-
N6-甲基腺苷修饰与非小细胞肺癌淋巴结转移相关
编辑人员丨1天前
目的:探讨N6-甲基腺苷(m6A)修饰与非小细胞肺癌(NSCLC)淋巴结转移的相关性。方法:从癌症基因组图谱(TCGA)数据库下载NSCLC患者的转录组测序数据,共包含1 037例原发肺癌组织样本和108例癌旁组织样本。分析参与m6A修饰过程的调控蛋白在肿瘤组织和癌旁正常组织样本中表达水平的差异,利用加权基因共表达分析(WGCNA)算法识别与m6A调控因子存在共表达关系的信使RNA(mRNA)和非编码RNA(ncRNA)并根据RNA的表达模式对NSCLC患者进行共识聚类。采用 t检验比较聚类亚组间m6A甲基化丰度的差异,采用 χ2检验比较组间淋巴结转移发生率的差异。 结果:共纳入20个m6A调控因子,肿瘤组织中15个调控因子的表达水平显著上调[甲基转移酶样蛋白3(METTL3)、YTH结构域蛋白1(YTHDC1)、YTH结构域结合蛋白1-3(YTHDF1-3)、异质核核糖蛋白A2B1(HNRNPA2B1)和HNRNPC、ALK B同源物5(ALKBH5)等],3个调控因子显著下调[M0ETTL14、含锌指CCCH结构域蛋白13(Zc3h13)、脂肪和肥胖相关蛋白(FTO)],差异有统计学意义( P<0.05),YTHDC2和METTL16差异无统计学意义。通过WGCNA算法识别出454个与调控因子存在共表达关系的mRNAs和400个ncRNAs[325个长链非编码RNAs(lncRNAs)、23个微小RNAs(miRNAs)、28个核仁小RNAs(snoRNAs)、24个核内小RNAs(snRNAs)]。根据854个RNAs的表达模式进行共识聚类,将NSCLC患者分为2个聚类亚组(聚类1和聚类2)。WT1相关蛋白WTAP( t=14.322, P<0.01)和HNRNPC( t=15.424, P<0.01)等11个调控因子的表达水平在聚类1中均显著上调,其他9个调节因子在聚类亚组间差异无统计学意义,聚类1患者具有较高的m6A甲基化丰度。聚类1患者淋巴结转移发生率38.16%(292/765)明显高于聚类2组的22.27%(55/247),差异有统计学意义( χ2=19.487, P<0.01)。 结论:通过m6A甲基化与非小细胞肺癌淋巴结转移的相关分析,有助于探讨肺癌淋巴结转移相关机制。
...不再出现此类内容
编辑人员丨1天前
-
血清微小RNA-325-3p和成纤维细胞生长因子10表达水平对急性胰腺炎病情及预后评估的价值
编辑人员丨2024/6/1
目的 探讨急性胰腺炎血清微小RNA-325-3p(miR-325-3p)和成纤维细胞生长因子10(FGF10)表达水平对病情严重程度及预后的评估价值.方法 2021年6月~2022年10月我院诊治的急性胰腺炎病人265例,分为轻症急性胰腺炎组(100例)、中重症急性胰腺炎组(70例)和重症急性胰腺炎组(95例);同期260例健康体检志愿者为对照A组,260例慢性胰腺炎病人为对照B组.根据重症病人入院28天的生存情况,将病人分为生存组(68例)和死亡组(27例).比较各组病人miR-325-3p和FGF10水平.分析急性胰腺炎病人血清miR-325-3p、FGF10水平与急性生理和慢性健康评分Ⅱ(APACHE Ⅱ)评分的相关性以及miR-325-3p与FGF10的相关性;对影响重症急性胰腺炎病人预后的因素进行Logistic回归分析;受试者工作特征(ROC)曲线分析血清miR-325-3p、FGF10水平对重症急性胰腺炎病人预后的预测价值.