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西方蜜蜂AKHR基因的生物信息学及表达模式分析
编辑人员丨1天前
本研究对西方蜜蜂Apis mellifera脂动激素受体(Adipokinetic hormone receptor,AKHR)基因AmAKHR CDS区进行RT-PCR扩增和生物信息学分析,并测定了AmAKHR在工蜂不同组织和不同发育阶段的表达模式,旨在为进一步的功能研究提供参考和基础.通过PCR扩增AmAKHR的CDS,使用相关软件预测AmAKHR蛋白的理化性质、分子特征及蛋白互作网络.采用RT-qPCR技术检测AmAKHR在工蜂不同组织和不同发育阶段的相对表达量.结果表明,AmAKHR基因CDS长度为1 050 bp,编码349个氨基酸;AmAKHR的相对分子量约为40.63 kDa,分子式为C1873H2939N471O484S26,含39个磷酸化位点,7个α-跨膜螺旋结构及8个保守基序,不含信号肽,主要分布于质膜;AmAKHR与小蜜蜂Apis florea的AKHR在进化树上聚为一支;AmAKHR的二级结构包含127个无规则卷曲,124 个α-螺旋,87 条延伸链和11 个β-转角;AmAKHR与卵黄原蛋白和神经肽Corazonin等10个蛋白构成1个互作网络;AmAKHR在西方蜜蜂工蜂的毒腺、中肠、咽下腺、脂肪体、脑和触角等6个组织中差异表达,在脂肪体中的表达量最高,而在中肠中的表达量最低;AmAKHR在西方蜜蜂工蜂 1 日龄幼虫、3 日龄幼虫、5 日龄幼虫、2日龄预蛹、1日龄蛹中均有表达,且表达量随着日龄的增长而持续上调.研究结果揭示AmAKHR为疏水性蛋白和膜蛋白,并与卵黄原蛋白和神经肽等10个蛋白潜在互作,AmAKHR可能在西方蜜蜂工蜂的能量代谢、脂类分解和变态发育中发挥作用.
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编辑人员丨1天前
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两个 FGB基因c.1115 T>A杂合变异导致的遗传性异常纤维蛋白原血症家系的表型及遗传学分析
编辑人员丨1天前
目的:对2个遗传性异常纤维蛋白原血症家系进行临床表型和基因型分析,初步探讨其发病机制。方法:采集先证者及其家系成员的外周血并进行常规出凝血、血浆纤维蛋白原活性(fibrinogen activity,Fg∶A)和纤维蛋白原抗原(fibrinogen antigen,Fg∶Ag)检测。用PCR方法扩增纤维蛋白原 FGA、 FGB和 FGG基因的所有外显子及其侧翼序列,扩增产物纯化后直接测序分析,寻找基因变异位点;用4个生物信息学预测软件对变异进行功能预测;采用PyMol软件对变异蛋白进行结构分析;用Clustal X软件分析变异氨基酸的保守性。 结果:2例先证者凝血酶时间(thrombin time, TT)延长且不能被硫酸鱼精蛋白校正,Fg∶A明显降低,分别为(1.25 g/L和1.17 g/L),但Fg∶Ag含量正常,分别为(3.50 g/L和3.81 g/L)。基因分析显示2例先证者均为 FGB第7外显子c.1115 T>A(p.Val372Glu)杂合错义变异,变异均来源于父亲。4个生物信息学软件预测结果均表示此变异为有害变异。根据美国医学遗传学与基因组学学会遗传变异标准与指南,c.1115 T>A变异判定为可能致病性变异(PM2+PP1+PP2+PP3+PP4)。Clustal X软件保守性分析结果表明Val372在同源物种间高度保守;PyMol显示p.Val372Glu变异使Fg蛋白二级结构和三维结构改变,导致活性降低。 结论:2例先证者是 FGB c.1115 T>A所致的遗传性异常纤维蛋白原血症,该位点为尚未见报道的新变异。
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编辑人员丨1天前
