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云南省生食蔬菜中致病菌污染状况及其耐药性与分子特征研究
编辑人员丨5天前
目的 为分析云南省生食蔬菜中沙门菌、单核细胞增生李斯特菌、致泻性大肠埃希菌污染情况及菌株的耐药性和致病性,通过各污染菌的抗生素敏感性特征图谱及全基因组测序数据对菌株进行耐药和致病基因分析.方法 采用食品安全国家标准GB 4789.4-2016、GB 4789.30-2016、GB 4789.6-2016对180份生食蔬菜样品中的沙门菌、单核细胞增生李斯特菌、致泻大肠埃希菌进行检测和鉴定;采用肉汤稀释法对分离到的菌株进行药敏测定;同时对菌株进行全基因组测序,基因组序列经组装后通过相应的生物信息学流程进行数据分析.结果 180份生食蔬菜中共有12份样品检出了致病菌,包括生菜、香菜、折耳根等.共检出了致病菌13株,其中沙门菌7株,共7种血清型,4株存在多重耐药,耐药表型与耐药基因关联性良好,5株携带有与多重耐药相关的IncHI和IncF型质粒;单核细胞增生李斯特菌4株,1株存在多重耐药,2株携带毒力岛LIPI-3;肠聚集黏附性大肠埃希菌2株,1株存在多重耐药.结论 折耳根等具有地域特色的生食蔬菜种类致病菌检出率较高,应该持续关注,部分单核细胞增生李斯特菌菌株因含有更多的毒力基因,而具有更高的致病性;沙门菌和致泻大肠埃希氏菌多重耐药情况较为严重.
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编辑人员丨5天前
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菌菇类食品中唐菖蒲伯克霍尔德菌污染调查及病原特征分析
编辑人员丨5天前
目的 调查成都市售菌菇类食品中唐菖蒲伯克霍尔德菌的污染情况,分析其病原特征,为食品安全风险监测提供支持.方法 参照GB 4789.29-2020,增加了可疑菌落微生物质谱鉴定,对121份菌菇类食品进行检测,并对分离到的菌株进行全基因组测序,分析其遗传特性及与米酵菌酸生物合成相关bon基因的携带情况.结果 121份样品唐菖蒲伯克霍尔德菌的阳性率为50.41%(61/121),其中银耳的阳性率达到67.14%(47/70).4份样品中分离的10株唐菖蒲伯克霍尔德菌携带bon基因簇;存在主要污染银耳的优势克隆群,但未携带bon基因簇.结论 银耳易被唐菖蒲伯克霍尔德菌污染,需加强对重点食品中该致病菌的风险监测,尤其是携带bon基因簇菌株的检测.
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编辑人员丨5天前
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山东省兰陵县羊粪中产志贺毒素2k新亚型大肠埃希菌的检出及其分子特征分析
编辑人员丨5天前
目的:了解山东省兰陵县羊携带志贺毒素基因 stx2k新亚型大肠埃希菌的情况及其分子特征。 方法:2019年11月采集山东省兰陵县不同养殖户的羊粪便512份,经EC肉汤增菌后PCR检测 stx基因,阳性样品分别接种科玛嘉(CHROMagar?)ECC及科玛嘉(CHROMagar?)STEC培养基,对 stx基因阳性菌株进行全基因组测序。根据基因组数据分析菌株 stx基因亚型、血清型、多位点序列分型(MLST)情况及毒力基因携带情况。 结果:从512份羊粪中共分离86株产志贺毒素大肠埃希菌,包括5种不同的 stx亚型,其中 stx2k亚型菌株37株;86株菌分为20种O∶H血清型及18种不同ST型。 结论:山东省兰陵县羊携带的产志贺毒素大肠埃希菌在志贺毒素亚型、血清型及毒力基因等分子特征方面存在多样性,且检出了产志贺毒素2k新亚型的大肠埃希菌。
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编辑人员丨5天前
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宫颈腺癌中ProEXC和PRMT5的表达及其临床意义
