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X射线诱导非小细胞肺癌A549细胞凋亡的适应性反应及相关miRNA筛选的研究
编辑人员丨6天前
目的:研究X射线辐射诱导非小细胞肺癌(NSCLC) A549细胞凋亡的适应性反应,并筛选适应性反应相关的微RNA (miRNA)。方法:将NSCLC A549细胞分为6组,包括50 mGy+20 Gy、200 mGy+20 Gy、20 Gy、50 mGy、200 mGy照射组及对照组(0 Gy),前2组细胞分别用50、200 mGy初始剂量进行照射,培养6 h后用20 Gy的效应剂量进行照射,20 Gy、50 mGy、200 mGy照射组同时进行照射。培养24 h后使用流式细胞仪检测细胞凋亡情况。利用小RNA测序技术筛选差异表达miRNA,并对其靶基因进行基因本体(GO)及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路的功能富集分析。采用实时荧光定量PCR (qRT-PCR)对部分差异表达miRNA进行验证。2组间数据的比较采用Welch t检验。 结果:50 mGy+20 Gy照射组和200 mGy+20 Gy照射组的A549细胞早期凋亡率分别为(1.81±0.11)%和(2.17±0.19)%,低于20 Gy照射组的(4.54±0.23)%,且差异均有统计学意义( t=10.680、8.006,均 P<0.01)。与20 Gy照射组相比,50 mGy+20 Gy照射组和200 mGy+20 Gy照射组共同差异表达趋势miRNA有1个上调(miR-3662)、15个下调(miR-185-3p、miR-1908-5p、miR-1307-5p、miR-182-3p、miR-92a-3p、miR-582-5p、miR-501-3p、miR-138-5P、miR-1260b、miR-484、miR-378d、miR- 193b-3P、miR-127-3p、miR-1303及miR-654-5p)。GO富集分析结果显示,差异表达miRNA调控靶基因功能显著富集于细胞通讯调节、代谢过程的正向调节、代谢信号的调节、酶结合及催化活性等过程。KEGG富集分析结果显示,靶基因相关信号通路显著富集于溶酶体、丝裂原活化蛋白激酶、Ras和内吞作用等信号通路。qRT-PCR检测结果显示,miRNA表达情况与基因芯片结果趋势一致(10个miRNA表达水平得到验证)。 结论:X射线50、200 mGy照射剂量均能诱导NSCLC A549细胞凋亡的适应性反应,并筛选到一组共同差异表达的miRNA,可能在X射线辐射诱导细胞凋亡的适应性反应中发挥了重要作用,有可能成为调节电离辐射生物效应的潜在靶点。
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编辑人员丨6天前
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miR-582-5p对顺铂耐药鼻咽癌细胞增殖、侵袭与迁移的影响及其机制
编辑人员丨6天前
