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牙髓和牙周韧带间充质干细胞成骨能力差异分析研究
编辑人员丨4天前
目的 探究牙髓间充质干细胞(dental pulp stem cells,DPSCs)和牙周韧带间充质干细胞(periodontal ligament stem cells,PDLSCs)在成骨能力上的差异机制.方法 培养人牙髓干细胞和牙周干细胞(分为DPSCs组和PDLSCs组),比较两种干细胞诱导成骨分化能力的差异,通过实时荧光定量PCR检测成骨分化过程中关键转录因子的转录表达差异.同时,从GEO官网下载牙组织单细胞测序数据(GSE161267_RAW),通过比较干细胞亚群占比差异、调控成骨分化基因表达差异及生物学功能富集等揭示两种组织干细胞成骨分化功能差异的原因.结果 成骨诱导分化结果显示,DPSCs组茜素红着色较PDLSCs组更深,运用RT-PCR检测成骨分化关键转录因子骨钙素(osteocalcin,OC)、Runt相关转录因子 2(runt-related transcription factor 2,RunX2)、碱性磷酸酶(alkaline phosphatase,ALP)、破骨细胞抑制因子(osteoprotegerin,OPG)和骨形态发生蛋白-2(bone morphogenetic protein-2,BMP-2).结果 显示,与PDLSCs组相比,DPSCs组Osteocalin、ALP、RunX2、OPG和BMP-2 基因转录水平显著升高(??P<0.01,?P<0.05).单细胞测序数据分析结果显示,牙周和牙髓组织中干细胞构成比例不同,其中牙周组织中MSC2 和MSC3 亚群占比多,牙髓组织中MSC1 亚群占比多;MSC1 中调控成骨分化基因表达显著高于MSC2 和MSC3.差异基因生物学功能富集结果显示,MSC1 亚群主要表现为成骨分化及参与成骨分化的信号通路.结论 DPSCs较PDLSCs有更高的成骨分化功能,是由于DPSCs中成骨分化功能强大的细胞亚群含量高于PDLSCs.
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编辑人员丨4天前
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基于生物信息学筛选唐氏综合征胎儿脑病变相关基因及信号通路
编辑人员丨4天前
目的:基于生物信息学分析,筛选唐氏综合征(DS)胎儿脑病变相关基因及信号通路,探究其在DS神经病变发生发展中的潜在作用机制。方法:回顾性研究。2021年12月从基因表达数据库下载数据集GSE59630,利用R软件筛选DS和正常胎儿脑组织之间的差异表达基因(DEGs),并对其进行基因本体(GO)、京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析和基因集富集分析(GSEA)。利用基因相互作用检索工具在线数据库和Cytoscape软件构建蛋白互作(PPI)网络,确定核心模块及核心基因。采用实时定量聚合酶链反应在3对22~33周龄DS和正常胎儿脑组织中验证神经退行性变相关核心基因的表达变化。结果:从DS和正常胎儿脑组织中共筛选出225个DEGs,其中18个为上调基因,207个为下调基因。GO功能富集分析显示DEGs主要富集在神经发生、神经元凋亡、转录调控、线粒体能量代谢等过程,KEGG通路富集分析显示DEGs与多种神经退行性疾病有关,GSEA提示细胞凋亡、炎症反应在DS神经病变发生中发挥重要作用。根据PPI网络筛选出10个核心基因,主要与组蛋白乙酰化和转录调控相关。经组织验证,其中 RAB8A、TBP、TAF6表达变化趋势与芯片数据相一致。 结论:通过胎儿脑组织转录组学分析筛选出的核心基因及关键信号通路,有助于全面了解DS神经病变发生的分子机制,为探索DS神经发育异常和智力低下的临床诊断及治疗靶点提供了新的方向。
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编辑人员丨4天前
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焦亡通路基因的遗传变异与直肠癌患者术后同步放化疗不良反应相关
