目的:开发一种基于重组酶介导的等温扩增（RAA）和成簇的规律间隔短回文重复序列（CRISPR）及其相关蛋白（Cas13a）系统的幽门螺杆菌核酸检测体系。方法:选取2021—2022年于应急总医院收集的30株幽门螺杆菌以及大肠埃希菌、金黄色葡萄球菌、粪肠球菌、阴沟肠杆菌和肺炎克雷伯菌各2株。针对幽门螺杆菌UreC基因保守区序列，设计RAA-Cas13a 核酸检测体系所需的特异性引物及CRISPR RNA（crRNA）。再通过琼脂糖凝胶电泳筛选出产生非特异性产物最少的引物对，并应用Cas13a切割荧光探针产生的荧光强度筛选出切割效率最高的crRNA序列，构建了RAA-Cas13a核酸检测体系，通过检测梯度浓度稀释的幽门螺杆菌ATCC 43504基因组DNA以及5种不同的临床常见病原体基因组DNA，评价基于RAA-Cas13a核酸检测体系的最低检测限及特异性。通过RAA-Cas13a核酸检测体系与已建立的荧光定量聚合酶链式反应（qPCR）方法同时检测临床菌株，得到该方法与qPCR方法的一致性。采用双侧配对 t检验对两组间的荧光值进行比较， P<0.05为差异有统计学意义。 结果:建立的RAA-Cas13a核酸检测系统可以在1 h内检测出低至10拷贝/μl的靶标DNA（ t=11.05， P<0.01），且与其他5种临床常见菌株无交叉反应。RAA-Cas13a方法与传统的qPCR方法具有良好的一致性，Kappa系数为1。 结论:建立了一种将RAA与CRISPR-Cas13a结合进行幽门螺杆菌检测的方法，可用于快速且灵敏的识别幽门螺杆菌感染。

目的:探讨肺炎克雷伯菌(KP)外膜蛋白A(OmpA)和黏附素MrkD优势抗原表位融合蛋白对KP感染小鼠的免疫保护作用。方法:根据(美国)国家生物技术信息中心(NCBI)公布的KP ompA和mrkD序列，通过生信分析选取这两个蛋白的优势抗原表位，经融合聚合酶链反应(PCR)扩增表位序列后克隆至pColdI载体，并转入本科室保存的大肠杆菌BL21(DE3)，经异丙基硫代半乳糖苷(IPTG)诱导，Ni ＋层析凝胶纯化后获得重组蛋白rAD。rAD经皮下免疫22只BALB/c小鼠，同时设置22只佐剂对照组。完成免疫程序后通过酶联免疫吸附试验(ELISA)对小鼠血清中的抗体水平和脾脏体外抗原刺激后细胞因子分泌水平进行测定，并对小鼠鼻腔注射KP，观察免疫后的小鼠存活率和肺脏细菌数量。组间比较采用 t检验。 结果:分别扩增出ompA和mrkD抗原表位序列，并成功融合，融合片段大小为1 056 bp，与预测大小一致，克隆至pColdI载体后测序，测序正确。重组表达菌BL21(DE3)-pColdI-rAD经IPTG诱导后破碎收集上清纯化，获得可溶性rAD，大小为38.4×10 3，与预测大小一致。rAD 3次免疫BALB/c小鼠后，免疫组抗体滴度显著高于对照组(170 667.00±59 121.00比0.00±0.00， t＝5.00， P<0.01)。KP感染小鼠后，免疫组小鼠存活率显著高于对照组[(65.00±5.00)%比(0.00±0.00)%， t＝22.52， P<0.01]，免疫组小鼠肺脏细菌数显著低于对照组[(9 500.00±1 384.00) CFU比(87 833.00±25 365.00) CFU， t＝7.55， P<0.01]。脾细胞分离后经rAD刺激，免疫组肿瘤坏死因子-α(TNF-α)、白细胞介素-4(IL-4)、干扰素-γ(IFN-γ)分泌量均显著高于对照组[(115.70±17.21) pg/ml比(24.00±9.17) pg/ml， t＝8.14， P<0.01；(200.30±8.51) pg/ml比(9.00±3.00) pg/ml， t＝36.75， P<0.01；(92.33±6.11) pg/ml比(9.67±1.53) pg/ml， t＝22.73， P<0.01]。 结论:KP OmpA和MrkD优势抗原表位融合蛋白rAD，免疫BALB/c小鼠有助于对KP感染的抵抗。

