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2014—2015年北京市批发市场肉类食品中沙门菌表型和基因组特征分析
编辑人员丨1周前
目的:分析北京批发市场肉类食品中沙门菌的表型和基因组特征。方法:对分离自北京市批发市场的336株肉类食品来源沙门菌,采用微量肉汤稀释法对25种抗菌药物进行耐药性测试,开展全基因组测序并使用SeqSero2、SISTR软件分析血清型和ST型,使用Abricate软件的CARD、VFDB模块预测菌株的耐药基因和毒力因子,使用沙门菌分子血清分型试剂盒和血清凝集法验证部分疑难菌株血清型。结果:336株沙门菌菌株对萘啶酸、氨苄西林的耐药率分别为62.5%(210/336)和55.1%(185/336),对替加环素、头孢西丁和碳青霉烯类抗菌药物均敏感;207株(61.6%,207/336)为多重耐药株,最高可同时耐受10类药物,最常见耐药谱为NAL-AMP-SAM。共检出24种血清型,主要型别为肠炎(34.5%,116/336)、德尔卑(17.3%,58/336)和印第安纳(10.4%,35/336);共检出27种ST型,主要型别为ST11,ST型与血清型较为相符。氨基糖苷类、氟喹诺酮类、β-内酰胺类、磺胺类、四环素类耐药基因的携带率均超过48%,耐药基因预测与耐药表型结果一致性较高;共预测出122种毒力基因,其中74种携带率达100%。结论:北京市批发市场肉类食品中沙门菌中多重耐药比例较高、耐药谱复杂,血清型和ST型种类多样,耐药基因和毒力基因携带率较高,耐药表型和基因型较为一致。
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编辑人员丨1周前
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2017—2020年广东省副溶血弧菌引起的食源性暴发事件流行病学及病原特征分析
编辑人员丨1周前
目的:分析2017—2020年广东省副溶血弧菌暴发事件的基本流行病学及病原特征。方法:对2017—2020年广东省87起副溶血弧菌暴发事件的基本流行病学特征进行统计分析,对分离株进行血清分型,并运用PFGE进行分子分型。结果:广东省副溶血弧菌暴发事件分布在16个地市,44.8%(39/87)和37.9%(33/87)的暴发事件发生在宾馆饭店和学校单位食堂,食品加工存储不当(40.2%,35/87)和生熟不分引起的交叉污染(25.3%,22/87)是引起副溶血弧菌的食源性疾病暴发的主要原因。患者来源菌株主要血清型为O3:K6(87.5%)和O4:KUT(22.5%)。PFGE谱型提示O3:K6型分离株间的相似值为65.5%~100.0%,O4:KUT型分离株的PFGE谱型相似值为66.5%~100.0%。结论:2017—2020年广东省副溶血弧菌引起的食源性暴发事件广泛分布,需加强对宾馆、饭店、学校、单位食堂食品正确处理方面的宣传与教育。O3:K6和O4:KUT血清型是暴发事件的主要血清型,流行菌株之间存在遗传多样性。
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编辑人员丨1周前
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儿童来源肠道沙门菌肠道亚种非 A~ F群血清型分离株的耐药性及分子流行病学和毒力基因分布
编辑人员丨1周前
目的:分析肠道沙门菌肠道亚种非A~F群血清型分离株的耐药性、分子流行病学和毒力基因分布情况,以明确其流行特点,为临床诊疗提供流行病学依据。方法:针对浙江大学医学院附属儿童医院2017—2020年收集的11株肠道沙门菌肠道亚种非A~F群血清型分离株,进行血清分型及抗菌药物敏感性试验,并进行全基因组测序,进而对测序结果进行血清型、多位点序列分型和毒力基因分析。结果:本院肠道沙门菌肠道亚种非A~F群血清型分离株检出率较低,占比1.13%。11株菌株中,包含长湾尼血清型3株,非丁伏斯血清型2株,汪兹沃思、波摩那、凯杜古、厄班那、浦那、库马西血清型各1株。11株非A~F群肠道沙门菌肠道亚种分离株中除2株多重耐药株外,其余菌株对绝大多数抗菌药物均敏感,且最低抑菌浓度(MIC)均处于较低水平。11株菌共检测出9种ST型,3株长湾尼血清型菌株均为ST3918,其他分离株分别为不同的ST型。通过核心基因组构建进化树显示3株长湾尼血清型菌株亲缘关系紧密。11株菌株共检测出毒力基因103种,包含分泌系统相关基因78种,黏附相关基因21种,镁吸收相关基因2种,抗菌肽耐药性相关基因1种,伤寒毒素相关基因1种。结论:本院肠道沙门菌肠道亚种非A~F群血清型分离株的检出率较低,对常见抗菌药物敏感性较高,ST型及亲缘关系呈多样性分布。临床实验室应关注肠道沙门菌肠道亚种非A~F群血清型分离株的检出,并持续关注其耐药性和毒力基因变化。
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编辑人员丨1周前