编辑人员丨4天前
目的:探讨焦亡通路关键基因的遗传变异与直肠癌患者术后同步放化疗不良反应的关系。方法:抽取2005年1月至2015年6月中国医学科学院肿瘤医院347例Ⅱ~Ⅲ期直肠癌患者术后同步放化疗治疗前的外周血,提取DNA,采用Sequenom MassARRAY方法检测焦亡通路中的黑色素瘤缺乏因子2(AIM2)、半胱天冬酶1(CASP1)、CASP4、CASP5、CASP11、消皮素D (GSDMD)、消皮素E(GSDME)和含Nod样受体家族pyrin域蛋白3(NLRP3)共8个关键基因的43个标签单核苷酸多态(htSNP)的基因分型,采用非条件logistic回归模型分析htSNP基因型与直肠癌患者术后同步放化疗不良反应发生的关系。结果:347例患者术后接受持续5周的术后同步放化疗,发生中重度骨髓抑制101例(29.1%),发生中重度腹泻156例(45.0%),发生中重度放射性皮炎66例(19.0%)。手术方式、病灶距齿状线距离与直肠癌患者术后同步放化疗发生中重度腹泻和放射性皮炎有关(均 P<0.01)。CASP4基因的rs11226565( OR=0.41,95% CI:0.21~0.79)、rs579408( OR=1.54,95% CI:1.03~2.29)和rs543923( OR=0.63,95% CI:0.41~0.98)3个遗传变异位点与中重度骨髓抑制发生有关;CASP11 rs10880868( OR=0.55,95% CI:0.33~0.91)和GSDME rs2954558( OR=1.52,95% CI:1.01~2.31)与中重度腹泻发生有关;GSDME rs2237314( OR=0.36,95% CI:0.16~0.83)、GSDME rs12540919( OR=0.52,95% CI:0.27~0.99)和NLRP3 rs3806268( OR=1.51,95% CI:1.03~2.22)与中重度放射性皮炎的发生有关。其余35个htSNP位点与直肠癌患者术后同步放化疗不良反应发生无关(均 P>0.05)。 结论:焦亡通路相关基因CASP4、CASP11、GSDME和NLRP3的遗传变异与Ⅱ~Ⅲ期直肠癌患者术后同步放化疗的不良反应发生有关,可能是直肠癌个体化治疗的潜在遗传标志物。
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编辑人员丨4天前
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原发于中枢神经系统ALK阳性间变性大细胞淋巴瘤4例临床病理学分析
编辑人员丨4天前
目的:探讨原发于中枢神经系统(CNS)的间变性淋巴瘤激酶(ALK)阳性间变性大细胞淋巴瘤(ALK+ALCL)的临床病理及预后特征。方法:回顾性分析2007年1月至2022年8月中山大学肿瘤防治中心诊治的4例原发于CNS的ALK+ALCL的临床病理资料,并复习文献。结果:4例患者均为男性,年龄范围12~41岁(中位年龄22岁)。首发症状主要为头晕、头痛,病程0.5~6.0个月。脑实质内单发(3例)或多发(1例)病灶。肿瘤细胞弥漫浸润脑实质或围血管生长,3例细胞体积大,胞质丰富,核形不规则,可见“hallmark”细胞(普通型);1例细胞小至中等大,细胞核位于中央,似煎鸡蛋样(小细胞变异型)。所有病例均弥漫表达CD30、ALK1、T细胞胞质内抗原1、颗粒酶B,3/3例表达上皮细胞膜抗原,Ki-67阳性指数60%~80%。3例行T细胞受体基因重排检测均呈克隆性重排。手术切除肿瘤后,行ALK抑制剂或高剂量甲氨蝶呤为基础的化疗(其中2例辅以全脑放疗)。随访3~98个月,所有患者均存活。结论:原发于CNS的ALK+ALCL罕见,好发于年轻男性。患者预后良好,及时准确的诊治尤为关键。
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编辑人员丨4天前
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甲基转移酶样蛋白3及去甲基化酶肥胖相关蛋白对H7N9病毒复制的影响及转录组学分析
编辑人员丨4天前