目的:对从云南重症手足口病患者的粪便样品中分离出的1株柯萨奇病毒A组4型(coxsackievirus A4，CV-A4)毒株的全基因组特征和部分区段重组情况进行分析，为深入认识CV-A4的流行和分子进化提供基础数据。方法:分别使用人类横纹肌肉瘤(human rhabdomyosarcoma，RD)细胞、人胚肺二倍体(human embryonic lung diploid，KMB17)细胞和人非小细胞肺癌(human lung cancer，A549)细胞进行病毒分离。提取病毒RNA，通过逆转录-聚合酶链反应(reverse transcription-polymerase chain reaction，RT-PCR)分段扩增CV-A4全长基因，利用MEGA7.0和SimPlot 3.5.1等软件对全基因组及各区段进行分析。结果:从RD细胞上分离到一株CV-A4分离株R11-20/YN/CHN/2011，系统进化分析显示该分离株属于C2基因亚型。在VP1和全基因组核苷酸序列上与其同源性最高的分别是CV-A4毒株09214/SD/CHN/2009和CVA4/SZ/CHN/09。重组分析显示该分离株与肠道病毒A71(enterovirus A71，EV-A71)云南分离株R993/YN/CHN/2010在3D区发生过重组。结论:CV-A4分离株R11-20/YN/CHN/2011为C2基因亚型且与EV-A71在3D区发生重组。

目的:调查云南省4个艾滋病主要流行地区人类免疫缺陷病毒1型(human immunodeficiency virus type 1，HIV-1)毒株 gag基因序列的变异特征。 方法:利用完全随机抽样法抽取2019年1月至2020年12月云南省昆明市、德宏傣族景颇族自治州、红河哈尼族彝族自治州和临沧市抗病毒治疗定点机构进行随访治疗的480例人类免疫缺陷病毒(human immunodeficiency virus，HIV)感染/艾滋病患者，收集其流行病学信息，采集血浆标本后送至云南省传染病医院进行分析，采用巢式聚合酶链反应扩增HIV-1 gag基因，并进行基因分型，采用MEGA 6.06软件构建系统进化树，采用VESPA在线分析工具分析特征性氨基酸，采用Distance程序计算 gag，以及gag蛋白不同区段的基质蛋白p17、衣壳蛋白p24、核衣壳蛋白p7及p6蛋白的基因距离。采用SNAP程序分析同义突变频率与非同义突变频率比值(Ks/Ka值)。多组间统计学比较采用方差分析。 结果:404例患者成功获得 gag基因序列，其中以男性居多(250例，61.9%)，年龄为40~59岁者占59.7%(241/404)，传播途径主要为异性性传播(61.4%, 248/404)。主要流行的HIV-1亚型依次为流行重组型(circulating recombinant form, CRF)08_BC 155例(38.4%)，CRF01_AE 74例(18.3%)，独特重组型(unique rebombinant form，URF)52例(12.9%)、CRF07_BC 39例(9.7%)，C亚型34例(8.4%)，其他亚型28例(6.9%)，B亚型22例(5.4%)。构建系统进化树发现，CRF08_BC亚型形成了2个主要传播簇，2个传播簇间共有8个位点的特征性氨基酸分布存在显著差异，分别为第79、93、121、122、151、363、395和396位点。CRF01_AE、CRF07_BC和CRF08_BC的 gag基因距离分别为0.090±0.004、0.088±0.004和0.078±0.002，差异有统计学意义( F＝118.33， P<0.001)。3种主要亚型中， gag区段的Ks/Ka值分别为4.003±1.309、4.141±0.860和4.514±1.215，差异有统计学意义( F＝1.35， P<0.001)；p17区段的Ks/Ka值分别为2.590±0.186、2.831±0.496和2.936±0.475，差异有统计学意义( F＝1.59， P<0.001)；p24区段的Ks/Ka值分别为12.579±1.116、10.185±0.494和8.522±0.595，差异有统计学意义( F＝1.61， P<0.001)；p7区段的Ks/Ka值分别为10.850±0.711、9.717±0.932和8.522±0.026，差异有统计学意义( F＝4.24， P<0.001)；p6区段的Ks/Ka值分别为3.122±0.134、3.040±1.498和4.841±0.353，差异有统计学意义( F＝10.68， P<0.001)。 结论:云南省4个地区中主要流行的亚型为CRF08_BC亚型，CRF08_BC的不同传播簇形成了不同的氨基酸组成模式，不同亚型 gag基因不同区段的变异程度不同，应加强对HIV变异毒株的监测，控制其流行蔓延。