目的:探讨miR-582-5p对顺铂耐药鼻咽癌细胞增殖、侵袭与迁移的影响及其机制。方法:培养鼻咽癌顺铂耐药细胞株HNE1/DDP,分为对照组和miR-582-5p组;对照组转染miR-582-5p阴性对照试剂,miR-582-5p组转染miR-582-5p模拟物。2组细胞转染后培养48 h,收集细胞采用实时荧光定量聚合酶链反应(qRT-PCR)检测miR-582-5p、苏氨酸激酶3(AKT3)mRNA的表达,细胞计数(CCK)-8实验检测细胞活力,集落形成实验检测细胞增殖能力,划痕实验检测细胞运动能力,Transwell小室检测细胞侵袭及迁移能力,Western blot检测AKT3蛋白的表达情况。结果:(1)qRT-PCR检测对照组、miR-582-5p组miR-582-5p mRNA相对表达量分别为1.02±0.08、3.01±0.05,差异有统计学意义( t=38.76, P<0.001)。(2)细胞活力检测结果显示,与对照组比较,miR-582-5p组细胞培养0 h光密度(OD)值差异无统计学意义( P=1.000),培养24、48、72 h时的OD值均降低,差异均有统计学意义( P值均<0.001)。(3)细胞增殖能力检测结果显示,对照组和miR-582-5p组HNE1/DDP细胞菌落数分别是(362.3±13.1)、(155.7±5.0)个,差异有统计学意义( t=25.59, P<0.001)。(4)细胞运动、侵袭、迁移能力检测结果显示,miR-582-5p组细胞迁移率、细胞侵袭数量、细胞迁移数量分别为62.0%±5.0%、(804.3±3.8)个、(631.0±1.0)个,对照组分别为29.3%±4.0%、(434.0±6.1)个、(373.3±7.6)个,差异均有统计学意义( t=8.80、89.53、58.43, P值均<0.001)。(5)miR-582-5p组AKT3 mRNA、蛋白的相对表达量分别为0.99±0.07、1.34±0.02,对照组分别为0.59±0.04、0.60±0.03,差异均有统计学意义( t=8.64、32.03, P值均<0.001)。 结论:上调miR-582-5p的表达可以抑制顺铂耐药鼻咽癌细胞的增殖、侵袭与迁移能力,其机制可能与下调AKT3的表达有关。
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编辑人员丨6天前
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基于高通量RNA测序分析Wilms瘤中关键基因对预后及免疫应答的影响
编辑人员丨2024/6/22
目的 探索肾母细胞瘤(WT)中关键基因及其对预后和免疫应答的潜在影响.方法 采用高通量RNA测序技术分析临床肿瘤样本和配对正常组织的mRNA全面表达谱,并鉴定差异表达基因.使用GO、KEGG和GSEA富集分析探索差异表达基因在肾母细胞瘤中的潜在生物学功能和机制.使用STRING数据库鉴定HUB基因.LASSO回归用于构建HUB基因预后模型.基于cBioPortal平台分析关键HUB基因的突变特征并对其免疫治疗效果进行预测.采用qPCR验证关键HUB基因的差异表达.结果 本研究筛选出1612个差异表达基因,其中1030个上调,582个下调.GO、KEGG或GSEA富集分析显示,差异基因集与细胞周期和免疫应答有关,一定程度上参与了WT的发生发展.基于STRING数据库构建差异基因的PPI网络,进一步确定了10个HUB基因.其中4个HUB基因(TP53、MED1、CCNB1和EGF)被证实与WT患儿的生存密切相关.通过LASSO回归分析构建WT患者的三基因预后签名,根据该签名将患者分为高危或低危组,生存分析显示显著的预后差异(HR=1.814,Log-rank P=0.002).该模型的3年、5年和7年生存ROC曲线的AUC值均大于0.7.突变分析显示,关键HUB基因整体突变或TP53/CCNB1的单独突变与较低的生存率密切相关,其中TP53高表达与较差的免疫治疗疗效有关.qPCR结果显示,关键HUB基因在肿瘤组织和细胞中呈现出显著的表达差异.结论 TP53基因在WT中发挥重要作用,可能成为新的免疫治疗生物标志物和治疗靶点.