编辑人员丨5天前
观察ProEXC蛋白和PRMT5蛋白在宫颈腺癌及癌旁组织中的表达,探讨ProEXC和PRMT5的表达与宫颈腺癌辅助诊断及临床病理参数间的关系。收集苏州大学附属第二医院2015—2020年确诊的宫颈腺癌标本88例,采用免疫组化的方法分别检测宫颈腺癌及癌旁组织中ProEXC和PRMT5的表达并进行分析。利用肿瘤基因组图谱数据库(TCGA)分析ProEXC和PRMT5与宫颈腺癌患者的预后相关性及其相关的基因通路。选取基因表达数据库(GEO)中GSE39293数据集,对宫颈腺癌细胞株(HELA)经抗病毒药物处理前后ProEXC和PRMT5的表达量进行了对比分析。在宫颈腺癌组织中,ProEXC蛋白表达率(95.5%比4.6%, P<0.001)和PRMT5蛋白表达率(81.8%比26.1%, P<0.001)均高于癌旁组织,且其表达均与肿瘤的T分期、有无淋巴结转移及有无人乳头瘤病毒(HPV)感染相关( P<0.05)。TCGA数据库分析显示,PRMT5和ProEXC中MCM2高表达患者的总体生存率较低表达患者低(均 P<0.05)。在GSE39293数据集中,经西多福韦处理后细胞中MCM2的表达减少(9.34比9.68, P<0.001),PRMT5表达量下降,但差异无统计学意义(8.16比8.26, P=0.087),TOP2A表达无明显改变(8.54比8.42, P=0.056)。耐药组中PRMT5(8.42比8.16, P=0.002)和MCM2(9.51比9.34, P=0.029)表达增加,而TOP2A表达下降(8.06比8.54, P<0.001)。GSEA分析提示ProEXC高表达主要影响细胞周期通路,而PRMT5高表达主要影响RNA剪接体通路。本研究发现,ProEXC蛋白和PRMT5蛋白在宫颈腺癌组织中呈高表达且高表达组预后更差,与宫颈腺癌临床病理特征有一定相关性,可能与其影响细胞周期和RNA合成通路有关,提示其可能在宫颈腺癌的进展中发挥重要作用。
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编辑人员丨5天前
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GATA3基因变异导致甲状旁腺功能减退症患者的临床特征和分子机制
编辑人员丨5天前
目的:分析GATA3基因变异导致甲状旁腺功能减退症(hypoparathyroidism,HP)患者的临床特点及分子机制。方法:在1975年至2020年间于北京协和医院内分泌科随诊并行靶向基因捕获联合二代测序的198例未成年人(≤18岁)起病的非手术性HP患者中筛查到5例GATA3基因致病/可疑致病性变异,回顾性收集分析其临床资料,并对基因检测结果进行生物信息学分析。结果:5例患者HP的起病年龄为0.5(0.1,1.3)岁,发病至诊断为HP和甲状旁腺功能减退-耳聋-肾发育不良(hypoparathyroidism-deafness-renal dysplasia,HDR)综合征的时间分别为(7.0±5.2)年和(15.0±5.4)年。临床表现为手足搐搦伴癫痫样发作、颅内钙化各5例,白内障1例,听力减退4例,肾脏畸形或缺如2例。治疗前血钙和血甲状旁腺激素(PTH)分别为(1.65±0.31)mmol/L和(4.64±2.63)ng/L。5例患者GATA3基因的杂合变异,分别引起无义突变、移码突变和剪接位点突变,经Clin Var数据库预测及美国医学遗传学和基因组学学会(ACMG)分级为致病性或可能致病性变异。结论:对于儿童期起病的HP,应注意遗传性疾病的筛查,其中对于合并听力下降或肾脏发育异常的患者要考虑到HDR综合征的可能,有条件时应筛查GATA3基因以明确诊断。
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编辑人员丨5天前
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2016年淮南市外环境H7N9禽流感病毒基因组特征分析
编辑人员丨5天前
