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低剂量脂多糖诱导下人牙周膜干细胞对巨噬细胞促炎因子表达的影响及其机制研究
编辑人员丨5天前
目的:探讨人牙周膜干细胞(human periodontal ligament stem cell,HPDLSC)经低剂量脂多糖作用后,对巨噬细胞促炎因子表达的影响及其机制。方法:培养原代HPDLSC,并以磷酸盐缓冲液(phosphate buffer saline,PBS)、100 μg/L或10 mg/L 脂多糖处理48 h,收集各自条件培养基(conditioned medium,CM),分别与人单核白血病细胞(human monocyte leukemic cell,THP-1)源性巨噬细胞共培养48 h,对应实验分组为PBS处理的HPDLSC条件培养基(PBS-treated HPDLSC-derived CM,CM-C)组、低剂量脂多糖处理的HPDLSC条件培养基(low dose lipopolysaccharide-treated HPDLSC-derived CM,CM-L)组和高剂量脂多糖处理的HPDLSC条件培养基(high dose lipopolysaccharide-treated HPDLSC-derived CM,CM-H)组。实时荧光定量PCR检测各组巨噬细胞促炎因子相关基因白介素(interleukin,IL)-6、IL-8、IL-12、肿瘤坏死因子-α(tumor necrosis factor-α,TNF-α)mRNA表达;CM-C、CM-L组核因子E2相关因子2 [nuclear factor (erythroid-derived 2)-like 2,NRF2]及其下游抗氧化基因谷氨酸半胱氨酸连接酶催化亚基(glutamate-cysteine ligase catalytic subunit,GCLC)、还原型烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(磷酸):醌氧化还原酶1[NAD(P)H quinone dehydrogenase 1,NQO1]及血红素加氧酶1(heme oxygenase 1,HO-1)mRNA的表达。同时以蛋白质免疫印迹法检测CM-C和CM-L组巨噬细胞胞质与胞核NRF2蛋白、GCLC及HO-1蛋白表达;2′,7′-二氯荧光素探针检测CM-C和CM-L组巨噬细胞内活性氧水平,以平均荧光强度(mean fluorescent intensity,MFI)表征结果。结果:CM-H组巨噬细胞内促炎因子IL-6、IL-8、IL-12及TNF-α mRNA表达(2.332±0.594、3.601±0.639、2.120±0.677、2.468±0.236)均较CM-C组(1.000±0.321、1.000±0.151、1.000±0.059、1.000±0.095)显著上调( P<0.05);而CM-L组巨噬细胞内IL-6、IL-12及TNF-α mRNA表达(0.056±0.002、0.215±0.024、0.567±0.071)均较CM-C组(1.000±0.209、1.000±0.220、1.000±0.220)显著下调( P<0.05)。在mRNA水平,NRF2表达在CM-L组(1.864±0.198)较CM-C组(1.000±0.094)显著上调( P<0.05);在蛋白水平,CM-L组巨噬细胞胞质及胞核NRF2表达(1.175±0.104、1.308±0.082)均较CM-C组(1.000±0.025、1.000±0.049)显著升高( P<0.05)。CM-L组巨噬细胞NRF2下游抗氧化基因GCLC、NQO1 mRNA表达(1.786±0.278、1.444±0.078)均较CM-C组(1.000±0.139、1.000±0.226)显著上调( P<0.05),且CM-L组GCLC、HO-1蛋白水平(1.159±0.036、1.412±0.075)均显著高于CM-C组(1.000±0.050、1.000±0.013)( P<0.05)。同时CM-L组巨噬细胞活性氧水平(MFI:123 419±1 302)较CM-C组(MFI:139 193±1 241)显著降低( P<0.05)。 结论:低剂量脂多糖可以诱导HPDLSC激活巨噬细胞NRF2信号通路调控氧化应激反应,下调巨噬细胞促炎因子表达。
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编辑人员丨5天前
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131I治疗转移性恶性卵巢甲状腺肿合并分化型甲状腺癌1例
编辑人员丨5天前
