目的:了解胎儿弯曲菌龟亚种( Campylobacter fetus subsp. testudinum， Cft)的分子流行病学特征。 方法:对本实验室2010—2022年收集的15株胎儿弯曲菌龟亚种进行全基因组测序，结合GenBank公布的全球 Cft基因组数据进行流行病学分析；MLST-GrapeTree分析 Cft的群体遗传结构；核心基因组单核苷酸多态性位点(cgSNP)构建 Cft的系统发育树，rhierBAPS确定其种群结构；CARD、ResFinder及VFDB注释 Cft的耐药及毒力基因； E-test法进行药敏试验，并参考CLSI-M45空肠/大肠弯曲菌药敏标准进行结果解释。 结果:基于基因组平均核苷酸一致性(ANI)分析，共纳入全球41株 Cft基因组信息，其中人类来源24株，动物来源13株，未知来源4株。流行病学资料显示，24株人类来源菌株中，20株感染对象为黄种人，1例为白种人(配偶是亚裔)，其余未知，差异分布具有统计学意义。13株动物来源菌株均分离自爬行动物，包括龟类6株、蛇类4株、蜥蜴类3株。MLST分型显示，中国分离株以ST46为主要序列型，美国则以ST15为主要序列型；Grapetree显示，中国分离株的遗传多态性高于美国分离株；通过cgSNP及BAPS重建的系统发育发现全球 Cft构成6个种群，中国分离株呈散在分布且与动物源菌株亲缘关系密切；美国分离株相对较集中(SC3)，且以ST15克隆传播为主；毒力基因分析显示，与鞭毛、糖基化系统及黏附素相关的毒力基因在 Cft中携带率为100.00%，而与侵袭性相关的Ⅳ型分泌系统 virB4、 virB9、 virD4因子及 tetO外排泵基因均存在于新发现的ST74中；15株中国分离株的体外药物敏感性试验结果表明， Cft对环丙沙星耐药率为46.67%，对红霉素敏感性为100.00%。 结论:全球 Cft的群体结构呈现出较高的遗传多态性且感染人群多伴有基础免疫性疾病，其感染可能与食入或接触爬行类动物有关；本次研究发现的中国临床分离株主要流行型为ST46及新发现ST74型别，应引起我们的关注。

耐甲氧西林金黄色葡萄球菌是院内感染常见病原菌之一，也可导致社区相关性感染。社区相关性耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(CA-MRSA)与医院相关性耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(HA-MRSA)在很多方面存在差异，其对多数非β-内酰胺类抗菌药敏感，大多携带杀白细胞素，多为葡萄球菌染色体mec基因盒Ⅳ或Ⅴ型。CA-MRSA毒力更强，并不仅仅归因于杀白细胞素，α-毒素和α型酚溶调制蛋白等核心基因组编码的毒素也是其高毒力、高致病性的重要原因。金黄色葡萄球菌对β内酰胺类抗生素耐药主要是因为存在mecA基因，而对非β-内酰胺类抗生素是否耐药则取决于是否携带其他耐药基因。本文对CA-MRSA的流行病学、毒力因子、耐药基因以及与HA-MRSA的区别等作一综述。

