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转录组测序分析非酒精性脂肪性肝炎早期YAP阳性表达肝细胞的功能学特征
编辑人员丨1天前
目的:基于转录组测序(RNA-Seq),分析比较非酒精性脂肪性肝炎(NASH)早期小鼠模型中Yes相关蛋白(YAP)阳性肝细胞和YAP阴性肝细胞的差异表达基因(DEGs),初步了解此类YAP阳性肝细胞的功能学特征。方法:蛋氨酸-胆碱缺乏(MCD)饲喂C57BL/6小鼠2周构建NASH早期模型,对照组为正常饮食。肝组织行苏木精-伊红(HE)、天狼星红染色和病理学评分;免疫组织化学(IHC)观察YAP、p-YAP在肝组织的表达。胶原酶灌注联合Percoll密度梯度离心获取活率大于90%的原代肝细胞。进行YAP抗体标记、流式分选获得YAP阳性和YAP阴性肝细胞并进行RNA-Seq。测序结果用GO、KEGG和相互作用网路的分析方法筛选DEGs。RT-PCR验证模型组肝组织中YAP以及部分DEGs的表达水平。两样本均数比较采用独立样本 t检验。 结果:与对照组相比,MCD诱导小鼠2周的HE染色肝组织可见脂肪变(病理评分1.07±0.21),伴有小叶炎症(病理评分1.13±0.32)和肝细胞气球样变(病理评分0.80±0.20),天狼星红染色未见明显肝纤维化(病理学评分0.40±0.40)。IHC显示NASH早期的部分肝细胞YAP表达为阳性。RNA-Seq分析,YAP阳性和YAP阴性的肝细胞分别得到Clean reads为49 310 604条、54 820 036条。与YAP阴性肝细胞相比,YAP阳性肝细胞导致5 565个基因差异表达,包括上调基因1 662个,下调基因3 903个。上调基因的GO分析显示,嘌呤三磷酸核苷和三磷酸核苷等线粒体功能相关的代谢过程为显著富集的生物学过程(BP);下调基因分析到显著富集的BP为嗅觉受体相关过程。KEGG分析显示,DEGs富集到292条通路,氧化磷酸化(OXPHOS)通路为显著富集信号通路。RT-PCR确认炎症因子(白细胞介素-1β、白细胞介素-6)、YAP及其靶基因(Cyr61、Ankrd1)以及OXPHOS通路的Cox5b、Sdhc基因水平显著上调,与测序结果一致。相互作用网络分析预测到8个关键基因。结论:NASH早期肝细胞代谢水平的变化可能与YAP活性增加有关。
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编辑人员丨1天前
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联合氧化磷酸化缺乏症28型基因突变的识别及功能分析
编辑人员丨1天前
目的:明确1例联合氧化磷酸化缺乏症28型(COXPD28)患者的致病基因突变,初步探索其致病机制。方法:回顾性分析2019年8月就诊于山东省立医院集团东营市人民医院1例COXPD28患者的临床特征。通过线粒体基因测序与全外显子组测序明确其致病基因突变,构建致病基因野生型及突变型质粒,通过实时荧光定量PCR与免疫印迹实验评估突变基因对蛋白表达的影响。统计学方法主要采用单因素方差分析及LSD检验。结果:患者女性,21岁,因自幼反复胸闷、憋喘就诊,主要表现为乳酸酸中毒。全外显子组基因测序发现溶质载体家族25成员26(SLC25A26)基因存在复合杂合突变(c.34G>C,p.A12P;c.197C>A,p.A66E),查询HGMD数据库,为国内首次报道。体外功能试验证实:与转染野生型质粒相比,细胞转染SLC25A26基因突变质粒后SLC25A26 mRNA及S-腺苷甲硫氨酸载体(SAMC)蛋白表达水平均显著降低,其中p.A66E突变质粒可使SLC25A26 mRNA及SAMC蛋白表达水平分别降为野生型质粒的6%与26%( P值均<0.001),而p.A12P突变质粒则分别降为野生型质粒的62%与82%( P<0.001, P=0.044);双突变(p.A66E+p.A12P)质粒共转染时,SLC25A26 mRNA与SAMC蛋白表达水平分别降低为野生型质粒的47%与57%( P<0.001, P=0.001)。 结论:本例COXPD28患者的致病突变基因为SLC25A26基因突变(p.A66E、p.A12P),该突变导致SLC25A26表达水平降低,造成线粒体氧化磷酸化功能障碍,诱发COXPD28。
