目的 探讨抑郁症患者与健康对照者之间肠道菌群的差异性,为抑郁诊断及治疗提供参考.方法 选取2020年11月—2022年11月于株洲市三医院精神科就诊的53例抑郁症患者为抑郁症组,同期于株洲市公开招募55名性别、年龄与抑郁症组患者匹配的健康志愿者为健康对照组.收集受试者的一般资料,采集受试者新鲜粪便,采用16S rDNA宏基因测序定性、定量分析肠道菌群多样性、丰度、结构等差异以及与临床症状的相关性.结果 共收集到27 237 978个16S rDNA.两组受试者肠道菌群的整体丰度α多样性比较,差异无统计学意义(P＞0.05).物种及结构方面,两组受试者的四种距离(Jaccard距离、Bray-Curtis距离、非加权UniFrac距离、加权UniFrac距离)β多样性比较,差异均有统计学意义(均P＜0.05).相较于健康对照组,抑郁症组拟杆菌门占比高(12.4%比44.1%),厚壁菌门/拟杆菌门(F/B)值低(6.35比1.04).线性判别分析效应量(LEfSe)分析显示,两组受试者肠道菌群多达30个物种差异有统计学意义(P＜0.05,LDA值＞2).结论 抑郁症患者与健康对照者之间肠道菌群具有差异性,而具有差异性的肠道菌群物种可能是潜在客观标志物及干预靶标.

目的:采用宏基因组测序比较乙型肝炎肝硬化伴或不伴有腹水患者肠道菌群物种及代谢通路差异，并探讨差异菌群与临床指标及代谢通路间相关性。方法:在前期16S rRNA研究样本中选择20例乙型肝炎肝硬化（HBLC）患者[10例无腹水(HBLC-WOA)，10例伴腹水(HBLC-WA)]及5名健康人作为健康对照（HC），对其肠道菌群样本进行宏基因组测序。采用Kruskal–Wallis秩和检验及Spearman检验发现差异菌群及代谢通路并分析其相关性。结果:（1）3组间肠道菌群的总体结构存在显著差异（ R = 0.19, P = 0.018）；在门水平上，HC组厚壁菌门的丰度最高，而变形菌门的丰度较低；肝硬化患者伴随腹水的出现，厚壁菌门丰度显著下降（ Pfdr < 0.01)，而变形菌门丰度显著增加（ Pfdr < 0.01);（2）LEfSe分析表明29个菌属（HBLC-WA组18个，HBLC-WOA组11个）在疾病组中发挥主要作用。肠道菌群与临床变量的相关性分析结果显示，HBLC-WA组的未分类肠杆菌、克雷伯菌属以及HBLC-WOA组的肠杆菌属与Child-Turcotte-Pugh（CTP）评分、凝血酶原时间、国际标准化比值评分呈正相关，与白蛋白、血红蛋白水平呈负相关（ P值均< 0.05）；且HBLC-WA组的埃希菌属和志贺菌属与CTP评分呈正相关（ P < 0.05）;（3）关键差异KEGG通路与29个特定菌属相关性分析结果显示，在脂质代谢通路中，肠杆菌科菌属与花生四烯酸、α-亚麻酸、甘油脂代谢及脂肪酸降解呈正相关；在氨基酸代谢通路中，多数肠杆菌科菌属与支链氨基酸降解正相关，与芳香族氨基酸生物合成呈负相关。 结论:肠杆菌科细菌在HBLC-WA患者肠道中明显增加，影响肝脏的储备功能，并与脂质、氨基酸代谢通路密切相关。因此，对乙型肝炎肝硬化患者尤其是伴有腹水的患者应注意调节肠道菌群，预防并发症，改善患者的预后。