目的:了解一株分离自临床血液标本中罕见菌——阿尔塔米拉金色单胞菌( Aureimonas altamirensis)的生物学特点、鉴定方法、基因组结构和临床意义。 方法:对一株血培养分离菌的培养特性、简单生化特征观察了解；用实验室常规的生化鉴定仪、MALDI-TOF质谱仪和16S rRNA基因序列分析鉴定分离菌，并将测得的16S rRNA基因序列与相关菌株构建16S rRNA系统进化树；对分离菌基因组进行测序和组装，利用相关软件对基因组作基因预测和功能注释。将分离菌与GenBank数据库中收录的相近菌株作基于31个House-Keeping基因进化树分析和全基因组同源核苷酸平均一致性(average nucleotide identity，ANI)分析。结果:分离菌为过氧化氢酶、脲酶、氧化酶反应阳性的革兰阴性无芽孢需氧小杆菌，在血平板上生长缓慢，不能被自动化细菌生化鉴定仪和MALDI-TOF质谱鉴定仪可靠鉴定，16S rRNA基因序列分析和进化树显示：该菌16S rRNA基因序列与GenBank收录的NML070722和IARI-ABL-26阿尔塔米拉金色单胞菌16S rRNA基因序列(序列号为EU442518.1和KC581669.1)一致性最高，相似性均为99.93%。全基因测序结果表明该菌基因组(国家微生物科学数据中心基因序列号：NMDC60043566)总长为4 332 458 bp，GC含量65.14%；编码4 088个基因，功能基因注释显示功能基因主要富集于蛋白质、氨基酸、碳水化合物转运和代谢类功能区，致病基因分析预测到两个可靠性高毒力因子基因，未预测到耐药基因。基因组House-Keeping基因进化树分析显示该菌与阿尔塔米拉金色单胞菌DSM21988和C2P003(NCBI基因组序列号为GCF 001463885.1和GCF 000800175.1)高度同源，但全基因组ANI分析显示其基因组与两菌存在较大差异。结论:在国内临床标本中分离出罕见的阿尔塔米拉金色单胞菌，其生物学和基因组特点还没有被充分认识，目前常规方法难以正确鉴定，其对免疫低下患者的致病性和在临床标本中分离的意义可能还需要更多的病例研究。

金黄色葡萄球菌(金葡菌)是常见人类致病菌之一。既往报道以杀白细胞素(Panton-Valentine Leukocidin，PVL)为代表的毒力蛋白为细菌侵袭人体后的重要致病因子。随研究不断深入，目前有学者认为 pvl基因的存在对金葡菌致病力影响较小。本文旨在回顾并总结近年关于 pvl特点、分子流行病学、致病性及争议之处的相关研究。

目的:了解江苏省腹泻患者临床分离耶尔森菌的分布特点及分子特征。方法:2017-2021年，在小肠结肠炎耶尔森菌国家级主动监测点江苏省徐州市铜山区和盐城市东台市，采集腹泻患者粪便标本，进行耶尔森菌菌株分离；同时，收集全省哨点医院疑似耶尔森菌菌株。提取分离菌株DNA进行全基因组重测序，并上传至EnteroBase数据库进行耶尔森菌种型鉴定，原始数据经清洁和处理后进行16S核糖体RNA（16S rRNA）基因多态性分析；通过美国国家生物技术信息中心（NCBI）和病原菌毒力因子数据库（VFDB）扫描5种毒力基因（ail、ystA、ystB、yadA、virF）携带情况，同时构建K-mer树并进行基因组特征分析。结果:2017-2021年，共采集腹泻患者粪便标本2 058份，经分离鉴定，得到57株耶尔森菌；同时，通过哨点医院收集到2株耶尔森菌。经EnteroBase数据库比对，51株菌为小肠结肠炎耶尔森菌，4株菌为 Yersinia proxima，阿利克西奇耶尔森菌、马赛耶尔森菌、中间耶尔森菌及 Yersinia canariae各1株。16S rRNA基因多态性分析显示，全部菌株被聚类为3个大组，可区分小肠结肠炎耶尔森菌和其他耶尔森菌。51株小肠结肠炎耶尔森菌中，49株为毒力基因Ⅲ型（ail-、ystA-、ystB+、yadA-、virF-），2株为毒力基因Ⅱ型（ail+、ystA+、ystB-、yadA-、 virF-）；8株其他耶尔森菌均为毒力基因Ⅳ型（ail-、ystA-、ystB-、yadA-、virF-）。K-mer分析可区分小肠结肠炎耶尔森菌和其他耶尔森菌，JS-XZ-2020001菌株与其他小肠结肠炎耶尔森菌距离较远，血清型为O8的小肠结肠炎耶尔森菌分布较集中。 结论:江苏省腹泻患者临床分离耶尔森菌以小肠结肠炎耶尔森菌为主，其他耶尔森菌少量并存，同时发现了 Yersinia proxima和 Yersinia canariae两个耶尔森菌新种型。小肠结肠炎耶尔森菌的毒力基因携带以Ⅲ型为主。16S rRNA基因多态性分析和K-mer分析均可有效区分小肠结肠炎耶尔森菌和其他耶尔森菌。

