉粥样硬化(atherosclerosis,As)关键靶标与作用机制.方法:运用高效液相色谱-四极杆飞行时间串联质谱法(UPLC-Q-TOF-MSE)与中药系统药理学数据库与分析平台/中药分子机理的生物信息学分析工具(TCMSP/BATMAN-TCM)数据库分析肾衰泄浊汤主要活性成分与靶标名称、数量等信息.通过在线人类孟德尔遗传(OMIM)、基因疾病关联数据库(DisGeNET)、人类基因综合数据库(GeneCards)数据库筛选疾病靶标,与药物靶标取交集,构建"中药-活性成分-作用靶点"网络,应用蛋白质/基因互作数据库(String)构建蛋白互作网络(PPI),基因本体论(Go)生物学功能注释和京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析潜在作用机制;分子对接初步验证网络药理学结果.结果:UPLC-Q-TOF-MSE鉴定出33个活性成分,数据库检索获得75个活性成分,药物成分靶标349个,疾病靶标4 241个,得到249个交集靶标.获得槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇、木犀草素、异鼠李素等核心活性成分与蛋白激酶1(Akt1)、丝裂原活化蛋白激酶3(MAPK3)、信号转导和转录激活因子3(STAT3)等核心靶标;GO分析共获得1 292条目;KEGG示潜在靶标主要富集在PI3K-AKT通路、脂质与动脉粥样硬化途径、糖尿病并发症相关AGE-RAGE信号通路等.分子对接表明核心成分与关键靶标结合良好.结论:肾衰泄浊汤活性成分可能通过干预MAPK3、Akt1、STAT3等靶标,调控炎症、氧化应激、脂质代谢等机制治疗CKD合并As,其中PI3K/Akt可能是重要的调节通路.

中药及复方制剂用于肿瘤治疗历史悠久,然而由于中药多成分、多靶点等特点,现有的药理研究技术尚未阐明中药抗癌药效物质及机制,限制了抗癌中药的临床应用及发展.因此,找到癌症早期临床诊断标志物及药物作用评价靶标尤为重要.外泌体是肿瘤微环境中细胞、组织、器官信息传递的主要介质之一,影响并决定肿瘤的恶性程度.本文通过对外泌体生物发生途径及功能进行综述,揭示外泌体在肿瘤微环境条件下,调控肿瘤发生发展的作用及机制,旨在阐释基于外泌体作为抗肿瘤药物载体,挖掘中药抗肿瘤药效物质,并构建"外泌体-肿瘤微环境-药效成分-作用靶点"整合分析方法,阐释中药抗肿瘤作用机制科学内涵的新思路与新方法,推动中医药在传承创新中高质量发展.

目的 益骨汤是临床上用于治疗骨质疏松症的中药复方.然而,其治疗绝经后骨质疏松症的作用机制尚不清楚,需要进一步深入研究.方法 使用TMT定量蛋白质组学对从模型组和益骨汤组大鼠骨组织中提取的蛋白质进行蛋白质组学分析,确定益骨汤干预后的差异表达蛋白以鉴定感兴趣的生物学相关蛋白,同时进行功能注释相关分析以探究其生物学功能及作用机制.结果 GO功能富集分析得到GO条目156个,主要包括骨骼肌功能、酶活性和横纹肌作用;KEGG富集显示,矿物质吸收通路被显著富集.PPI蛋白质互作关系表明,相关蛋白可能是通过影响骨骼肌从而影响了骨质疏松的发生.结论 益骨汤对绝经后骨质疏松治疗有效果.其中,益骨汤的作用机制可能是通过肠道影响矿物质吸收从而影响了相关蛋白的表达,进而调控绝经后骨质疏松的发生和发展.

目的:基于网络药理学、分子对接技术预测正源方抗肝纤维化的作用机制,并进行细胞水平实验验证.方法:使用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)及文献检索获得正源方活性成分,通过PubChem、SwissTargetPrediction、Similarity Ensemble Approach数据库筛选活性成分潜在靶点,通过OMIM、GeneCards疾病数据库收集肝纤维化的相关靶点,运用Venny平台获得正源方与肝纤维化交集靶点,利用String数据库建立蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,并通过Cytoscape-CytoNCA拓扑分析筛选核心靶点,利用String数据库进行基因本体功能注释(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,利用Cytoscape软件构建药物-成分-靶点-通路网络,使用AutoDock Vina软件模拟关键候选活性成分与核心基因的结合活性.建立人转化生长因子-β1(TGF-β1)诱导的人肝星状细胞LX2 活化模型,噻唑蓝(MTT)比色法检测细胞活性,蛋白免疫印迹法(WB)检测磷脂酰肌醇3-激酶-蛋白激酶B(PI3K-Akt)信号通路相关蛋白表达.结果:网络药理学筛选得到正源方活性成分 145 个及相关靶点 1109 个,肝纤维化靶点 1573 个,正源方抗肝纤维化潜在作用靶点 415 个,拓扑分析得关键靶点 61 个;PPI网络分析核心靶点为Akt1、血管内皮生长因子A(VEGFA)、白细胞介素-1β(IL-1β)等,GO富集分析得到 1753 个条目,其功能主要与细胞凋亡、细胞增殖、酶结合等有关;KEGG富集分析得到 174 个条目,主要涉及癌症通路、PI3K-Akt通路、细胞凋亡通路等;分子对接显示,槲皮素、木犀草素、熊果酸等与Akt1、VEGFA、Jun原癌基因(JUN)等靶点结合活性较强;细胞实验结果表明,不同剂量的正源方给药后,可以显著抑制TGF-β1 诱导的LX2 细胞的活化,降低磷酸化PI3K(p-PI3K)/PI3K、磷酸化Akt(p-Akt)/Akt蛋白表达,且具有质量浓度依赖性.结论:正源方可能通过多靶点、多通路发挥抗肝纤维化作用,其机制可能与抑制肝星状细胞活化、调控PI3K-Akt信号通路有关.