目的:探讨肺移植受者术后早期肺内细菌菌群丰度、多样性和结构变化，更好地认识移植肺及气道微生态，为临床合理诊疗提供理论依据。方法:招募2020年10月至2022年5月在广州医科大学附属第一医院接受肺移植手术的40例受者进行研究。所有受者，在手术前4周内均未接受抗生素治疗，术后所有受者接受统一的免疫抑制方案和抗感染方案。留取来自离断自体肺以及术后第7、14天和1个月移植肺的支气管肺泡灌洗液(bronchoalveolar lavage fluid，BALF)进行16S核糖体RNA测序及菌群分析。结果:40例受者中男性35例，原发病为阻塞性肺疾病者14例，间质性肺疾病者19例，职业性肺疾病者3例，其他4例。术后第1周时移植肺与离断自体肺BALF中微生物α( P<0.05)和β多样性差异有统计学意义( R2＝0.08， P＝0.001)，移植肺内菌群α多样性低于离断自体肺。术后第2周开始，移植肺菌群丰度与物种多样性逐渐增加。菌种结构也随术后时间发生变化，在不同的时间点同一菌种相对丰度不同。离断自体肺与术后移植肺的BALF中均以变形菌门为主要菌群。葡萄球菌属与不动杆菌属在移植肺BALF"属"水平中相对丰度高于离断自体肺样本，但其相对丰度在术后随时间变化而降低。 结论:移植肺术后早期肺内细菌菌群α多样性低于离断自体肺，术后第2周移植肺细菌菌群丰度与物种多样性逐渐增加，移植肺菌种结构随时间发生复杂变化。

目的:通过16S rDNA基因测序检测复杂性肛瘘患者的肠道菌群分布，探讨其与健康人的菌群分布是否存在差异。方法:采用病例对照研究方法，回顾性收集2020年6月至12月期间杭州市第三人民医院接受手术治疗的30例复杂性肛瘘患者临床资料（复杂性肛瘘组），并按1∶1配比选择本院健康体检人群30例作为对照组（健康对照组）。病例纳入标准：（1）符合腺源性肛瘘诊断的标准，且症状持续3个月以上；（2）术前已行电子结肠镜检查排除肠道炎性反应、炎性肠病等；（3）复杂性肛瘘的定义为符合下面情况之一者：瘘管跨越2/3及以上的肛门括约肌；包含两个以上的外口或瘘管；既往已行肛瘘手术后确认复发者。排除标准：（1）合并有炎性肠病、慢性腹泻或便秘、糖尿病、消化道恶性肿瘤、肝肾功能障碍等；（2）克罗恩病、外伤、特殊感染（如放线菌病和结核病）等引起的肛瘘；（3）近1个月内使用过抗生素、益生元、益生菌等可能影响肠道微生态制剂者；（4）认知缺陷不能配合者。提取研究对象的粪便样本总DNA，扩增细菌16S rDNA基因序列的V4高变区，利用Illumina Miseq平台进行高通量测序，最后进行操作分类单元（OTU）聚类、进行Alpha多样性和LEfSE数据分析，其中Chao指数或ACE指数越大，表明微生物区系的预期物种丰度越高，Simpson指数越小或Shannon指数越大，表明微生物区系多样性越高。两组间性别、年龄、体质指数（BMI）、饮酒吸烟史基线资料比较差异均无统计学意义（均 P>0.05），说明两组具有可比性。本研究观察指标包括两组的测序和质量控制、Alpha多样性分析和物种及其丰度分析以及LEfSE分析。 结果:复杂性肛瘘组与健康对照组的主要优势菌都是厚壁菌门和拟杆菌门，分别占93.4%±32.0%和87.4%±41.2%；在属水平上，复杂性肛瘘组的普雷沃菌属（4.9%±7.4%比0.1%±1.1%， P<0.001）、巨细胞菌属（3.9%±8.2%比0.5%±4.2%， P<0.05）和毛螺菌属（2.6%±5.7%比0.1%±3.4%， P<0.05）的丰度明显更高，而变形菌属（0.02%±4.2%比9.3%±14.4%， P<0.01）、肠球菌属（0.02%±2.3%比9.3%±19.6%， P<0.05）、拟杆菌属（24.7%±9.9%比29.8%±9.1%， P<0.05）和克雷伯菌属（0.4%±4.2%比3.9%±7.3%， P<0.05）相对更低。