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常染色体隐性遗传增强蓝视锥细胞综合征中国汉族一家系临床和遗传学特征分析
编辑人员丨1天前
目的:分析增强蓝视锥细胞综合征(ESCS)一家系的临床表型及致病基因。方法:采用家系调查研究方法,收集2021年6—9月于河南省立眼科医院就诊的中国汉族疑似ESCS一家系,该家系共3代8人,其中患者1例。对先证者进行全面的眼科检查,包括视力、斜视程度、眼前节和眼底情况、视网膜自发荧光、荧光素眼底血管造影、全视野视网膜电图(ERG)、多焦ERG、光相干断层扫描,以评估表型。收集该家系成员外周血样本,提取DNA,采用全外显子组测序(WES)技术进行测序,筛查致病基因及变异位点。采用Sanger测序验证变异位点是否与临床表型共分离。采用SIFT、Polyphen2、MutationTaster在线工具分析变异位点有害性;采用美国医学遗传学及基因组学会(ACMG)遗传变异分类标准与指南分析变异位点致病性;采用SIFT分析变异位点对应氨基酸序列保守性。结果:该家系符合常染色体隐性遗传方式。先证者自幼夜盲、远视、调节性内斜视、周边视网膜色素样沉积、视网膜劈裂、ERG明视反应以大振幅波为主。WES检测发现1个复合杂合变异 NR2E3 5号外显子c.671C>T:p.S224L和6号外显子c.955G>A:p.E319K,Sanger测序验证结果显示变异位点与临床表型共分离。2个变异位点均为错义变异,在gnomAD数据库东亚人群中变异频率为0;SIFT、Polyphen2、MutationTaster预测基因产物有害;其中c.671C>T变异在疾病数据库ClinVar中有意义不明记录,c.955G>A变异为未报道新位点。ACMG遗传变异分类标准与指南显示2个变异均为临床意义未明变异。2个变异位点对应的氨基酸序列在不同物种中均具有高度保守性。 结论:该家系符合ESCS的临床特征和遗传学诊断。本研究发现了 NR2E3基因2个未报道的变异位点c.671C>T:p.S224L和c.955G>A:p.E319K。
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编辑人员丨1天前
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Y1转座酶关联转座子在大肠杆菌和沙门氏菌基因组中的分布和结构特征
编辑人员丨1天前
Y1 转座酶关联转座子(Y1ATs)的活性催化位点为一个酪氨酸,能够切割和连接单链DNA,在原核生物分布广泛.为探究Y1 转座酶关联转座子在大肠杆菌(Escherichia coli,E.coli)与沙门氏菌(Salmonella enterica,S.ente)基因组中系统进化特性,通过Hmmsearch程序对Y1 转座酶关联转座子进行了挖掘分析.结果表明,Y1 转座酶关联转座子广泛分布于96.84%大肠杆菌基因组和 80.4%沙门氏菌基因组.根据序列比对和蛋白结构域预测将Y1 转座酶关联转座子分为10 类,均隶属于IS200/IS605 超家族,其中 11 645 个属于IS200 家族,4 811 个属于IS605 家族.IS200 家族广泛分布于S.ente基因组中(72.24%),而IS605 家族广泛分布于E.coli基因组中(89.38%).IS200 拷贝数以及完整拷贝数显著高于IS605.IS200 家族仅含有一个Y1转座酶编码区,而IS605 家族含两个开放阅读框,分别编码Y1 转座酶和TnpB蛋白.IS200 家族的Y1 氨基酸序列高度保守(95.3%),而IS605 家族的Y1 和TnpB具有较高遗传多样性,为研究转座子在原核生物的遗传进化模式提供重要参考.IS200家族具有高度保守的Y1 转座酶,且完整拷贝数比例较高,提示该类转座子可能具有转座活性,对其活性的挖掘有利于研制转座子介导的新型高效基因编辑工具.
