-
基于生物信息学筛选结直肠癌关键长链非编码RNA及LINC00174的作用机制
编辑人员丨4天前
目的:应用生物信息学技术筛选结直肠癌(CRC)关键长链非编码RNA(lncRNA),并对筛选出的LINC00174在CRC中的作用机制进行初步分析。方法:对癌症基因组图谱(TCGA)数据库中638例CRC和51例癌旁组织的RNA数据分析,应用Wilcoxon检验识别筛选差异表达明显的RNA;Pearson相关性检验确定lncRNA-mRNA关系对;在Starbase v3.0数据库中确定与lncRNA-mRNA关系对中RNA分子存在互作关系的微小RNA(miRNA,miR)。对TCGA数据库中CRC临床数据使用R软件包的"survival"和"survminer"方法进行生存分析,探讨lncRNA-mRNA关系对预测预后的价值。用STRING数据库及metascape平台对mRNA编码蛋白(ZNF692)的功能进行分析。收集40例新鲜的CRC及癌旁组织,应用荧光实时定量PCR(qRT-PCR)对筛选出的RNA检测,验证生物信息学结果。符合正态分布的计量资料采用均数±标准差( ± s)表示,各指标间关系采用 t检验及Person相关分析。 结果:与癌旁组织比较,CRC组织中上调的LncRNA为820,下调的为951;上调的mRNA为1 628,下调为3127。分析后确定2775对候选lncRNA-mRNA,其中501对与患者生存有关。进一步通过功能分析发现LINC00174-ZNF692对可能在CRC进展中有重要作用。结果显示,LINC00174、ZNF692在CRC组织中表达水平(14.52±0.97、17.12±0.72)高于癌旁组织(13.50±0.60、15.53±0.44, W=26 747、31 438, P<0.01);LINC00174与ZNF692呈正相关( r=0.58, P<0.01)。生存分析结果显示,LINC00174-ZNF692对高表达是CRC患者预后差的标志( χ2=5.52, P<0.05),其风险比( HR)为1.51(1.05~2.20)( P<0.05)。对Starbase v3.0数据库分析显示,ZNF692通过海绵吸附miR-200b-3p与LINC00174形成内源性竞争RNA(ceRNA)机制发挥作用。富集分析显示,ZNF692蛋白在泛素介导的蛋白降解、mRNA监控、核苷酸切除修复等过程。组织验证结果显示,LINC00174、ZNF692在CRC水平(2.65±1.23、1.19±0.33)明显高于癌旁组织(0.83±0.39、0.42±0.17, t=8.92、13.12, P<0.01);miR-200b-3p在CRC水平(0.35±0.13)明显低于癌旁组织(0.82±0.22, t=-11.63, P<0.01)。Pearson分析显示,CRC组织中LINC00174与ZNF692呈正相关( r=0.81, P<0.01);LINC00174与miR-200b-3p、ZNF692与miR-200b-3p均呈负相关( r=-0.75、-0.53, P<0.01)。 结论:LINC00174可能通过海绵吸附机制调控miR-200b-3p/ZNF692轴在CRC进展中发挥重要作用。
...不再出现此类内容
编辑人员丨4天前
-
长链非编码核糖核酸长基因非编码核糖核酸-p53诱导转录本对膝骨关节炎软骨细胞增殖、凋亡及炎性因子分泌的影响及其机制
编辑人员丨4天前
目的:探讨长链非编码核糖核酸长基因非编码核糖核酸-p53诱导转录本(lncRNA LINC-PINT)对膝骨关节炎软骨细胞增殖、凋亡及炎性因子分泌的影响及其机制。方法:根据处理方法将人膝关节软骨细胞随机分为对照组(NC组)、白细胞介素(IL)-1β处理组(IL-1β组)、IL-1β+pcDNA-lncRNA LINC-PINT组、IL-1β+pcDNA组、IL-1β+anti-微小核糖核酸(miR)-628-5p组、IL-1β+anti-miR-NC组、IL-1β+pcDNA-lncRNA LINC-PINT+miR-NC组和IL-1β+pcDNA-lncRNA LINC-PINT+miR-628-5p组。实时荧光定量聚合酶链反应(RT-qPCR)检测lncRNA LINC-PINT和miR-628-5p表达;流式细胞仪检测细胞凋亡率;蛋白质印迹法检测B细胞淋巴瘤-2相关X蛋白(bax)和裂解的半胱氨酰天冬氨酸特异性蛋白酶-3(cleaved Caspase-3)蛋白表达;酶联免疫吸附法检测肿瘤坏死因子-α(TNF-α)和IL-6水平;双荧光素酶报告实验检测lncRNA LINC-PINT和miR-628-5p的靶向关系。