与健康对照组相比，复杂性肛瘘组肠道菌群多样性更丰富，表现为ACE指数更高［（293.30±44.00）比（218.75±33.83）， t=102.069， P<0.001］，Chao指数也更高［（318.40±41.99）比（250.00±46.38）， t=77.818， P=0.028］，Shannon指数更高［（3.36±0.29）比（2.43±0.34）， t=9.657， P=0.001］；而Simpson指数更低［（0.103±0.013）比（0.131±0.013）， t=5.551， P=0.046］，差异均有统计学意义（均 P<0.05）。韦荣菌科、Selenemondales 及厌氧菌纲（均属于厚壁菌门）的菌株总体上对两组样本肠道菌群差异的影响最大（LDA 值均>4）。 结论:与健康对照组相比，复杂性肛瘘患者肠道菌群多样性更丰富，提示某些肠道菌群及其代谢产物可能在肛瘘发病中发挥了一定的作用。

目的:探讨人乳头瘤病毒（HPV）16亚型感染的子宫颈鳞状细胞癌患者下生殖道菌群的分布及特征。方法:前瞻性横断面研究。选取2019年8月至2020年6月就诊于中国医学科学院肿瘤医院的6例HPV16单一型别阳性子宫颈鳞状细胞癌患者（子宫颈癌组），选取同期体检人群中液基薄层细胞学检查未见异常且HPV阴性6名健康女性为健康对照组。患者抗肿瘤治疗前、健康对照者体检时用无菌棉拭子采集子宫颈后穹窿处分泌物，采用高通量测序技术扩增细菌16S rRNA基因V1-V2高变区，分析菌群分布及特征。结果:子宫颈癌组和健康对照组年龄分别为（51±8）岁、（48±3）岁，差异无统计学意义（ t=0.63， P=0.540），两组均有孕产史，无吸烟史。α多样性分析结果显示，与健康对照组比较，子宫颈癌组sobs指数（ t=3.25， P=0.009）及chao指数（ t=2.91， P=0.016）均高，差异均有统计学意义；子宫颈癌组shannon指数高（ t=2.07， P=0.065），simpson指数低（ t=1.74， P=0.113），但差异均无统计学意义。采用基于bray-curtis距离的主坐标分析（PCoA）进行数据降维分析显示，子宫颈癌组与健康对照组间β多样性差异具有统计学意义（ R2=0.154， P=0.018）。门水平上，与健康对照组相比，子宫颈癌组厚壁菌门占比低（30.21%比68.28%），拟杆菌门占比略低（6.87%比8.11%），而放线菌门（26.91%比14.42%）及变形菌门（27.33%比0.67%）占比高。属水平上，与健康对照组相比，子宫颈癌组乳杆菌属及棒状菌属占比低，失去优势菌群，而红球菌属、克雷伯菌属、气球菌属等占比明显高，且子宫颈癌组菌群种类较健康对照组多。线性判别分析（LDA）显示，属水平上，红球菌属（LDA=5.04）、克雷伯菌属（LDA=4.71）、肠杆菌属（LDA=4.29）、罗尔斯通菌属（LDA=4.28）、苍白杆菌属（LDA=4.23）、韦荣球菌属（LDA=4.14）为子宫颈癌组特征菌群；门水平上，健康对照组厚壁菌门（LDA=5.23）可为标志性物种；种水平上，子宫颈癌组红球菌（ P=0.025）、罗尔斯通菌（ P=0.045）、韦荣氏球菌（ P=0.044）、卡氏伯克霍尔德菌（ P=0.045）、假单胞菌（ P=0.043）等均较健康对照组多，差异均有统计学意义。 结论:HPV16单一型别阳性子宫颈鳞状细胞癌患者下生殖道菌群多样性、丰富度较健康女性增加，乳杆菌属丰度下降；红球菌属、克雷伯菌属可作为其标志性下生殖道菌群，但仍需进一步验证。

