目的 基于肠道菌群探究骨松益骨方(GusongYigu de-coction,GSYG)治疗绝经后骨质疏松症(postmenopausal oste-oporosis,PMOP)的机制.方法 SPF级SD大鼠60只随机分成假手术组(Control)、模型组(Model)、骨松益骨方低剂量组(GSYG-L,1.25 g·kg-1)、骨松益骨方中剂量组(GSYG-M,2.5 g·kg-1),骨松益骨方高剂量组(GSYG-H,5 g·kg-1)和阿仑膦酸钠组(Al,0.89 mg·kg-1),每组10只.HE染色观察骨组织形态变化,micro CT观察大鼠的股骨组织结构变化;取Control组、Model组、GSYG-H组大鼠结肠粪便样本,提取DNA,利用Illumina Miseq平台进行高通量测序.结果 与Control组比较,Model组大鼠骨小梁稀疏;BV/TV、Tb.Th、Tb.N 及 BMD 均明显降低(P＜0.01),SMI、Tb.Sp 明显升高(P＜0.01);与 Model 组比较,GSYG-L、GSYG-M、GSYG-H组和Al组骨小梁数目增加,骨微结构得到改善,且BV/TV、Tb.Th、Tb.N 及 BMD 明显增加(P＜0.05),SMI、Tb.Sp 明显降低(P＜0.05).肠道菌群测序结果显示,与Control组比较,Model组大鼠肠道菌群多样性降低,厚壁菌门丰度降低,而拟杆菌门丰度增加;与Model组比较,GSYG-H组厚壁菌门丰度增加,拟杆菌门丰度减少.结论 GSYG能够改善PMOP患者的骨微结构,增加骨密度,其作用机制可能与增加肠道菌群的多样性、调节肠道菌群结构有关.

中国慢性病前瞻性研究（CKB）项目于2004年6月至2008年8月在5个省（浙江、湖南、甘肃、四川、河南）的农村地区和5个省（自治区）（黑龙江、山东、江苏、广西、海南）的城市地区开展基线调查，共入选512 891名30~79岁调查对象，完成问卷调查、体格检查及生物样本收集工作。项目于2008年6-10月开展了19 786人的第一次重复调查，2013年8月至2014年9月开展了25 239人的第二次重复调查。2016年，在国家重点研发计划“精准医学研究”重点专项支持下，CKB基于多年工作基础开展了大型自然人群队列示范研究。CKB项目在2020年8月至2021年12月开展了第三次调查，完成25 087人的调查工作，包括问卷调查（在基线调查内容上增加了老龄化相关问题）、体格检查以及血液、尿液、唾液、粪便等生物样本采集。截至2022年6月，项目对全部队列人群平均开展随访已达15年，累计观察770万人年，收集死亡事件7.4万人，医保结局事件37.1万人（累计279.5万人次），主动随访事件1.1万人（累计1.2万人次），发病监测事件10.0万人（累计14.7万人次）。CKB队列生物样本库共储存血液样本129.2万管，尿液样本15.0万管，DNA样本78.0万管，唾液样本2.5万管，粪便样本2.0万管。CKB项目组已组织撰写长期随访、样本库建设与管理、数据库及数据共享平台建设与管理等技术规范，集结整理成册并出版《大型人群队列研究技术规范》，并撰写了大型自然人群队列现场调查、长期随访、生物样本库建设、数据处理、数据安全等团体标准。项目组利用CKB队列数据开展高质量的科学研究，其中健康行为生活方式与主要慢性病的关联研究提供了中国人本土化的研究证据。