两组间比较行 t检验,多组间比较采用单因素方差分析,组间两两比较采用LSD- t检验。 结果:IL-1β组lncRNA LINC-PINT表达低于NC组(0.35±0.03比1.00±0.11),miR-628-5p表达高于NC组(2.13±0.15比0.97±0.06),差异有统计学意义( t=17.103、18.804, P<0.05)。IL-1β+pcDNA-lncRNA LINC-PINT组细胞活性高于IL-1β+pcDNA(1.08±0.07比0.57±0.04),bax(0.41±0.04比0.82±0.07)、cleaved Caspase-3(0.46±0.03比0.91±0.06)、细胞凋亡率[(9.72±0.72)%比(25.38±2.31)%]、TNF-α[(93.51±8.36) pg/ml比(218.76±18.03) pg/ml]和IL-6[(102.18±8.72) pg/ml比(263.91±22.56) pg/ml]水平低于IL-1β+pcDNA组,差异有统计学意义( t=29.122、15.356、10.422、11.753、6.755、16.023, P<0.05)。IL-1β+pcDNA-lncRNA LINC-PINT+miR-628-5p组miR-628-5p(1.95±0.16比1.00±0.10)、bax(0.91±0.06比0.42±0.03)、cleaved Caspase-3(0.82±0.08比0.46±0.05)、细胞凋亡率[(26.38±2.15)%比(9.61±0.78)%]、TNF-α[(197.53±18.35) pg/ml比(91.35±8.26) pg/ml]和IL-6水平[(228.67±19.84) pg/ml比(101.54±8.39) pg/ml]高于IL-1β+pcDNA-lncRNA LINC-PINT+miR-NC组,细胞活性低于IL-1β+pcDNA-lncRNA LINC-PINT+miR-NC组,差异有统计学意义( t=15.105、16.771、12.746、12.414、21.997、15.8002、17.705, P<0.05)。 结论:lncRNA LINC-PINT可通过靶向下调miR-628-5p抑制IL-1β诱导的软骨细胞凋亡及炎性因子分泌,促进细胞增殖。
...不再出现此类内容
编辑人员丨4天前
-
微小RNA-628-3p调控的DNA解螺旋酶抑制骨肉瘤细胞的增殖
编辑人员丨5天前
目的:探讨微小RNA(miRNA,miR)-628-3p调控的DNA解螺旋酶对骨肉瘤细胞增殖的影响。方法:首先收集2013年1月至2017年12月郑州大学第二附属医院骨科收治的股骨骨肉瘤患者60例,同期收集股骨创伤性骨折患者60例作为对照组,采用定量聚合酶链反应(qPCR)检测和比较外周血循环miR-628-3p的表达水平差异,并根据随访结果进行生存分析。以人骨肉瘤细胞U2OS和HOS为研究对象,过表达miR-628-3p,采用细胞计数试剂盒(CCK-8)和集落形成实验检测其增殖活性,采用流式细胞术检测其凋亡率。根据Starbase预测miR-628-3p可与Bloom综合征解螺旋酶(BLM)结合,故进一步采用蛋白质印迹法(Western blot)、qPCR和荧光素酶报告基因实验进行检测。两组间计量资料比较采用独立样本 t检验,计数资料比较采用 χ2检验。 结果:骨肉瘤患者外周血和肿瘤组织中miR-628-3p的表达水平(相对表达量分别为0.203±0.047、0.217±0.054)均明显低于正常对照组(相对表达量分别为0.951±0.106、1.013±0.072, P<0.01),差异有统计学意义,受试者工作特征(ROC)曲线分析miR-628-3p在骨肉瘤患者中的表达,曲线下面积(AUC)=0.707( P<0.01),K-M生存分析显示miR-628-3p低表达患者生存时间明显短于高表达患者。CCK-8和集落形成实验检测显示miR-628-3p过表达后可抑制骨肉瘤细胞U2OS和NOS的增殖;流式细胞术检测显示miR-628-3p过表达后可促进骨肉瘤细胞的凋亡;qPCR和Western blot检测显示miR-628-3p过表达后,BLM的表达水平明显低于miR-628-3p nc组( P<0.01),差异有统计学意义。