结果 与对照A、B组相比,轻症、中重症、重症急性胰腺炎组病人血清miR-325-3p水平依次显著降低,差异有统计学意义(P<0.05),FGF10水平依次明显升高,差异有统计学意义(P<0.05);急性胰腺炎病人血清miR-325-3p与FGF10 水平、APACHE Ⅱ 评分均呈负相关(APACHE Ⅱ:r=-0.664,P<0.05;FGF10:r=-0.687,P<0.05)o FGF10与APACHE Ⅱ评分呈正相关(r=0.676,P<0.05).与生存组相比,死亡组身体质量指数(BMI)、APACHE Ⅱ评分、FGF10水平均明显升高(P<0.05),miR-325-3p水平显著降低,差异有统计学意义(P<0.05);Logistic回归分析发现,BMI、APACHE Ⅱ评分、FGF10是影响重症急性胰腺炎病人预后的危险因素(P<0.05),miR-325-3p是影响重症病人预后的保护因素(P<0.05);miR-325-3p、FGF10联合预测重症急性胰腺炎病人预后的ROC曲线下面积(AUC)为0.972,均优于其各自单独预测(Z二者联合-miR-325-3P=1.984,P=0.047;Z二者联合-FGF10=2.219,P=0.027).结论急性胰腺炎病人血清miR-325-3p水平降低,FGF10水平升高,与病人病情严重程度及预后相关.
...不再出现此类内容
编辑人员丨2024/6/1
-
下调人类白细胞抗原复合体18靶向微小RNA-146b-5p对胶质瘤SHG44细胞迁移和侵袭的影响
编辑人员丨2023/8/5
目的 研究下调长链非编码RNA(lncRNA)人类白细胞抗原复合体18(HCG18)靶向微小RNA-146b-5p(miR-146b-5p)对胶质瘤SHG44细胞迁移和侵袭的影响.方法 以实时定量-PCR法检测胶质瘤SHG44、CHG-5和BT325细胞与正常胶质HEB细胞中HCG18基因表达,用SHG44细胞做后续实验.将SHG44细胞分成7组:空白对照组、第1转染组(转染shRNA control)、第2转染组(转染HCG18 shRNA)、第3转染组(共转染HCG18 shRNA、inhibitor control)、第4转染组(共转染HCG18 shRNA、miR-146b-5p inhibitor),第5转染组(转染mimics control)和第6转染组(转染miR-146b-5p mimics),均为100 pmol.Transwell小室检测细胞侵袭和迁移能力变化.荧光素酶报告系统鉴定HCG18和miR-146b-5p靶向关系.结果 HCG18基因在胶质瘤SHG44、CHG-5、BT325细胞中表达水平分别为3.68±0.24,2.73±0.22和1.95±0.13,均高于正常胶质HEB细胞的1.00±0.11,差异均有统计学意义(均P<0.05),且胶质瘤SHG44细胞中HCG18表达水平最高.空白对照组、第1转染组、第2转染组、第3转染组和第4转染组细胞侵袭数目分别为156.32±12.58,155.80±13.97,99.76±8.52,100.20±9.63和146.16±10.58;迁移数目分别为196.74±15.52,199.86±16.39,148.13±13.28,150.89±10.76和181.72±12.39.第2转染组的上述指标与第1转染组相比,或第4转染组的上述指标与第3转染组相比,差异均有统计学意义(均P<0.05).经wt处理的第6转染组和第5转染组细胞荧光素活性分别为1.00±0.11和0.41±0.04,第6转染组与第5转染组相比,差异有统计学意义(P<0.05).结论 下调长链非编码RNA HCG18靶向miR-146b-5p可抑制胶质瘤SHG44细胞侵袭和迁移.