目的:分析活动性肺结核患者与健康对照者肠道菌群在物种组成、丰度上的差异，识别并评估特定菌群作为生物标志物区分两组人群的潜能。方法:以2017年9月至2019年9月在四川、江苏、上海3个市区级结核病定点医疗机构收治的活动性肺结核患者88例为病例组，其中男65例，女20例，年龄（44.2±15.7）岁。同期在当地体检人群中招募无结核病史的健康人62名为对照组，其中男33名，女29名，年龄（41.4±11.9）岁。采用16S rRNA基因测序技术检测两组人群的粪便样本，分析两组研究对象肠道菌群的多样性差异，以及门和属水平上的物种组成和丰度差异，采用随机森林方法构建预测模型，探索特定菌群是否可以作为区分结核病患者和健康人群的生物标志物。结果:α多样性分析结果表明，病例组肠道菌群物种丰富度和均匀度低于对照组，差异有统计学意义（ P<0.001），两组人群的肠道菌群整体构成差异有统计学意义（基于Bray-Curtis距离， P<0.001）。与对照组相比，病例组肠道菌群中机会致病菌相对富集，而部分产生短链脂肪酸的有益菌丰度较少，由毛螺菌属（ Lachnospira）、毛螺菌科ND3007组（ Lachnospiraceae ND3007 group）、罗斯拜瑞菌属（ Roseburia）3个菌属训练的随机森林分类器判别两组人群的准确率为76.67%，曲线下面积（AUC）=75.29%（95% CI：0.661~0.845）。 结论:活动性肺结核患者与健康人群的肠道菌群存在差异，特定菌群有作为生物标志物区分两组人群的潜能。

目的:探讨子宫颈微生态与宫颈鳞状上皮内病变（squamous intraepithelial lesion，SIL）的关系。方法:选取2019年3月至5月南京医科大学附属无锡第二医院体检中心体检的和妇科就诊的12例子宫颈正常受试者（37~47岁），21例低度鳞状上皮内病变（low-grade squamous intraepithelial lesion，LSIL）患者（39~48岁），5例高度鳞状上皮内病变（high-grade squamous intraepithelial lesion，HSIL）患者（38~45岁）和3例宫颈鳞癌患者（42~43岁），填写调查问卷、行子宫颈检查，同时使用下一代测序技术（next generation sequencing，NGS）分析子宫颈分泌物的微生态，生物信息学分析NGS结果。根据NGS的人乳头状瘤病毒（human papilloma virus，HPV）检测结果将受试者分为HPV阴性组、低危HPV（low-risk HPV，lrHPV）、16/18型高危HPV（high-risk HPV，hrHPV）和其他hrHPV感染组。分析数据的韦恩图、微生态的多样性、物种的相对丰度和共现性以及受试者工作特征（receiver operating characteristic，ROC）曲线。结果:所有受试者子宫颈分泌物共获得种属水平微生态物种909种，各组之间有重叠。在不同宫颈病变受试者中，总HPV感染率、16/18型hrHPV感染率和其他hrHPV感染率差异无统计学意义（ P均>0.05）。按HPV感染分组，16/18型hrHPV和其他hrHPV感染患者的子宫颈微生态多样性升高（ U分别为39.00和43.00， P均<0.05），而各组之间卷曲乳酸杆菌相对丰度无差异（ H=4.37， P=0.213 6）。按子宫颈状况分组，子宫颈病变受试者子宫颈微生态多样性（ H=14.60， P=0.002 2）升高，卷曲乳酸杆菌丰度下降（ H=13.98， P=0.000 8）。在微生态物种中，支原体、衣原体和B族链球菌具有共现性；惰性乳酸杆菌、阴道加德纳菌、阿托波菌和二路普氏菌具有共现性。以卷曲乳酸杆菌相对丰度作为SIL诊断指标，其ROC曲线下面积（area under ROC curve，AUC）为0.874[95%置信区间（confidence interval， CI）：0.732~0.957]，卷曲乳酸杆菌和詹氏乳酸杆菌以及支原体联合诊断SIL的AUC为0.943[95 %CI：0.822~0.991]。 结论:子宫颈卷曲乳酸杆菌相对丰度下降和微生态多样性升高可能与HPV感染和子宫颈病变有关；NGS数据简化后可能有助于SIL诊断。

