傅里叶变换衰减全反射红外(attenuated total reflection Fourier transform infrared,ATR-FTIR)光谱技术以其快速、准确、无创的特点,在生物医学领域尤其是临床血液学检验中显示出巨大潜力.该技术记录样本中分子的振动光谱,提供生物样品内核酸、蛋白质和脂质的化学结构信息,可用于疾病筛查和诊断.ATR-FTIR光谱技术在地中海贫血、艾滋病毒感染、乳腺癌、卵巢癌和脑瘤等疾病中的研究现状和发展情况,提示该技术结合化学计量学方法可实现疾病的快速筛查、诊断与鉴别诊断.ATR-FTIR光谱技术与偏最小二乘法回归模型相结合,以定量法分析人外周血样品中平均红细胞血红蛋白含量、平均红细胞体积和血红蛋白等地中海贫血筛查指标,筛查地中海贫血的灵敏度、特异度分别达到100.0%和95.3%.采用ATR-FTIR光谱技术,基于遗传算法的线性判别分析法,分析血液样本红外图谱中1 653 cm-1(酰胺Ⅰ带)、1 558 cm-1(酰胺Ⅱ带)、1 506 cm-1(环基)和901 cm-1(磷酸二酯伸缩带)处的特征峰,对人类免疫缺陷病毒(human immunodeficiency virus,HIV)感染孕妇血液样本的辨别准确率为89%,灵敏度、特异度分别为83%、92%.采用主成分回归(principal component regression)法对乳腺患者血液ATR-FTIR光谱进行识别,其灵敏度与特异度高达92.3%与87.1%此外,ATR-FTIR光谱技术还可应用于生物医学领域的其他方面,如细胞和组织学样本的检测、疾病严重程度的分类等.ATR-FTIR光谱技术展现出广阔的应用前景,但仍面临环境干扰、样本污染等挑战.未来,随着ATR-FTIR光谱技术的优化、发展,其有望在更多疾病的临床血液学检验中发挥重要作用.

新型冠状病毒肺炎(corona virus disease 2019,COVID-19)具有高传染性,严重威胁人民群众的生命安全,快速筛查可以实现快速治疗、防止肺炎进展.目前COVID-19检测诊断方法的金标准为逆转录聚合酶链式反应(reverse transcription-polymerase chain reaction,RT-PCR),但是由于核酸检测存在耗时且假阴性率偏高的问题,而影像医生对医学图像的诊断存在主观性且工作量巨大,因此借助人工智能(artificial intelligence,AI)技术对实现COVID-19的快速诊断至关重要.随着AI在医学领域的成功应用,深度学习技术成为辅助诊断新型冠状病毒肺炎的有效方法.近年来许多学者使用深度学习技术来构建对医学图像进行智能诊断的模型,本文的主要内容就是对这类模型进行总结和分析,介绍了分割肺部区域的模型、实现二分类或多分类的分类模型以及模型在临床上的应用.与此同时,在文章中分析了COVID-19患者的影像学特点,COVID-19患者多双肺受累,其中磨玻璃影是最常见的影像征象.对COVID-19研究的最新进展也进行了介绍,主要是关于提高AI模型准确性的开发和"长新冠"综合征的相关研究.因此,在新型冠状病毒肺炎常态化管理下,模型准确性的提高可以借助数据集的扩大或模型结构轻量化等方面实现;"长新冠"综合征作为一个新的研究领域,学者可以在临床症状、预后随访和结合深度学习技术等方面进行进一步的研究.

目的 研究一种快速和有效富集污水中新型冠状病毒的方法,为城市污水新冠病毒监测工作和疫情防控提供支持.方法 利用液样微生物采集富集仪(LM Capturer-5)对加标液体样本进行富集,利用RT-qPCR检测富集前后新冠病毒核酸浓度,计算回收率,考察该方法对液体样本中新冠病毒的富集效果,比较该方法与聚乙二醇沉淀法对污水中新冠病毒富集后检测结果一致性.结果 洁净液体加标样本富集后新冠病毒核酸检测结果Ct值降低3～5,污水加标样本富集后Ct值降低1～4,该方法对污水中新冠病毒的富集回收率为13.50％～44.20％,聚乙二醇沉淀法回收率为8.83％～38.85％,无显著性差异(P＞0.05).应用液样微生物采集富集仪对60份污水样本中新冠病毒进行富集,富集后检测阳性率为63.33％,与标准方法一致,并且与标准方法进行一致性检验,Kappa系数为0.785,有中高度一致性.结论 本研究建立的液样微生物采集富集仪法对于污水中的新冠病毒具有较好的富集效果,且操作简便、可自动化,为我国污水中的新冠病毒监测工作提供了多一种技术储备,并且为液体样本中多种病原微生物的富集和检测研究工作提供帮助.