...不再出现此类内容
编辑人员丨2023/8/5
-
珠子参总皂苷通过上调miR-325-3p抑制脂多糖诱导的星形胶质细胞凋亡和炎症因子释放
编辑人员丨2023/8/5
目的:探讨珠子参总皂苷对脂多糖诱导的星形胶质细胞凋亡和炎症因子表达的影响及可能机制.方法:体外培养大鼠星形胶质细胞,不同剂量(50,100,200μg·ml-1)的珠子参总皂苷作用于脂多糖诱导的星形胶质细胞24 h、脂多糖处理转染miR-325-3p模拟物的星形胶质细胞24 h或200μg·ml-1的珠子参总皂苷作用于脂多糖诱导的的转染miR-325-3p抑制剂的星形胶质细胞24 h后,流式细胞术检测细胞凋亡,蛋白印迹法检测细胞中活化的含半胱氨酸的天冬氨酸蛋白水解酶3(cleaved-caspase3)和活化的含半胱氨酸的天冬氨酸蛋白水解酶9(cleaved-caspase9)蛋白表达,试剂盒检测细胞培养上清中肿瘤坏死因子α(TNF-α)和白细胞介素6(IL-6)水平,实时定量聚合酶链式反应(RT-qPCR)检测细胞中微小RNA-325-3p(miR-325-3p)表达.结果:珠子参总皂苷可降低脂多糖诱导的星形胶质细胞凋亡率、细胞中cleaved-caspase3和cleaved-caspase9蛋白表达及TNF-α和IL-6的分泌(P<0.05),促进miR-325-3p表达(P<0.05),且呈剂量依赖性.过表达miR-325-3p可降低脂多糖诱导的星形胶质细胞凋亡率、细胞中cleaved-caspase3和cleaved-caspase9蛋白表达及TNF-α和IL-6的分泌(P<0.05).敲减miR-325-3p逆转珠子参总皂苷对脂多糖诱导的星形胶质细胞凋亡及TNF-α和IL-6表达的抑制作用(P<0.05).结论:珠子参总皂苷可能通过上调miR-325-3p表达抑制脂多糖诱导的大鼠星形胶质细胞凋亡和炎症反应.
...不再出现此类内容
编辑人员丨2023/8/5
-
基于加权基因共表达网络分析非动脉炎性前部缺血性视神经病变的关键基因
编辑人员丨2023/8/5
目的:挖掘非动脉炎性前部缺血性视神经病变的关键基因,为研究非动脉炎性前部缺血性视神经病变的发病机制提供生物信息学支持.方法:从GEO数据库中下载大鼠GSE43671芯片数据集,使用R语言WGCNA包对基因进行分析并筛选出与临床表型相关度高的模块基因,使用ClusterProfiler包对特异性模块进行基因本体论分析(GO)及京都基因与基因组百科全书分析(KEGG),用Cytoscape软件筛选模块内关键基因并构建关键基因-miRNA互作网络.结果:采用WGCNA方法从GSE43671数据集中识别出22个模块,其中蓝色模块相关性系数最高.GO富集分析结果显示,模块内基因主要表现在上皮管形态发生等生物过程上,受体复合体等细胞成分上,眼晶状体结构组成等分子功能上.KEGG结果显示,模块内基因主要与神经活性配体-受体互作信号通路、人乳头瘤病毒信号通路、MAPK信号通路、PI3K/Akt信号通路等信号通路有关.通过PPI网络和Cytoscape软件筛选得到的排名前10的关键基因为Psmb9、Psma7、Map3k14、Psme1、Nfkb1、Rela、Psma5、Relb、Psmb4、Nfkb2;预测得到6个miRNA为miR-383-5p、miR-9a-5p、miR-155-5p、miR-223-3p、miR-495、miR-325-3p.结论:使用WGCNA方法筛选出非动脉炎性前部缺血性视神经病变的相关通路、关键基因和微小RNA,为其发病机制和治疗方法的探索提供理论依据,但该结论尚待动物实验和细胞实验加以验证.