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人腺病毒感染现状及分型检测技术的研究进展
编辑人员丨1周前
已知人腺病毒有多种血清型,不同血清型的腺病毒可引起人体多系统的感染,包括以社区获得性肺炎为主要表现的腺病毒肺炎。仅靠临床表现很难区分腺病毒与其他病原体感染。快速、准确地识别腺病毒感染并对其进行有效分型,对指导临床诊断、治疗、院感防控及流行病学监测有重要意义。本文就人腺毒的分子特征、流行病学和分型检测及研究进行综述,希望有助于临床制定诊疗决策。
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编辑人员丨1周前
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2019—2020年马鞍山市公共场所淋浴用水嗜肺军团菌分子特征研究
编辑人员丨1周前
目的:分析2019—2020年马鞍山市公共场所淋浴用水嗜肺军团菌的病原学特征。方法:于2019—2020年,根据马鞍山市花山区和雨山区人口密度分布和洗浴场所营业规模,选取8家公共洗浴场所(包括3家大型、3家中型和2家小型公共洗浴场所),共采集淋浴水及其蓄水池水308份(294份淋浴水和14份蓄水池水),对采集的水样进行处理、培养和分离鉴定后,再对检测阳性的标本进行嗜肺军团菌型别特征分析。结果:308份淋浴水及蓄水池水检出嗜肺军团菌阳性120份,总体阳性率为39.0%(120/308)。共检出154株嗜肺军团菌,包含10种不同血清型,主要以血清型1型(LP1)和血清型3型(LP3)为主,占比分别为40.9%(63/154)和22.7%(35/154);14种毒力基因全部阳性的嗜肺军团菌有23株,占比为14.9%(23/154),其中19株为血清型1型(LP1),4株为血清型8型(LP8);对154株嗜肺军团菌菌株进行脉冲场凝胶电泳聚类分析,得到60种不同的带型。结论:马鞍山市公共场所淋浴水环境中嗜肺军团菌污染严重,血清型别种类分布较广,菌株毒力较强,且菌株具有遗传多样性。
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编辑人员丨1周前
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江苏省首例人感染猪种布鲁菌的分子诊断及特征分析
编辑人员丨1周前
目的:鉴定人感染猪种布鲁菌,掌握其生物及分子特征,为布鲁菌病的防控提供依据。方法:自江苏省首例人感染猪种布鲁菌患者体内分离布鲁菌菌株,采用血清凝集试验进行血清分型;采用普通PCR方法进行布鲁菌特异性基因bcsp-31检测;采用AMOS-PCR方法进行分型序列IS-711鉴定;采用多重PCR方法进行种及生物型鉴定,对wboA基因扩增产物进行测序,并构建系统发育树;采用多位点序列分析(multilocus sequence analysis,MLSA)进行分子分型分析,并与参考菌株进行聚类分析。结果:通过血清凝集试验及PCR方法,确认该菌为猪种布鲁菌生物3型。wboA基因测序后,参考序列聚类分析发现与生物3型猪种布鲁菌str. 686(CP007719)最为接近。MLSA分型为ST17型(1-6-4-1-5-3-5-2-4)。结论:江苏省首次发现人感染猪种布鲁菌生物3型,MLSA分型为ST17型。今后在该地区进行人间布鲁菌病防控的同时,还应积极与畜牧兽医部门合作,加强生猪的检疫、免疫等防治措施。
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编辑人员丨1周前
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2020—2022年河南省某医院高毒力耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌分子流行病学特征研究
编辑人员丨1周前
目的:探讨河南省某医院高毒力耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(hv-CRKP)的临床分布、耐药特征和分子流行病学特征,为临床治疗用药和院内感染防控提供科学依据。方法:采用临床资料回顾性研究。回顾性分析2020年1月至2022年12月河南省中医院临床微生物实验室分离的CRKP菌株相关患者的临床资料。利用挑丝试验、毒力基因检测、血清杀伤试验和大蜡螟幼虫毒力试验联合检测筛选出hv-CRKP菌株;WHONET 5.6分析hv-CRKP临床特征及25种抗菌药物耐药率;胶体金法检测hv-CRKP的碳青霉烯酶表型,多聚酶链式反应(PCR)技术和桑格测序技术检测hv-CRKP检测碳青霉烯酶耐药基因、多位点序列分型(MLST)和荚膜血清型。结果:2020—2022年本院共检出非重复CRKP临床分离株264株,其中hv-CRKP 23株,hv-CRKP的检出率为8.71%(23/264),主要分布在重症医学科(10/23)和神经外科(8/23),标本来源主要为痰液(10/23)和支气管肺泡灌洗液(6/23);hv-CRKP对β-内酰胺类、氟喹诺酮类和氨基糖甙类抗菌药物高度耐药,仅对多黏菌素B、替加环素和头孢他啶/阿维巴坦保持较好的敏感性;23株hv-CRKP中KPC-2型碳青霉烯酶的检出率为91.30%(21/23),未检出B类和D类碳青霉烯酶;MLST和荚膜血清分型结果显示,本院hv-CRKP主要为ST11型,占比56.52%(13/23),荚膜血清型以K64(9/13)和KL47(4/13)为主。结论:hv-CRKP主要来自重症科室的下呼吸道标本,耐药情况较为严重,流行株具有一定的多态性,主要为产KPC-2型碳青霉烯酶的ST11-K64型和ST11-KL47型。