患者女,45岁,20年前行剖宫产术,3年前因左卵巢囊肿行左卵巢囊肿剥除术,否认吸烟、饮酒史,否认放射性物质接触史,否认家族遗传性疾病,13岁初潮,平素月经规律。本次首发症状为右下腹痛和右下肢进行性疼痛。增强CT示右卵巢可见不均匀强化肿块,大小3.5 cm×1.5 cm,腹腔、盆腔内见多个轻度强化肿物。颈部超声示甲状腺结节。行全子宫+双附件+大网膜切除术+盆腹腔肿瘤切除术。病理报告提示:恶性卵巢甲状腺肿(malignant struma ovarii, MSO),滤泡型,伴子宫、腹膜、肠系膜和网膜转移;免疫组织化学结果:细胞角蛋白19(+)、半乳糖凝集素3(galectin-3;+)、人骨髓内皮细胞标志物-1(human bone marrow endothelial cell marker-1, HBME-1;+)、甲状腺球蛋白(thyroglobulin, Tg;+)、甲状腺转录因子-1(thyroid transcription factor-1, TTF-1;+)、甲状腺过氧化物酶(thyroid peroxidase, TPO;部分+)、细胞增殖核抗原Ki-67指数(约1%~2%)、高相对分子质量细胞角蛋白34βE12(-)、CD56(-)、突触素(synapsin, Syn;-)、嗜铬素A(chromogranin, CgA;-)。后患者接受6周期化疗(卡铂500 mg+紫杉醇240 mg)。化疗期间血清Tg水平持续缓慢上升(从204.3 μg/L升至281.0 μg/L),癌胚抗原、肿瘤糖类抗原-125变化不明显。6周期化疗后复查CT示:腹盆腔多发肿物,结合病史考虑为残留的肿瘤转移灶,最大径较前变化不明显。化疗结束后行甲状腺结节细针穿刺活组织检查,病理证实为分化型甲状腺癌(differentiated thyroid cancer, DTC)。后行甲状腺切除术和中央区淋巴结清扫术。术后病理示:右叶DTC(典型乳头状癌),左叶结节性甲状腺肿,中央区淋巴结未查见癌(0/3),pT1N0M0,Ⅰ期。术后患者服用左旋甲状腺素(每日100 μg)行促甲状腺激素(thyroid stimulating hormone, TSH)抑制治疗。后行2次 131I治疗,每次剂量为7 400 MBq,治疗间隔6个月。首次 131I治疗后全身显像(post-therapy whole-body scan, Rx-WBS)及SPECT/CT显像示:残余甲状腺(图1A);腹盆腔多发残留MSO转移灶伴 131I摄取(图1A~1C)。第2次Rx-WBS及SPECT/CT显像示:清除手术后残留的甲状腺组织(简称清甲)成功(图1D);腹盆腔多发残留MSO转移灶伴 131I摄取,摄取值及摄取灶数目均明显小于第1次显像,多数转移灶最大径缩小,部分病灶完全缓解(图1D~1F)。此外,抑制性Tg水平从第1次 131I治疗前的110.0 μg/L降至第2次 131I治疗后的1.3 μg/L。经过2轮 131I治疗后,解剖学和血清学均取得了明显缓解,没有监测到明显不良反应。目前该患者在TSH抑制下积极随诊监测。对DTC病灶和MSO病灶分别进行二代测序,以下基因突变均为阴性:B-Raf原癌基因丝/苏氨酸蛋白激酶(B-Raf proto-oncogene, serine/threonine kinase, BRAF) V600E基因、端粒酶逆转录酶(telomerase reverse transcriptase, TERT)启动子、转染重排(rearranged during transfection, RET)、Kirsten大鼠肉瘤病毒致癌基因同源物(Kirsten rat sarcoma viral oncogene homolog, KRAS)、神经母细胞瘤RAS病毒致癌基因同源物(neuroblastoma RAS viral oncogene homolog, NRAS)、肿瘤蛋白53(tumor protein 53, TP53)、磷脂酰肌醇-4,5-双磷酸3-激酶催化亚基α(phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit alpha, PIK3CA)。
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编辑人员丨5天前
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基于数据挖掘及网络药理学探讨运脾法治疗儿童便秘的用药规律及机制
编辑人员丨1周前
[目的]结合数据挖掘及网络药理学,探讨运脾法治疗儿童功能性便秘的用药规律及作用机制.[方法]收集562例功能性便秘患儿病案,采用SPSS Statistic 24.0软件进行聚类分析,SPSS Modeler 18.0软件进行关联规则分析,Liquorice软件进行复杂网络分析,得出核心方药.运用中药系统药理学数据库与分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)、中药分子机制 生物信息学分析工具(Bioinformatics Analysis Tool for Molecular Mechanism of Traditional Chinese Medicine,BATMAN-TCM)数据库筛选核心方活性成分及靶点,通过基因组注释数据平台(Genome Annotation Database Platform,GeneCards)数据库筛选功能性便秘相关靶点,取交集后获得预测靶标.基于蛋白质基因相互作用分析(Search Tool for the Retrieval of Interacting Genes/Proteins,STRING)数据库构建靶基因蛋白互作网络(protein-protein interaction,PPI),利用Cytoscape 3.8.0软件建立核心方成分-便秘-靶点网络图,借助Network Analyzer工具进行拓扑分析,确定核心靶点.