目的:对临床分离的致关节感染的两株皮疽诺卡菌（ Nocardia farcinica）进行全基因组测序并分析其耐药性。 方法:2020年1月收集两株导致老年患者膝关节感染的皮疽诺卡菌菌株，采用全基因组测序对细菌进行鉴定，根据CLSI M24推荐的微量肉汤稀释法和E-test法进行药物敏感性分析，通过ABRicate工具比对获得性耐药和毒力基因，Snippy等生物信息学工具进行同源性等基因特征分析。结果:本研究的临床分离株均为皮疽诺卡菌，对头孢曲松、头孢吡肟、头孢噻肟、甲氧苄氨嘧啶/磺胺甲噁唑（TMP/SMX）耐药，对亚胺培南、利奈唑胺和含有酶抑制剂类抗生素阿莫西林/克拉维酸敏感。携带A类β内酰胺酶基因 far-1、RNA聚合酶结合蛋白基因 RbpA、多耐药外排泵转录激活因子基因 MtrA和调节转录因子基因 vanR-O，分别介导对β内酰胺抗生素、利福平、大环内酯类药物和万古霉素的耐药性。不含有获得性TMP/SMX耐药基因，二氢叶酸还原酶家族基因存在多个错义突变，均携带与结核分枝杆菌同源的 icl、 mbtH、 phoP、 relA毒力基因，SNP同源分析表明两株皮疽诺卡菌具有很近的亲缘关系，两株菌仅存在10个SNP位点、6个复合基因和1段基因缺失变异。 结论:全基因测序技术有助于研究诺卡菌的分子特征和耐药机制；皮疽诺卡菌对TMP/SMX耐药现象需要重视，参与二氢叶酸代谢途径的酶基因突变有可能是TMP/SMX耐药的原因之一。

目的:分析皮肤化脓性感染部位分离的金黄色葡萄球菌（简称金葡菌）耐药、毒力及分子流行病学特征，为临床抗感染用药提供实验依据。方法:收集内蒙古医科大学附属医院2020年5-12月皮肤科住院患者皮肤化脓性感染部位及鼻腔分泌物样本进行细菌分离培养。采用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱鉴定疑似金葡菌菌落，用微量肉汤稀释法进行药物敏感性试验，PCR扩增金葡菌毒力基因，实时荧光定量PCR检测tsst-1、pvl、hla、clfA 4种毒力基因在不同来源金葡菌菌株中的相对表达量。对金葡菌菌株进行多位点序列分型（MLST）。耐药率及毒力基因检出率比较采用 χ2检验或Fisher确切概率法，计量资料组间比较采用 t检验或曼-惠特尼 U非参数检验。 结果:在210例住院患者中，共分离金葡菌85株，包括皮肤化脓性感染部位54株（病例组），鼻腔部位31株（对照组）。药敏试验结果显示，85株金葡菌中14株为耐甲氧西林金葡菌（MRSA）。85株菌对青霉素耐药率[90.59%（77/85）]最高；对克林霉素和红霉素耐药率分别为60.00%（51/85）、61.18%（52/85），未发现对利福平、万古霉素和利奈唑胺耐药菌株。PCR显示，病例组菌株pvl基因检出率（33.33%，18/54）高于对照组（12.90%，4/31， χ2 = 4.28， P = 0.038）。实时荧光定量PCR显示，对照组菌株clfA相对表达量[3.87（2.30，5.94）]高于病例组[1.63（0.95，2.62）， P = 0.007]。85株金葡菌分型共得到17个ST型别，其中主要优势型别为ST398-甲氧西林敏感金葡菌（20/71）和ST22-MRSA（9/14）。ST22-MRSA菌株毒力基因pvl检出率（14/14）明显高于非ST22型MRSA（0， P < 0.001）。 结论:皮肤化脓性感染部位分离的金葡菌对青霉素、克林霉素和红霉素耐药率较高，这些抗生素不应作为临床经验治疗的首选药；皮肤金葡菌感染性疾病发病可能与毒力基因pvl有关；金葡菌鼻腔定植可能与clfA基因有关。