肾移植患者需要服用多种免疫抑制剂抗排斥治疗，是各类感染的高危人群。罕见病原体感染、混合感染是诊断及治疗的难点，抗生素覆盖病原微生物不准确和血药浓度不足均会影响疗效，增加病死率，及时且精准的鉴定病原微生物至关重要 [1]。现阶段病原微生物检测最常见的方法是体液涂片和培养，组织病理学检查是侵袭性真菌感染确诊的金标准，聚合酶链式反应（PCR）能够快速、准确、高灵敏度的找到特定感染病原体，抗原抗体检测可区分急性和既往感染。但体液培养耗时长、灵敏度差、抗生素治疗后送检标本的阳性率更低。怀疑侵袭性真菌感染时，并非所有患者都能获取感染组织标本送检组织病理学检查。PCR难以发现未知病原微生物。免疫抑制患者的病原微生物抗体检测，诊断效率亦欠佳 [2]。宏基因组二代测序技术（mNGS）可直接提取送检样本中全部微生物的核酸进行高通量测序，快速且客观的检测样本中的病原微生物，广覆盖、无偏倚、无需假设。近年来已广泛应用于急危重症和免疫缺陷患者感染的鉴别诊断中 [3,4]。本文报道1例肾移植患者，间断发热1个月，右侧鼻翼及鼻腔丘疹样溃疡形成，双侧眼睑粘膜红肿，CT见两肺大片状及结节样实性密度影，通过mNGS鉴定出马尔尼菲蓝状菌、烟曲霉、哥伦比亚分枝杆菌混合感染，调整抗生素后病情好转，现进行分析总结。

急性感染性疾病仍然是儿科最常见的疾病。准确和及时地作出病原学诊断对于帮助这类疾病的有效治疗至关重要。基于症候群检测的多重核酸分子检测技术是指使用单一实验同时检测多种可造成相似症状的病原的检测方法。因其敏感性、特异性高并且快速高效在近几年被迅速广泛用于呼吸道、消化道、血流、中枢神经系统及关节感染的实验室病原快速诊断。

传染性病原体对世界卫生和社会经济的严重影响受到持续关注。现有检测方法存在敏感度和特异性不足、过程繁琐等局限。CRISPR/Cas技术凭借其高特异性、高灵敏度以及可编程性，近年来在感染性病原体的快速检测研究中展现出重要潜力。本文概述了CRISPR/Cas体系中常用的Cas蛋白的功能机制，着重总结了基于CRISPR/Cas系统的新型生物传感技术，及在感染性疾病检测领域中的最新研究进展，并展望了亟待解决的技术问题以及未来发展方向。随着研究的不断深入，基于CRISPR/Cas体系有望实现多样化发展，为POCT在病原体快检领域的应用提供强大的技术支持。

2021年，新型冠状病毒肺炎疫情仍然在全球范围起伏跌宕。在我国科学防控、精准施策的公共卫生体系运行下，实现了疫情管控和复工复产的有序和共赢。其中，新型冠状病毒核酸检测作为疫情防控的第一防线，发挥了巨大作用。在发热门诊、急诊手术等场景下，要求核酸检测随到随做、快速报告，新型冠状病毒核酸即时检测（POCT）技术应运而生，迅速在各级医疗机构广泛开展，与常规聚合酶链反应（PCR）批测试互补，构建了保障医疗安全和提升优质服务的实验诊断平台。但鉴于分子诊断的复杂性和病原微生物的生物安全要求，病原体核酸POCT与传统基于血液的理化指标检测不同，其质量管理要求尚无章可循，在实际工作中也存在各种认识上的困惑和操作中的不一致。因此，上海市医学会分子诊断分会、上海市医学会检验医学分会、上海市微生物学会和上海市临床检验中心，协同编制了本专家共识，立足当前我国主要的感染性疾病谱，从病原体POCT应用场景、生物安全、人员资质、性能验证、质量控制、结果报告等全流程运行管理进行阐述，以期促进该技术在公共卫生防御和医院感染管理中的合理应用和健康发展。

