目的:分析江苏省25株新型冠状病毒(2019-nCoV)全基因组序列，研究其进化特征。方法:使用高通量测序技术对确诊病例咽拭子样本进行测序，使用CLC Genomics Workbench 12.0分析单核苷酸多态性(SNP)，MEGA5.1分析病毒进化特征。结果:25株病毒共检测到52处碱基突变，进化分析显示25株病毒分成2个进化分支，分支1含有8 782和28 144位置CT连锁SNPs，而分支2此2位置突变为TC，即8 782 (ORF1ab: C8517T,同义突变)和28 144(ORF8: T251C, L84S)。分支2中5株病毒还含有24 034(S：C2 472T，同义突变)、26 729(M：T207C，同义突变)和28 077(ORF8：G184C，V62 L)连锁SNPs，聚成亚组A，不同分支/亚组在人群分布及与疾病关系无显著差异。结论:2019-nCoV出现了SNPs，其对病毒传播力、致病性等影响有待进一步研究。

目的:分析云南省异常血红蛋白E(hemoglobin E，Hb E)杂合子及Hb E合并地中海贫血(简称地贫)病例的血液学表型和基因型特征。方法:对100例高效液相色谱分析提示为Hb E异常血红蛋白携带病例进行血细胞分析，并用Gap-PCR和PCR-寡核苷酸探针反向斑点杂交法检测α-和β-珠蛋白基因常见突变类型。结果:100例疑似Hb E携带的病例，经基因诊断全部检出β-珠蛋白链CD26突变(HBB：c.79G>A)，其中Hb E杂合子90例，Hb E合并αα/-α 3.7突变7例，Hb E合并αα/-- SEA突变2例，1例为Hb E合并-α 3.7/-α 3.7。Hb E杂合子血液学表型分析结果：Hb A2(26.02±3.64) %，Hb F (1.35±1.25)%，平均红细胞体积(78.83±4.68) fl，平均红细胞血红蛋白含量(26±1.54) pg，平均血红蛋白浓度(329.65±10.73) g/L，血红蛋白(141.08±16.53) g/L；Hb E复合α地贫时，α地贫基因的突变类型不同，血液学表型结果不同。 结论:云南省Hb E及Hb E合并α地贫的发生率较高，高效液相色谱能够有效检出Hb E，Hb E合并其它α地贫基因突变时，有较大差异的表型变化；仅依靠血液学结果进行产前筛查会造成Hb E漏诊。

目的:分析2022年12月—2023年1月四川省境外输入新型冠状病毒(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2, SARS-CoV-2)变异株分布情况和全基因组特征。方法:选取2022年12月—2023年1月核酸检测荧光阈值(Ct)≤32的四川省境外输入SARS-CoV-2阳性病例鼻、咽拭子样本108份。采用全基因组靶向扩增结合Illumina NextSeq? 2000测序系统进行病毒全基因组测序；Nextclade和Pangolin平台判定病毒谱系及型别，分析病毒基因组变异特征；应用最大似然法构建系统进化树。结果:本研究共获得55株覆盖度>95%的SARS-CoV-2全基因组序列，均为Omicron变异株，与Wuhan-Hu-1参考株基因组序列相比较，21L、22B、22D、22E和22F基因型的核苷酸突变和氨基酸突变中位数分别为93、75、92、78、92个和68、53、68、69、65个。2022年12月—2023年1月，四川省境外输入SARS-CoV-2的主要流行株为BA.5.2(10.91%，6/55)、XBB.1.1(9.09%，5/55)、BF.7.14(7.27%，4/55)和BQ.1.1(7.27%，4/55)。结论:变异株分布情况在一定程度上能够反映全球流行趋势，但跟国内本土流行变异株分布存在较大差异，具有流行优势的XBB变异株在成为全国范围内(不包括中国港澳台地区)主要流行株之前，即在入境旅客中大量检出。

