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PEX7基因致病性新突变致肢根型点状软骨发育不良Ⅰ型胎儿一例
编辑人员丨1周前
本文报道了1例肢根型点状软骨发育不良Ⅰ型胎儿。孕23周超声检查提示胎儿双侧股骨多处骨折,干骺端粗大,双侧肱骨严重短小、增粗、弯曲,且有多处骨折声像,部分表现为骨折后骨痂形成。孕23周 +2终止妊娠,取引产胎儿皮肤组织样本及父母双方外周血样本行全外显子组高通量测序,结果发现,胎儿6号染色体 PEX7基因移码突变c.179delT(p.F61Lfs*13),且该染色体137105182-137245871区间内杂合缺失,大小约141 kb,该缺失片段内包括 PEX7基因。上述突变属于复合杂合突变,且均尚未报道,判定为致病性突变。此例胎儿临床表型严重可能是由于胎儿存在移码突变和大片段缺失突变共同作用造成 PEX7基因严重损伤所致。
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编辑人员丨1周前
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基于串联质谱标签技术筛选免疫介导性脱髓鞘疾病诊断与鉴别诊断的生物标志物
编辑人员丨1周前
目的:采用串联质谱标签(TMT)联合液相色谱串联质谱(LC-MS/MS)筛选免疫介导性脱髓鞘疾病诊断与鉴别诊断的潜在生物标志物。方法:选择首都医科大学附属北京天坛医院2020年1月至2021年1月收治的20例脱髓鞘疾病患者(脱髓鞘组),包括10例吉兰-巴雷综合征(GBS)患者(GBS亚组)与10例多发性硬化(MS)患者(MS亚组)。以及10例神经系统非炎性疾病(NND)患者(NND组),通过TMT蛋白质组学技术筛选出脱髓鞘组与NND组、GBS亚组与MS亚组间具有表达差异的蛋白质(差异倍数>2或<0.5且差异有统计学意义),借助String数据库对组间差异蛋白质所参与的通路进行基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)富集分析。另选择同期就诊的80例脱髓鞘疾病患者(脱髓鞘病验证组)以及40名健康体检者(健康对照组)用于血脂一般指标的回顾性分析,脱髓鞘病验证组包括40例GBS患者(GBS验证组)及40例MS患者(MS验证组)。绘制受试者工作特征(ROC)曲线评价血脂一般指标对脱髓鞘病诊断及GBS与MS间鉴别诊断的价值。结果:经TMT蛋白质组学技术检测出362种蛋白质,脱髓鞘组与NND组比较共有101个差异蛋白,GBS亚组与MS亚组比较共有45个差异蛋白。GO富集分析结果显示,脱髓鞘组与NND组相比,富集度前5条通路为巨噬细胞集落刺激因子及受体复合物、胆固醇输入负调控、极低密度脂蛋白颗粒清除负调控、含甘油三酯丰富的脂蛋白颗粒重构、胆固醇逆向转运。GBS亚组与MS组相比,富集度前5条通路为高密度脂蛋白颗粒受体结合、极低密度脂蛋白颗粒重塑负调控、胆固醇输入负调控、极低密度脂蛋白颗粒清除负调控、中等密度脂蛋白颗粒。KEGG富集分析显示,脱髓鞘组与NND组的差异蛋白富集到8条通路,为磷脂酰肌醇3激酶-蛋白激酶B信号通路、补体和凝固级联反应、细胞外基质及其受体交互、金黄色葡萄球菌感染、胆固醇代谢、Ras信号通路、吞噬体、丝裂原活化蛋白激酶信号通路。GBS亚组与MS亚组的差异蛋白富集到9条通路,为胆固醇代谢、补体和凝固级联反应、血小板激活、过氧化物酶体增殖物激活受体信号通路、维生素消化吸收、新型冠状病毒感染、脂肪消化吸收、轴突引导、中性粒细胞胞外陷阱形成通路。脱髓鞘病验证组与健康对照组比较,甘油三酯(TG)、总胆固醇(TC)、低密度脂蛋白胆固醇(LDL-C)及载脂蛋白(apo)B水平较高( P均<0.01),高密度脂蛋白胆固醇(HDL-C)及apoA1水平较低( P均<0.01)。GBS验证组与MS验证组比较,LDL-C及apoB水平较高,HDL-C及apoA1水平较低( P均<0.05)。TG、TC、HDL-C、LDL-C、apoA1与apoB单独及联合检测对免疫介导性脱髓鞘病诊断的ROC曲线下面积分别为0.746、0.643、0.798、0.703、0.806、0.708和0.868。HDL-C、apoA1、LDL-C及apoB单独及联合检测对与GBS与MS鉴别诊断的ROC曲线下面积分别为0.692、0.653、0.632、0.695和0.718。 结论:免疫介导性脱髓鞘疾病患者与NND、GBS与MS患者脑脊液蛋白质组学存在差异,且差异蛋白主要存在于血脂代谢相关通路,血脂相关指标或可作为今后免疫介导性脱髓鞘疾病诊断及鉴别诊断的生物标志物。
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编辑人员丨1周前
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使用GEO数据库筛选哮喘患者气道平滑肌细胞中差异表达的关键基因
编辑人员丨2023/8/5
目的:基于GEO数据库初步分析健康人和哮喘患者气道平滑肌细胞的差异表达基因,为治疗哮喘提供更多的可能.方法:检索GEO数据库中关于哮喘患者气道平滑肌细胞的相关基因芯片数据(Microarray),借助R语言分析差异基因,利用DAVID数据库对关键差异基因进行GO富集分析和KEGG通路分析,构建差异基因蛋白质-蛋白质相互作用关系(PPI)网络,拓扑筛选关键的差异表达基因.结果:检索GEO数据库确定序列号为隶属于GPL6224平台的GSE35643和GSE63383芯片和隶属于GPL6480的GSE34313芯片,利用R语言分析筛选出不同处理组的差异基因,通过DAVID在线功能富集分析关键差异基因,显示GO富集主要表现为巨噬细胞细胞因子生成的正向调控、细胞黏附、缺氧的反应、成纤维细胞生长因子受体信号通路的负向调控、炎症反应的正向调控、白细胞介素-6生成的正向调控、膀胱发育、肺发育、ERK1和ERK2级联、细胞骨架构建、肌动蛋白丝聚合的正向调控等;在KEGG通路富集层面主要集中在肾素分泌、ABC转运体、补体和凝血级联、轴突引导蛋白质的消化和吸收、PPAR信号通路、黏蛋白型O-聚糖生物合成、细胞因子与受体的相互作用、肥厚型心肌病、脂肪酸代谢、细胞周期、以及Hippo信号通路等;通过String数据库构建PPI,以MCC权重≥3为标准,在各处理组共拓扑筛选出52个关键差异基因;将不同数据集中获得的差异基因进行比对,最终得出4个在所有样本中均有表达差异的关键基因:前列腺素内过氧化物合成酶2(PTGS2)、骨形态发生蛋白4(BMP4)、透明质酸合酶2(HAS2)、肿瘤坏死因子配体超家族成员4(TNFSF4).结论:PTGS2、BMP4、HAS2和TNFSF4可能在哮喘的发病过程中发挥着重要作用.
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编辑人员丨2023/8/5