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编辑人员丨2024/6/22
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微RNA-582-5p与音猬因子在结直肠癌病理诊断和预后评估中的价值
编辑人员丨2023/11/11
目的 探讨微RNA-582-5p(miR-582-5p)和音猬因子(SHH)在结直肠癌病人病理诊断和预后评估中的价值.方法 选择2017年6月至2018年12月沧州市人民医院收治的125例结直肠癌病人及97例结直肠息肉病人作为观察对象,收集癌旁组织、结直肠息肉组织、结直肠癌组织标本,实时萤光定量逆转录聚合酶链式反应(qRT-PCR)检测各标本中miR-582-5p、SHH mRNA表达水平,免疫组织化学法检测SHH蛋白表达,Pearson法分析结直肠癌组织中miR-582-5p与SHH mRNA表达水平的相关性,双萤光素酶报告基因实验验证miR-582-5p和SHH的靶向关系,受试者操作特征(ROC)曲线分析miR-582-5p、SHH mRNA对结直肠癌的诊断价值.结果 在癌旁组织、结直肠息肉组织、结直肠癌组织中miR-582-5p表达水平[(1.05±0.15)、(0.83±0.12)、(0.65±0.09)]依次降低(P<0.05),SHH mRNA表达水平[(1.03±0.12)、(1.78±0.34)、(2.47±0.41)]及蛋白阳性表达率依次升高(P<0.05);相关性分析显示,结直肠癌组织中miR-582-5p与SHH mRNA表达呈负相关性(r=?0.63,P<0.05),双萤光素酶报告基因实验结果证实miR-582-5p和SHH存在靶向关系;miR-582-5p在肿瘤分期Ⅲ~Ⅳ期、有脉管侵犯和有淋巴转移的结直肠癌组织中表达水平显著低于肿瘤分期Ⅰ~Ⅱ期、无脉管侵犯和无淋巴转移结直肠癌组织中的表达水平(P<0.05),SHH在肿瘤分期Ⅲ~Ⅳ期、有脉管侵犯和有淋巴转移的结直肠癌组织中阳性表达率显著高于于肿瘤分期Ⅰ~Ⅱ期、无脉管侵犯和无淋巴转移结直肠癌组织中的阳性表达率(P<0.05);miR-582-5p、SHH mRNA联合诊断结直肠癌的AUC为0.92,95%CI:(0.88,0.95),P<0.05,灵敏度为86.40%,特异度85.57%;miR-582-5p低表达和SHH阳性表达病人无进展生存期和总生存期显著低于miR-582-5p高表达和SHH阴性表达病人(P<0.05).结论 结直肠癌组织中miR-582-5p低表达、SHH高表达,且与结直肠癌病人临床病理特征和预后有关,对结直肠癌的病理诊断和预后评估具有一定价值意义.
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编辑人员丨2023/11/11
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微小RNA与他克莫司治疗相关性的研究进展
编辑人员丨2023/10/21
他克莫司治疗窗窄,个体间的药动学/药效学差异较大.以往研究表明临床指标和遗传因素可能是影响他克莫司剂量选择的重要因素,但这对个体差异的解释仍有限.近年来,微小RNA(miRNA)作为一种潜在的生物标志物和特异性治疗靶点受到广泛关注,该文汇总分析了与他克莫司代谢相关的miRNA研究进展,期望能够为该药临床个体化用药研究提供新的思路.目前关于miRNA与他克莫司相关性的研究,以miRNA对CYP3A5的影响居多,涉及miR-29a-3p、miR-99a-5p、miR-532-5p、miR-500a-5p等;与CYP3A4表达相关进而影响他克莫司药动学的miRNA,如miRNA-627-5p;作用于钙调磷酸酶进而影响他克莫司体内作用的miRNA,如miR-582-5p;肾移植患者尿液外泌体中与他克莫司剂量呈正相关的miRNA,如miR-155-5p和miR-223-3p,但这两种miRNA通过何种途径影响他克莫司浓度尚未阐明;可能与他克莫司体内不良反应相关的miRNA,如 miR-26b、miR-145、miR-183、miR-21-5p,miR-199a-5p 和 miR-214-3p、miR33a 有关.研究提示,miRNAs 能够在预测他克莫司疗效和不良反应方面提供新的生物标志物和干预靶点.