目的:建立一种快速、灵敏、可视化的H7亚型禽流感病毒等温核酸扩增检测方法。方法:针对H7N9禽流感病毒的HA片段保守区序列设计引物、探针，优化反应温度，建立H7亚型禽流感病毒的重组酶聚合酶扩增结合侧流层析试纸条检测技术，评价其特异性和敏感性，并与Real time PCR方法进行比较。结果:该方法检测H7亚型禽流感病毒的最低检出限为20拷贝/μL，与其他流感/禽流感病毒无交叉反应，反应可在20~50℃温度范围内进行，临床样本检测结果与Real time PCR法一致性为100.0％。结论:该检测方法具有快速、特异及灵敏的特点，为在基层和现场快速检测H7亚型禽流感病毒提供了新的方法。

自2020年4月以来，我国新型冠状病毒肺炎疫情（简称新冠肺炎疫情）进入常态化防控阶段。在经过常态化防控探索阶段后，我国疫情防控进入了全链条精准防控的“动态清零”阶段。“动态清零”策略是在遵循“外防输入、内防反弹”防控策略的前提下，当出现本土新冠肺炎病例时，采取有效的综合性防控措施，“发现一起、扑灭一起”，快速切断疫情传播链，使每一起疫情及时终止，感染者“清零”，实现以最小成本取得最大成效。在大规模核酸检测、大数据追踪等新技术的应用下，“动态清零”策略应运而生，它是新冠疫情防控的中国经验。“动态清零”策略是我国在新冠肺炎疫情常态化防控阶段提出并实施的创新性防控策略，其防控目标、技术手段、工作重点等与传统的传染病“围堵”和“缓疫”策略有所不同。本文就我国新冠肺炎疫情防控的三个阶段、“动态清零”策略及科学内涵、演化过程、理论基础、实施阶段及效果进行了分析与总结，为冬春季疫情防控提供科学依据。

虽然目前诊断新型冠状病毒(SARS-CoV-2)感染的金标准，即实时荧光定量PCR技术已被广泛应用于人群筛查并且检测限可低至1拷贝/μl，但最新的病毒动力学模型表明，相较于灵敏度而言，高频率检测和快速诊断才是减少病毒传播的关键。因此，研究人员正努力探索基于CRISPR-Cas技术的病毒RNA检测新策略。其中，Cas13a蛋白可与CRISPR RNA(crRNA)形成复合物并在crRNA的引导下靶向结合目的RNA序列，激活核酸酶活性，非特异地切割附近的任意单链RNA。利用这一特性，将带有荧光淬灭基团的RNA探针加入体系，可检测靶RNA序列。在此原理上，本研究开发了一种突破性方法，无需前期预扩增即可直接从鼻拭子RNA中检测SARS-CoV-2。通过设计针对病毒N基因和E基因的不同区域的多个crRNA，等浓度组合加入反应体系，使单次反应可以激活更多的Cas13a蛋白，检测灵敏度提高的同时也减少了基因突变导致检测脱靶的可能性，整个检测过程均在样品中直接进行，无需额外操作。此外，该新型检测平台还可以将反应速率和产生的荧光信号转化为病毒载量，样本定性的同时进行RNA定量。为了提高检测的简单性和便携性，本研究还设计了一个小型设备包括低成本的激光照明和光收集元件，可以通过手机摄像头读取CRISPR-Cas13a检测产生的荧光信号，灵敏度达到100拷贝/μl的同时能够在5 min内准确诊断出一组从新型冠状病毒肺炎患者样本中预提取的RNA。本研究开发的方法有可能为现场SARS-CoV-2筛查提供一种快速、准确、便携和低成本的选择。