目的:探讨基于下一代测序技术的基因组拷贝数变异测序（CNV-seq）联合染色体核型分析技术在产前诊断中的应用价值。方法:将2019年1月至2020年6月在大连市妇女儿童医疗中心进行产前诊断的329例孕妇的羊水标本送检进行染色体核型分析，同时行CNV-seq检测，比较两种方法的检测结果。结果:CNV-seq联合染色体核型分析技术共检出异常染色体53例，异常检出率为16.11%（53/329），其中26例检测结果一致，分别为22例非整倍体、2例结构异常以及2例嵌合体；CNV-seq检出23例核型分析漏检的染色体拷贝数变异（CNVs），包括17例微缺失、6例微重复；染色体核型分析检测出4例CNV-seq漏检的染色体结构异常，包括3例平衡易位、1例倒位。结论:CNV-seq在检测微小CNVs片段方面具有明显优势，可弥补核型分析在分辨率方面的不足；CNV-seq联合染色体核型分析可以提高异常染色体检出率，对产前诊断具有重要的　意义。

随着下一代测序技术及表观遗传修饰相关研究的不断发展，早发性卵巢功能不全（premature ovarian insufficiency，POI）的遗传学发病机制的研究越来越深入。与DNA修复和减数分裂重组及细胞转录相关的基因在POI中被广泛鉴定，表观遗传修饰与POI的相关性也逐渐被揭示，这为POI的诊断、治疗提供了新的思路。本文旨在综述POI相关的遗传学发病机制进展，为POI育龄女性的遗传咨询和POI治疗提供思路。

家族性高胆固醇血症（FH）是一种常见遗传病，以低密度脂蛋白胆固醇（LDL-C）水平升高为特征，伴早发动脉粥样硬化性心血管疾病。该文报道FH的一家系，先证者系12岁女性患者，血浆LDL-C异常升高、有黄色瘤且早发冠心病，符合纯合子FH（HoFH）或复合杂合子FH（CHeFH）的临床表现。采用下一代测序技术对该家系成员进行遗传筛查，发现先证者携带LDLR基因的无义变异LDLR：c.1257C>G/p.Tyr419Ter和错义变异LDLR：c.1879G>A/p.Ala627Thr，分别源于其父母，符合CHeFH。先证者的父母、同胞兄弟和舅舅是FH的杂合子（HeFH）患者。基于遗传学诊断，个体化地给予该家系内每个患者他汀类药物、依折麦布和前蛋白转化酶枯草溶菌素9型（PCSK9）抑制剂治疗。先证者接受肝移植，接受冠状动脉支架置入。

宏基因组下一代基因测序（mNGS）能够无偏倚分析患者样本中全部微生物和宿主基因含量，被越来越多地用于诊断罕见、复杂和严重感染性疾病。此外，mNGS在病原体亚型分类、耐药性、毒力分析以及病原体与宿主发育相关性等方面也有广阔的应用前景。因感染人类免疫缺陷病毒（HIV）所致患者因免疫缺陷诱发的眼部机会性感染会严重破坏眼部组织结构和功能，是危及视力，导致患者失明的重要原因。HIV眼病的致病微生物包含细菌、病毒、真菌、螺旋体或寄生虫等。HIV患者机会性感染临床症状和体征多变，甚至存在混合感染，难以鉴别，而传统病原学检测由于眼球体积小、眼内液细胞含量少而取样困难，且特异性差，故应用受限。mNGS相比传统检测方法，可以小样本、快速、准确识别眼内感染的全部病原体并对病原体毒力、耐药性等做出分析。笔者将按病原体分类介绍mNGS在对并发眼内机会性感染的HIV患者进行无偏倚微生物检测分析中的应用。