目的:建立水痘-带状疱疹病毒(varicella-zoster virus，VZV)的重组酶等温扩增(recombinase-aid amplification，RAA)快速检测方法。方法:通过全球共享数据库下载VZV全基因组序列进行比对分析，针对四个保守基因分别设计特异性引物与探针并筛选出最佳组合，通过引物与探针浓度梯度筛选出最佳反应体系，建立荧光型RAA检测方法。用VZV阳性质粒标准品与梯度稀释的临床样本评价方法的灵敏度，以最低检出极限浓度的阳性质粒标准品进行重复实验评价方法的重复性，以其他病毒核酸评价方法的特异性，同时用本方法和荧光定量聚合酶链式反应(quantitative real-time PCR，qPCR)对临床样本进行检测并对检测结果进行比较。结果:本方法筛选出针对开放阅读框架(open reading frame，ORF)28基因的引物对F2/R2与探针P2为最佳组合；考虑到成本因素，最佳引物浓度为500 nmol/L，最佳探针浓度为280 nmol/L；最低检出极限为10 1拷贝/μL，最低可检测到Ct值为36.027的临床阳性样本；重复实验的检测结果一致；该方法与其他病毒核酸无交叉反应；临床阳性样本的检出率为93.33%，与qPCR检测结果几乎完全一致。 结论:本方法操作简便、灵敏度高、特异性强、对实验条件要求低、检测结果直观可视，在20 min内就能够检测出样本中的VZV核酸，是一种可以被临床检测考虑的VZV快速检测方法。

目的:建立一种快速、灵敏、可视化的H7亚型禽流感病毒等温核酸扩增检测方法。方法:针对H7N9禽流感病毒的HA片段保守区序列设计引物、探针，优化反应温度，建立H7亚型禽流感病毒的重组酶聚合酶扩增结合侧流层析试纸条检测技术，评价其特异性和敏感性，并与Real time PCR方法进行比较。结果:该方法检测H7亚型禽流感病毒的最低检出限为20拷贝/μL，与其他流感/禽流感病毒无交叉反应，反应可在20~50℃温度范围内进行，临床样本检测结果与Real time PCR法一致性为100.0％。结论:该检测方法具有快速、特异及灵敏的特点，为在基层和现场快速检测H7亚型禽流感病毒提供了新的方法。

目的:构建小鼠miR-204过表达重组慢病毒载体，并在二氧化硅（SiO 2）诱导的小鼠肺上皮细胞（MLE-12细胞）中验证miR-204与DVL3的靶向调控作用。 方法:于2019年10月，从小鼠基因组中应用聚合酶链式反应（PCR）法扩增出pre-miR-204基因，测序后将扩增产物克隆到pLenti-CMV-EGFP慢病毒载体，通过PCR筛选及测序对阳性克隆进行鉴定。将miR-204过表达慢病毒载体转染至293T细胞，进行慢病毒的包装和滴度测定，研究分为SiO 2对照组、病毒对照组及miR-204病毒组，实时荧光PCR检测miR-204和DVL3基因的表达。 结果:构建miR-204慢病毒表达载体Lv-miR-204-5p经PCR和测序鉴定正确，并获得滴度为9.57×10 8 IU/ml的病毒稀释液；实时荧光PCR检测结果显示，miR-204病毒组MLE-12细胞中miR-204基因的表达高于SiO 2对照组和病毒对照组，DVL3基因的表达低于SiO 2对照组和病毒对照组，差异均有统计学意义（ P<0.05）。 结论:miR-204过表达慢病毒载体可能在SiO 2诱导的MLE-12细胞中抑制DVL3基因的表达。

