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基于深度学习的七类病毒电镜图像自动识别
编辑人员丨1周前
目的:应用深度学习进行病毒电镜图像的分类,通过多种模型性能的比较,提供适用于病毒电镜图像分类的网络模型,提供病毒电镜图像识别的辅助与支持,减少研究人员的劳动强度和分析时间。方法:通过加深网络深度、调整学习率和批量大小等参数,使用AlexNet、VGG、ResNet、DenseNet、SqueezeNet、MobileNet、ShuffleNet多种经典的卷积神经网络对七种病毒电镜图像进行分类。结果:DenseNet169以91.9%的准确率、90.1%的敏感度和98.6%的特异度取得了模型最佳性能。其中,模型对细小病毒的识别效果最好,乳头瘤病毒、疱疹病毒、痘病毒和轮状病毒的精确率、敏感度、特异度和F1值均在90%以上,甚至接近100%。同时,轻量级网络ShuffleNet的性能以更少的参数量和浮点次数超越了深度网络AlexNet和VGG,并能够以比ResNet少约15倍的参数量和90余倍的浮点运算次数取得与之相当的结果;与DenseNet相比,孙世丁通过牺牲可接受范围内的识别性能换取了比其少约10倍的参数量和80余倍的浮点运算次数。结论:深度网络DenseNet169能够以最佳性能实现病毒电镜图像的自动识别,轻量网络ShuffleNet_v2_x0_5能够以更少的参数量和浮点运算次数实现次优性能,在实际应用中可结合具体情况在深度网络和轻量级网络之间进行取舍。
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编辑人员丨1周前
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miR-23a-3p调控痛风性关节炎细胞自噬的作用机制
编辑人员丨2023/11/11
目的 探究miR-23a-3p对痛风性关节炎(GA)滑膜细胞自噬的影响.方法 电镜观察滑膜细胞的变化,自噬双标腺病毒实验观察细胞内自噬流,Western Blot检测LC3B和p62蛋白的表达量.结果 电镜结果显示,模型组和对照组相比线粒体明显减少,线粒体模糊不清,粗面内质网、糖原颗粒明显减少,自噬体明显增多;而和模型组相比,模型+miR-23a-3p mimics组线粒体明显皱缩,线粒体膜模糊不清,内质网减少,自噬体大量存在.自噬双标腺病毒实验结果显示,与对照组相比,图像中黄色斑点、红色斑点显著增多,即自噬小体、自噬溶酶体显著增多(P<0.05);而和模型组相比,模型+miR-23a-3p mimics组黄色斑点、红色斑点显著增多,即自噬小体、自噬溶酶体增加(P<0.05).WB结果显示,与模型组比较,对照组中LC3B的蛋白表达显著降低(P<0.05),P62的蛋白表达显著升高(P<0.05);与模型+miR-23a-3p mimics组比较,对照组、模型组、模型+miR-23a-3p NC组中LC3B的蛋白表达显著降低(P<0.05),P62的蛋白表达显著升高(P<0.05).结论 miR-23a-3p可以促进GA滑膜细胞的自噬反应,升高LC3B表达,降低P62表达.
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编辑人员丨2023/11/11
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冷冻电镜技术的突破导致结构生物学发生革命性变化
编辑人员丨2023/8/6
最近,冷冻电镜技术的突破引起结构生物学发生了革命.这一革命导致2017年诺贝尔化学奖授予对冷冻电镜技术发展做出开创性贡献的3位科学家Jacques Dubochet、Joachim Frank和Richard Henderson.本文将综述冷冻电镜的发展历程,导致结构生物学革命的冷冻电镜关键技术,包括电镜、图像记录装置和图像处理算法方面的突破,以及中国科学家应用冷冻电镜取得的重要科学成就,涵盖基因表达/调控、蛋白质合成/降解、膜蛋白、免疫、病毒等相关蛋白复合体.最后,对冷冻电镜的未来发展方向进行展望.
