目的:分析2015—2019年北京市麻疹病毒(measles virus, MV)分子流行病学特征，为消除麻疹提供实验室依据。方法:通过北京市麻疹实验室网络收集2015—2019年麻疹病毒阳性咽拭子标本，提取病毒核酸后采用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)方法扩增麻疹病毒N基因C末端450个核苷酸片段，对扩增产物进行核苷酸序列测定，获得基因序列同WHO麻疹病毒基因型代表株、中国和其他国家D8基因型参考株构建系统进化树，分析核苷酸和氨基酸同源性；对D8和B3基因型麻疹病例进行描述性分析。结果:2015—2019年全市麻疹病毒基因型鉴定株546株，其中H1a基因型531株，疫苗株5株，B3基因型1株，D8基因型9株，其中8株为2019年流行株。本土株H1a基因型MV核苷酸和氨基酸同源性为91.5%～100.0%和73.6%～100.0%。2019年8例D8基因型麻疹病例均为成人，其中2例为一起暴发疫情，其余6例为散发病例。结论:输入性D8基因型成为2019年北京市MV主要流行基因型；2015—2019年随着麻疹发病下降，本土基因型H1a已经不占优势，而其他不同基因型输入，形成混合流行的趋势，建议在消除麻疹工作中，不仅要努力阻断本土麻疹病毒传播，更要防控非本土基因型病毒输入和持续传播，避免其逐渐演化为优势毒株而建立本土传播的风险。

目的:了解河南省急性呼吸道感染(ARI)病例中人副流感病毒3型(HPIV3)血凝素-神经氨酸酶(HN)的基因特征。方法:对河南省漯河市采集的严重急性呼吸道感染(SARI)病例标本和郑州市采集的流感样病例(ILI)标本进行人副流感病毒(HPIVs)核酸检测，HPIV3检测阳性标本使用RT-PCR法进行HN基因扩增并测序，使用CExpress以及MEGA7.0软件进行序列编辑、进化树构建和基因特征分析。结果:漯河市和郑州市共采集ARI咽拭子标本374份，其中HPIV3核酸检测阳性标本20份(5.3%)，对阳性标本进行靶基因扩增后获得18条序列，经分析全部为C3亚群，其中有16条序列为C3f基因型，有2条序列为C3a基因型。18株HPIV3的HN基因序列的核苷酸和氨基酸同源性分别为97.6%~100.0%和99.3%~100.0%，与原株型Wash/47885/57相比差异较大，发生了12处共同的氨基酸突变，其中H295Y、I391V、D556N和I53T是功能相关突变位点。与流行株China/BCH4210A/2014相比同源性较高，未发生共同的氨基酸突变，未发现新的功能相关突变位点。结论:河南省近年流行的HPIV3为C3亚型的C3f和C3a分支，可能建立了本土循环流行。应对HPIV3的C3亚型进行持续深入的监测，为防控HPIV3相关疾病提供科学依据。

目的:探讨厦门市收治的境外输入新型冠状病毒肺炎(COVID-19)病例的临床特点。方法:横断面研究。纳入2020年1月20日至10月31日厦门市COVID-19唯一定点收治医院厦门大学附属第一医院收治的所有113例COVID-19患者，分为境外输入病例组(78例)和本土病例组(35例)，分析2组患者在临床症状、合并症、实验室检查、新型冠状病毒核酸检测结果、胸部CT及治疗等方面的差异。结果:厦门市共收治了113例COVID-19患者。在年龄上，本土病例组以14～65岁居多，占68.6%，境外输入病例组以14～40岁居多，占66.7%，2组间年龄比较差异有统计学意义( t＝6.510 9， P<0.001 0)。本土病例组患者常见的症状为发热(80.0%)、咳嗽(51.4%)、咳痰(28.6%)、畏寒/寒颤(22.9%)。境外输入病例组患者常见的症状为咳嗽(16.7%)、咽痛(11.5%)、鼻塞流涕(10.3%)、发热(9.0%)。境外输入病例组发热比例比本土病例组低(9.0%比80.0%， P<0.000 1)。与本土病例组相比，境外输入病例组入院前后24 h内血常规淋巴细胞计数更高，入院前后24 h内C-反应蛋白更低。境外输入病例组CURB-65评分、PSI评分及COVID-19严重程度分级均轻于本土病例组( P值均<0.05)。 结论:厦门地区COVID-19的境外输入病例严重程度轻于本土病例，且症状更不典型，故更应注意筛查出此类患者。

