肾移植患者需要服用多种免疫抑制剂抗排斥治疗，是各类感染的高危人群。罕见病原体感染、混合感染是诊断及治疗的难点，抗生素覆盖病原微生物不准确和血药浓度不足均会影响疗效，增加病死率，及时且精准的鉴定病原微生物至关重要 [1]。现阶段病原微生物检测最常见的方法是体液涂片和培养，组织病理学检查是侵袭性真菌感染确诊的金标准，聚合酶链式反应（PCR）能够快速、准确、高灵敏度的找到特定感染病原体，抗原抗体检测可区分急性和既往感染。但体液培养耗时长、灵敏度差、抗生素治疗后送检标本的阳性率更低。怀疑侵袭性真菌感染时，并非所有患者都能获取感染组织标本送检组织病理学检查。PCR难以发现未知病原微生物。免疫抑制患者的病原微生物抗体检测，诊断效率亦欠佳 [2]。宏基因组二代测序技术（mNGS）可直接提取送检样本中全部微生物的核酸进行高通量测序，快速且客观的检测样本中的病原微生物，广覆盖、无偏倚、无需假设。近年来已广泛应用于急危重症和免疫缺陷患者感染的鉴别诊断中 [3,4]。本文报道1例肾移植患者，间断发热1个月，右侧鼻翼及鼻腔丘疹样溃疡形成，双侧眼睑粘膜红肿，CT见两肺大片状及结节样实性密度影，通过mNGS鉴定出马尔尼菲蓝状菌、烟曲霉、哥伦比亚分枝杆菌混合感染，调整抗生素后病情好转，现进行分析总结。

宏基因组测序技术在未知病原体感染以及危重症感染诊断中的临床应用价值日益凸显。由于宏基因组测序庞大的数据量以及临床诊疗的复杂性，使得宏基因组测序在实际应用中存在着数据分析困难、不易解读的难题。因此，在临床实践的过程中，把握生物信息学分析的关键点、建立标准化的生物信息学分析流程至关重要，这是宏基因组测序由实验室走向临床转化的重要步骤。目前，宏基因组测序的生物信息学分析已经有了长足的进步，但随着临床对生物信息学分析规范化、标准化的高要求以及计算机技术的发展，宏基因组测序的生物信息学分析也面临着新的挑战。本文主要从质量控制、致病菌的判定以及可视化等方面进行阐述。

儿童肠道微生态菌群多样性低、个体差异大，更易造成耐药菌定植与感染。因此，全面快速精准检测肠道微生态失调状态，对于预防和治疗肠道感染，以及合理使用抗菌药物都具有重要意义。传统肠道病原体检测方法精确度差，抑或通量小。发展中的多组学技术可精准高通量检测已知和未知病原体，并可全面评估肠道微生态状态，在儿童肠道感染相关检测中的应用将日益广泛。

目的:对发热伴出疹症候群（RFS）监测预警研究进行系统综述，为我国RFS监测与防控提供参考。方法:以“发热”“出疹”“监测”以及 “fever” “rash” “surveillance”为中英文检索词并补充其自由词，系统检索中国知网、万方数据知识服务平台、PubMed、Web of Science数据库，语种限定为中文及英文，对纳入文献信息进行摘录整理及汇总描述。结果:共纳入36篇文献，中英文分别为21篇和15篇。RFS病原学监测共19篇，病原体主要包括麻疹病毒、水痘-带状疱疹病毒、风疹病毒、肠道病毒、人类B19病毒、登革病毒、A组链球菌、伤寒/副伤寒沙门菌、人疱疹病毒、腮腺炎病毒和腺病毒；重大活动/突发自然灾害监测8篇，监测时段集中在2010-2015年，包括运动会、世界博览会、地震、热带风暴和宗教集会等；异常病例/聚集性疫情监测预警8篇，以国外研究为主，监测症候群范围广，监测场所为医疗机构，主要依靠《国际疾病分类》第九版（ICD-9）编码或患者主诉中诊断及症状进行自动判别预警；仅1篇针对预测研究，为蒙古国开展的基于传染病监测数据预测研究。36篇文献的分析方法包括描述性分析法、基于时间的预警模型（如回归分析法、固定阈值法、休哈特控制图法及累积和控制图法）和时间序列分析方法。结论:未来RFS监测体系方向应聚焦已知病原和可能的未知病原监测预警相结合的模式，可进一步完善预警系统设计，实现无感化病例监测与早期预警，应用当下的信息抓取技术和智能建模方法，提高RFS监测预警的敏感度和特异性。

当今，全球新型冠状病毒感染等传染病的暴发引起了人们对新发传染病的高度关注。随着下一代测序技术和病毒宏基因组生物信息技术的快速发展，环境和生物体内携带的各种已知和未知的病原微生物得以广泛检测和鉴定。同时，得益于机器学习方法的持续进步，多种快速且精准的病毒识别方法被广泛开发和应用。因此，本综述旨在全面概括病毒宏基因组领域中用于识别和预测病毒的主要方法、框架及适用范围。这将有助于更深入地理解病毒特征，发现潜在的新病原体，为传染病早期防控提供关键的技术支持。

A族链球菌(Group A Streptococcus，GAS)是最常见的病原体之一，尤其对于儿童。在全球范围内，GAS感染是导致发病和死亡的重要原因。但GAS造成的疾病负担在我国尚未知，也未得到足够的重视。为此，本专家共识在儿童GAS疾病诊断、治疗和预防方面进行了全面阐述，涵盖了呼吸病学、感染病学、免疫学、微生物学、心脏病学、肾脏病学、重症医学和预防医学的相关方面，旨在改善中国儿童GAS疾病的管理策略。

