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紫草素(shikonin)抗奥密克戎毒株的实验研究及机制分析
编辑人员丨2天前
目的 探讨右旋体紫草素(shikonin)抗奥密克戎毒株的药理作用和对新型冠状病毒主蛋白酶的抑制活性.方法 使用奥密克戎毒株BA.2.2转染的Vero细胞模型检测shikonin的抗病毒活性;利用体外主蛋白酶荧光偏振模型测试shikonin对于新型冠状病毒主蛋白酶的抑制活性,实验以奈玛特韦为阳性对照化合物.结果 Vero细胞模型药理活性测试发现shikonin具有抑制奥密克戎毒株核酸复制的作用;而在体外荧光偏振模型活性测试实验中,shikonin在20、50 μM药物浓度并未表现出对主蛋白酶的显著抑制活性.结论 紫草素(shikonin)在细胞水平的实验中表现出抗奥密克戎毒株的药理活性,但其可能是主蛋白酶的非特异性抑制剂,抗病毒的作用机理极可能为抑制新型冠状病毒RNA聚合酶.
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编辑人员丨2天前
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基于网络药理学、分子对接技术探究升陷汤干预肺癌的作用机制及关键作用通路的验证
编辑人员丨2天前
目的:运用网络药理学及分子对接技术探究升陷汤干预肺癌的活性成分、作用靶点及可能作用机制,并通过体外试验进行初步验证.方法:通过TCMSP数据库与文献筛选升陷汤的化合物,运用Gene-Cards、OMIM和Drugbank数据库获取肺癌相关靶点.使用Cytoscape构建"升陷汤-活性成分-潜在作用靶点"网络,拓扑分析获得关键化合物.利用STRING构建升陷汤-肺癌靶点PPI网络,MCODE cluster识别升陷汤的核心靶点.Metascape对核心靶点进行GO功能分析和KEGG通路富集分析.Autodock进行分子对接验证.开展细胞试验测定升陷汤含药血清对A549 细胞增殖、侵袭和凋亡的影响,Western blot、qRT-PCR检测关键通路蛋白和基因的表达.结果:确定了升陷汤活性成分76 种,与肺癌关联靶点142 个,主要活性成分为槲皮素、山奈酚、豆甾醇、木犀草素和异鼠李素.PPI确定了AKT1、IL-6、VEGFA、JUN和IL-1β等 20 个核心靶标.GO和KEGG通路富集分析提示,升陷汤抗肺癌的机制涉及细胞凋亡、细胞增殖、细胞周期、DNA转录、PI3K-Akt、NF-κB和VEGF信号通路等.分子对接结果表明,这些化合物与AKT1 之间具有很强的结合力和稳定性.体外试验结果表明,升陷汤能有效抑制肺癌A549 细胞的增殖、侵袭水平,并促进其凋亡.RT-qPCR结果显示,与空白对照组比较,升陷汤含药血清高、中、低剂量组均能显著下调PI3K,AKT mRNA的表达(P<0.01),Western blot结果显示,升陷汤含药血清高剂量组能显著下调A549 细胞p-PI3K、p-AKT蛋白的表达水平(P<0.01).结论:升陷汤可能通过调控PI3K/AKT信号通路,有效抑制肺癌细胞的增殖、侵袭,促进其凋亡,发挥抗肺癌作用,为后续效用机制验证及临床应用提供参考.
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编辑人员丨2天前
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泽泻醇A对HepG2细胞脂质沉积的影响及其降脂活性研究
编辑人员丨2天前
目的 通过体外细胞实验、网络药理学和分子对接技术,探究泽泻醇A的降脂作用机制.方法 选用人肝癌HepG2细胞进行油红O染色实验和胆固醇(TC)、三酰甘油(TG)含量测定,初步判断泽泻醇A是否具有改善HepG2细胞脂质沉积的活性;通过网络药理学收集泽泻醇A和降血脂的靶点,根据二者的交集靶点绘制蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络和"泽泻醇A-潜在靶点-降血脂-通路"网络,并进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析,最后将泽泻醇A与降血脂潜在靶点进行对接.结果 细胞实验结果提示,泽泻醇A抑制了油酸-棕榈酸诱导的HepG2高脂细胞模型的脂质沉积;通过网络药理学筛选出泽泻醇A的11个降血脂潜在靶点,靶点蛋白富集通路主要有过氧化物酶体增殖物激活受体(PPAR)信号通路等;分子对接结果显示泽泻醇A和潜在靶点具有较强结合活性.结论 泽泻醇A可抑制HepG2高脂细胞模型的脂质沉积,推测其可能具有降脂活性,作用机制可能涉及PPAR等多个信号通路和丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(AKT1)等11个靶点,为今后研究泽泻醇A降脂活性及作用机制提供理论基础.