目的:分析新型冠状病毒Omicron变异株引起的续发率（SAR）及影响因素。方法:选取2022年2—4月江苏省本土社会面发现的新型冠状病毒Omicron变异株感染病例和密切接触者，纳入328例社会面原发病例和40 146名密切接触者，并将密切接触者中7 d集中隔离医学观察期间核酸检测结果转为阳性者定义为续发病例。收集人口学和临床特征等相关信息，采用多因素logistic回归模型分析SAR的影响因素。结果:328名原发病例共报告续发病例1 285例，SAR为3.2%（95% CI：3.0%~3.4%）。328例原发病例中，男性占61.9%（203例），年龄 M（ Q1， Q3）为38.5（27，51）岁；1 285例续发病例中，男性占59.1%（759例），年龄 M（ Q1， Q3）为34（17，52）岁。多因素logistic回归模型分析结果显示，原发病例为男性（ OR=1.632，95% CI：1.418~1.877）、年龄20岁以下（ OR=1.766，95% CI：1.506~2.072）和60岁及以上（ OR=1.869，95% CI：1.476~2.365）、感染BA.2毒株分支（ OR=2.906，95% CI：2.388~3.537）、病例分型是确诊普通型（ OR=2.572，95% CI：2.036~3.249）和确诊轻型（ OR=1.717，95% CI：1.486~1.985）的SAR风险更高；密切接触者年龄在20岁以下（ OR=2.604，95% CI：2.250~3.015）和60岁及以上（ OR=1.287，95% CI：1.052~1.573）、接触方式为同住接触（ OR=27.854，95% CI：23.470~33.057）的SAR风险更高。 结论:Omicron变异株原发病例性别、年龄、感染毒株分支、病例分型，以及密切接触者的年龄和接触方式是SAR的影响因素。

新型冠状病毒肺炎是国内外广泛关注的重要公共卫生问题，当前仍处全球大流行状态。在新型冠状病毒肺炎疫情常态化防控阶段，我国通过采取“外防输入、内防反弹”策略，有效控制疫情发生与扩散，有效减少了死亡病例的发生，社会经济得以快速恢复，各项举措得到公众高度认可，疫情积极向好态势持续巩固。目前本土疫情传播虽已基本阻断，但国际疫情仍持续快速上升，我国面临的“外防输入”压力持续增加。考虑疫情防控常态化的特点及病毒的特殊性，应科学理解常态化防控的内涵。常态化阶段疫情防控目标应为最大限度早发现、早治疗、早处置，坚决防止出现疫情社区持续传播，即尽量防感染，坚决防反弹（社区持续传播），而非“零感染”。各地贯彻落实“及时发现，快速处置，精准管控，有效救治”的防控方针，在防控实践中形成了一系列行之有效的常态化防控经验。冬春季是常态化疫情防控的关键时期，应继续坚持人物同防，落实四方责任，科学有效防控。

2022年7月23日，WHO宣布猴痘已构成国际关注的突发公共卫生事件。目前的研究表明，2022年多国猴痘病毒毒株仍为Clade Ⅱ。猴痘病例以男性为主，年龄范围较广。相比于既往研究，2022年研究报道病例的中位年龄增大，MSM占比增加。猴痘通常为自限性疾病，临床症状以发热和皮疹为主。研究显示2022年病例发热比例相较2022年前有所下降，且皮疹部位由脸颊为主转为以生殖器黏膜为主。2022年首次报道猴痘无症状感染者。尽管我国尚无猴痘本土病例，且输入风险较低，但随着我国与全球各国贸易交流加深，人员来往频繁，应当关注国际疫情的进展，做好疫情应急应对工作，防范可能的病例发生和传播。

自2020年4月以来，我国新型冠状病毒肺炎疫情（简称新冠肺炎疫情）进入常态化防控阶段。在经过常态化防控探索阶段后，我国疫情防控进入了全链条精准防控的“动态清零”阶段。“动态清零”策略是在遵循“外防输入、内防反弹”防控策略的前提下，当出现本土新冠肺炎病例时，采取有效的综合性防控措施，“发现一起、扑灭一起”，快速切断疫情传播链，使每一起疫情及时终止，感染者“清零”，实现以最小成本取得最大成效。在大规模核酸检测、大数据追踪等新技术的应用下，“动态清零”策略应运而生，它是新冠疫情防控的中国经验。“动态清零”策略是我国在新冠肺炎疫情常态化防控阶段提出并实施的创新性防控策略，其防控目标、技术手段、工作重点等与传统的传染病“围堵”和“缓疫”策略有所不同。本文就我国新冠肺炎疫情防控的三个阶段、“动态清零”策略及科学内涵、演化过程、理论基础、实施阶段及效果进行了分析与总结，为冬春季疫情防控提供科学依据。