目的:通过高通量测序技术比较晚发型败血症(LOS)及肺炎的早产儿肠道菌群的特点及差异，探讨肠道菌群与LOS之间的关系。方法:通过病例对照的方法，选择2018年8月至2019年10月在湖南省儿童医院新生儿科住院诊断为LOS的早产儿作为病例组( n＝8)，同时选取诊断为肺炎的早产儿作为对照组( n＝8)。收集16例早产儿入院第1次的粪便样本并提取DNA，利用PCR技术扩增目标区域DNA，使用NovaSeq 6000平台进行高通量测序，分析两组间肠道菌群的组成和多样性。 结果:(1)Alpha多样性分析显示两组间肠道菌群丰度及多样性差异无统计学意义(均 P>0.05)。(2)LOS组和对照组早产儿肠道菌群在门水平上均以厚壁菌门和变形菌门为主，在属水平上以肠球菌属、埃希菌-志贺菌属等兼性厌氧菌为优势菌群。进行Metastas统计分析，两组在门水平上菌群组成差异无统计学意义( P>0.05)。(3)在目、科、属、种水平进行Metastas统计分析，LOS组放线菌目、消化链球菌科、梭菌属相对丰度高于肺炎组，差异有统计学意义(均 P<0.05)。(4)LOS组葡萄球菌相对丰度大于对照组，但Metastas统计分析显示两组葡萄球菌相对丰度差异无统计学意义( P>0.05)。(5)8例LOS中有3例早产儿血培养阳性，分别为无乳链球菌、缓症链球菌、粪肠球菌。粪肠球菌属于肠球菌属，而肠球菌属在LOS组属于优势菌属。 结论:不同部位感染对早产儿肠道微生态存在影响。LOS与肺炎早产儿肠道菌群构成有差异。

目的:了解江苏省腹泻患者临床分离耶尔森菌的分布特点及分子特征。方法:2017-2021年，在小肠结肠炎耶尔森菌国家级主动监测点江苏省徐州市铜山区和盐城市东台市，采集腹泻患者粪便标本，进行耶尔森菌菌株分离；同时，收集全省哨点医院疑似耶尔森菌菌株。提取分离菌株DNA进行全基因组重测序，并上传至EnteroBase数据库进行耶尔森菌种型鉴定，原始数据经清洁和处理后进行16S核糖体RNA（16S rRNA）基因多态性分析；通过美国国家生物技术信息中心（NCBI）和病原菌毒力因子数据库（VFDB）扫描5种毒力基因（ail、ystA、ystB、yadA、virF）携带情况，同时构建K-mer树并进行基因组特征分析。结果:2017-2021年，共采集腹泻患者粪便标本2 058份，经分离鉴定，得到57株耶尔森菌；同时，通过哨点医院收集到2株耶尔森菌。经EnteroBase数据库比对，51株菌为小肠结肠炎耶尔森菌，4株菌为 Yersinia proxima，阿利克西奇耶尔森菌、马赛耶尔森菌、中间耶尔森菌及 Yersinia canariae各1株。16S rRNA基因多态性分析显示，全部菌株被聚类为3个大组，可区分小肠结肠炎耶尔森菌和其他耶尔森菌。51株小肠结肠炎耶尔森菌中，49株为毒力基因Ⅲ型（ail-、ystA-、ystB+、yadA-、virF-），2株为毒力基因Ⅱ型（ail+、ystA+、ystB-、yadA-、 virF-）；8株其他耶尔森菌均为毒力基因Ⅳ型（ail-、ystA-、ystB-、yadA-、virF-）。K-mer分析可区分小肠结肠炎耶尔森菌和其他耶尔森菌，JS-XZ-2020001菌株与其他小肠结肠炎耶尔森菌距离较远，血清型为O8的小肠结肠炎耶尔森菌分布较集中。 结论:江苏省腹泻患者临床分离耶尔森菌以小肠结肠炎耶尔森菌为主，其他耶尔森菌少量并存，同时发现了 Yersinia proxima和 Yersinia canariae两个耶尔森菌新种型。小肠结肠炎耶尔森菌的毒力基因携带以Ⅲ型为主。16S rRNA基因多态性分析和K-mer分析均可有效区分小肠结肠炎耶尔森菌和其他耶尔森菌。