目的:了解2016年至2019年云南省德宏傣族景颇族自治州(以下简称"德宏州")境内新报告缅甸籍人类免疫缺陷病毒(human immunodeficiency virus, HIV)/丙型肝炎病毒(hepatitis C virus, HCV)合并感染者的HIV和HCV基因亚型分布特征。方法:通过全国艾滋病综合防治数据信息系统收集2016年1月至2019年12月德宏州境内新报告缅甸籍HIV/HCV合并感染者共1 289例，选取血浆样本留存量≥200 μL的996例患者进行HIV和HCV基因亚型检测。采用巢式聚合酶链反应分别扩增HIV pol基因区、HCV核心蛋白结合包膜蛋白(core protein-binding envelope protein， CE1)基因区和非结构蛋白5B(non-structural protein 5B， NS5 B)基因区，通过MEGA 7.0软件构建系统进化树，明确基因分型。统计学分析采用 χ2检验，采用趋势 χ2检验分析HIV和HCV基因亚型逐年变化趋势。 结果:996例HIV/HCV合并感染者中，554例(55.6%)成功扩增HIV和HCV基因片段并明确分型。HIV和HCV基因分型呈多样化。HIV基因亚型以C型和BC重组亚型为主，分别占40.3%(223/554)和33.6%(186/554)；其次为B型、流行重组型(circulating recombinant form，CRF)01_AE型，分别占6.5%(36/554)和3.6%(20/554)。HCV基因亚型以3b型为主，占31.2%(173/554)；其次为6u、1a、6n、3a、6xg型，分别占19.5%(108/554)、17.5%(97/554)、11.4%(63/554)、8.7%(48/554)、6.3%(35/554)。2016年至2019年HIV C型的构成比呈逐年下降趋势( χ趋势2＝7.23， P<0.001)，BC重组亚型呈上升趋势( χ趋势2＝5.97， P<0.001)。2019年BC重组亚型构成比为54.9%(101/184)，高于C型的21.7%(40/184)。2016年至2019年HCV 3b型、6u型、1a型的构成比无明显变化趋势( χ趋势2＝1.43、1.79、0.39， P＝0.152、0.074、0.695)。不同民族患者的HIV基因亚型分布差异有统计学意义( χ2＝22.06， P＝0.037)。 结论:德宏州境内缅甸籍HIV/HCV合并感染者的HIV和HCV基因亚型种类复杂多样。其中，HIV BC重组亚型成为优势传播毒株的趋势显著，需要进一步加强对境内缅甸籍人群中HCV和HIV基因亚型流行特征的监测。