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编辑人员丨2天前
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飞燕草素的抗结直肠癌作用及网络药理学分析
编辑人员丨2天前
目的 利用网络药理学方法对飞燕草素(Dp)抗结直肠癌(CRC)的分子机制进行初步探索.方法 通过体外细胞实验研究Dp对SW480细胞的作用,采用CCK-8实验检测细胞增殖;Hoechst33258染色实验检测细胞凋亡;流式细胞仪检测细胞周期;划痕实验检测细胞迁移.基于网络药理学对Dp抗CRC可能的分子机制进行探讨,在数据库中确定Dp与CRC的相互作用;构建蛋白互作网络,筛选核心靶点;对调控网络中的关键基因进行富集分析,确定可能的作用通路,初步筛选出可能的分子机制.结果 13 μmol/L、15 μmol/L、18 μmol/L、20 μmol/L的Dp在体外对CRC细胞SW480具有抑制增殖效应;15 μmol/L、20 μmol/L的Dp可诱导细胞凋亡;将细胞周期阻滞在S期;抑制细胞迁移能力.经分析发现,Dp靶点231个,CRC靶点9395个,药物-疾病共同靶点95个;药物-疾病-靶点互作网络图谱得出AKT1为潜在活性最大靶点;通过GO条目分析发现Dp抗CRC的生物学过程、细胞组分以及具有的分子功能,KEGG富集通路发现PI3K/AKT是Dp抗CRC其中一种可能的主要分子机制.结论 Dp在体外对CRC SW480细胞具有增殖抑制效应,Dp可以通过多靶点多通路对CRC产生影响,AKT1可能是Dp抗CRC的最重要靶点,PI3K/AKT可能是Dp抗CRC的信号通路.
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编辑人员丨2天前
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基于网络药理学及实验验证探讨三百棒治疗类风湿性关节炎骨破坏的作用机制
编辑人员丨2天前
目的 通过网络药理学及体外实验探讨三百棒(Tod-dalia asiatica,TA)对类风湿性关节炎(rheumatoid arthritis,RA)骨破坏的影响及可能的作用机制.方法 使用网络药理学分析TA抗RA骨破坏的有效成分及作用靶点;利用AutoDock和PyMOL软件进行分子对接.体外培养MC3T3-e1细胞,通过CCK-8检测三百棒醇提物(Toddalia asiatica al-cohol extract,TAAE)对细胞活力的影响,并筛选出合适的药物浓度及干预时间;用成骨诱导培养基诱导成骨细胞模型,ALP染色、活性检测及茜素红染色检测其成骨分化情况;Western blot检测通路相关蛋白Wnt3a、β-catenin蛋白的表达,并采用通路抑制剂DKK-1进一步验证TAAE是否通过Wnt/β-catenin信号通路调控成骨细胞分化.结果 共筛选出TA抗RA骨破坏的靶点158个,核心靶点56个.KEGG信号通路富集主要有癌症通路、磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B信号通路、cAMP信号通路.CCK-8检测结果显示:1 g·L-1 TAAE可显著提高细胞存活率;ALP染色及ALP活性检测结果示:TAAE能显著增加成骨诱导培养基诱导的细胞的染色阳性率及ALP活性;Western blot检测结果显示:TA-AE可增加Wnt3a、β-catenin蛋白的表达;使用DKK-1抑制剂后上述蛋白的表达降低.结论 TAAE可通过Wnt/β-cate-nin信号通路调控成骨细胞分化以达到治疗RA骨破坏的作用.