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编辑人员丨2023/8/6
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逆转录病毒感染诱导杂交瘤细胞凋亡的超微结构观察
编辑人员丨2023/8/5
对杂交瘤细胞的电镜观察结果提供了逆转录病毒在细胞中复制、装配的证据。大量病毒颗粒聚集于扩张的内质网池内及核周隙内,并可见病毒从内质网池膜及细胞质膜表面发芽的图像。感染细胞具凋亡的形态学特征,突出的超微结构变化为细胞核染色质聚集成团块状或染色质边集,细胞质显著空泡化。在细胞质内尚可见结晶状物质形成的斑块,元素分析结果显示细胞内异常增高的钙元素峰,提示钙离子可能参与介导细胞凋亡的过程。
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编辑人员丨2023/8/5
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携带TSP-1的脐带间充质干细胞来源外泌体对视网膜静脉阻塞大鼠视网膜变性的保护作用
编辑人员丨2023/8/5
目的:探讨携带血小板反应素-1(thrombospondin-1,TSP-1)的人脐带间充质干细胞(hu-man umbilical cord mesenchymal stem cell,hUCMSC)来源外泌体对视网膜静脉阻塞(retinal vein occlu-sion,RVO)模型大鼠的保护作用.方法:将hUCMSC随机分为hUCMSC组、NC-hUCMSC组、TSP-1-hUCMSC组,NC-hUCMSC组和TSP-1-hUCMSC组分别利用含TSP-1基因序列慢病毒、阴性对照慢病毒感染hUCMSC,并通过荧光倒置显微镜、实时荧光定量PCR和Western blot测定细胞转染效果;分离携带TSP-1基因的hUCMSC来源的外泌体,透射电镜观察形态,纳米粒子跟踪分析法测定直径,West-ern blot检测外泌体标志蛋白CD9、CD63及Alix的表达;采用激光光动力法建立SD大鼠RVO模型,并分为模型组、hUCMSC-Exo组、TSP-1-hUCMSC-Exo组,每组10只,另取10只健康大鼠作为对照组,给予hUCMSC-Exo组结膜下注射100μL hUCMSC来源外泌体,TSP-1-hUCMSC-Exo组注射100μL含TSP-1慢病毒感染的hUCMSC来源外泌体.RVO模型建立后1d、7d、14d、21d,观察眼底图像;21 d后,眼底血管荧光造影(fluorescein fundus angiography,FFA)检查血管病变,HE染色观察视网膜组织病理学变化,实时荧光定量PCR和Western blot检测视网膜组织内缺氧诱导因子-1α(hypoxia inducible factor-1α,HIF-1α)、血管内皮生长因子(vascular endothelial growth factor,VEGF)和血管细胞间黏附分子-1(vascular cell adhesion molecule-1,VCAM-1)在mRNA和蛋白上的表达水平.结果:倒置荧光显微镜可见慢病毒转染的细胞内有明显的绿色荧光蛋白表达,且TSP-1-hUCMSC组的hUCMSC中TSP-1 mRNA和蛋白相对表达量均显著升高(P<0.05),表示细胞转染成功;分离的颗粒物为球状,直径大约分布在100 nm,CD9、CD63及Alix蛋白均高表达,说明成功分离到外泌体;与对照组比较,模型组大鼠眼内在造模1、7、14和21d均出现不同程度的白色闭塞血管及斑块,判定造模成功;此外,模型组视网膜血管可见静脉迂曲扩张,粗细不均,血管壁荧光着染及渗出,视网膜组织结构明显受损,组织内HIF-1α、VEGF与VCAM-1的mRNA和蛋白相对表达量均显著升高(P<0.05);相较于模型组,hUCMSC-Exo组和TSP-1-hUCMSC-Exo组血管壁荧光着染现象减轻,视网膜结构恢复,HIF-1α、VEGF与VCAM-1的mRNA和蛋白相对表达量均显著下降(P<0.05);与hUCMSC-Exo组比较,TSP-1-hUCMSC-Exo组血管未见明显荧光渗漏,视网膜结构较为清晰,组织内HIF-1α、VEGF与VCAM-1的mRNA和蛋白相对表达量均显著下降(P<0.05).结论:携带TSP-1的hUCMSC来源外泌体能够减轻RVO大鼠的视网膜损伤,对视网膜起到保护作用,其机制可能与抑制HIF-1α、VEGF与VCAM-1的表达相关.
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编辑人员丨2023/8/5