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编辑人员丨1天前
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一例 FARS2基因变异所致联合氧化磷酸化缺陷14型患儿的遗传学分析
编辑人员丨1天前
目的:探讨一例表现为无诱因惊厥发作、生长发育迟缓、血乳酸值升高的2月龄患儿的遗传学病因。方法:应用二代测序技术对患儿进行全外显子组和线粒体环基因测序,用Sanger测序对候选致病变异进行验证,依据美国医学遗传学及基因组学学会相关指南进行致病性分析。检索PubMed、万方数据库和中国知网数据库中 FARS2变异所致的联合氧化磷酸化缺乏症14型(COXPD14)的病例报道,总结其临床特征及基因变异谱。 结果:全外显子组测序提示患儿携带 FARS2基因c.925G>A(p.G309S)和c.405C>A(p.H135Q)复合杂合变异;Sanger测序证实这两个变异分别遗传自母亲和父亲。其中c.925G>A为HGMD数据库已收录的致病变异,c.405C>A预测为疑似致病变异。检索文献另发现30例COXPD14患者,其 FARS2变异类型包括错义变异、剪接变异、读码框内碱基缺失和编码区微缺失。 结论:COXPD14临床表现以发育迟缓(96%)、癫痫发作(97%)和乳酸升高(96%)最为经典。 FARS2基因c.925G>A(p.G309S)和c.405C>A(p.H135Q)复合杂合变异是本例患儿的发病原因。
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编辑人员丨1天前
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MTO1基因变异致联合氧化磷酸化缺陷症10型患儿的临床和遗传学分析
编辑人员丨2024/3/23
目的:探讨线粒体翻译优化因子(MTO)1基因变异,所致常染色体隐性遗传联合氧化磷酸化缺陷症10型(COXPD10)患儿的临床表型和遗传学特征。方法:选择2022年7月中山市小榄人民医院儿科收治的1例以运动发育迟缓为主诉的COXPD10患儿(患儿1)为研究对象。回顾性分析其临床资料,采用全外显子组测序(WES)对患儿1及其父母进行遗传学分析。根据美国医学遗传学与基因组学学会(ACMG)制定的《序列变异解释的标准和指南》(以下简称为ACMG指南),对检出变异致病性进行分析。分别以"MTO1基因""联合氧化磷酸化缺陷症10型""复合氧化磷酸化缺陷症10型""COXPD10",以及"MTO1""combined oxidative phosphorylation deficiency-10""COXPD10"为中、英文关键词,在万方数据知识服务平台、中国知网及Web of Science和PubMed数据库中,检索MTO1基因变异所致COXPD10患儿。文献检索年限设定为各数据库建库至2023年3月。对检索文献中COXPD10患儿MTO1基因变异情况与临床表现等进行复习。本研究遵循的程序符合中山市小榄人民医院医学伦理委员会的规定,并通过该伦理委员会审查及批准(审批文号:ZSXL-ll2023-002),患儿1监护人签署临床研究知情同意书。结果:①患儿1为8个月龄女婴。其本次入院相关检查结果显示,Alberta婴儿运动量表(AIMS)评分为18分(低于同龄儿AIMS评分第5百分位数);头颅MRI检查提示,双侧丘脑、中脑呈对称性片状异常信号,T1加权成像(WI)呈稍低信号,T2WI呈稍高信号,T2-液体衰减反转恢复(FLAIR)呈低信号,扩散加权成像(DWI)呈高信号;心脏彩色多普勒超声检查提示,左心室增大,卵圆孔未闭;血清乳酸浓度为9.39 mmol/L(异常增高);尿液有机酸分析结果无异常;2022年9月复查尿液有机酸结果显示,尿液有机酸异常增高。其WES检测结果提示,携带MTO1基因c.134G>A(p.Gly45Glu)和c.578C>G(p.Thr193Ser)杂合变异,分别遗传自其父、母亲。这2种变异在万方数据知识服务平台、中国知网、Web of Science、PubMed数据库及基因组聚合数据库(gnomAD)中均未见报道。根据ACMG指南,将这2种变异判断为可能致病性变异(PS4+PM2+PM3)。