基于STRING数据库,使用R语言4.2.2进行基因本体(gene ontology,GO)功能富集与京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析.[结果]所纳病案包含1 121诊次方药记录,各疗程的症状改善率在86%~97%,便秘三大主症的改善率均在90%左右.涉及中药119味,药性以寒、平为主,药味以苦、甘居多,归经多属胃、脾.通过药物关联、聚类和复杂网络分析得到9味药物构成的核心组方.核心组方调治便秘的主要活性成分为槲皮素、甲基庚烯酮、胆汁三烯、烟酸、木犀草素、山柰酚、汉黄芩素.关键靶点包括前列腺素内过氧化物合酶2(prostaglandin-endoperoxide synthase 2,PTGS2)、V-Jun肉瘤病毒17癌基因同源物(V-Jun sarcoma virus 17 oncogene homolog,JUN)、蛋白激酶B1(protein kinase B1,AKT1)、磷酸肌醇-3-激酶调节亚基 1(phosphoinositide-3-kinase regulatory subunit 1,PIK3R1)、磷脂酰肌醇-3-激酶 α 催化亚基(phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate-3-kinase catalytic subunit alpha isoform,PIK3CA).对炎症相关通路如磷脂酰肌醇-3-激酶/蛋白激酶 B(phosphatidylinositol-3-kinase/protein kinase B,PI3K/AKT)的调节可能是核心组方改善便秘的作用机制.[结论]运脾法治疗小儿便秘核心方包括麸炒枳实、厚朴、生白术、鸡内金、焦山楂、连翘、决明子、火麻仁、胡黄连,其主要成分可能通过影响炎症因子水平、修复肠道黏膜以恢复肠道平滑肌功能,改善便秘症状,对运脾法的临床应用及儿童功能性便秘的中医药治疗有一定借鉴意义.
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编辑人员丨1周前
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基于蒲公英-桑叶治疗急性髓系白血病潜在机制的网络药理学分析
编辑人员丨3周前
目的:应用网络药理学分析蒲公英-桑叶在急性髓系白血病(AML)发生发展过程的作用,阐明其治疗AML的活性成分和作用机制.方法:通过中药系统药理数据库和分析平台(TCMSP)筛选蒲公英-桑叶的活性成分,采用SwissTargetPrediction数据库预测其作用靶点,在症状映射(SymMap)数据库、人类基因数据库(GeneCards)、DisGeNET数据库和在线人类孟德尔遗传(OMIM)数据库中检索AML相关基因和蛋白靶点.对AML相关基因和蒲公英-桑叶靶基因进行比较,确定富集基因,并进行基因本体论(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析.采用Cytoscape 3.8.0软件根据靶点信息构建药物-有效成分-靶点网络和蛋白-蛋白互作(PPI)网络,采用CytoNCA插件筛选出核心基因,通过AutoDock软件进行分子对接验证.结果:对数据库检索结果进行筛选后得到39种有效成分,收集蒲公英-桑叶与AML的共同靶点148个.GO功能富集分析主要涉及细胞因子介导的信号传导途径、激酶活性正向调节和氧化应激反应等.KEGG信号通路富集分析主要涉及磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B(PI3K/AKT)信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路和Janus激酶/信号转导和转录激活因子(JAK/STAT)信号通路等.拓扑分析得到信号转导和转录激活因子3(STAT3)、表皮生长因子受体(EGFR)、蛋白激酶B1(AKT1)、重组人表皮生长因子(EGF)、血管内皮生长因子A(VEGFA)、原癌基因MYC、肿瘤蛋白P53(TP53)、丝裂原活化蛋白激酶3(MAPK3)、含半胱氨酸的天冬氨酸蛋白水解酶3(CASP3)、肉瘤基因SRC、热休克蛋白90α家族A类成员1(HSP90AA1)、连环蛋白B1(CTNNB1)、磷酸肌醇3-激酶催化亚基α(PIK3CA)、白细胞介素6(IL-6)、TNF、丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)和磷酸肌醇3-激酶调节亚基1(PIK3R1)等核心靶点.分子对接,结合亲和力最高的配对结果为蒲公英萜醇(taraxerol)与MYC(-8.74 kcal·mol-1),槲皮素(quercetin)、kaemfprol、木犀草素(luteolin)和 artemetin 与各个靶点均有很好的结合亲和力.结论:蒲公英-桑叶主要活性成分quercetin、taraxerol、kaemfprol、luteolin和 artemetin可能通过调控 AKT1、STAT3、HSP90AA1、IL-6 和 MAPK1 发挥抗 AML 的作用,对PI3K-AKT信号通路的调节是蒲公英-桑叶发挥抗AML作用的重要机制.