目的:探讨先天性巨结肠（Hirschsprung disease，HD）与巨结肠小肠结肠炎（Hirschsprung-associated enterocolitis, HAEC）患儿肠道微生物群的差异及口服益生菌对肠道菌群的优化和预防HAEC的作用。方法:收集2017年10月至2020年10月在上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心住院的35例患儿共62份肠道内容物样本。将具有便秘、腹胀等症状、钡剂灌肠检查提示并通过病理诊断为HD的27例患儿作为HD术前组，其中男24例，女3例，年龄为（13.0±19.6）个月。将已诊断为HD且术前已出现发热、腹泻、腹胀、粪便奇臭等临床表现被确诊为HAEC的8例患儿作为HAEC术前组，其中男6例，女2例，年龄为（6.8±4.5 ）个月。将HD术前组患儿根据术后是否摄入益生菌分为HD术后益生菌组（15例）和HD术后对照组（12例）。利用宏基因组学技术进行DNA测序以评价各组样本肠道微生物的多样性及构成分布，并分析HD术后益生菌组和HD术后对照组的HAEC发病率、复发率等。结果:HAEC术前组患儿肠道菌群多样性明显低于无HAEC的HD术前组患儿，HD术前组的shannon指数明显高于HAEC术前组（2.049比1.226），差异具有统计学意义（ P= 0.047），simpson指数在两组之间的差异无统计学意义（0.320比0.527， P=0.07）。在菌群门水平上，变形菌门丰度在HAEC术前组比HD术前组高（45.3%比31.3%），但差异无统计学意义（ P=0.76）；放线菌门丰度在HAEC术前组比HD术前组更少（8.7%比14.1%），差异具体统计学意义（ P= 0.047 ）；拟杆菌门丰度在两组的差异无统计学意义（ P=0.100 ）。在HD术后对照组及HD术后益生菌组中，变形菌门丰度在HD术后对照组较多（39.1%比10.3%），差异无统计学意义（ P=0.085 ）；放线菌门丰度HD术后益生菌组显著高于HD术后对照组（50.4%比11.8%），差异具有统计学意义（ P= 0.003 ）。在菌群属水平上，HD术前组患儿其肠道菌群中双歧杆菌属的丰度明显较HAEC术前组高（4.3%比0.3%），差异具有统计学意义（ P=0.004），HD术后益生菌组与HD术后对照组相比双歧杆菌属的优势更加明显（48.2%比11.1%），差异具有统计学意义（ P=0.004 ）。克雷伯菌属在HAEC术前组中的丰度显著高于HD术前组，且在菌群中占较大优势（0.2%比37.5%），差异具有统计学意义（ P=0.013）。在术后HAEC的发病率方面，HD术后对照组高于HD术后益生菌组（41.7%比13.3%），益生菌的摄入可能会减少HAEC的发病率，差异无统计学意义（ P=0.185）。 结论:HD、HAEC患儿的菌群存在差异，益生菌制剂的使用可能是一种保护因素，能够减少HAEC的发生。

目的:探讨早产儿神经发育与肠道菌群的关系。方法:纳入2018年9月至2019年9月在湖南省儿童医院新生儿科住院治疗的66例早产儿，收集其入院第1次的粪便样本及临床资料。根据神经发育情况分成神经发育正常组、神经发育不良组，通过16S rDNA高通量测序技术提取粪便样本细菌DNA后进行生物信息学分析，比较两组间肠道菌群的组成和多样性差异。结果:(1)神经发育正常组和神经发育不良组肠道菌群的Shannon指数分别为0.89(0.41，1.51)和1.01(0.47，1.31)，两组多样性指数差异无统计学意义( P>0.05)。(2)神经发育正常组肠道菌群中双歧杆菌属、韦荣球菌属、Negativicutes纲菌群丰度显著较高(均 P<0.05)，神经发育不良组肠道菌群中链球菌属丰度显著较高( P<0.05)，两组肠道菌群均以肠球菌属、埃希菌-志贺菌属为主。 结论:早产儿早期肠道菌群在属水平上以肠球菌属、埃希菌属为优势菌群。肠道菌群与早产儿神经发育相关，链球菌属丰度增加，双歧杆菌属、韦荣球菌属、Negativicutes丰度降低可能是早产儿神经发育不良的危险因素，早产儿早期肠道菌群的多样性可能与神经发育无明显相关性。

分析新疆巴音郭楞蒙古自治州一起肉毒梭菌食物中毒事件，探究中毒事件发生原因，明确诊断，为临床治疗提供技术支持。应用食品安全事故流行病学方法调查食物中毒事件中病例的基本信息、临床表现，采集自制腐乳和粪便灌洗液，经增菌培养后应用实时荧光定量PCR法检测样本中肉毒毒素编码基因，并进行菌株分离、纯化。对分离到的5株肉毒梭菌经肉毒毒素检测和基因检测验证后，进一步进行PFGE分型。此次中毒事件中2份自制腐乳和3例患者的粪便灌洗液标本均分离到A型肉毒梭菌，并得到了毒素检测和基因检测验证，5株肉毒梭菌的PFGE图谱DNA同源性为100%，可判定是一起因食用被A型肉毒梭菌污染的自制腐乳而引起的肉毒中毒事件。