目的:应用下一代测序（next-generation sequencing，NGS）技术检测乳腺癌患者及高风险个体胚系基因突变，分析同源重组修复（homologous recombination repair，HR）通路基因突变状态与乳腺癌临床病理特征的相关性，以补充中国乳腺癌相关基因突变数据库。方法:本研究为横断面研究，收集2020年10月至2021年9月就诊于北京大学人民医院并自愿接受基因检测的350例乳腺癌患者和49例乳腺癌高风险个体的全血样本。应用NGS检测32个乳腺癌相关基因的胚系突变情况，统计乳腺癌患者发病年龄、肿瘤家族史、单/双侧肿瘤、Luminal分型（Luminal A型、Luminal B型、HER2过表达型和三阴性乳腺癌）、肿瘤大小、肿瘤转移情况等临床病理特征，采用χ2检验和Fisher精确概率检验分析HR通路基因突变与临床病理特征的相关性。结果:在350例乳腺癌患者中，64例（18.3%）携带基因致病突变（包括致病和疑似致病两类突变），包括47例（13.4%）BRCA1/2突变，16例（4.6%）非BRCA1/2基因突变，1例（0.3%）BRCA2和FANCL突变。在49例乳腺癌高风险个体中，7例（14.3%）携带基因致病突变，包括6例（12.3%）BRCA1/2突变，1例（2%）ATM突变。BRCA1/2致病突变与乳腺癌发病年龄相关（18%，8.7%，χ2=6.346， P=0.012），发病年龄≤45岁的乳腺癌患者突变频率较高。HR通路基因突变（包括致病、疑似致病和临床意义不明确的三类突变）与单/双侧肿瘤（49.5%，68.4%，χ2=4.841， P=0.028）和Luminal分型（45.7%，62.2%，32%，60%，χ2=12.004， P=0.007）具有相关性，双侧乳腺癌、Luminal B型和三阴性乳腺癌患者突变频率较高。 结论:乳腺癌高风险个体BRCA1/2致病突变频率与乳腺癌患者相近，对高风险个体进行BRCA1/2检测有利于指导乳腺癌的筛查和预防。早发性乳腺癌、双侧乳腺癌、Luminal B型和三阴性乳腺癌患者HR通路基因突变频率较高，应及早进行HR通路基因检测，为乳腺癌的诊疗预后和风险评估提供实验室依据。

当今，全球新型冠状病毒感染等传染病的暴发引起了人们对新发传染病的高度关注。随着下一代测序技术和病毒宏基因组生物信息技术的快速发展，环境和生物体内携带的各种已知和未知的病原微生物得以广泛检测和鉴定。同时，得益于机器学习方法的持续进步，多种快速且精准的病毒识别方法被广泛开发和应用。因此，本综述旨在全面概括病毒宏基因组领域中用于识别和预测病毒的主要方法、框架及适用范围。这将有助于更深入地理解病毒特征，发现潜在的新病原体，为传染病早期防控提供关键的技术支持。

目的:评估T细胞表位（TCE）模型和表达模型对人类白细胞抗原（HLA）相合非亲缘造血干细胞移植（MUD-HSCT）供受者HLA-DPB1基因错配风险的预测功能。方法:回顾性分析2016至2019年陕西省血液中心进行HLA高分辨分型确认的MUD-HSCT供受者364例（182对）。182例受者中，男121例，女61例，年龄（26.3±14.2）岁；182例供者中，男148例，女34例，年龄（33.7±7.5）岁。应用聚合酶链反应-测序分型（PCR-SBT）、下一代测序（NGS）技术和基于LABScan ? 3D 平台的聚合酶链反应-序列特异寡核苷酸探针技术（PCR-SSO）等进行HLA-A、B、C、DRB1、DQB1、DPB1基因高分辨分型，采用PCR-SBT进行单核苷酸多态性（SNP）分型，运用TCE模型和表达模型评估MUD-HSCT供受者HLA-DPB1基因错配模式和急性移植物抗宿主病（aGVHD）风险。 结果:检出26种HLA-DPB1等位基因及其3′-UTR rs9277534 SNP基因型，发现并正式命名2个新等位基因HLA-DPB1*1052∶01 和HLA-DPB1*1119∶01。HLA-DPB1基因总错配率达90.66%（165/182），TCE模型允许错配占47.80%（87/182），不允许错配占42.86%（78/182）；移植物抗宿主（GvH）方向的不允许错配为13.73%（25/182），宿主抗移植物（HvG）方向的不允许错配为29.12%（53/182）。TCE模型中共有73对供受者符合表达模型评估标准，其中TCE允许错配组的受者DP5错配占34.25%（25/73），根据表达模型预测其移植后aGVHD风险为高风险；TCE不允许错配组的受者DP2错配占6.85%（5/73），受者DP5错配占10.86%（8/73），均被预测为aGVHD高风险。两种模型之间的整体一致性为27.27%，不一致性为16.97%。结论:TCE模型和表达模型是预测MUD-HSCT供受者HLA-DPB1基因错配风险的有效工具，综合应用两种模型有助于移植风险分层评估。