目的:探讨白癜风患者肠道微生物菌群特点，分析肠道菌群变化与白癜风发病的关系，为临床治疗提供新思路。方法:2017年4－12月，杭州市第三人民医院皮肤科收集30例白癜风患者及30例健康对照粪便标本，通过Roche/45高通量测序平台对其16S rRNA V3区进行定性分析；用宏基因组学对5例白癜风患者粪便及5例健康对照者粪便进行分析，明确其潜在调控通路。结果:与健康对照比较，白癜风患者粪便中细菌物种相似，但白癜风患者肠道微生物多样性富集明显减少( P<0.05)；在门水平上，变形杆菌和梭杆菌丰度明显降低；在属水平上，7个种属(拟杆菌、大肠杆菌志贺菌、罗氏囊菌、相炭疽杆菌、梭杆菌、柔膜细菌-RF9、普氏菌-7)丰度明显降低( P<0.05)，4个种属(瘤胃球菌-1、瘤胃球菌科UCG、毛螺菌科、链球菌)明显增加( P<0.05)；链球菌属及相炭疽杆菌在白癜风患者表达差异尤为明显，前者增加10.8倍，后者减少6.517倍。通过构建一个基于11个白癜风相关属的肠道微生物菌群的随机森林模型，显示该判别模型在ROC中AUC为0.89；宏基因组分析显示，白癜风相关菌群失调主要与免疫相关通路(如WNT通路、Notch通路等)、能量代谢、线粒体功能、氨基酸代谢(如苯丙氨酸代谢)通路相关。 结论:白癜风患者肠道微生态环境中细菌群落多样性与健康对照存在明显差异，其菌群失调可能参与白癜风的发病发展，补充益生菌可能有益于白癜风治疗。

目的:通过16S rDNA测序技术探究脓毒症大鼠早期肠道微生态变化。方法:将60只雄性SD大鼠按随机数字表法分为盲肠结扎穿孔术（CLP）组和假手术组（Sham组），每组30只。CLP组采用CLP法制备脓毒症大鼠模型；Sham组只开腹但不进行盲肠结扎穿孔。术后24 h每组取8只大鼠肠道粪便及腹主动脉血，其余大鼠用于观察7 d存活情况。采用酶联免疫吸附试验（ELISA）检测血清肿瘤坏死因子-α（TNF-α）水平；对粪便样本进行16S rDNA测序，利用序列对比和聚类后获得的操作分类单元（OTU）信息进行多样性分析（α多样性和β多样性）、主坐标分析及线性判别分析效应量分析（LEfSe），观察脓毒症大鼠早期肠道微生态的变化并挖掘标志性菌群。结果:制模后24 h，CLP组大鼠出现呼吸急促、毛发散乱等表现，且血清TNF-α水平较Sham组显著升高（ng/L：43.95±9.05比11.08±3.27， P<0.01）；制模后7 d，Sham组大鼠全部存活，而CLP组大鼠累积生存率仅31.82%。多样性分析显示，Sham组与CLP组α多样性指标比较差异无统计学意义〔物种数量（个）：520.00±52.15比492.25±86.61，Chao1丰富度估计量：707.25±65.69比668.93±96.50，Shannon指数：5.74±0.42比5.79±0.91，Simpson指数：0.93±0.03比0.94±0.05，均 P>0.05〕；β多样性分析显示，无论是否根据OTU加权，组间差异均大于组内差异（丰度加权矩阵： R＝0.23， P＝0.04；丰度不加权矩阵： R＝0.32， P＝0.01）。