结合临床表现与遗传学检测结果,患儿1被诊断为COXPD10患儿。②文献复习结果:共计纳入MTO1基因变异所致COXPD10患儿相关文献18篇,涉及44例患儿(患儿2~45),加上患儿1,共计45例COXPD10患儿。这45例患儿中,发生MTO1基因变异30种,分布于10个外显子中,其中8号外显子发生变异最多,为11种,并且均为错义变异;主要临床表现:高乳酸血症(42例,93.3%),心血管疾病(38例,84.4%),线粒体复合体缺乏症(34例,75.6%),发育迟缓(30例,66.7%)等。结论:MTO1基因c.134G>A(p.Gly45Glu)和c.578C>G(p.Thr193Ser)杂合变异是患儿1的致病原因。本研究丰富了MTO1基因变异所致COXPD10患儿的基因变异谱,为临床诊断、产前诊断COXPD10患儿提供了依据。对于运动发育迟缓、头颅MRI检查结果异常、血清乳酸水平异常增高的患儿,需警惕COXPD10可能,应尽早完善基因检查明确病因。
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编辑人员丨2024/3/23
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儿童线粒体疾病相关癫痫62例的临床和遗传特征
编辑人员丨2023/8/6
目的 总结儿童线粒体疾病相关癫痫的临床特点和遗传特征.方法 对2011年10月至2018年12月在北京儿童医院神经内科就诊,基因确诊的62例线粒体疾病相关癫痫患儿的临床资料进行回顾性总结,对癫痫控制情况进行随访,按治疗结果分为有效组和无效组,应用t检验或χ2检验进行组间比较.结果 62例中男33例、女29例,发病年龄为3.38(0~12.00)岁;癫痫发作类型以局灶性运动发作最多(68%,42例),其余依次为全面性或继发性全面性强直阵挛发作(32%,20例),肌阵挛发作(23%,14例),痉挛发作(7例),强直发作(4例),失神、失张力、阵挛发作各1例;癫痫持续状态16例(26%),其中持续性部分性癫痫6例;52%(32例)的患儿有2种或2种以上发作类型.线粒体脑肌病伴高乳酸血症和卒中样发作(MELAS)29例,Leigh综合征(LS)11例,联合氧化磷酸化缺乏症6例,肌阵挛癫痫伴破碎红纤维5例,Alpers综合征4例,脑桥小脑发育不良6型、线粒体缺失综合征9型各2例,ACAD9基因缺陷致线粒体复合物Ⅰ缺乏症、进行性空泡脑白质病、生物素酶缺乏症各1例.线粒体DNA(mtDNA)变异40例(65%),其中26例为m.3243A>G变异,6例为m.8344A>G变异,3例为m.8993T>G/C变异,m.3271T>C、m.3481G>A、m.3946G>A、m.13094T>C、m.14487T>C变异各1例;核DNA(nDNA)变异22例(35%),其中编码线粒体氨酰tRNA合成酶的基因7例,POLG基因和编码复合物Ⅰ的基因各4例,SUCLG1、SDHA基因各2例,PDHA1、BTD、TRIT1基因各1例.随访43例,随访时间为20(3~84)个月,其中癫痫治疗有效组19例(44%),无效组24例(56%).癫痫治疗有效组与无效组起病年龄、发作时病程差异无统计学意义[3.42(0~11.50)岁比0.92(0~9.50)岁,0(0~7.00)年比0(0~4.83)年,t=1.662、0.860,P=0.104、0.395].有效组与无效组使用抗癫痫药数量<2种的例数分别为12例和9例,≥2种分别为7例和15例、癫痫首发例数分别为13例和15例、非首发分别为6例和9例、mtDNA变异例数分别为14例和11例,nDNA变异例数分别为5例和13例,差异均无统计学意义(χ2=2.794、0.164、3.380,P=0.095、0.686、0.066).结论 儿童线粒体疾病相关癫痫发作类型多样,以局灶性运动发作最常见,其次为全面性或继发性全面性强直阵挛发作,多数患儿存在2种以上发作类型.MELAS是最常见的临床表型,其次为LS;基因变异以mtDNA变异为主,其中m.3243A>G变异是最常见的热点变异,其次为编码线粒体氨酰tRNA合成酶的基因变异.
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编辑人员丨2023/8/6