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编辑人员丨3周前
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高磷诱导下肢血管平滑肌细胞成骨分化关键差异表达基因筛选及验证
编辑人员丨2024/7/27
目的:采用mRNA高通量测序技术筛选高磷诱导下肢血管平滑肌细胞(VSMCs)钙化差异表达基因(DEGs),分析VSMCs钙化的关键基因及信号通路.方法:将人VSMCs分为对照组和模型组,模型组细胞中加入高磷培养基,对照组细胞采用含10%胎牛血清的DMEM培养基于相同条件下培养.调整 2组稳定转染VSMCs的状态,培养 12 d,倒置显微镜下观察细胞形态表现并拍照.采用Hisat2软件筛选DEGs,采用Stringtie软件从生物过程(BP)、分子功能(MF)和细胞成分(CC)3个方面进行基因本体论(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析.Von Kossa染色法观察各组细胞钙化情况,实时荧光定量PCR(RT-qPCR)法检测2组细胞中碱性磷酸酶(ALP)、骨形态发生蛋白2(BMP2)、α-平滑肌肌动蛋白(α-SMA)、肿瘤蛋白53(Tp53)、谷胱甘肽过氧化物酶 4(GPX4)、铁蛋白轻链 1(Ftl1)和糖基磷脂酰肌醇特异性磷脂酶D1(GPLD1)mRNA表达水平.结果:与对照组比较,模型组共2 524个DEGs,其中1 368个DEGs表达上调,1 156个DEGs表达下调;2组细胞DEGs聚类分离明显.GO功能和KEGG信号通路富集分析表达上调的DEGs主要参与微管细胞骨架组织的调节、细胞极性、蛋白质定位和细胞周期调控等BP,构建细胞膜部分、微管组织、染色体和着丝粒区等CC,发挥与磷脂酰肌醇磷酸盐、Rho鸟苷酸三磷酸酶(GTPase)蛋白结合、参与跨膜转运和调节蛋白激酶活性等MF;表达下调的DEGs主要参与细胞质翻译、蛋白质膜定位、mRNA代谢和蛋白质内质网定位等BP,构建核糖体亚单位、细胞膜和自噬体等CC,发挥与单链DNA、核糖核蛋白复合物、生长因子结合、调节蛋白激酶活性和催化作用等MF.差异表达上调的基因富集7条信号通路,其中最为显著的是糖基磷脂酰肌醇(GPI)锚定的生物合成;差异表达下调的基因富集 18条信号通路,其中最为显著的是铁死亡.RT-qPCR法,与对照组比较,模型组细胞中GPX4、Ftl1和Tp53 mRNA表达水平明显降低(P<0.01),GPLD1 mRNA表达水平明显升高(P<0.01);与对照组比较,模型组细胞中α-SMA mRNA表达水平明显降低(P<0.01),ALP和BMP2 mRNA表达水平明显升高(P<0.01).结论:钙化的VSMCs与正常细胞存在DEGs,铁死亡和GPI锚定的生物合成信号途径是高磷诱导下肢VSMCs钙化的关键信号通路,主要由GPX4、Ftl1、Tp53和GPLD1共同介导完成.