目的:探讨子宫颈微生态与宫颈鳞状上皮内病变（squamous intraepithelial lesion，SIL）的关系。方法:选取2019年3月至5月南京医科大学附属无锡第二医院体检中心体检的和妇科就诊的12例子宫颈正常受试者（37~47岁），21例低度鳞状上皮内病变（low-grade squamous intraepithelial lesion，LSIL）患者（39~48岁），5例高度鳞状上皮内病变（high-grade squamous intraepithelial lesion，HSIL）患者（38~45岁）和3例宫颈鳞癌患者（42~43岁），填写调查问卷、行子宫颈检查，同时使用下一代测序技术（next generation sequencing，NGS）分析子宫颈分泌物的微生态，生物信息学分析NGS结果。根据NGS的人乳头状瘤病毒（human papilloma virus，HPV）检测结果将受试者分为HPV阴性组、低危HPV（low-risk HPV，lrHPV）、16/18型高危HPV（high-risk HPV，hrHPV）和其他hrHPV感染组。分析数据的韦恩图、微生态的多样性、物种的相对丰度和共现性以及受试者工作特征（receiver operating characteristic，ROC）曲线。结果:所有受试者子宫颈分泌物共获得种属水平微生态物种909种，各组之间有重叠。在不同宫颈病变受试者中，总HPV感染率、16/18型hrHPV感染率和其他hrHPV感染率差异无统计学意义（ P均>0.05）。按HPV感染分组，16/18型hrHPV和其他hrHPV感染患者的子宫颈微生态多样性升高（ U分别为39.00和43.00， P均<0.05），而各组之间卷曲乳酸杆菌相对丰度无差异（ H=4.37， P=0.213 6）。按子宫颈状况分组，子宫颈病变受试者子宫颈微生态多样性（ H=14.60， P=0.002 2）升高，卷曲乳酸杆菌丰度下降（ H=13.98， P=0.000 8）。在微生态物种中，支原体、衣原体和B族链球菌具有共现性；惰性乳酸杆菌、阴道加德纳菌、阿托波菌和二路普氏菌具有共现性。以卷曲乳酸杆菌相对丰度作为SIL诊断指标，其ROC曲线下面积（area under ROC curve，AUC）为0.874[95%置信区间（confidence interval， CI）：0.732~0.957]，卷曲乳酸杆菌和詹氏乳酸杆菌以及支原体联合诊断SIL的AUC为0.943[95 %CI：0.822~0.991]。 结论:子宫颈卷曲乳酸杆菌相对丰度下降和微生态多样性升高可能与HPV感染和子宫颈病变有关；NGS数据简化后可能有助于SIL诊断。

肺真菌病是一种病死率较高的肺部炎症性疾病，其临床表现缺乏特异性，早期诊断困难。传统的真菌检测方法的检出率和诊断准确性受到一定限制。高通量测序又称为下一代测序技术或二代测序技术，是一种新型的病原体检测手段，可以同时检测多个微生物的核酸序列，从而具有在混合感染和罕见真菌感染的诊断中更有优势的特点。高通量测序技术仍存在局限性，需要结合临床区分定植菌和致病菌。

胆管癌是指起源于胆道树中任何部位的一组高度侵袭性和异质性的胆道恶性肿瘤。目前，国际上公认的最理想的治疗手段依旧是根治性手术切除。对于不可切除、晚期或存在转移性的患者，吉西他滨和顺铂联合用药被认为是标准的一线化疗方案。近年来，随着精准医学的提出和下一代基因测序技术的发展，大量胆管癌重要靶点被发掘，如 FGFR、 IDH、 VEGFR、 BRAF、 MET等，针对其相应靶点药物的研究方兴未艾。本文通过查阅相关文献与数据，结合国内外临床试验，就胆管癌的重要靶点及其靶向药物治疗的最新进展作一综述。