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编辑人员丨2天前
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二肽基肽酶4抑制剂作用于肺缺血再灌注损伤的研究进展
编辑人员丨2天前
肺缺血再灌注损伤(LIRI)是肺移植、体外循环术后常见并发症,是影响移植成功率的重要因素,但其具体发病机制目前尚未被完全阐明。寻找防治LIRI的靶点和药物,对提高“边缘性供肺”利用率和肺移植患者的远期生存率具有重要的临床意义。二肽基肽酶4(DPP4)抑制剂是一类口服降糖药,既往研究显示DPP4抑制剂具有多种药理活性,包括抗炎、抗纤维化、免疫调节等多种胰腺外功能。最近的研究显示DPP4抑制剂可能通过抑制炎症反应、减轻氧化应激、调控血糖水平和激活自噬等多种机制减轻LIRI。本文就DPP4抑制剂在LIRI中的临床及临床前应用和作用机制进行综述。
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编辑人员丨2天前
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基于网络药理学解析临床用中药抗肝纤维化的作用机制和药效物质基础
编辑人员丨2天前
目的:基于网络药理学解析临床常用中药抗肝纤维化主要活性成分及其作用机制。方法:通过中药系统药理学分析平台TCMSP和Swiss Target Prediction获得21味临床常用中药的有效成分和潜在作用靶点;用GEO数据库解析乙型肝炎病毒(HBV)感染、酒精性肝病和非酒精性脂肪性肝病致肝纤维化差异基因,结合肝纤维化细胞外基质生成和逆转关键基因预测中药治疗靶点;采用Cytoscape软件构建“药物-治疗靶点-通路”网络解析中药抗纤维化成分及其作用机制;体外实验考察核心成分对巨噬细胞(THP-1)和肝星状细胞(LX2)的影响。首先对数据进行正态性检验和方差齐性检验,然后对数据两组间的比较采用 t检验,多组间比较行One-Way ANOVA法进行分析。 结果:21味中药含355个单体化合物,对应315个已知药物靶点,基于肝纤维化发生和消退的关键环节结果显示其中57个基因为中药的抗纤维化治疗靶点;“药物-靶点-通路网络”关联分析结果显示槲皮素和山奈酚是多种复方中药最为核心的抗肝纤维化成分,主要通过调控PI3K-Akt、AGE-RAGE、MAPK、肿瘤坏死因子(TNF)和白细胞介素(IL)-17等信号通路中核心基因TNF、蛋白激酶B1、基质金属蛋白酶9、B淋巴细胞瘤2、趋化因子受体2、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶3、C-X-C模体趋化因子受体8、V-rel网状内皮细胞病毒癌基因同源物A、MYC和信号传导和转录激活蛋白1改善HBV、酒精性肝病和非酒精性脂肪性肝病疾病进程和纤维化进展;细胞实验显示槲皮素较山奈酚具有更强的抑制炎症型THP-1细胞释放促炎因子IL-1β、IL-6和TNF-α的能力,而山奈酚降低趋化因子趋化因子受体2更为明显。槲皮素和山奈酚明显抑制THP-1介导的LX2细胞增殖,伴随α-平滑肌肌动蛋白、胶原蛋白IA、转化生长因子-β显著降低和半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶3、Cleaved-半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶3的增加,二者具有协同作用。结论:槲皮素和山奈酚是构成治疗肝纤维化复方中药的基石,为后续多靶点抗肝纤维化药物的研发提供参考。
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编辑人员丨2天前
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基于网络药理学研究黄龙合剂治疗小儿咳嗽变异性哮喘的机制及实验验证
编辑人员丨2天前
目的:利用网络药理学方法、分子对接技术及体外细胞实验研究黄龙合剂基于IL-4/信号转导和转录激活因子6(STAT6)信号通路治疗小儿咳嗽变异性哮喘(CVA)的作用机制。方法:通过TCMSP、HERB数据库及文献检索获得黄龙合剂组方中药的活性成分及作用靶点,检索GeneCards数据库、OMIM数据库、DrugBank数据库、PharmGKB数据库中CVA相关靶点。对药物-疾病靶点取交集,使用STRING数据库构建交集靶点PPI网络,采用Cytoscape 3.9.1进行网络拓扑分析,筛选核心靶点,并构建“疾病-药物-成分-靶点”网络,筛选核心成分。使用Metascape数据库对交集靶点进行GO功能和KEGG通路富集分析。使用PDB蛋白数据库、PubChem、AutoDock及R语言对核心靶点及核心成分进行分子对接验证。培养大鼠原代气道平滑肌细胞,采用Western blot检测细胞质和细胞核中p-STAT6表达。结果:得到黄龙合剂治疗CVA的活性成分122个,核心成分包括槲皮素、山柰酚、木犀草素等,核心靶点有JUN、ESR1、TP53、MYC、HIF1α等。GO功能富集分析涉及对外来刺激的反应、对氧气水平的反应、蛋白质磷酸化的正向调控、细胞应激反应的调节等生物过程。KEGG通路富集分析显示,黄龙合剂治疗CVA靶点主要富集于AGE-RAGE信号通路、PI3K-Akt信号通路、TNF信号通路、JAK-STAT信号通路等。分子对接结果显示,核心靶点及药物核心成分有较好的结合活性。细胞实验表明,黄龙合剂可抑制IL-4介导的p-STAT6进入细胞核。结论:预测了黄龙合剂治疗CVA的有效成分及靶点,其治疗小儿CVA的作用机制可能与抑制IL-4/STAT6信号通路有关。
