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短翅豆芫菁beta-actin基因CDS区克隆与生物信息学分析
编辑人员丨2023/8/6
目的 克隆短翅豆芫菁beta-actin基因CDS区全序列,并进行生物信息学分析.方法 使用PCR克隆技术和生物信息学分析方法.结果 克隆得到该基因CDS区全序列,全长1131bp(GenBank序列号为KU884974),包含了ATG起始密码和TAA终止密码子,共编码了376个氨基酸,蛋白质分子量为93.37kDa,理论等电点为5.09.该基因蛋白均位于膜外,无跨膜结构,平均疏水性(GRAVY)为0.391,该组成蛋白结构稳定.进化树分析结果表明,短翅豆芫菁与中华豆芫菁,埃及伊蚊和鼎突多刺蚁亲缘较近.结论 成功克隆、分析了短翅豆芫菁beta-actin基因CDS区序列,为深入研究该基因在短翅豆芫菁体内的表达调控及短翅豆芫菁遗传与进化关系提供理论基础.
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编辑人员丨2023/8/6
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中国北方常见芫菁分子物种界定(鞘翅目:芫菁科)
编辑人员丨2023/8/5
[目的]应用线粒体COI和核CAD基因片段探讨自动条形码间隔探索(automatic barcode gap discovery,ABGD)、广义混合 Yule 溯祖模型(generalized mixed Yule coalescent,GMYC)、贝叶斯泊松树进程(Bayesian Poisson tree processes,bPTP)和贝叶斯系统发育和系统地理分析(Bayesian phylogenetics and phylogeography,BPP)4种分析方法在芫菁科(Meloidae)昆虫分子物种界定中的适用性.[方法]分别基于COI,CAD和COI+CAD串联序列数据集,应用ABGD,GMYC,bPTP和BPP 4种方法对中国北方芫菁科常见的6属(沟芫菁属Hycleus、斑芫菁属Mylabris、豆芫菁属Epicautai、绿芫菁属Lytta、星芫菁属Megatrachelus和短翅芫菁属Meloe)18个形态种进行分子物种界定,并与形态学鉴定结果进行比较.[结果]利用COI+CAD串联序列数据集所得物种界定结果与形态鉴定结果一致;COI数据集使用ABGD和GMYC方法的界定结果与形态鉴定结果一致,而bPTP划分的物种数较形态鉴定结果多;基于CAD序列在3种单基因物种界定方法的结果中,除GMYC与形态划分一致外,其余均显示部分结果与形态划分不同.[结论]在芫菁科分子物种界定中,多基因联合序列、多种界定方法分析所得结果优于单一基因片段和界定方法的分析结果.本研究的结果为芫菁科昆虫的分子物种界定和整合分类提供了数据支持和参考.
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编辑人员丨2023/8/5