目的:利用宏基因二代测序(mNGS)技术，检测其和传统培养法的区别，探讨病原微生物及检出序列数与感染患者病情程度和预后的相关性。方法:选取2018年5月至2019年9月在上海市第十人民医院就诊的94例患者样本。分别进行传统培养和mNGS检测，对2种技术的诊断效果、假阳性率、假阴性率进行了分析。然后收集感染组75例患者的血液标本和临床信息，根据mNGS是否检出病原体将患者分为检出组(51例)和未检出组(24例)。测定外周血白细胞、C反应蛋白、降钙素原和中性粒细胞计数，用酶联免疫吸附试验法测定血清中细胞因子的浓度。分析患者病原体检出率与病情严重程度、住院时间等相关性分析。结果:纳入的94例样本中，感染组75例(79.79%)，非感染组16例(17.02%)，未知组3例(3.19%)。样本类型中血液占比最多(34/94)，其次为肺泡灌洗液(28/94)、组织、痰液、胸水、脓液等。下呼吸道感染所占比例最高(60/94)，其次是血流感染、胸水、中枢系统感染、心血管系统感染等。mNGS的敏感度显著高于培养法( χ2＝－223.107， P<0.05)。mNGS的特异度与培养法差异无统计学意义( χ2＝3.840， P＝0.05)。感染未检出组患者住院时间也明显高于检出组( t＝4.724， P<0.05)。单因素分析发现检出组患者外周血白细胞计数、中性粒细胞计数、C反应蛋白、降钙素原显著高于未检出组( t值分别为－8.848、－4.724、－4.335、－4.335， P值均<0.05)；检出组中肿瘤坏死因子α、白细胞介素2R、白细胞介素8水平均高于未检出组( t值分别为－5.585、－7.258、－4.678， P值均<0.05)。logistic多因素回归分析去除混杂因素后，显示性别、年龄、白细胞介素2R与病原体检出阳性有关。 结论:mNGS在结核、真菌、病毒和厌氧菌诊断方面优势更明显，其阳性率高于传统方法3倍以上。感染患者的病原体检出率较高，其检出病原体核酸序列是患者预后不良的高危因素，有显著的临床价值。

促进皮肤再生的环境因素在很大程度上是未知的。免疫系统和微生物组被认为在皮肤修复和再生组织结构中起作用，但它们之间的确切相互作用尚不清楚。该研究评估了皮肤细菌在创面愈合和创面诱导的毛囊新生（WIHN）中的作用，WIHN模型是一种罕见的成人器官生成模型。WIHN水平和干细胞标志物的表达与细菌计数相关，在无菌小鼠中的表达水平最低，在常规无特殊病原体小鼠中的表达水平次之，而在野生型小鼠中的表达水平最高，甚至WIHN在感染致病性金黄色葡萄球菌的小鼠中的表达水平同野生型。通过更换笼子或外用抗生素减少皮肤微生物群，可降低WIHN水平。其机制可能为，细菌通过炎症细胞因子IL-1β和KC依赖的IL-1R-髓样分化因子88信号通路促进皮肤再生。此外，外用广谱抗生素也可减缓成年志愿者的皮肤创面愈合进程。因而，临床上需要重新考虑常规应用局部抗生素治疗创面的必要性。

皮肤是人体物理屏障的重要组成，容易受到损伤和病原体的侵袭，它由背根神经节（DRG）感觉神经元支配，这些感觉神经元接受机械、热和化学刺激，其中包括引起瘙痒或疼痛的有害信号。定植于皮肤的微生物在组织稳态和维持生理功能中起着关键作用。其中金黄色葡萄球菌是一种机会性感染病原体，也是人类细菌感染的主要原因。然而，病原微生物在驱动瘙痒中的作用是未知的。该研究团队为了研究金黄色葡萄球菌在瘙痒中的作用，利用与特异性皮炎相关的经皮暴露小鼠模型。在该模型中，研究人员将金黄色葡萄球菌局部接种于脱毛的背部皮肤，并在细菌暴露期间用胶带封闭包裹，导致接种部位的表皮破裂和炎症。最终发现小鼠皮肤暴露金黄色葡萄球菌后，炎症评分明显增加，抓挠行为也显著增加，皮肤损伤甚至蔓延至原始暴露部位之外。此外，细丝触碰这种无害刺激通常不会引起瘙痒，而研究团队发现暴露于金黄色葡萄球菌组小鼠在细丝刺激下却引发了瘙痒，这一皮肤异常敏感的现象被称为痒觉异化。

艰难梭菌（clostridium difficile,CD）是一种肠道条件致病菌，是抗生素相关性腹泻的主要病原体。近年来，儿童艰难梭菌感染（clostridium difficile infection,CDI）的发病率不断增加。最新数据显示，儿童CDI病例更多发生在医院以外，主要与社区感染相关。依靠传统的检测技术很可能会造成儿童CDI的过度诊断及治疗，新的检测技术如挥发性有机化合物、促炎细胞因子和粪便代谢物的测定有望提高儿童CDI的诊断水平。儿童CDI一线治疗推荐甲硝唑和万古霉素，对于多次复发的儿童CDI，粪菌移植术有很好的治疗前景，但其长期安全性仍然未知，尚需进一步研究。该文对近年来儿童CDI的研究进展尤其是在流行病学、诊断和治疗等方面作一综述。