门水平差异菌群分析显示，与Sham组相比，CLP组变形菌门和TM7菌门丰度显著升高〔18.100%（15.271%，26.665%）比6.974%（2.854%，9.764%），0.125%（0.027%，0.159%）%比0.018%（0.008%，0.021%），均 P<0.05〕；在属水平上，CLP组螺杆菌属、钌杆菌属、颗粒链菌属、梭菌属ⅩⅧ等机会致病菌的丰度较Sham组显著升高〔5.090%（1.812%，6.598%）比0.083%（0.034%，0.198%），0.244%（0.116%，0.330%）比0.016%（0.008%，0.029%），0.006%（0.003%，0.010%）比0.001%（0%，0.003%），0.094%（0.035%，0.430%）比0.007%（0.003%，0.030%），均 P<0.05〕，而拟普雷沃菌属、罗姆布茨菌属等益生菌的丰度较Sham组显著降低〔7.345%（3.662%，11.546%）比22.504%（14.403%，26.928%），0.113%（0.047%，0.196%）比1.229%（0.809%，2.290%），均 P<0.01〕。LEfSe分析结果显示，厚壁菌门所属益生菌在Sham组显著富集，罗姆布茨菌是富集最显著的菌种；而螺杆菌属、颗粒链球菌属和梭菌属ⅩⅧ等机会致病菌在CLP组显著富集，螺杆菌_NGSU_2015为富集最显著的菌种。 结论:脓毒症早期大鼠肠道微生态结构显著改变，主要表现为拟普雷沃菌属等益生菌丰度显著降低，螺杆菌属等机会致病菌丰度显著升高。

目的:分析心房颤动（房颤）患者肠道菌群脂多糖合成功能的变化特点及其可能的作用。方法:本研究为前瞻性、横断面研究。选取2016年3月至2018年12月在首都医科大学附属北京朝阳医院住院的非瓣膜性房颤患者作为房颤组，并选取同期遗传背景匹配的体检者作为对照。收集所有研究对象的临床基线资料及粪便样本，提取肠道细菌DNA，采用Illumina novaseq进行宏基因组学测序。基于宏基因组学测序数据，分析脂多糖合成过程中的同源基因簇（KEGG orthology，KO）、合成酶的编码基因及含有这些酶基因的细菌的丰度。基于LASSO分析，筛选与房颤相关的参与脂多糖合成的关键因子，并采用受试者工作特征（ROC）曲线分析、中介分析和logistic回归分析评价其在房颤发病中可能的作用。结果:房颤组50例，年龄66.0（57.0，71.3）岁，男性32例（64%）。对照组50名，年龄55.0（50.5，57.5）岁，男性41例（82%）。有20个参与脂多糖合成的KO、7个脂多糖合成酶的编码基因和89个同时可编码9个脂多糖合成酶的肠道细菌在对照组与房颤组间存在差异。LASSO回归分析显示，有5个KO、3个酶基因及9个种层级物种被筛选为关键因子，其中富集在房颤组的因子包括：2个KO（K02851和K00972），3个酶基因（LpxH、LpxC和LpxK），7个种层级物种（ Intestinibacterbartlettii、 Ruminococcussp. JC304、 Coprococcuscatus、 unculturedEubacteriumsp.、 Eubacteriumsp. CAG：251、 Anaerostipeshadrus、 Dorealongicatena）。基于上述关键因子构建回归模型，ROC曲线分析示：KO、酶基因、物种分值识别房颤的曲线下面积（ AUC）和95% CI分别为0.957（0.918~0.995）、0.940（0.889~0.991）和0.972（0.948~0.997）。中介分析的结果显示，参与脂多糖合成的肠道细菌的变化可影响房颤发病，其中有35.17%是通过富集相应的KO所介导。多因素logistic回归分析结果显示，KO分值绝对值增大，房颤的发生风险增加（ OR值<0.001，95% CI：<0.001~0.021， P<0.001）。 结论:房颤患者肠道内富集了参与脂多糖合成的细菌，其通过编码脂多糖合成酶基因，使得房颤患者脂多糖合成功能有所上调。