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编辑人员丨2天前
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基于网络药理学和实验验证分析半枝莲-山慈菇治疗卵巢癌的分子机制
编辑人员丨2天前
目的:基于网络药理学和体外细胞实验,研究半枝莲-山慈菇治疗卵巢癌的主要活性成分和潜在作用机制。方法:利用TCMSP、SwissTargetPrediction数据库检索半枝莲和山慈菇的活性成分和作用靶点,并通过GeneCards、OMIM、DrugBank、DisGeNET数据库收集卵巢癌相关作用靶点。筛选半枝莲-山慈菇干预卵巢癌的交集靶点,利用STRING数据库构建交集靶点PPI网络。利用DAVID数据库进行GO功能和KEGG通路富集分析;采用Cytoscape 3.9.0软件构建“活性成分-靶点-通路”网络。对关键靶点和通路进行体外实验验证,采用MTT法检测不同浓度槲皮素、谷甾醇对人卵巢癌SKOV3细胞增殖抑制率。将人卵巢癌SKOV3细胞按随机数字表法分为对照组、槲皮素组和谷甾醇组,相应药物干预48 h后,采用克隆形成实验检测槲皮素、谷甾醇对SKOV3细胞克隆形成能力的影响,采用PCR检测各组细胞Akt1、VEGFA、Caspase-3 mRNA水平,采用Western blot法检测细胞PI3K、Akt、p-Akt、Caspase-3、VEGFA蛋白表达。结果:得到半枝莲有效成分29个,山慈菇有效成分3个,其中共有成分2个;药物相关作用靶点291个;卵巢癌潜在靶点1 969个;半枝莲-山慈菇与卵巢癌的交集靶点137个。通过GO功能富集分析得到930个条目,涉及生物过程722个、细胞组分76个、分子功能132个。KEGG通路富集涉及169条信号通路,涉及肿瘤通路、PI3K-Akt信号通路、p53信号通路、IL-17信号通路等。体外实验结果显示,槲皮素和谷甾醇组细胞增殖抑制率升高,细胞克隆能力降低;槲皮素组、谷甾醇组Akt1、VEGFA mRNA水平降低( P<0.01或 P<0.05),Caspase-3 mRNA及蛋白表达升高( P<0.01),PI3K、p-Akt、VEGFA蛋白表达降低( P<0.01)。 结论:半枝莲-山慈菇通过多靶点、多通路协同作用抑制卵巢癌的发生发展,可通过调控AKT1、VEGFA、Caspase-3等关键基因和PI3K-Akt通路的表达诱导SKOV3细胞凋亡。
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编辑人员丨2天前
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基于网络药理学和分子对接探究补中益气汤对视网膜色素变性作用机制及实验验证
编辑人员丨2天前
目的:基于网络药理学探讨补中益气汤治疗视网膜色素变性(RP)的机制,并通过体外实验进行验证。方法:通过检索TCMSP筛选补中益气汤组方药物活性成分及其对应靶点,检索GeneCards、OMIM数据库获取RP相关作用靶点,通过Cytoscape 3.7.1软件构建补中益气汤-RP相互作用网络,筛选核心靶点。应用DAVID在线数据库进行GO功能富集和KEGG通路富集分析;检索FerrDb数据库,获得铁死亡调控基因,综合探析补中益气汤活性靶点、RP及铁死亡之间关系并作出预测;通过AutoDock Vina 1.1.2软件进行分子对接,验证结果可靠性。体外实验以小鼠Muller细胞为研究对象,以脂多糖诱导细胞构建体外模型细胞,设置空白组、模型组、阳性对照组及补中益气汤低、中、高剂量组,采用CCK-8法检测细胞活力;使用试剂盒检测细胞中LDH、SOD、MDA水平和铁离子浓度;RT-PCR检测各组细胞中IL-6、HIF-1α mRNA及GPX-4、FTH-1、ACSL4 mRNA水平。结果:获得补中益气汤作用靶点117个,预测得到IL6、IL1β、EGFR、ESR1、PPARG等18个靶点可能是补中益气汤调控铁死亡抗RP的作用靶点,补中益气汤可通过介导MAPK、HIF-1、TNF、AGE-RAGE、Toll样受体、IL-17、PI3K-Akt等信号通路调控铁死亡。分子对接结果提示,补中益气汤中的槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇与IL-6、IL-1β、EGFR、ESR1、PPARG等候选核心靶点间存在较好的结合活性。与模型组比较,补中益气汤各剂量组细胞活力、SOD活性增强( P<0.05),LDH活性、MDA水平、铁离子含量及IL-6、HIF-1α、ACSL4 mRNA水平降低( P<0.05),GPX-4、FTH-1mRNA水平升高( P<0.05)。 结论:补中益气汤可能通过多成分、多靶点,涉及多条分子通路发挥抗炎、抗铁死亡的作用,从而达到防治RP的作用。
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编辑人员丨2天前