目的:探讨多靶点粪便DNA与粪便潜血（FIT-DNA）联合检测技术对结直肠癌及进展期腺瘤的临床诊断价值。方法:纳入中国医学科学院肿瘤医院2021年4月至2022年1月拟行肠镜检查的门诊筛查患者及结直肠外科待手术的肠癌患者235例，其中男141例，女94例，年龄22~86（55±13）岁。包括初诊未治疗组215例（结直肠癌患者86例、进展期腺瘤患者12例、非进展期腺瘤患者25例、一般性息肉患者8例、表观健康人84名）和干扰组20例（既往行结直肠癌根治术患者2例、既往行内镜黏膜剥离术患者6例、非肠癌的特殊疾病患者4例以及行新辅助放化疗的肠癌患者8例）。取肠道准备前的新鲜粪便样本进行FIT-DNA联合检测，样本处理和核酸纯化采用FIT-DNA 检测试剂盒；采用荧光探针法检测KRAS突变和BMP3、NDRG4基因甲基化；采用免疫法检测便潜血。以结直肠镜或病理活检结果为金标准，采用受试者工作特征（ROC）曲线评估FIT-DNA联合检测技术对结直肠癌及进展期腺瘤的筛查及诊断效能。结果:FIT-DNA联合检测技术对早期结直肠癌和进展期腺瘤的筛查灵敏度分别为7/7和8/12，阴性预测值分别为98.1%（104/106）和93.7%（104/111）；对早期结直肠癌和进展期腺瘤的总体筛查灵敏度为15/19，阴性预测值为96.3%（104/108）；曲线下面积（AUC）分别为0.982（95% CI：0.960~1.000， P<0.05）、0.758（95% CI：0.592~0.924， P<0.05）和0.841（95% CI：0.724~0.957， P<0.05）。FIT-DNA联合检测技术对结直肠癌的诊断灵敏度为98.8%（85/86），对进展期腺瘤的诊断灵敏度为8/12，对结直肠癌和进展期腺瘤的总体诊断灵敏度为94.9%（93/98），特异度为88.9%（104/117）；AUC分别为0.968（95% CI：0.937~0.997， P<0.05）、0.758（95% CI：0.592~0.924， P<0.05）和0.942（95% CI：0.905~0.979， P<0.05）。纳入干扰组后，FIT-DNA 联合检测技术的总体诊断灵敏度为91.6%（98/107），特异度为89.1%（114/128）。 结论:FIT-DNA 联合检测技术对结直肠癌具有较高的早期筛查效能和诊断效能。