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编辑人员丨2023/10/21
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老年COPD急性加重期患者血清miR-448-5p、Six1水平及其临床意义
编辑人员丨2023/8/19
目的 探讨老年慢性阻塞性肺疾病(COPD)急性加重期患者血清同源异形盒基因 1(Six1)、微小RNA-448-5p(miR-448-5p)表达水平及其临床意义.方法 将 2021 年 3 月到 2022 年 3 月本院住院部收治的老年COPD急性加重期患者 110 例(COPD急性加重组)、COPD稳定期患者 60 例(COPD稳定组)纳入研究.另外,选取同期于该院体检的健康者 60 例作为对照组.收集受试者基本资料.COPD 急性加重期患者血清Six1、miR-448-5p 水平与临床指标间的相关性采用Pearson法分析;多因素 Logistic回归分析影响 COPD患者急性加重的可能因素;miR-448-5p、Six1 表达与生存资料采用Kaplan-Meier生存曲线进行分析;多因素 Cox回归分析影响COPD急性加重患者预后的因素.结果 COPD急性加重组、稳定组及对照组 Six1 水平依次降低(P<0.05),miR-448-5p 水平依次显著升高(P<0.05);相关性分析显示,COPD 急性加重期患者血清 miR-448-5p、Six1 水平均与氧分压(PaO2)、第 1 秒用力呼气容积与用力肺活量的比值(FEV1/FVC)、第 1 秒用力呼气容积占预计值百分比(FEV1%pred)、年龄、二氧化碳分压(PaCO2)呈显著相关(P<0.05);多因素 Logistic回归分析显示,miR-448-5p、年龄、Six1 是 COPD发生急性加重的影响因素(P<0.05);死亡组 miR-448-5p 水平显著低于存活组,Six1 水平显著高于存活组(P<0.05);Kaplan-Meier 结果显示 miR-448-5p 高表达患者 30 d生存率(80.00%)高于 miR-582-5p 低表达患者(56.36%),Six1 高表达患者 30 d 生存率(47.27%)低于 Six1低表达患者(89.09%);miR-448-5p、Six1 是 COPD 急性加重患者死亡的影响因素(P<0.05).结论 miR-448-5p 水平在老年COPD急性加重期患者血清中显著下调、Six1 在老年COPD急性加重期患者血清中显著上调,检测血清 miR-448-5p、Six1 的表达有利于对老年COPD患者病情的评估.
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编辑人员丨2023/8/19
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基于生物信息学筛选乳腺癌放疗抵抗相关微小RNA的研究
编辑人员丨2023/8/6
目的 筛选乳腺癌放射治疗(放疗)抵抗相关微小RNA(miRNAs),为乳腺癌患者放疗抵抗的基础研究与临床应用研究提供实验基础.方法 从基因表达综合数据库(GEO)中下载乳腺癌放疗患者相关miRNAs微阵列数据集GSE 107743,利用GEO2R分析工具筛选放疗后局部复发患者的差异表达miRNAs,mirDIP数据库预测差异表达miRNAs的靶基因,DAVID数据库对靶基因分别进行基因本体论(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析.最后采用实时荧光定量PCR在人乳腺癌细胞MCF-7中进行差异表达验证.结果 采用GEO2R分析工具筛选出9种与放疗抵抗相关的差异表达miRNAs,其中3种miRNAs(hsa-miR-600、hsa-miR-525-3p、hsa-miR-591)表达上调,6种miRNAs(hsa-miR-488-5p、hsa-miR-582-3p、hsa-miR-520h、hsa-miR-488-3p、hsa-miR-744-3p、hsa-miR-103b)表达下调.靶基因预测结果显示,9种差异表达miRNAs的潜在靶基因共134个.靶基因显著富集在细胞周期、细胞凋亡、干细胞分化等相关生物学过程(均P<0.05)以及转化生长因子-β、磷脂酰肌醇3-激酶\蛋白激酶B信号通路等信号通路中(均P<0.05).实时荧光定量PCR检测结果表明,6种miRNAs (hsa-miR-600、hsa-miR-525-3p、hsa-miR-591、hsa-miR488-5p、hsa-miR-582-3p、hsa-miR-520h)在经5 Gy 137Csγ射线辐照后的MCF-7细胞中表达差异改变与GEO2R分析结果完全一致.结论 利用生物信息学从乳腺癌放疗患者局部复发临床样本中筛选出的差异表达miRNAs可能与乳腺癌患者的放疗抵抗密切相关,有望成为放疗抵抗治疗的新靶点.