目的:分析淮南市2016年度外环境标本中H7N9禽流感病毒基因组特征。方法:采集活禽市场禽类粪便、笼具、台面或砧板、脱毛机、禽类饮水、污水等标本,选取H7N9、H9亚型PCR检测阳性标本( Ct值≤30),鸡胚分离培养后提取RNA,扩增8个基因节段进行基因序列测定、分子特征与进化分析。 结果:2016年150份淮南市外环境标本检出H7N9亚型46份、H9亚型71份、H5亚型38份;2份H7N9亚型分离成功。基因进化分析显示,淮南市2株H7N9禽流感毒株血凝素(hemagglutinin, HA)和神经氨酸酶(neuraminidase, NA)基因均处于长三角分支内,其余6个内部基因无明显地域分布聚类;HA氨基酸受体位点出现G186V、Q226L位点变异,NA茎区缺失了"QISNT"序列,R294K、E119V耐药位点没有发生突变;聚合酶发生PA基因I550L,PB1基因I368V,PB2基因I504V突变;NS1基因出现增强致病力的位点N205S、P42S改变;耐药相关位点出现M1基因N30D、T215A,M2基因S31N突变。结论:2016年淮南市活禽市场禽流感病毒高度流行,H7N9亚型感染人类的能力有所增强,M2离子通道抑制剂耐药,NA抑制剂仍为敏感有效药物。
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编辑人员丨5天前
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7p22.1微重复患儿1例的临床表型及遗传学分析
编辑人员丨5天前
目的:分析1例7号染色体短臂(7p)远端的7p22.2-p22.1微重复患儿的临床特点及遗传学特征。方法:选择2023年3月21日就诊于郑州大学附属儿童医院的1例患儿作为研究对象。收集患儿临床资料,应用基因组拷贝数变异测序(copy number variation sequencing,CNV-seq)技术对其进行遗传学分析。结果:患儿,男,剖宫产,表现为言语和运动发育障碍、智力低下、颅面异常、甲状腺功能减退、肝损伤及中度贫血等。患儿CNV-seq结果显示其染色体7p22.2-p22.1区存在1.90 Mb的重复,与7p22.1微重复综合征相关。结论:7p22.2-p22.1重复可能是该患儿的遗传学病因。发育和言语迟缓、颅面畸形及骨骼、心血管异常是7p22.1微重复患儿主要的临床表型。
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编辑人员丨5天前
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Zeste基因增强子同源物2抑制剂GSK126调控U87细胞株来源胶质瘤干细胞的干性特征
编辑人员丨5天前
目的:观察果蝇zeste基因增强子同源物2(EZH2)抑制剂GSK126对U87来源胶质瘤干细胞(U87s)干性维持、成球及侵袭能力的影响。方法:通过中国胶质瘤基因组图谱(CGGA)数据库,验证EZH2表达对胶质瘤患者预后的影响,同时对比U87与U87s中EZH2的表达水平。免疫磁珠筛选CD133阳性的U87s进行干细胞培养形成稳定传代的胶质瘤干细胞球。通过GSK126和Si-EZH2处理U87s构建GSK126处理组、Si-EZH2处理组、Si-EZH2+GSK126的联合处理组及空白组,来检测U87s干性维持、成球及侵袭能力,组间比较采用独立样本 t检验。 结果:高表达EZH2患者的生存期明显低于低表达EZH2患者(风险比=1.744, P<0.05)。胶质瘤干细胞中EZH2表达明显高于胶质瘤细胞(0.738±0.024比0.396±0.030, t=8.936, P<0.05)。Si-EZH2处理组的EZH2及下游H3K27me3的表达低于空白组(0.338±0.056比0.926±0.032, t=9.080, P<0.05;0.444±0.034比0.691±0.030, t=5.056, P<0.05)。