目的:探究甲基转移酶样蛋白3(methyltransferase like 3,METTL3)和去甲基化酶肥胖相关蛋白(fat mass and obesity-associated protein,FTO)在H7N9病毒感染中发挥的作用及可能的分子机制。方法:利用Western blot(WB)检测H7N9病毒感染A549细胞后METTL3和FTO的表达。敲低和过表达METTL3和FTO,H7N9病毒感染后用WB和TCID 50检测其对病毒复制的影响。利用转录组测序方法对METTL3或FTO敲低及野生型对照细胞进行了转录组水平基因差异表达分析,对发挥作用的潜在靶标进行初步分析。 结果:H7N9病毒感染A549细胞24 h后METTL3的表达上调,FTO无明显变化。敲低METTL3和FTO后,病毒核蛋白(nucleoprotein, NP)表达水平和病毒滴度显著下降,过表达METTL3和FTO后,病毒滴度显著增加。转录组测序结果显示在METTL3或FTO敲低组与对照组之间分别发现314和555个差异表达基因,GO功能富集分析和KEGG通路富集分析结果表明这些基因与宿主免疫应答相关。结论:METTL3和FTO可能通过调节宿主-病毒相互作用在H7N9病毒感染中起关键作用。
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编辑人员丨4天前
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基于基因芯片公共数据库及生物信息学方法筛选类风湿关节炎滑膜组织关键基因及通路
编辑人员丨4天前
目的:通过生物信息学的方法分析健康者和RA患者滑膜组织的差异基因,从转录组学水平上探讨RA可能的发病机制及潜在治疗作用靶点。方法:从美国国家生物技术信息中心(NCBI)的子数据库基因芯片公共数据库(GEO)下载符合筛选标准的健康人群和RA患者的芯片信息,利用R语言及相关软件包进行分析获得差异表达基因、GO富集分析和KEGG信号通路富集分析结果。利用STRING、Cytoscape等工具探讨差异基因的蛋白交互作用网络和生物学通路,分析关键基因与通路,寻找潜在作用靶点。结果:①与健康者滑膜相比,RA患者的滑膜有231个差异基因,其中表达上调的基因126个,表达下调的基因105个。② GO富集分析表明上调基因主要参与了免疫应答的正向调节、细胞因子的产生、细胞表面组成、信号受体活动等生物学过程,下调基因主要参与了细胞增殖的负调控、细胞外基质组成、转录调控区域DNA结合等生物学过程。③ KEGG上调基因信号通路富集分析主要是细胞因子受体相互作用通路,下调基因富集通路主要是癌症转录失调等。④通过STRING建立蛋白交互作用网络,使用Cytoscape的MCODE插件筛选出3个显著模块,选取各模块中的基因进行通路富集分析,3个模块基因主要富集在趋化因子受体通路、磷脂酰肌醇-3-激酶/蛋白激B(PI3K/Akt)通路等。结论:RA患者滑膜差异基因表达主要集中在细胞因子与受体间的相互作用信号通路、趋化因子信号通路、PI3K-Akt信号通路等方面,其中PI3K-Akt信号通路在RA的发生发展中发挥了重要作用,有望成为诊断和治疗的重要靶点。
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编辑人员丨4天前
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基于生物信息学方法分析氟化物对成釉细胞毒性作用的分子机制
编辑人员丨4天前
目的:探讨氟化物对成釉细胞毒性作用的分子机制。方法:取小鼠成釉细胞株(LS8细胞),根据氟化钠(NaF)终浓度分为对照组(0.0 mmol/L NaF)和染氟组(1.6 mmol/L NaF)。对两组细胞进行转录组测序,筛选差异表达基因(DEGs),对DEGs进行基因本体(GO)分析及基因集富集分析(GSEA)。采用STRING数据库构建DEGs的蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络,使用Cytoscape 3.8.0软件对PPI网络进行可视化,筛选关键模块和关键基因。同时,使用实时荧光定量PCR检测关键基因mRNA表达水平,并通过基因表达数据库(GEO数据库)对关键基因进行验证。结果:染氟组与对照组比较,共有709个DEGs,其中上调基因223个,下调基因486个。