目的:明确酸枣仁-五味子对孤养结合束缚应激(RS)模型大鼠的抗焦虑药效,并预测酸枣仁-五味子药对配伍后治疗焦虑症的作用靶点和信号通路.方法:采用RS模型大鼠,设置空白组、模型组、阳性药组、酸枣仁组、五味子组、酸枣仁-五味子合煎液组,通过旷场实验和高架十字迷宫实验对酸枣仁-五味子药对配伍前后治疗焦虑症的药效学进行评价;并对大鼠脑内神经递质、脑源性神经营养因子含量进行测定.通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)和文献挖掘获得酸枣仁、五味子主要化学成分,通过SwissTargetPrediction平台预测药物相关靶点,利用GeneCards、TTD、DisGeNET、OMIM数据库获得焦虑症的潜在靶点.取药物-疾病交集基因,再利用STRING构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络.根据拓扑学参数筛选酸枣仁、五味子配伍后治疗焦虑症的关键靶点.通过DAVID进行基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析.利用Cytoscape 3.8.0 构建药物-活性成分-疾病-靶点-通路网络.结果:药效学实验结果显示,与空白组相比,模型组可造成大鼠焦虑;与模型组相比,酸枣仁-五味子药对明显增加RS模型大鼠进入旷场中央区的次数及停留时间(P<0.05),显著增加大鼠进入开臂次数的百分比(P<0.01);明显降低模型大鼠脑内 5-羟色胺(5-HT)的含量(P<0.05);明显提高模型大鼠脑内多巴胺(DA)的含量(P<0.05),显著提高脑源性神经营养因子(BDNF)的含量(P<0.01);但对γ-氨基丁酸(GABA)、谷氨酸(Glu)、Glu/GABA、促肾上腺皮质激素释放激素(CRH)和皮质酮(CORT)含量没有显著影响.网络药理学结果显示,药物-活性成分-疾病-靶点-通路网络中包含酸枣仁、五味子有效成分 13 个,有酸枣仁碱、当药黄素、胡萝卜甾醇、五味子乙素、五味子丙素、戈米辛A等,潜在作用靶点 148 个,包括Akt丝氨酸/苏氨酸激酶 1(Akt1)、肿瘤坏死因子(TNF)、钠依赖型 5-HT转运蛋白(SLC6A4)、钠依赖型多巴胺转运蛋白(SLC6A3)等,主要涉及的通路包括神经递质配体-受体相互作用通路、含血清素神经突触信号通路、环磷酸腺苷(cAMP)信号通路、环磷酸鸟苷酸-环磷酸鸟苷酸效应蛋白激酶G(cGMP-PKG)信号通路,还涉及与激素调节相关的通路,如雌激素信号通路、促性腺激素分泌通路、催乳激素信号通路.结论:酸枣仁-五味子药对配伍后抗焦虑药效显著,其抗焦虑作用机制与调节 5-HT、DA、BDNF等含量,调控多条信号通路密切相关.本研究为酸枣仁-五味子药对治疗焦虑症的临床应用提供了理论和实验依据.

目的:通过网络药理学探究复方菝葜(FFBQ)治疗非小细胞肺癌(NSCLC)的潜在作用机制.方法:从《中华人民共和国药典》、中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、中国知网、PubChem中收集归纳FFBQ中8味药材的成分、归经及靶标信息;以口服生物利用度(OB)≥30％和类药性(DL)≥0.18为条件筛选FFBQ的潜在活性成分及靶标;通过OMIM、GeneCards、DisGeNET疾病数据库查询NSCLC相关靶标.利用STRING平台构建成分-疾病靶标的蛋白-蛋白互作网络;采用Cytoscape 3.7.1软件实现归经、药材-活性成分-靶标等多层次复杂网络关系的可视化.对经网络筛选获得的关键靶标,在DAVID平台进行基因本体(GO)注释和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,并通过分子对接模拟活性成分作用于靶蛋白的结合情况.结果:肺经和肝经为FFBQ治疗NSCLC的主要病位.筛选到FFBQ的99个潜在活性成分,可作用于63个与NSCLC共享的交集靶标,并通过MAPK、PI3K-Akt和JAK-STAT等信号通路参与细胞周期调控、信号转导、细胞增殖调控等,发挥治疗NSCLC的作用.结论:复方菝葜中的槲皮素、花旗松素和落新妇苷等核心成分可能通过调节MYC、TP53和EGFR等关键靶点及MAPK、PI3K-Akt等信号通路控制肿瘤细胞的凋亡、转录、代谢,从而达到治疗NSCLC的效果.