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编辑人员丨1天前
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两个Alport综合征家系的 COL4A5基因变异分析
编辑人员丨1天前
目的:分析两例X连锁显性遗传Alport综合征家系的 COL4A5基因变异谱,为该病的基因诊断和遗传咨询提供依据。 方法:应用二代测序技术并结合PCR-Sanger测序法进行基因检测,确定基因疑似致病变异后,对家系中的其他人员进行相应位点的验证,并以100名健康人样本作为对照。采用ClustalX-2.1-win软件分析氨基酸变异位点的保守性,应用SWISS-MODEL评估位点变异对蛋白质结构的影响。结果:二代测序和Sanger测序显示家系1先证者及其母亲均存在 COL4A5第28外显子c.2210G>A(p.Gly737Asp)杂合变异。家系2先证者及其母亲均存在 COL4A5基因第44外显子c.3799G>A(p.Gly1267Ser)纯合变异。检索文献发现,两种变异均为未见报道的新变异,且100名健康对照中未发生相应变异。 COL4A5基因编码的第737位和第1267位氨基酸在同源物种间高度保守。Swiss-Model预测两种变异均明显影响COL4A5蛋白的三级结构。 结论:COL4A5基因c.2210G>A (p.Gly737Asp)和c.3799G>A(p.Gly1267Ser)变异可能为Alport家系的遗传学病因。该结果丰富了 COL4A5基因变异谱,对于Alport综合征基因型与临床表型之间的相关性和产前筛查的进一步研究具有较大意义。
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编辑人员丨1天前
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一个遗传性轴后多指(趾)畸形家系的临床及遗传学分析
编辑人员丨1天前
目的:对一个轴后多指(趾)畸形家系进行基因突变分析,探讨其遗传学病因。方法:采用高通量测序技术对患儿、舅舅及其父母的全外显子组进行平行测序,并用Sanger测序进行验证。应用计算机软件预测突变位点氨基酸进化保守性和突变可能导致的蛋白质结构和功能变化,分析突变位点的性质。结果:高通量及Sanger测序结果显示,先证者、母亲及其舅舅 GLI 3基因均存在第15个外显子c.4332T>A(p.Tyr1444 *)杂合无义突变,为新突变。患儿父亲未检测到该突变位点。用Mutation Taster软件预测该突变为致病性,突变区域序列在不同物种间高度保守。 结论:GLI3基因c.4332T>A(p.Tyr1444 *)杂合无义突变是其分子发病机制,突变位点的检出明确了多指(趾)畸形患儿的诊断,丰富了 GLI3基因的突变谱。
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编辑人员丨1天前
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1种罕见SERPINC1基因复合杂合突变及其机制研究
编辑人员丨1天前
目的:对1个遗传性抗凝血酶(AT)缺陷症患者所携带的复合杂合突变进行分子机制研究。方法:先证者因“突发晕厥并四肢抽搐一天”于2018年11月就诊于温州医科大学附属第一医院。采集先证者及其家系成员(共3代9人)外周静脉血并进行家系调查。采用发色底物法检测AT活性(AT:A),免疫比浊法检测AT抗原(AT:Ag)。对SERPINC1基因进行直接测序以确定突变位点。利用多种计算机工具预测突变的保守性和疏水性变化。构建重组质粒表达载体并瞬时转染HEK293T细胞以进行体外过表达研究。采用Western Blotting、ELISA和细胞免疫荧光实验对重组AT蛋白进行体外表征。结果:先证者为一例21岁男性。AT:A为 33%,AT:Ag同步下降,属于Ⅰ型AT缺陷症。基因分析显示先证者在第2和第5外显子分别携带c.318_319insT(p.Asn107*)杂合插入突变和c.922G>T(p.Gly308Cys)杂合错义突变。该两个突变位点在同源物种中均完全保守;疏水性分析表明,p.Gly308Cys突变可能降低氨基酸残基307-313的亲水性。体外表达显示,重组蛋白AT-G308C在转染细胞裂解液和培养上清中的含量分别降低至46.98%±2.94%和41.35%±1.48%;经蛋白酶体抑制剂(MG132)处理后,Western Blotting分析显示在细胞质中的AT-G308C蛋白量恢复到与野生型相似的水平;在细胞裂解液和培养上清中均未检测到重组蛋白AT-N107*。结论:p.Asn107*杂合插入突变和p.Gly308Cys杂合错义突变与该家系先证者AT水平降低有关。p.Asn107*杂合插入突变可能触发无义突变介导的mRNA降解,从而消除异常转录本;p.Gly308Cys杂合错义突变可能通过改变局部残基的疏水性导致AT蛋白在细胞质中发生蛋白酶体依赖性降解。
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编辑人员丨1天前
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中国汉族ADRP一家系 RHO基因变异基因型及临床表型分析