目的:对2018年青海省一例流感样病例中分离得到的柯萨奇病毒B组5型(coxsackievirus B5, CV-B5)分离株QH/CVB5/2018进行全基因组测序及遗传特性分析。方法:采用二代高通量测序对QH/CVB5/2 018分离株进行全基因组序列测定，利用SPAdes、DNAStar 7.1、MEGA 6.0、Simplot 3.5.1以及RDP4软件对病毒进行全基因组序列拼接以及遗传进化、基因重组和氨基酸突变分析。结果:QH/CVB5/2018全基因组核苷酸序列长度为7 369 bp，编码含2 185个氨基酸残基的多聚蛋白。基于基因组的序列同源性和系统进化分析，显示QH/CVB5/2018与417/JS/CHN/2013同源性最高，核苷酸序列一致性为96.9%(氨基酸序列同源性为99.5%)；基于VP1序列的系统进化分析显示QH/CVB5/2018处于CVB5-C基因型；重组分析显示QH/CVB5/2018可能为CHN_SH/CVB5/2008和CHN_YN-CVB3/2009的重组株，重组发生在6 114～7 199 bp；氨基酸突变位点分析显示，相比于其他CVB5毒株，139S、864S、1086R、1693C、1814D和1819N为QH/CVB5/2018特异突变位点。结论:QH/CVB5/2018分离株属于柯萨奇病毒B组5型的C组基因型，可能为重组株。

目的:通过全外显子组测序(WES)技术筛查原发性胆汁性胆管炎(PBC)家系共有的低频变异位点，以期发现与PBC相关的新易感基因。方法:收集2000年1月至2017年12月于天津医科大学总医院诊断的3个PBC家系的7例PBC患者和2名健康对照者的临床资料，提取血液DNA样本并进行WES，应用SAMtools 1.3软件检测基因单核苷酸多态性(SNP)和得失位变异位点，并于已知数据库1000 Genome、ExAC、ESP6500和诺禾-中华基因数据库筛选低频变异位点。应用Pymol V2.3.2软件模拟主要组织相容性复合体-Ⅱ(MHC-Ⅱ)分子三维结构，观察家系间共有变异位点对应的氨基酸位置。结果:7例PBC患者首诊年龄为(61.2±10.2)岁。血清检测结果示7例患者的ALP为(306.9±242.5) U/L，GGT为(121.7±85.9) U/L，ALT为(47.6±33.1) U/L，AST为(55.7±34.1) U/L，免疫球蛋白G为(14.9±3.1) g/L；抗核抗体核型均存在胞质颗粒型特征；抗线粒体抗体均为阳性。5例PBC患者出现腹腔内淋巴结肿大；2例患者合并肝外自身免疫病；2例患者肝脏活组织检查结果均提示界面性肝炎和小胆管病变。3个PBC家系间共有18个SNP位点，分别位于 OTOA、 OBSCN和人类白细胞抗原- DRB1( HLA- DRBI)基因。 OTOA基因的rs200988634是3个家系共有的多态性位点； OBSCN基因的rs746424683、rs545316651、rs553144914、rs533059830和rs56087721分别导致9种氨基酸的改变；基因 HLA- DRB1共有12个不同的SNP位点，分别导致12种氨基酸的改变，其中rs16822698、rs112796209和rs11554463核苷酸突变分别导致MHC-Ⅱ分子β链的G154A、Y152C和Y107X氨基酸改变，Y107X氨基酸位于MHC-Ⅱ分子与抗原肽结合凹槽区域。 结论:对PBC家系进行WES是阐明恶性变异候选基因 OBSCN和 OTOA较好的策略。 HLA- DRB1为PBC的易感基因，可能通过改变氨基酸序列影响MHC-Ⅱ分子介导的抗原提呈过程。

目的:探讨TET2单核苷酸多态性（SNP）位点I1762V在急性髓系白血病（AML）患者中的临床意义及其对预后的影响。方法:采用高通量测序方法，对2016年7月至2019年12月于河南省肿瘤医院血液科就诊的413例AML患者骨髓样本中的58种血液肿瘤相关基因进行靶向测序。统计TET2 SNP位点I1762V的检出情况，并分析其与患者的临床特征、体细胞突变、预后的相关性。结果:154例AML患者检出TET2 SNP位点I1762V，检出比例为37.3%，与公共数据库（NyuWa Chinese Population Variant Database，NCVD）对照人群相比差异有统计学意义（ χ2＝72.4， P<0.001）；TET2 SNP位点I1762V与AML患者的性别、年龄、染色体核型等均无明显相关性（ P值均>0.05）。携带TET2 SNP位点I1762V的患者伴发NPM1基因突变和KIT基因突变的比例显著高于非携带者（ P<0.001），且NPM1和KIT突变互斥发生。生存分析结果显示，携带TET2 SNP位点I1762V的AML患者总生存（OS）率、无进展生存（PFS）率显著高于野生型患者（ HR＝0.57， P＝0.030； HR＝0.55， P＝0.020）；不论是否携带TET2 SNP位点I1762V，DNMT3A突变的AML患者OS率、PFS率均低于野生型患者（ HR＝1.79， P＝0.030； HR＝1.74， P＝0.040）。 结论:TET2 SNP位点I1762V可能与AML相关，可用于指导治疗和预后评估。TET2 SNP位点I1762V是影响AML患者预后的有利因素。