...不再出现此类内容
编辑人员丨2023/8/5
-
微小RNA-325-3p和叉头框蛋白M1在胃腺癌中的表达及靶向关系研究
编辑人员丨2023/8/5
目的:探究微小RNA-325-3p(miR-325-3p)与叉头框蛋白M1(FOXM1)在胃腺癌中的表达,分析miR-325-3p与FOXM1的靶向关系.方法:选择人胃腺癌MGC-803、SGC-7901细胞系,分别构建miR-325-3p mimic组、miR-325-3p inhibitor组,并设立空白对照组,应用Western blot法检测FOXM1蛋白的表达,应用双荧光素酶报告基因实验验证miR-325-3p与FOXM1的靶向关系.收集确诊为胃腺癌并行根治术的42例患者的肿瘤组织和距肿物边缘>2 cm的癌旁正常胃黏膜组织,应用实时荧光定量PCR法(qRT-PCR)检测miR-325-3p的表达,应用免疫组化染色(EnVision法)检测组织中FOXM1的表达.结果:胃癌MGC-803和SGC-7901细胞系miR-325-3p mimic组FOXM1蛋白表达明显低于空白对照组,miR-325-3p inhibitor组FOXM1蛋白表达明显高于空白对照组(均P<0.05).双荧光素酶报告基因实验显示,miR-325-3p与FOXM1具有靶向关系.胃腺癌组织中miR-325-3p相对表达量明显低于癌旁正常胃黏膜组织,FOXM1阳性率明显高于癌旁正常胃黏膜组织(均P<0.05).miR-325-3p和FOXM1在胃腺癌不同肿瘤最大径、浸润深度方面比较差异有统计学意义(均P<0.05).Pearson相关性分析显示,miR-325-3p与FOXM1呈负相关(r=-0.630,P=0.027).结论:胃腺癌中miR-325-3p与FOXM1异常表达,参与肿瘤的形成和进展.miR-325-3p与FOXM1具有靶向调控关系.
...不再出现此类内容
编辑人员丨2023/8/5
-
膝关节骨关节炎血清中RIP3、miR-325-3p表达及临床意义
编辑人员丨2023/8/5
目的 探讨膝关节骨关节炎患者血清中受体相互作用蛋白质激酶3(RIP3)、微小RNA(miR)-325-3p表达,分析二者与膝关节骨关节炎病情严重程度及相关指标的关系.方法 选取2020年1月至2021年9月该院收治的190例膝关节骨关节炎患者作为骨关节炎组,及同期该院200例健康体检者作为对照组.采用反转录-实时荧光定量聚合酶链反应(qRT-PCR)法检测血清RIP3 mRNA、miR-325-3 p相对表达水平;采用酶联免疫吸附试验(ELISA)检测血清基质金属蛋白酶-13(MMP-13)、白细胞介素-6(IL-6)、软骨寡聚基质蛋白(COMP)水平.相关性分析采用Pearson相关性分析,诊断价值分析采用受试者工作特征(ROC)曲线.结果 骨关节炎组血清RIP3 mRNA、MMP-13、IL-6、COMP表达水平高于对照组(P<0.05),血清miR-325-3p相对表达水平低于对照组(P<0.05).随着KL分级增加,血清RIP3 mRNA相对表达水平逐渐升高(P<0.05),血清miR-325-3p相对表达水平逐渐降低(P<0.05).膝关节骨关节炎患者血清RIP3 mRNA与miR-325-3p相对表达水平呈负相关(P<0.05);血清RIP3 mRNA与MMP-13、IL-6、COMP水平均呈正相关(P<0.05),血清miR-325-3p与MMP-13、IL-6、COMP水平呈负相关(P<0.05).血清RIP3 mRNA、miR-325-3p相对表达水平联合诊断膝关节骨关节炎的曲线下面积明显高于二者单独诊断(P<0.05).结论 miR-325-3p在膝关节骨关节炎血清中呈低表达,RIP3 mRNA呈高表达,二者均可作为诊断膝关节骨关节炎的指标,且可能通过影响MMP-13、I L-6、C O MP水平,参与膝关节骨关节炎的发生与发展.
...不再出现此类内容
编辑人员丨2023/8/5