目的:分析北京批发市场肉类食品中沙门菌的表型和基因组特征。方法:对分离自北京市批发市场的336株肉类食品来源沙门菌，采用微量肉汤稀释法对25种抗菌药物进行耐药性测试，开展全基因组测序并使用SeqSero2、SISTR软件分析血清型和ST型，使用Abricate软件的CARD、VFDB模块预测菌株的耐药基因和毒力因子，使用沙门菌分子血清分型试剂盒和血清凝集法验证部分疑难菌株血清型。结果:336株沙门菌菌株对萘啶酸、氨苄西林的耐药率分别为62.5%（210/336）和55.1%（185/336），对替加环素、头孢西丁和碳青霉烯类抗菌药物均敏感；207株（61.6%，207/336）为多重耐药株，最高可同时耐受10类药物，最常见耐药谱为NAL-AMP-SAM。共检出24种血清型，主要型别为肠炎（34.5%，116/336）、德尔卑（17.3%，58/336）和印第安纳（10.4%，35/336）；共检出27种ST型，主要型别为ST11，ST型与血清型较为相符。氨基糖苷类、氟喹诺酮类、β-内酰胺类、磺胺类、四环素类耐药基因的携带率均超过48%，耐药基因预测与耐药表型结果一致性较高；共预测出122种毒力基因，其中74种携带率达100%。结论:北京市批发市场肉类食品中沙门菌中多重耐药比例较高、耐药谱复杂，血清型和ST型种类多样，耐药基因和毒力基因携带率较高，耐药表型和基因型较为一致。

目的:研究海盐弗朗西斯菌( Francisella salimarina)的系统发育和毒力基因分布情况。 方法:纳入GenBank数据库中的相关基因组数据，对海盐弗朗西斯菌及邻近菌种进行系统发育分析，分析16S rRNA基因、 rpoB基因、 mdh基因等单个基因与核心基因组系统发育的一致性，基于毒力因子数据库和抗生素耐药基因数据库注释并分析毒力基因及耐药基因。以蜃楼弗朗西斯菌( Francisella philomiragia) ATCC 25015 T为参考，采用大蜡螟幼虫感染试验评估海盐弗朗西斯菌的毒力。 结果:海盐弗朗西斯菌在系统发育上与蜃楼弗朗西斯菌亲缘关系最为相近。系统发育树比较发现， mdh基因系统发育树与核心基因组系统发育树高度相似。而单基因系统发育分析显示，基于16S rRNA基因和 mdh基因序列分析均能鉴别海盐弗朗西斯菌及邻近菌种，但 mdh基因具有更强的区分能力。8株海盐弗朗西斯菌共检出多种毒力基因，主要与分泌系统、黏附、免疫调节、运动和应激生存相关。此外，8株菌均检测到β-内酰胺类耐药基因 blaFPH。该菌在大蜡螟幼虫感染试验中表现出较高的致死能力，与蜃楼弗朗西斯菌ATCC 25015 T相近。 结论:海盐弗朗西斯菌是一种致病能力与蜃楼弗朗西斯菌相近的罕见病原体， mdh基因可作为快速鉴定海盐弗朗西斯菌的分子靶标。

菌斑微生物之间存在复杂的相互作用，在环境因素的影响下可使群落产生重构，促进牙周炎的发生与发展。关键微生物在调节微生物群落动态变化中十分重要。在牙周微生态中，共存网络构建和分析的方法有助于筛选牙周炎相关的关键微生物以便进一步进行实验研究。这些微生物如牙龈卟啉单胞菌等可以作为微生物成员的重要联络者协同调节群落毒力等特征，或作为响应环境因素的重要调控因子如介导免疫失衡推动群落结构和功能重塑。本文将从微生物共存网络构建、应用网络拓扑分析技术进行关键微生物筛选与预测，以及与牙周炎发生发展相关的关键微生物等方面进行综述，为进一步确定关键微生物以及研究此类微生物在群落动态变化中的作用提供参考。