目的:分析3个在儿童期起病的复杂型遗传性痉挛性截瘫（HSP）5型家系先证者的临床表型和遗传学特征，同时对HSP5型的遗传学诊断方法进行探索，以提高临床对此病的诊断及鉴别诊断能力。方法:收集2020年6月至2023年1月就诊于河南省人民医院的3个HSP5型家系的临床资料，对家系中的患者进行全外显子组测序（WES），分析与表型相关的基因变异类型，包括单核苷酸变异（SNV）和小片段插入/缺失变异（INDEL）分析，同时对特定基因的动态突变区域进行分析。结果:3个家系中的先证者均为复杂型HSP：家系1先证者临床表现为双下肢无力、尿急、共济失调；家系2先证者表现为智力稍低、双下肢无力、构音障碍，头颅磁共振成像示脑白质病变；家系3先证者表现为双下肢肌无力、痉挛、尿频、共济失调。测序结果显示：先证者1及其弟弟存在 CYP7B1基因c.1171G>T（父源）及c.1249C>T（母源）复合杂合变异；先证者2及其妹妹存在 CYP7B1基因c.334C>T（父源）及c.259+2T>C（母源）复合杂合变异；先证者3存在 CYP7B1基因c.334C>T（父源）及c.1082G>A（母源）复合杂合变异。其中c.1171G>T为未报道过的新变异。基因动态突变分析结果显示，患儿的 ATXN1/2/3/6/7/8/12、DRPLA、TBP基因的CAG重复次数均在正常范围内。根据患儿的临床表现及基因检测结果，HSP5型诊断明确。 结论:本研究中的3个家系均为 CYP7B1基因复合杂合变异导致的复杂型HSP5型。WES可同时分析SNV、INDEL和动态突变进而明确相关疾病的诊断，可以作为HSP5型的一种有效的检测方法。

目的:分析中国汉族全色盲一家系的临床特征和致病基因变异。方法:采用家系调查研究方法，收集2010年7月至2019年7月于北京协和医院眼科就诊的中国汉族全色盲一家系，纳入该家系2代5名成员，包括2例患者和3名表型正常者。询问病史并进行详细眼科检查，包括视力、色觉、彩色眼底照相、眼底自发荧光(FAF)、光相干断层扫描(OCT)、视野及视网膜电图(ERG)检查。采集2例患者及家系成员外周血并提取DNA。利用全外显子测序(WES)技术筛选致病基因变异，进行Sanger验证及家系共分离分析。通过1000 Genomes、人类基因突变数据库(HGMD)、ExAC、ClinVar以及OMIM等数据库对变异位点进行注释，判断是否为单核苷酸多态性或已报道变异；根据美国医学遗传学和基因组学(ACMG)遗传变异分类标准与指南进行致病性评估。结果:先证者父母近亲结婚，家系遗传特点符合常染色体隐性遗传。2例患者均为男性，均自幼双眼视力低下伴有畏光和色觉障碍。眼底表现为黄斑中心凹处反光不明显。FAF显示黄斑中心凹处弱荧光。OCT显示未见明显黄斑中心凹结构，且相应区域椭圆体带和交接带缺失。视野检查显示中心暗点伴或不伴周边视野缺损。ERG显示暗适应0.01、3.0及10.0反应波形大致正常；振荡电位振幅下降；明适应3.0及30 Hz闪烁光反应未记录到波形。随诊9年，患者的临床表现显示疾病未见明显进展。测序结果显示2例患者均携带纯合 ATF6基因新发致病变异c.947insA(p.Asn316Lysfs*46)，先证者母亲携带杂合变异，未患病的胞兄弟未携带变异，符合家系共分离。ACMG遗传变异分类标准与指南评级为致病性变异。 结论:ATF6基因c.947insA(p.Asn316Lysfs*46)为该全色盲家系的致病基因变异位点，该变异位点为首次报道。