目的:研究IgA肾病（IgA nephropathy, IgAN）患者肠道菌群结构及多样性的特点，探讨IgAN患者肠道微生物与临床指标及肾脏病理的相关性。方法:回顾性选择包头医学院第一附属医院2020年5月至2020年9月IgAN患者15例作为IgAN组，健康家属8例和健康体检者7例作为健康对照组。采用Illumina高通量测序技术对粪便样本中所有细菌的16S rDNA-V4区进行DNA测序，使用QIIME2分析流程对原始序列进行处理、分析，与Greengenes（v138）数据库进行对比，调用DADA2软件包对数据进行去噪，相当于以100%的相似度聚类（OTU是以97%的相似度聚类）。采用PCoA主坐标分析法分析肠道菌群结构及多样性，以Spearman相关分析法或Pearson相关分析法分析差异性菌群与肾脏病理和临床指标的相关性。结果:（1）健康对照组和IgAN组肠道微生物Beta多样性差异具有统计学意义（ P=0.010）。（2）与健康对照组比较，IgAN组患者肠道菌群物种数目在1个门、3个科和22个属水平显著增加。与健康对照组比较，在门到科水平内，IgAN患者厚壁菌门（Firmicutes）及瘤胃球菌科（Ruminococcaceae）物种数目减少，绿屈挠菌门（Chloroflexi）及盖勒菌科（Gaiellaceae）、葡萄球菌科（Staphylococcaceae）和Family-XⅢ科物种数目增加（均 P<0.05）；在属水平，IgAN患者舌下肌菌属（ Subdoligranulum）物种数目显著减少（ P=0.020），而活泼瘤胃球菌属（ Ruminococcus- gnavus- group）物种数目显著增加（ P=0.004）。（3）在门水平，IgAN患者厚壁菌门物种数目与血白蛋白（ r=0.637， P=0.003）、IgG（ r=0.452， P=0.046）呈正相关，芽单胞菌门（Gemmatimonadetes）物种数目与血肌酐呈负相关（ r=-0.453， P=0.045），疣微菌门（Verrucomicrobia）物种数目与IgM呈负相关（ r=-0.450， P=0.046），杆菌门（Patescibacteria）物种数目与IgA呈正相关（ r=0.469， P=0.037）。在属水平，IgAN患者活泼瘤胃球菌属（ r=-0.614， P=0.004）和巨单胞菌属（ Megamonas）（ r=-0.451， P=0.042）物种数目与血白蛋白呈负相关；舌下肌菌属物种数目与血白蛋白呈正相关（ r=0.563， P=0.009）；戴阿利斯特杆菌属（ Dialister）物种数目与补体C3呈负相关（ r=-0.427， P=0.041），与IgA呈正相关（ r=0.434， P=0.035）；韦荣菌属（ Veillonella）物种数目与估算肾小球滤过率呈正相关（ r=0.452， P=0.043）。艾森伯格菌属（ r=-0.850， P=0.007）、霍尔德曼菌属（ r=-0.845， P=0.008）、 Flavonifractor（ r=-0.845， P=0.008）、葡萄梭状芽孢杆菌属9（ r=-0.845， P=0.008）物种数目与牛津病理分型中肾小球节段性硬化或粘连（S）呈负相关， Fusicatenibacter物种数目与系膜细胞增多呈负相关（ r=-0.845， P=0.008），而粪球菌属2物种数目与S（ r=0.738， P=0.037）和肾小管萎缩或间质纤维化（ r=0.756， P=0.030）呈正相关。（4）以活泼瘤胃球菌属和舌下肌菌属建立随机森林模型，拟合后受试者工作特征曲线下面积为0.927。 结论:IgAN患者和健康对照的肠道菌群具有差异性，IgAN患者肠道菌群的变化与其临床指标和肾脏病理相关，尤其活泼瘤胃球菌属和舌下肌菌属可能在IgAN中发挥了重要作用。

目的:探讨 Gpr174对脓毒症小鼠肠道损伤、肠道菌群与代谢物组成的影响。 方法:将12只8周龄雄性C57BL/6和 Gpr174 -/-小鼠随机（随机数字法）分为4组，分别为野生（WT）组，敲除（KO）组，野生鼠盲肠结扎穿孔（WT+CLP）组和敲除鼠盲肠结扎穿孔（KO+CLP）组，采用盲肠结扎穿刺法建立脓毒症模型；分别在生理情况下与脓毒症造模后72 h收集小鼠粪便，提取菌群DNA并进行扩增，在对PCR产物荧光定量后，对原始数据进行过滤与质控并筛选差异菌群。利用液相色谱-质谱联用技术，使用QuanMET软件对原始数据进行分析并比对鉴定内源性代谢物。通过R语言进行多元回归分析，筛选相关差异代谢物，并进一步分析相关代谢通路。 结果:研究发现，KO-CLP组小鼠的肠道损伤和炎症反应较WT-CLP组减轻，肠道屏障结构和功能破坏较弱。同时，WT组与KO组小鼠在生理和脓毒症情况下肠道差异菌群组内差异小，组间差异有统计学意义。生理情况下共筛选出18种差异细菌，差异最显著的包括双歧杆菌、乳酸菌、理研菌、拟杆菌、巴恩斯氏菌、普雷沃特菌、龈乳杆菌、艾克曼菌等，但脓毒症时则仅存在2种差异菌，分别为瘤胃球菌与普雷沃氏菌。肠道代谢物PCA分析表明生理情况下野生组与敲除组小鼠存在组间差异；而在脓毒症造模后，KO与WT小鼠组间差异不明显。在生理情况下，WT组与KO组小鼠鉴定出24种差异代谢产物，其中差异最显著的为丙氨酸与丙酮二羟酸，这些差异代谢产物涉及丙氨酸循环、丙氨酸代谢等信号通路。结论:Gpr174敲除后能缓解脓毒症小鼠的肠道损伤。生理情况下 Gpr174影响肠道菌群与代谢产物。研究结果提示 Gpr174参与肠道菌群与代谢物的调控。