荧光素酶报告基因实验显示miR-628-3p mimc与BLM-mt共转染骨肉瘤细胞U2OS和NOS后,其荧光值明显低于其他转染组(U2OS:0.208±0.017比1.082±0.046, t=4.698, P<0.01;HOS:0.224±0.047比0.966±0.053, t=5.548, P<0.01),差异有统计学意义。裸鼠成瘤证实miR-628-3p过表达后肿瘤大小和重量明显低于miR-628-3p nc组[(1.419±0.274) g比(2.825±0.148) g, t=3.717, P<0.01],差异有统计学意义。 结论:miR-628-3p在骨肉瘤患者中存在低表达现象,与患者的不良预后和生存时间相关,miR-628-3p过表达可下调DNA解螺旋酶BLM,抑制骨肉瘤细胞的增殖。
...不再出现此类内容
编辑人员丨5天前
-
微小RNA628-5 p/Tyrobp对阿尔兹海默病潜在的诊断和治疗价值
编辑人员丨2023/8/5
阿尔茨海默病(AD)是一种严重的神经退行性疾病,并伴有进行性认知功能下降,其发病机制复杂,已经成为了一个全球性的公共健康问题[1].目前淀粉样蛋白假说是被广泛接受的AD发病机制之一[2],β-淀粉样肽(Aβ)在人脑细胞中的持续积累是AD的核心病理改变.许多抑制 Aβ的产生和促进Aβ分解的药物被相继开发出来,然而随着这些靶向药物在三期临床试验中的失败[3],寻找 AD新的分子机制变得非常必要,这将有利于对 AD的诊断以及新的靶点药物的研发.
...不再出现此类内容
编辑人员丨2023/8/5
-
新疆哈萨克族原发性高血压患者外周血淋巴细胞微小RNA表达谱的生物信息学分析
编辑人员丨2023/8/5
本研究旨在探讨新疆哈萨克族原发性高血压患者和健康者外周血淋巴细胞中微小RNA(microRNA,miRNA)差异表达谱,为高血压的发生机制研究提供理论基础.将2016年4月至2019年5月新疆石河子大学医学院第一附属医院心内科住院部及门诊就诊的30例哈萨克族原发性高血压患者作为高血压组,将30例哈萨克族健康者作为对照组.比较6个哈萨克族高血压患者与6个配对的正常血压者外周血淋巴细胞中miRNA表达谱,对差异表达的miRNA进行聚类、GSEA富集、靶基因预测和靶基因注释等生物信息学分析,并进行qRT-PCR验证.结果显示,与对照组相比,高血压组筛选出73个差异表达miRNA,其中39个miRNA表达上调,34个miRNA表达下调;通过GSEA富集分析共筛选出11个与高血压相关的miRNA,分别是hsa-miR-100-5p、hsa-miR-150-5p、hsa-miR-299-5p、hsa-miR-299-3p、hsa-miR-296-5p、hsa-miR-196b-5p、hsa-miR-503-5p、hsa-miR-628-5p、hsa-miR-874-3p、hsa-miR-543、hsa-miR-940.通过qRT-PCR检验发现,与对照组相比,高血压组hsa-miR-100-5p、hsa-miR-299-5p、hsa-miR-299-3p、hsa-miR-196b-5p,hsa-miR-503-5p、hsa-miR-628-5p、hsa-miR-543表达上调,hsa-miR-150-5p,hsa-miR-296-5p,hsa-miR-874-3p、hsa-miR-940表达下调.基因芯片中的表达趋势和qRT-PCR验证结果一致.利用在线数据库对11个与高血压相关的miRNA进行预测,共预测出1 647个靶基因;GO功能富集分析显示,在生物过程方面,高血压相关靶基因主要与神经系统发育、细胞定位、细胞代谢过程的调节、神经元的产生以及生物过程的正调控等方面相关;在细胞组成方面,主要与膜界细胞器、细胞质、细胞内膜结合的细胞器、突触部分、神经元部分、核质等相关;在分子功能方面,主要与蛋白质结合、转录调控区DNA结合、RNA聚合酶Ⅱ调节区DNA结合、转录调节活性、离子结合等方面相关;KEGG富集分析显示p53信号通路、心肌细胞中的肾上腺素能信号、cAMP信号通路、内分泌和其他因子调节的钙重吸收、mTOR信号通路、醛固酮调节的钠重吸收、TGF-β信号通路可能与高血压的发生和发展相关.以上结果提示,哈萨克族原发性高血压患者与健康者外周血淋巴细胞中miRNA表达存在差异,筛选出的miRNA可能与哈萨克族原发性高血压的发生和发展相关,其在高血压中的作用机制有待进一步探索验证.
...不再出现此类内容
编辑人员丨2023/8/5