目的:探讨沉默信息调节因子1（SIRT1）的氧连乙酰葡萄糖胺（O-GlcNAc）糖基化修饰介导的核因子（NF）-κB信号通路对心肌细胞损伤的调节作用。方法:为了分析O-GlcNAc糖基转移酶（OGT）对SIRT1功能的影响，将H9c2细胞分为正常葡萄糖（NG）组、高糖（HG，30 mmol/L）组、HG+对照小干扰RNA（HG+siNC）组、HG+OGT siRNA（HG+siOGT）组、HG+对照质粒（HG+vector）组、HG+OGT过表达质粒（HG+OGT）组，每组6个复孔。为了分析O-GlcNAc糖基化对SIRT1蛋白功能的影响，将H9c2细胞分为NG组、HG组、HG+二甲基亚砜（HG+DMSO）组、HG+OGT抑制剂（HG+Ac-5SGlcNAc）组和HG+OGA抑制剂（HG+NButGT）组，每组6个复孔。为了分析O-GlcNAc修饰位点突变对SIRT1功能的影响，将H9c2细胞分为NG组、HG组、HG+Vector组、HG+SIRT1 WT组和HG+SIRT1 S549A组，每组6个复孔。采用Western blotting检测细胞中SIRT1蛋白表达和O-GlcNAc糖基化修饰水平，以及NF-κB信号通路表达水平，使用2′，7′-二氯荧光素和脱氧核糖核苷酸末端转移酶介导的缺口末端标记法（TUNEL）检测试剂盒检测细胞活性氧（ROS）和凋亡水平，采用酶联免疫吸附试验（ELISA）检测细胞培养上清中炎症因子［白细胞介素（IL）-6、IL-1β和肿瘤坏死因子α（TNF-α）］水平。两组间比较采用 t检验，多组间比较采用单因素方差分析。 结果:与NG组相比，HG组H9c2细胞中SIRT1蛋白降低（ P<0.001），OGT的表达水平升高（ P<0.001），同时H9c2细胞ROS和凋亡水平增加（ P<0.05），NF-κB信号通路介导的炎症反应被激活（ P<0.05）；与HG+siNC组和HG+DMSO组比较，HG+siOGT组和HG+Ac-5SGlcNAc组H9c2细胞中SIRT1的O-GlcNAc修饰水平均降低（ P<0.001），细胞内ROS和凋亡水平降低（ P<0.05），NF-κB信号通路介导的炎症反应被抑制（ P<0.05）；与HG+Vector组和HG+DMSO组比较，HG+OGT组和HG+NButGT组H9c2细胞中SIRT1的O-GlcNAc修饰水平增加（ P<0.05），细胞ROS和凋亡水平增加（ P<0.05），NF-κB信号通路介导的炎症反应被激活（ P<0.05）。与HG+SIRT1 WT组比较，HG+SIRT1 S549A组中H9c2细胞增殖能力降低（ P<0.01），细胞ROS和凋亡水平均增加（ P<0.01），NF-κB信号通路水平增加（ P<0.001）。 结论:高浓度葡萄糖通过增加SIRT1蛋白的O-GlcNAc糖基化修饰水平，抑制SIRT1的蛋白水平和功能，并导致细胞内NF-κB信号通路的激活，增加高糖诱导的细胞炎症反应，促进心肌细胞损伤。

目的:分析5月份广东省某市一起急性出血性结膜炎(acute hemorrhagic conjunctivitis，AHC)疫情中病原体的进化特征及变异情况，为制定新一轮AHC流行防控措施提供科学依据。方法:采集20份AHC患者眼结膜拭子，采用实时荧光定量PCR(real-time quantitative PCR，qPCR)方法，对其进行肠道病毒(enterovirus，EV)、EV70(human enterovirus 70, HEV70)和CVA24v(coxsackievirus A24 variant，CVA24v)核酸检测，并对CVA24v阳性样本的VP1区和3Cpro区进行序列测定，分析其与国内外流行的CVA24v基因进化关系。结果:20份眼拭子标本中，肠道病毒全部显示EV阳性，CVA24v全部阳性，阳性率100%，EV70全部阴性。其中5份样本的CVA24v的VP1和7份样本的CVA24v的3Cpro区基因组成功测序，基于VP1和3Cpro区的分子特征分析发现，本次疫情流行的CVA24v与2014年泰国和2015年法属留尼群岛流行的CVA24v具有最大的核苷酸相似性。3Cpro区和VP1区的系统发育进化树显示本次疫情CVA24v与2014年泰国和2015年法属留尼群岛流行的CVA24v聚为一簇，具有较高亲缘关系。与2010年广东、2014年泰国和2015年法属留尼群岛流行的CVA24v相比，本次疫情流行的CVA24v在3Cpro区4个氨基酸位点发生替换，在VP1区有1个氨基酸位点发生替换。结论:引起本次疫情病原体为肠道病毒CVA24v，且与2014年泰国和2015年法属留尼群岛流行的CVA24v具有最高相似性，3Cpro区和VP1区序列均出现新的的氨基酸突变。