目的:了解重庆市2014年至2018年接受高效抗反转录病毒治疗的人类免疫缺陷病毒1型(human immunodeficiency virus-1，HIV-1)感染者耐药突变情况。方法:收集2014年5月至2018年12月在重庆市公共卫生医疗救治中心进行高效抗反转录病毒治疗6个月以上的HIV-1感染者880例，采集其血浆标本，使用一步法反转录聚合酶链反应(polymerase chain reaction，PCR)和巢式PCR扩增HIV-1 pol基因区的蛋白酶及反转录酶区，获得的扩增序列与耐药数据库对比进行HIV-1基因型耐药分析。采用病毒基因分型工具软件分析HIV-1亚型分布。计数资料比较采用 χ2检验。 结果:880例患者中，血浆HIV-1病毒载量为(4.12±0.63) lg拷贝/mL；CD4 ＋T淋巴细胞计数为(251±124)/μL；抗病毒治疗中位时间为26个月。亚型分析中，重组型( circulating recombinant form, CRF)01-AE亚型在HIV-1亚型中占比最大，为38.9%(342/880)，CRF07-BC亚型占28.5%(251/880)，B＋C亚型占16.2%(143/880)。其中534例患者存在耐药突变，总耐药率为60.7%。对核苷类反转录酶抑制剂(nucleoside reverse transcriptase inhibitor, NRTI)、非核苷类反转录酶抑制剂(non-nucleoside reverse transcriptase inhibitor, NNRTI)和蛋白酶抑制剂(protease inhibitor, PI)的耐药率分别为51.0%(449/880)、58.6%(516/880)和1.7%(15/880)。对拉米夫定、恩曲他滨、依非韦仑和奈韦拉平的耐药较为严重，中高度耐药率分别为46.8%(412/880)、46.8%(412/880)、51.3%(451/880)和53.6%(472/880)；而对齐多夫定(6.0%，53/880)、依曲韦林(9.0%，79/880)和PI类药物的耐药情况尚不严重。NRTI最常见的耐药突变位点为M184IV(47.3%)、K65R(22.2%)和K70RE(12.6%)；NNRTI为K103NS (25.1%)、V106A(19.7%)和V179DE(14.4%)；PI为L10FIV(7.4%)和A71IVT(6.5%)。CRF01-AE亚型的耐药率为69.3%(237/342)高于CRF07-BC亚型的49.8%(125/251)和B＋C型的51.0%(73/143)，差异均有统计学意义( χ2＝22.6、14.6，均 P<0.05)。 结论:重庆市HIV-1感染者经高效抗反转录病毒治疗6个月后，耐药发生率高，以对NNRTI类药物耐药最为多见，其次为NRTI，PI较少耐药。耐药是HIV-1感染者病毒学突破的主要原因。

目的:通过构建浙江省北部区域(嘉兴市和湖州市)人类免疫缺陷病毒1型(human immunodeficiency virus type 1，HIV-1)流行株的分子传播网络，探索HIV-1在该区域的传播特征。方法:以2017年嘉兴市和湖州市新诊断的371例人类免疫缺陷病毒(human immunodeficiency virus，HIV)感染者/艾滋病(acquired immunodeficiency syndrome，AIDS)患者为研究对象，采集其血样并收集其基本人口学及流行病学信息。从血浆中提取RNA，运用反转录聚合酶链反应和巢式聚合酶链反应扩增HIV-1 pol区基因序列，构建进化树判定亚型。计算两两序列间的基因距离，筛选最佳基因遗传距离阈值，构建分子传播网络。统计学方法采用 χ2检验。 结果:成功获得336份样本的 pol区基因序列，共检出11种亚型，以流行重组型(circulating recombinant form，CRF)07_BC亚型[40.8%(137/336)]和CRF01_AE亚型[31.2%(105/336)]为主。以1.0%的基因遗传距离阈值绘制HIV-1分子传播网络，119例患者共形成38个分子簇(簇内患者数为2～28例)，以男性为主[82.4%(98/119)] ，以年龄≥40岁者居多[52.9%(63/119)]，主要感染CRF07_BC亚型[57.1%(68/119)]和CRF01_AE亚型[24.4%(29/119)]，其中CRF07_BC入网率[49.6%(68/137)]高于CRF01_AE入网率[27.6%(29/105)]，差异有统计学意义( χ2＝5.27， P＝0.022)；存在2个较大分子簇C1(含28例患者)和C2(含11例患者)，C1中男男同性传播占60.7%(17/28)，C2中男男同性传播有7例。高传播风险病例普遍通过手机交友软件在本地或邻近城市寻找性伴侣，所感染的HIV-1序列多与其他经济发达地区(广东省、北京市和杭州市等)的HIV-1毒株序列存在较高同源性。 结论:浙江省嘉兴市和湖州市的HIV-1亚型多样，以CRF07_BC和CRF01_AE为主。该地区HIV-1传播网络特征复杂，其中高传播风险病例可能是导致浙江省北部区域HIV-1流行的关键因素，因此亟需深化传播网络监测体系，及时制订精准干预和防治策略。