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编辑人员丨1周前
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2020-2022年广州地区副溶血性弧菌病原学特征分析
编辑人员丨3周前
目的 了解广州地区副溶血性弧菌的血清型、毒力基因和分子特征,为副溶血性弧菌疾病的防控提供科学依据.方法 对2020-2022年收集到的副溶血性弧菌菌株进行血清分型、毒力基因检测和脉冲场凝胶电泳(PFGE),并使用国家致病菌识别网的比对功能进行同源性分析.结果 收集到132株副溶血性弧菌,其中50.8%(67/132)的菌株血清型为O10∶K4,其次为O3∶K6(34.8%,46/132);毒力基因结果显示所有的菌株tlh基因阳性(100.0%,132/132),有130株tdh基因阳性(98.5%,130/132),2株trh基因阳性(1.5%,2/132);PFGE聚类分析发现菌株可分为31个PFGE型别,菌株间相似值为23.54%~100.00%,有6个集中聚类.结论 广州地区副溶血性弧菌引起的食源性疾病以O10∶K4和O3∶K6血清型为主,大多数菌株携带tdh基因,PFGE图谱提示基因多样性.
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编辑人员丨3周前
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2014-2022年北京市肠道门诊分离的肠出血性大肠埃希菌分子分型特征分析
编辑人员丨3周前
目的 了解北京市肠出血性大肠埃希菌(enterohemorrhagic Escherichia coli,EHEC)分子特征及流行趋势.方法 收集2014-2022年北京市肠道门诊分离到的肠出血性大肠埃希菌,通过药敏试验及全基因组测序及数据分析,以了解病原的药物敏感性及分子特征.结果 共收集到14株EHEC,其中4株为多耐药菌株;多位点序列分型(multi-locus sequence type,MLST)分析ST11型占比最高(5/14);血清分型O157:H7占比最高(6/14);全基因组单核苷酸分型(whole genome single nucleotide polymorphism,wgSNP)结果显示 6 株 O157:H7 菌株分成一簇,其他菌株分成一簇;14 株北京分离到的EHEC和美国国家生物技术信息中心(NCBI)网站下载的678株中国及周边国家分离的大肠埃希菌全基因组数据wgSNP分型,没有形成明显的地域性聚集,均以散发分布为主.结论 EHEC仍是北京市肠道传染病重要的病原菌,需要进一步加强EHEC监测.
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编辑人员丨3周前
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赣州市食源性腹泻患者分离沙门菌耐药性和分子分型特征研究
编辑人员丨1个月前
目的 了解赣州市食源性沙门菌耐药性和分子分型特征,建立赣州市食源性沙门菌耐药性和分子指纹图谱数据库,为临床合理用药和食源性沙门菌病的暴发溯源提供科学依据.方法 对赣州市2020-2022年食源性疾病主动监测中分离的136株沙门菌进行血清分型、药物敏感性试验、全基因组测序(WGS)和脉冲场凝胶电泳(PFGE),并进行耐药基因注释和图谱聚类分析.结果 赣州市食源性沙门菌对STR耐药率最高(83.09%),其次为TET(78.68%)和AMP(76.47%);多重耐药菌株占76.47%,耐药谱型广泛,主要流行耐药谱型为AMP-TET-CHL-STR-SXT;WGS预测出7种类别共61种耐药基因,以氨基糖苷类耐药基因携带率(99.19%)最高,大环内酯类(8.87%)最低;136株沙门菌以鼠伤寒变种和鼠伤寒为优势血清型,经PFGE分子分型分为98种带型.结论 赣州市食源性沙门菌耐药状况严重,耐药基因携带率高且基因型多样,PFGE分子型别呈多态性,优势血清型别可能引起暴发流行,应加强监测和研究.
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编辑人员丨1个月前