DEGs的GO分析主要涉及受体配体活性、细胞黏附分子结合、细胞外基质结构成分等分子功能,细胞外基质胶原蛋白、受体复合物、膜筏等细胞组分,外部封装结构组织、细胞外结构组织、细胞外基质组织等生物学过程。全基因集的GSEA发现,白细胞介素-17(IL-17)信号通路、真核生物中的核糖体生物发生、核因子κB(NF-κB)信号通路处于激活状态,脂肪酸降解、丙酮酸代谢、脂肪酸代谢处于抑制状态。构建PPI网络后,得到3个关键模块和4个关键基因[Ⅰ型胶原α1(Col1a1)、Ⅰ型胶原α2(Col1a2)、Ⅴ型胶原α1(Col5a1)和纤维蛋白原-1(Fbn1)]。与对照组比较,染氟组LS8细胞Col1a1、Col1a2、Col5a1、Fbn1 mRNA表达水平均较低( P均< 0.05),与GEO数据库中基因表达变化趋势一致。 结论:利用生物信息学方法筛选得到的关键基因Col1a1、Col1a2、Col5a1、Fbn1及IL-17、NF-κB信号通路可能与氟化物对成釉细胞的毒性作用密切相关。
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编辑人员丨4天前
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血管性血友病实验诊断中国专家共识
编辑人员丨4天前
血管性血友病(VWD)是最常见的遗传性出血性疾病,但其诊断实验和分型流程复杂,国内大部分实验室并未普遍开展,仅有极少数医院能够对VWD进行精准诊断和分型。为了改变这一现状,国内血栓与止血领域临床及实验室专家总结了国内所建立的VWD诊断和分型体系临床应用结果,并结合国际相关领域的研究进展,形成了本诊断共识。本共识详细介绍了VWD出血评分工具、筛查实验、诊断实验、分型实验和基因检测的原理及适用范围,对诊断过程可能遇到的关键问题加以评价和建议。冀在诊断VWD时,不同单位可根据自身条件和需求,合理选择相关诊断和分型实验,提高国内该病的诊断水平。
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编辑人员丨4天前
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以头痛、呕吐起病的非结核分枝杆菌脑炎1例
编辑人员丨4天前
对2018年11月华中科技大学同济医学院附属同济医院儿科收治的1例非结核分枝杆菌脑炎患儿的临床资料进行回顾性分析。患儿,男,9岁,因头痛、呕吐入院,经实验室反复检查及感染病原高通量基因检测,诊断为非结核分枝杆菌脑炎。经积极抗感染及对症治疗,患儿预后良好。由于非结核分枝杆菌感染临床表现多样,而其造成的脑炎与其他病原微生物造成的脑炎鉴别困难,因此病原学检查尤为关键。
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编辑人员丨4天前
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基于CiteSpace的中医药防治糖尿病周围神经病变研究文献可视化分析
编辑人员丨4天前
目的:探讨中医药防治DPN相关研究的现状、热点与趋势,为科研及临床提供参考。方法:检索中国知识资源总库(CNKI)和Web of Science(WOS)核心合集建库至2021年12月31日中医药防治DPN相关文献,采用CiteSpace 6.1.3软件对纳入文献的发文量、期刊、作者、机构、关键词聚类、关键词突现等进行知识图谱可视化分析。结果:共纳入核心期刊文献793篇,其中CNKI 692篇,WOS 101篇。中医药防治DPN相关研究总体呈上升趋势,中文文献以刘铜华(北京中医药大学)发文居多,英文文献发文最多的是梁晓春(中国医学科学院北京协和医学院北京协和医院),研究机构以各医学类高校及其附属医院为主。中药复方、针灸疗法、氧化应激、神经传导速度、相关致病基因表达、随机对照试验、数据挖掘、系统评价等为当前研究热点与发展趋势。结论:目前中医药防治DPN相关研究已逐步进入稳定发展阶段,且具有一定研究规模,但仍应加强研究团队、机构间的合作交流,促进临床疗效评价及基础研究持续发展。
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编辑人员丨4天前