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编辑人员丨2024/7/27
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基于网络药理学与分子对接探讨桃红四物汤对血小板活化的作用机制
编辑人员丨2024/5/18
目的 采用网络药理学和分子对接技术探讨桃红四物汤对血小板活化的作用机制,为后续实验研究及临床应用提供参考.方法 首先通过TCMSP数据库获得桃红四物汤中的主要活性成分及其对应作用靶点信息;通过GeneCard、OMIM、TTD等数据库获得与血小板活化相关的靶点;其次利用Venny图将桃红四物汤中有效成分对应靶点基因与血小板活化靶点基因相映射,筛选两者之间的共有靶点,借助STRING平台及Cytoscape 3.7.1软件,绘制交集基因蛋白互作(PPI)网络图;然后利用基因注释、可视化和综合发现数据库(David)对核心靶点进行基因本体(GO)生物功能富集分析及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,通过微生信云平台对富集结果可视化;最后借助AutoDock Tools软件对核心成分及关键靶点基因进行分子对接,筛选出桃红四物汤中的重要成分及其作用于血小板活化过程中的重要靶点,为后续对核心成分抑制血小板活化作用进行实验验证提供重要依据.结果 按照一定条件共筛选出69个桃红四物汤有效成分及2 175个血小板活化的靶点,去除重复后获得44个桃红四物汤作用于血小板活化的有效成分和154个关键交集靶点,利用PPI网络分析及相关文献最终获得5个关键靶点,包括蛋白激酶B1(AKTI)、前列腺素内过氧化物合酶1(PTGS1/COX1)、Ⅰ型胶原蛋白α1(COL1A1)、Ⅲ型胶原蛋白α1(COL3A1)、磷脂酰肌醇4,5-二磷酸3-激酶催化亚基γ(PIK3CG/PI3K);通过GO功能和KEGG通路富集分析显示,桃红四物汤作用于血小板活化过程中的血小板活化、内皮细胞迁移的正调控、血小板聚集、血小板α颗粒释放、整合素结合等生物学过程,调控血小板活化、C型凝集素受体信号通路、PI3K-Akt等信号通路,进而发挥抑制血小板活化作用.分子对接结果显示,桃红四物汤的5个主要活性成分与关键靶点间存在分子结合位点且结合能较强,均小于-5 kcal/mol.结论 本研究初步揭示了桃红四物汤抑制血小板活化的过程中其作用机理可能是通过作用于多靶点和多通路来实现的.
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编辑人员丨2024/5/18
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丹参水提物对野百合碱诱导大鼠肝窦阻塞综合征的抑制作用
编辑人员丨2024/5/11
目的 探讨丹参水提物对肝窦阻塞综合征(hepatic sinusoidal obstruction syndrome,HSOS)的作用及机制.方法 以野百合碱诱导大鼠HSOS,给予丹参水提物后,通过血清生化指标检测、肝脏病理切片观察以及肝组织基质金属蛋白酶9(metalloproteinase-9,MMP-9)蛋白表达测定,评价丹参水提物对HSOS的抑制作用.通过TCMSP、HERB与GeneCards等数据库交联分析,获取丹参水提物抑制HSOS的关键靶点,并应用STRING与DAVID等数据库富集信号通路;进一步采用qRT-PCR与Western blotting对数据库结果予以验证.结果 与模型组比较,丹参水提物可显著抑制野百合碱诱导的大鼠血清中天冬氨酸氨基转移酶(aspartate aminotransferase,AST)和丙氨酸氨基转移酶(alanine aminotransferase,ALT)活力(P<0.05、0.01),降低肝脏MMP-9蛋白表达(P<0.05),并改善肝窦充血、中央静脉内皮脱落、Ⅲ区肝细胞坏死等病变.网络药理学分析筛选得到核因子E2相关因子2(nuclear factor erythroid 2-related factor 2,Nrf2)、血红素氧合酶-1(hemeoxygenase-1,HO-1)、核因子-κBp65(nuclear factor-κB p65,NF-KBp65)、肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor,TNF)、白细胞介素-6(interleukin-6,IL-6)、IL-1β以及一氧化氮合酶2(nitricoxide synthase 2,NOS2)等关键基因,京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)分析结果表明,以上靶基因主要富集于活性氧(reactive oxygen species,ROS)、TNF和NF-κB等信号通路.丹参水提物可降低野百合碱诱导的丙二醛(malondialdehyde,MDA)和ROS含量(P<0.05、0.01),减少F4/80、Ly6G阳性细胞浸润数目(P<0.05、0.01),诱导Nrf2核转位(P<0.01),促进谷氨酰半胱氨酸连接酶催化亚单位(catalytic subunit of glutamate-cysteine ligase,GCLC)、谷氨酸-半胱氨酸连接酶修饰亚基(glutamate-cysteine ligase modifier subunit,GCLM)、HO-1及醌氧化还原酶 1(quinone oxidoreductase 1,NQO1)等基因的表达(P<0.05、0.01、0.001),升高 GCLC、GCLM、HO-1 蛋白表达水平(P<0.05、0.001);并抑制 NF-κB 核转位(P<0.001),降低 TNF、IL-1β、IL-6、NOS2、环氧合酶-2(cyclooxygenase-2,COX-2)基因表达(P<0.05、0.001),升高 TNF-α、IL-1β、磷酸化NF-κB抑制蛋白(phosphorylated inhibitor of NF-κB,p-IκB)蛋白表达水平(P<0.05、0.001).结论 丹参水提物可通过激活Nrf2抗氧化信号通路,抑制NF-κB炎性信号通路,而抑制野百合碱诱导的HSOS.