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编辑人员丨2023/8/6
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miR-582-5p靶向抑制Rab27a对肺癌细胞生物学行为的影响
编辑人员丨2023/8/6
目的 探讨microRNA-582-5p(miR-582-5p)在非小细胞肺癌(NSCLC)中表达及其对A549细胞增殖、侵袭的影响,以及对Rab27a基因的靶向调控作用.方法 采用实时荧光定量PCR(QPCR)检测33例行手术治疗的NSCLC患者的癌组织、对应癌旁组织以及A549细胞株、人正常支气管肺上皮细胞株BEAS-2B中miR-582-5p的表达水平.采用miR-582-5p inhibitor(anti-miR-582-5p)和miR-582-5p mimics(mim-miR-582-5p)转染A549细胞,另分别转染miRNA inhibitor无关系列(antiNC)和miRNA mimics无关系列(mim-NC)作阴性对照.采用双荧光素酶报告实验验证Rab27a与miR-582-5p的关系.采用MTT法和Transwell小室法检测各组细胞增殖、侵袭能力;采用QPCR和Western blotting检测各组A549细胞中Rab27a mRNA和蛋白水平.结果 NSCLC组织和癌旁组织中miR-582-5p表达水平分别为0. 26±0. 09和0. 83±0. 10; A549细胞株和BEAS-2B细胞株中miR-582-5p表达水平分别为0. 63±0. 08和1. 17±0. 09,差异均有统计学意义(P<0. 05).anti-miR-582-5p组A549细胞24、48、72、96 h后的增殖率分别为(115. 68±4. 34)%、(130. 48±5. 48)%、(138. 95±5. 55)%、(147. 03±5. 69)%,明显高于anti-NC组; mim-miR-582-5p组A549细胞24、48、72、96 h后的增殖率分别为(91. 31±4. 18)%、(86. 74±3. 23)%、(79. 45±3. 20)%、(75. 22±4. 09)%,明显低于mim-NC组,差异均有统计学意义(P<0. 05).Transwell小室结果显示,anti-miR-582-5p组A549细胞侵袭数为189±19,明显高于anti-NC组; mim-miR-582-5p组A549细胞侵袭数为55±8,明显低于mim-NC组,差异均有统计学意义(P<0. 05).miR-582-5p可抑制野生型Rab27a 3'-UTR报告基因载体的荧光素酶活性,而对突变型Rab27a 3'-UTR的荧光素酶活性无影响.anti-miR-582-5p组A549细胞Rab27a mRNA和蛋白表达水平分别为2. 01±0. 29和0. 85±0. 12,高于anti-NC组; mimi-miR-582-5p组A549细胞Rab27a mRNA和蛋白表达水平分别为0. 35±0. 08和0. 21±0. 05,明显低于mim-NC组,差异均有统计学意义(P<0. 05).结论 上调miR-582-5p表达可抑制Rab27a表达,从而抑制肺癌A549细胞增殖、侵袭活性,miR-582-5p有望成为肺癌新的治疗靶点.
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编辑人员丨2023/8/6
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shRNA干扰长链非编码RNA UCA1对乳腺癌移植瘤模型肿瘤生长的抑制作用
编辑人员丨2023/8/6
目的:探讨短发夹RNA(shRNA)干扰长链非编码RNA尿路上皮癌胚抗原1(UCA1)对乳腺癌移植瘤模型肿瘤生长的抑制作用及潜在的作用机制.方法:实时荧光定量PCR分析乳腺癌肿瘤组织和细胞株中UCA1和miR-582-5p的表达;双荧光素酶报告实验检测UCA1与miR-582-5p的靶向关系;皮下注射乳腺癌细胞悬液构建乳腺癌移植瘤裸鼠模型;记录移植瘤模型裸鼠的存活率和肿瘤体积;TUNEL染色检测移植瘤组织中细胞凋亡情况;免疫组化检测移植瘤组织中Ki67、cleaved Caspase-3、基质金属蛋白酶2(MMP-2)和基质金属蛋白酶9(MMP-9)的表达.结果:在临床乳腺癌样本和乳腺癌细胞株中UCA1高表达,miR-582-5p低表达.TargetScan和miRcode预测UCA1与miR-582-5p有保守的结合区域;miR-582-5p mimic与UCA1野生型载体共转时荧光素酶的活性显著降低,而与UCA1突变型载体共转时,荧光素酶的活性没有明显变化.shRNA干扰UCA1后,移植瘤裸鼠的存活率显著升高;肿瘤体积显著减小,肿瘤质量显著减轻;移植瘤组织中凋亡细胞比率显著升高,且cleaved Caspase-3的表达显著升高;Ki67、MMP-2和MMP-9的表达水平均显著降低.结论:shRNA干扰长链非编码RNA UCA1抑制乳腺癌移植瘤模型肿瘤生长,其作用机制可能与UCA1靶向抑制miR-582-5p相关.