目的:分析新型冠状病毒肺炎(Coronavirus Disease 2019, COVID-19)确诊病例不同病程的核酸检测结果。方法:选择COVID-19确诊病例，采集患者不同病程的鼻咽拭子标本，在患者治愈出院后进行随访，实时荧光RT-PCR方法检测病毒核酸。结果:2020年1月23日至2月20日西安市累计报告120例COVID-19本土确诊病例，初检病毒核酸阳性率为70.83%(85/120)。COVID-19包括连续性核酸阳性和间歇性核酸阳性，患者在潜伏期即可检出核酸阳性，检出核酸阳性的最长发病时间是第26天。COVID-19确诊病例在发病初期病毒核酸阳性率较高，发病第6天的阳性率最高，为84.21%，核酸阳性率随时间推移逐渐降低，患者出院后第7天随访到105人，复阳率为2.86%(3/105)。结论:COVID-19确诊病例在发病初期核酸阳性率较高，在潜伏期和发病后较长时间内可检出核酸阳性。

目的:了解引起河南省2021年11月COVID-19暴发疫情的新型冠状病毒(SARS-CoV-2)基因组特征，分析核苷酸和氨基酸变异情况并进行溯源。方法:收集病例急性期咽拭子标本，应用实时荧光RT-PCR方法对SARS-CoV-2核酸进行检测。选取SARS-CoV-2核酸阳性样本进行高通量基因序列测定和全基因组序列比对分析。结果:核酸检测显示，70例阳性标本ORF1ab基因Ct值的中位数为26.41(15.58~39.27)，N基因Ct值的中位数为24.43(12.04~39.74)。测序结果显示，同武汉参考株(NC_045512)序列相比，测序成功的63例本土病例SARS-CoV-2基因组序列存在47~49个核苷酸突变位点，共享47个突变位点和41个氨基酸变异位点，其中S蛋白区核苷酸突变位点9个，氨基酸变异位点为12个。指示病例与河南省10月14日俄罗斯输入病例和江西省10月本土病例共享47个突变位点，基因组高度同源，属于VOC/Delta变异株(AY.122进化分支)。结论:应对境外输入性COVID-19进行持续监测，适当延长隔离观察期限，降低输入性COVID-19引起本地暴发与流行的风险；通过分析病毒基因组特征及核苷酸和氨基酸变异情况，进行快速溯源，为我省后续精准防控提供有力依据。

目的:了解北京市2022全年新型冠状病毒分支BA.5.2流行特征与基因组学特征，为科学监测和防控新冠病毒感染提供依据。方法:收集北京市2022全年新冠病毒感染病例呼吸道标本，过滤后采用高通量测序法进行全基因组测序，测序数据进行比对、分析并构建系统发育树。结果:截止2022年12月中旬累计获得2 881条新冠病毒全长序列，其中BA.5.2占比12.22%，与Wuhan-Hu-1参考基因组的核苷酸和氨基酸序列一致性中位数分别为99.2%和99.0%。352条BA.5.2新冠序列共发现271个氨基酸突变位点，其中常见突变位点有ORF1ab区域的S135R和S蛋白区的D614G等35个；常见缺失位点有ORF1a基因的3 675~3 677位、ORF9b基因的27~29位和S基因的69~70位等；未发现插入变异。系统发育分析显示，北京市2022全年的BA.5.2的病毒基因组均位于GR进化支，与GISAID上的其他分支以及北京监测的其他分支存在一定的进化距离。结论:北京市2022年BA.5.2变异株的流行规律基本与全球流行趋势相一致。352条新冠病毒序列由于时间跨度长、多波输入和本土局部传播疫情共同构成，进化树存在多个进化分支并且存在高达271个氨基酸突变位点。加强对新冠病毒感染等呼吸道传染病的常规监测和全基因组测序，及时了解北京市新冠流行毒株的变化，为及时调整疾病防控策略提供指引。