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编辑人员丨2024/5/11
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胃癌组织中磷脂酰肌醇-3-激酶-蛋白激酶B相关基因CXC基序受体4的表达及功能分析
编辑人员丨2024/4/27
目的 分析胃癌组织中磷脂酰肌醇-3-激酶-蛋白激酶B(PI3K-AKT)相关基因的表达及功能,寻找胃癌相关的潜在生物标志物.方法 在癌症基因组图谱(TCGA)数据库下载胃癌数据,在分子特征数据库(MSigDB)下载PI3K-AKT相关基因集合,使用Wilcoxon检验和倍性变化筛选差异表达基因.通过R包"survival"进行生存分析.使用STRING数据库分析相关蛋白质交互作用(PPI)网络信息.基于Metascape对差异表达基因进行富集分析.应用CIBERSORT算法计算胃癌免疫细胞浸润水平.选取2023年3—5月在河北医科大学第四医院外三科行根治性手术的20例进展期胃癌患者标本,使用Western法检测肿瘤组织和癌旁组织中CXC基序受体4(CXCR4)的表达.结果 基于TCGA数据库,胃癌组织中上调基因10个,分别为溶质载体家族2成员1(SLC2A1)、周期蛋白依赖性激酶2(CDK2)、周期蛋白依赖性激酶1(CDK1)、E2F转录因子1(E2F1)、肿瘤坏死因子受体相关因子2(TRAF2)、tribbles假激酶3(TRIB3)、G蛋白亚基γ转导蛋白1(GNGT1)、成纤维细胞生长因子17(FGF17)、白细胞介素4(IL-4)和CXCR4.下调基因12个,分别为蛋白激酶Cβ型异构体(PRKCB)、双特异性蛋白磷酸酶3(DUSP3)、类钙结合蛋白39(CAB39L)、蛋白激酶AMP激活催化亚基α2(PRKAA2)、腺苷酸环化酶2(ADCY2)、丝裂原活化蛋白激酶10(MAPK10)、细胞周期蛋白依赖性激酶抑制因子1A(CDKN1A)、Toll通路中进化保守的信号传导中间体(ECSIT)、肽基脯氨酰顺/反异构酶-NIMA相互作用1(PIN1)、丙酮酸脱氢酶激酶1(PDK1)、MAPK相互作用的丝氨酸/苏氨酸激酶2(MKNK2)和T细胞淋巴瘤侵袭转移诱导蛋白1(TIAM1).CXCR4基因的表达与患者的预后相关,103例高表达CXCR4患者的3和5年总生存率分别为33.8%和18.8%,303例低表达CXCR4患者的3和5年总生存率分别为51.3%和42.5%,差异有统计学意义(x2=16.60,P<0.001).对CXCR4进行PPI网络显示,其与其他蛋白具有广泛的相互作用.通路富集分析结果显示,在基因本体论(GO)数据库收录的通路中,CXCR4主要与细胞因子介导的信号通路、调节白细胞胞间黏附、正向调节细胞因子产生、调节肽基酪氨酸磷酸化、调节造血功能和调节防御反应密切相关.在京都基因和基因组百科全书(KEGG)数据库收录的通路中,CXCR4主要与趋化因子信号通路、Th17细胞分化、破骨细胞分化、人巨细胞病毒感染、细胞因子-细胞因子受体相互作用密切相关.免疫细胞浸润结果显示,胃癌组织中,CXCR4的表达与初始B细胞浸润呈正相关(r=0.24,P<0.001),与CD8+T细胞浸润也呈正相关(r=0.25,P<0.001).Western blot法检测显示,CXCR4蛋白在胃癌组织中的相对表达水平为1.52±0.27,明显高于其在癌旁组织中的相对表达水平(0.42±0.12;t=17.05,P<0.001).结论 PI3K-AKT相关基因CXCR4在胃癌组织中高表达,且与胃癌患者预后、多种信号通路及初始B细胞和CD8+T细胞浸润相关,是胃癌潜在的生物标志物.