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编辑人员丨2023/8/6
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miR-582-5p靶向PDCD10对胃癌细胞迁移、侵袭及凋亡的影响
编辑人员丨2023/8/5
目的 探讨微小RNA(miR)-582-5p靶向程序性细胞死亡因子10(PDCD10)对胃癌细胞迁移、侵袭、凋亡的影响.方法 常规培养人正常胃黏膜上皮细胞株(GES-1)、胃癌细胞系(HGC-27、MKN74、NUGC-4),用qPCR法检测细胞中miR-582-5p表达,筛选miR-582-5p表达最低的HGC-27作为实验细胞.将对数生长期的HGC-27随机分为8组,各组采用脂质体转染法分别转染miR-582-5p模拟物(使miR-582-5p过表达)、miR-582-5p抑制剂(使miR-582-5p低表达)、miR-582-5p模拟物阴性对照miR-NC、miR-582-5p抑制剂阴性对照anti-miR-NC、PDCD10小干扰RNA si-PDCD10(使PDCD10低表达)、PDCD10小干扰RNA阴性对照si-NC、PDCD10过表达载体pcDNA-PD-CD10(使PDCD10过表达)、过表达载体阴性对照pcDNA-NC.用qPCR法检测细胞内miR-582-5p、PDCD10 mRNA表达,证实转染成功.用Western blotting法检测细胞内PDCD10、活化半胱氨酸天冬氨酸蛋白水解酶3(Cleaved-caspase-3)、基质金属蛋白酶2(MMP2)、MMP9蛋白表达,用流式细胞术测算细胞凋亡率,用Transwell小室法检测细胞迁移和侵袭能力,用双荧光素酶报告基因检测法验证miR-582-5p与PDCD10的靶向调控关系.结果 与miR-NC组比较,miR-582-5p组Cleaved-caspase-3蛋白相对表达量高,MMP2、MMP9蛋白相对表达量低,细胞凋亡率高,细胞迁移数、侵袭数少(P均<0.05).与si-NC组比较,Cleaved-caspase-3蛋白相对表达量低,MMP2、MMP9蛋白相对表达量高,细胞凋亡率低,细胞迁移数、侵袭数多(P均<0.05).miR-582-5p与PDCD10的3'UTR存在靶向结合位点.miR-582-5p与WT-PDCD10报告质粒共转染HGC-27后的荧光素酶活性低于miR-NC与WT-PDCD10报告质粒共转染(P<0.05);miR-582-5p或miR-NC与MUT-PDCD10报告质粒共转染HGC-27后的荧光素酶活性比较差异无统计学意义(P>0.05).与miR-NC组比较,miR-582-5p组PDCD10蛋白相对表达量低(P<0.05);与anti-miR-NC组比较,anti-miR-582-5p组PDCD10蛋白相对表达量高(P<0.05).与miR-582-5p+pcDNA-NC组比较,miR-582-5p+pcDNA-PDCD10组Cleaved-caspase-3蛋白相对表达量低,MMP2、MMP9蛋白相对表达量高,细胞凋亡率低,细胞迁移数、侵袭数多(P均<0.05).结论 miR-582-5p可通过靶向抑制PDCD10表达诱导胃癌细胞凋亡,抑制细胞迁移、侵袭.
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编辑人员丨2023/8/5