编辑人员丨1天前
目的:分析中国汉族常染色体显性遗传视网膜色素变性(ADRP)一家系的致病基因及临床表型。方法:采用家系调查研究,收集2019年11月于河南省人民医院进行遗传咨询的中国汉族RP一家系,纳入该家系4代20名成员,包括9例患者和11名表型正常者,对部分家系成员进行视力、视野和眼底检查。收集该家系成员外周血样本,提取DNA,采用Ion Torrent PGM测序平台,对先证者进行包含43个与RP相关基因的外显子靶向测序,采用PCR和Sanger测序对变异位点进行验证。采用在线软件对变异位点进行蛋白功能预测。采用ClustalW2多重比对程序对变异位点的氨基酸序列进行比较。根据美国医学遗传学与基因组学学会(ACMG)遗传变异分类标准与指南分析变异的致病性。结果:该家系符合常染色体显性遗传。先证者,男,26岁,自幼双眼夜盲,视力右眼0.25,左眼0.5。双眼视网膜有骨细胞样色素沉着,视网膜血管变细,视盘颜色变淡。全视野视网膜电图检查显示,暗适应a波和b波峰值降低,明适应a波和b波峰值重度降低。其余家系成员患者均于7~10岁开始出现夜盲,约50岁时周边视力完全丧失,眼科检查均呈典型RP改变。基因检测结果显示,该家系视紫红质( RHO)基因(NM_000539.3)5号外显子中存在1个杂合错义变异c.982delC(p.L328fs)。该变异可导致编码的RHO蛋白第328位氨基酸以后的21个氨基酸改变,使编码区由348个氨基酸增加到358个氨基酸,RHO蛋白结构发生改变;多个不同物种之间蛋白同源序列比对分析结果显示该位点高度保守。根据ACMG遗传变异分类标准与指南,该变异具有1个非常强的致病性证据PVS1,2个中等致病证据PM2,3个支持致病证据PP1、PP3、PP4,属于致病性变异。 结论:RHO基因c.982delC变异为该家系的致病基因变异位点,该变异位点在中国汉族家系中首次报道。
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编辑人员丨1天前
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颅额鼻综合征患者1例的临床及遗传学分析
编辑人员丨1天前
目的:探讨1例颅额鼻综合征(CNFS)患者的临床特征及遗传学病因。方法:选取2021年11月13日于贵阳市妇幼保健院就诊的1例CNFS患者为研究对象。收集患者的临床资料,抽取患者及其父母的外周静脉血样,进行家系全外显子组测序(trio-WES)与Sanger测序验证,并对候选变异进行生物信息学分析。结果:患者为15岁女性,以前额膨凸、眼距与鼻背过宽、双鼻尖为主要临床表现。基因检测结果提示其携带 EFNB1基因c.473T>C(p.M158T)杂合错义变异,其父母均未携带该变异。生物信息学分析: EFNB1基因c.473T>C(p.M158T)变异在HGMD及ClinVar数据库中未见收录,在1000 Genomes、ExAC、gnomAD及神州基因组数据云等数据库中均未见人群携带频率收录;经REVEL在线软件预测,该变异对基因或基因产物可造成有害影响;经UGENE软件分析,该变异位点所编码的氨基酸在不同物种间高度保守;经AlphaFold2软件进行3D建模显示,该变异可能影响Ephrin-B1蛋白的结构与功能。根据美国医学遗传学与基因组学学会(ACMG)指南与临床基因组资源中心(ClinGen)的建议,该变异被评级为致病性变异。 结论:结合患者的临床特征与基因检测结果,确诊其为CNFS, EFNB1基因c.473T>C(p.M158T)杂合错义变异可能为该患者的遗传学病因。上述发现为其家系的遗传咨询和产前诊断提供了依据。
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编辑人员丨1天前
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F12基因复合变异导致的遗传性凝血因子Ⅻ缺陷症一个家系的分析
编辑人员丨1天前
目的:对1个遗传性凝血因子Ⅻ(FⅫ)缺陷症家系进行临床表型及基因变异分析。方法:以2021年12月24日空军军医大学第一附属医院检验科发现的1个FⅫ缺陷症家系作为研究对象。用凝固法检测活化部分凝血活酶时间(APTT)与凝血因子Ⅻ的活性(FⅫ:C),用ELISA法检测FⅫ抗原(FⅫ:Ag)。提取基因组DNA,用Sanger法测定 F12基因的所有外显子及其侧翼序列。用ClustalX-2.1-win、PROVEAN及Swiss-Pdb Viewer软件分析变异位点氨基酸的保守性、变异的有害性以及对蛋白质结构的影响。 结果:先证者APTT延长至70.2 s,FⅫ:C和FⅫ:Ag分别降低至12%和13%。基因测序发现先证者 F12基因第5和13外显子分别存在c.346G>A(p.Gly97Ser)和c.1583C>A(p.Ser509Tyr)杂合错义变异;其父亲和姐姐均携带c.346G>A(p.Gly97Ser)杂合变异,母亲和哥哥均携带c.1583C>A(p.Ser509Tyr)杂合变异。 结论:c.346G>A(p.Gly97Ser)和c.1583C>A(p.Ser509Tyr)复合杂合变异很可能是该家系遗传性FⅫ缺陷症的遗传学病因。
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编辑人员丨1天前