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编辑人员丨2024/4/27
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PIK3CA基因在结直肠癌中的意义
编辑人员丨2024/3/16
结直肠癌(colorectal cancer,CRC)是最常见的恶性肿瘤之一。据统计,在全世界范围内,其发病率居第三位,死亡率居第二位[1]。我国CRC发病率和死亡率呈逐年上升趋势,目前已经是第二常见的恶性肿瘤,仅2020年就导致约28.6万人死亡[2]。在CRC发生发展过程中,多种细胞信号转导通路参与其中,主要有磷脂酰肌醇-3-激酶(phosphatidylinositol 3-kinase,PI3K)/AKT信号通路、Wnt/β-连环蛋白(β-catenin)信号通路、转化生长因子β(transforming growth factor-beta,TGF-β)信号通路、Ras/RAF/MAPK信号通路等。其中,PI3K/AKT信号通路的异常激活起着非常重要的作用。而作为该通路中的关键基因,磷脂酰肌醇-4,5-二磷酸3-激酶催化亚基α(phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit alpha gene,PIK3CA)也逐渐被人们所认识并研究。
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编辑人员丨2024/3/16
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基于网络药理学和分子对接技术探讨药桑总黄酮治疗肝癌的作用机制
编辑人员丨2024/3/16
目的 基于网络药理学和分子对接技术探讨药桑总黄酮治疗肝癌的作用机制.方法 通过中国知网、万方数据知识服务平台、维普中文期刊服务平台、PubMed以及SwissADME等数据库预测并筛选药桑总黄酮活性成分及靶点信息.通过在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)和GeneCards数据库获取肝癌疾病靶点及药桑有效黄酮类成分与肝癌的交集基因,将交集基因导入STRING数据库后构建蛋白质相互作用(PPI)网络,通过Cytoscape 3.9.1软件预测核心蛋白并构建"药物-药效成分-靶点"网络图.通过Metascape数据库和微生信对作用靶点进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析.运用AutoDock-Tools软件将核心成分与关键靶点进行分子对接.结果 药桑有效黄酮类成分共21种,基于主要活性成分筛选获得293个靶点,肝癌疾病靶点8949个,取交集获得270个靶点,其中关键靶点为非受体酪氨酸激酶SRC、磷脂酰肌醇-3激酶调节亚基1(PIK3R1)、磷脂酰肌醇-4,5-二磷酸3-激酶催化亚基α(PIK3CA)、热休克蛋白90α家族A类成员1(HSP90AA1)、蛋白激酶B(AKT)、淋巴细胞特异性蛋白酪氨酸激酶(LCK)、表皮生长因子受体(EGFR)、Janus激酶2(JAK2)、细胞周期蛋白依赖性激酶1(CDK1)、蛋白酪氨酸激酶2(PTK2).飞燕草色素、木犀草素、山奈酚可能是药桑总黄酮治疗肝癌的关键成分.GO功能富集分析显示,交集基因主要参与蛋白质磷酸化、细胞对各物质的反应、酶活性、酶结合、蛋白质结合等.KEGG通路富集分析显示,磷脂酰肌醇-3-激酶(PI3K)/AKT、Ras、erb-b2受体酪氨酸激酶(ERBB)、细胞衰老等信号通路可能是药桑总黄酮治疗肝癌的重要信号通路.结论 药桑总黄酮治疗肝癌的核心靶点是SRC、PIK3R1、PIK3CA、HSP90AA1、AKT等,药桑总黄酮可能通过多靶点、多成分、多途径治疗肝癌.
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编辑人员丨2024/3/16