同时Si-EZH2处理组的干细胞分子标记物CD133、NESTIN表达低于空白组(0.198±0.036比0.824±0.027, t=13.900, P<0.05;0.282±0.023比0.597±0.070, t=4.290, P<0.05)。而GSK126处理组和空白组的EZH2表达无差异,GSK126处理组的H3K27me3、CD133、NESTIN表达低于空白组(0.509±0.044比0.704±0.015, t=4.154, P<0.05;0.249±0.026比0.530±0.025, t=7.763, P<0.05;0.124±0.018比0.424±0.018, t=11.720, P<0.05)。Si-EZH2+GSK126的联合处理组EZH2表达低于GSK126处理组(0.380±0.056比0.735±0.052, t=4.646, P<0.05)。 结论:EZH2在胶质瘤干细胞中高表达。GSK126可以通过竞争性抑制EZH2甲基转移酶,从而抑制了U87s的干性特征。
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编辑人员丨5天前
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遗传性对称性色素沉着症1例患儿的遗传学分析
编辑人员丨5天前
目的:探讨1例 ADAR1基因变异所致的遗传性对称性色素沉着症(DSH)患儿的临床及遗传学特征。 方法:选取2020年6月因"手背不规则色素斑疹"就诊于郑州大学第一附属医院皮肤科的1例DSH患儿作为研究对象,收集家系成员的临床资料。对患儿进行全外显子组测序(WES),并用Sanger测序进行家系验证。进一步采用SWISS-MODEL预测野生型及变异型蛋白的三级结构。结果:患儿为13岁男性,手背存在对称性色素沉着和色素脱失斑,临床诊断为DSH。WES及Sanger测序结果显示患儿及其父亲 ADAR1基因第10外显子均存在c.2858dup(p.T954Dfs*20)杂合变异。根据美国医学遗传学与基因组学学会(ACMG)相关指南判定为致病性变异(PVS1+PM2_Supporting+PM1+PP3)。 结论:ADAR1基因c.2858dup(p.T954Dfs*20)变异可能是该DSH患儿的遗传学病因。
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编辑人员丨5天前
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罕见鸟氨酸氨基甲酰转移酶缺乏症合并MECP2重复综合征一个家系的基因变异分析及产前诊断
编辑人员丨5天前
目的:分析1例鸟氨酸氨基甲酰转移酶缺乏症(OTCD)合并MECP2重复综合征家系的基因变异特征,并为该家系提供产前诊断。方法:回顾性分析2017年12月19日就诊于甘肃省妇幼保健院新生儿重症监护中心的1例患儿(先证者)及其家系成员的临床资料。高通量测序结合多重连接探针扩增(MLPA)技术对患儿进行致病性变异分析。短串联重复序列(STR)连锁分析、MLPA以及拷贝数变异测序(CNV-seq)对胎儿进行产前诊断。结果:先证者为出生3 d的女婴,测序发现其携带 OTC基因第7 ~ 9外显子杂合缺失。根据美国医学遗传学与基因组学会变异相关指南,该变异被评级为可能致病性变异(PVS1+PM2_Supporting+PP4),与其急性脑病发作合并代谢异常(血氨显著升高、血瓜氨酸降低、尿乳清酸增高)的临床表现相符,确诊其为OTCD。产前诊断未发现胎儿携带与先证者相同的 OTC基因缺失变异,但存在Xq28区重复,涵盖MECP2重复综合征的全部区域,且 SRY(+),母亲及先证者均证实携带该重复。结合先证者存在X染色体失活的可能性,考虑先证者同时罹患OTCD与MECP2重复综合征,而胎儿为MECP2重复综合征男性患者。 结论:基因检测明确了OTCD合并MECP2重复综合征家系的致病变异,可为患者家庭的精准治疗、遗传咨询及再次生育提供依据。
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编辑人员丨5天前
