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原发性急性闭角型青光眼患者房水蛋白质组学分析
编辑人员丨4天前
目的::探究不同眼压的原发性急性闭角型青光眼(PAACG)患者房水蛋白的差异性表达,寻找青光眼性视神经损伤的可能机制,为青光眼性视神经保护的可能作用靶点提供实验依据。方法::病例对照研究。通过简单随机抽样选取2019年3月至2020年9月期间于吉林大学第二医院眼科中心入院治疗的PAACG患者共88例(88眼)。根据PAACG患者的眼压将88个选定的样本分为2组:A组36个样本,眼压≥50 mmHg(1 mmHg=0.133 kPa);B组52个样本,眼压≤21 mmHg。以上样本被分为2个队列:发现队列(A组26个样本;B组37个样本)和验证队列(A组10个样本;B组15个样本)。分别通过数据独立采集(DIA)方法和平行反应监测(PRM)方法分析房水蛋白。采用独立样本 t检验分析蛋白表达差异。 结果::本研究从发现队列的A、B组中63个房水样本中共检测出636个蛋白,去除默认蛋白后得到506个蛋白用于后续分析,其中51个蛋白在发现队列A、B组间差异有统计学意义( P=0.020)。在这51个差异蛋白中,A组存在17个蛋白表达上调,B组存在34个蛋白表达上调。抽取上述51个差异蛋白中APOA2、TIMP1、LRP2和VASN进行PRM验证,结果显示这4个差异蛋白在发现队列及验证队列中保持一致。 结论::PAACG患者房水中差异蛋白的表达与炎症反应以及小梁网细胞外基质重塑、神经损伤相关,可能是导致青光眼患者眼压升高以及视神经损伤的重要原因。
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编辑人员丨4天前
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非酒精性脂肪性肝病组学生物标志物的研究进展
编辑人员丨4天前
非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)是世界上最常见的慢性肝病之一,包括单纯性脂肪肝、非酒精性脂肪性肝炎、相关肝硬化和肝细胞癌。肝脏炎症坏死及纤维化程度与NAFLD患者的长期预后密切相关,故早期监测疾病进展和早期干预具有重要意义。肝组织活检仍然是诊断NAFLD的金标准,作为一项有创检查,肝组织活检不易在临床上广泛开展。随着组学研究技术的不断发展,基因组学、转录组学、蛋白质组学、糖组学、代谢组学等组学生物标志物在NAFLD诊断中的潜在应用价值逐渐显现。现主要总结NAFLD组学生物标志物的研究进展。
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编辑人员丨4天前
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围术期认知功能紊乱小鼠海马蛋白质组学的变化及生物信息学分析
编辑人员丨4天前
目的:评价围术期认知功能紊乱(PND)小鼠海马蛋白质组学的变化及生物信息学分析。方法:清洁级健康雄性C57BL/6小鼠,15月龄,体重30~35 g,采用随机数字表法分为2组( n=9):对照组(C组)和PND组。采用异氟烷麻醉下行胫骨骨折切开复位内固定术构建PND模型。分别于术前1 d和术后1、3、7 d时行Morris水迷宫实验、旷场实验和条件恐惧实验。分别于术后1、3和7 d时,P组处死每次认知功能测试最差的3只小鼠、C组随机处死3只小鼠,取海马组织,采用高效液相色谱-质谱法筛选差异表达蛋白,并对差异表达蛋白进行Gene Ontology生物学过程富集分析(GO分析)和KEGG通路富集分析(KEGG分析)。 结果:与C组相比,P组术后各时点逃避潜伏期延长,靶象限停留时间百分比降低,场景恐惧记忆实验僵直时间百分降低( P<0.05)。采用高效液相色谱-质谱法筛选出21个差异表达的蛋白,其中有12个蛋白表达上调,有9个蛋白表达下调。GO分析结果表明,差异表达蛋白参与了代谢、信号传递、生物过程的调节等过程,构成了细胞器、突触等结构,并与结合、运输等分子功能有关。KEGG分析结果表明,MAPK信号通路、ErBb信号通路、AMPK信号通路、SNARE蛋白囊泡运输等存在差异。 结论:PND小鼠海马存在21个差异表达的蛋白,这些蛋白参与了神经炎症反应、突触结构异常、线粒体功能异常、自噬能力下降等可能与PND有关的病理过程。
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编辑人员丨4天前
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山东省临朐县参与国家上消化道癌早诊早治项目居民饮酒相关尿蛋白质组学特征
编辑人员丨4天前
采用液相色谱串联质谱,对山东省临朐县于2018年11月22日—12月7日期间参与国家上消化道癌早诊早治项目的223名40~69岁居民进行尿蛋白质组学检测,分析饮酒相关蛋白质组学图谱和个体尿蛋白。饮酒组与不饮酒组的尿蛋白质图谱有明显差异,饮酒组中有26个尿蛋白表达上调,20个尿蛋白表达下调( P值均<0.05)。差异蛋白具有酶抑制剂活性和磷脂结合功能,富集于近端小管碳酸氢盐再生、凝血与补体级联和胆固醇代谢等通路。补体因子I(CFI)、血管紧张素转换酶2(ACE2)和蛋白C抑制剂(SERPINA5)的蛋白表达量与每日饮酒量呈正相关。
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编辑人员丨4天前
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基于Olink蛋白质组学建立鼻咽癌患者重度急性放疗不良反应预测模型
编辑人员丨4天前
目的:探讨鼻咽癌患者放疗前血浆中炎性细胞因子水平与急性放疗不良反应的关系,初步建立放疗期间重度急性不良反应发生风险的预测模型。方法:横断面研究。回顾性选取2016年5月至2019年3月就诊于中国医学科学院肿瘤医院接受根治性放疗的85例鼻咽癌患者。按照美国肿瘤放疗协作组(RTOG)急性放射性损伤评价标准评估放疗期间放射性口腔黏膜炎、放射性皮炎和口干发生的最高等级不良反应,以其≥3级为重度。采用Olink蛋白质组学技术,检测患者首次放疗前血浆中92种炎性细胞因子水平(标准化的蛋白表达值)。采用单因素方差分析和独立样本 t检验分析炎性细胞因子与临床因素及与放疗期间3种急性不良反应的关系。基于炎性细胞因子和(或)临床因素,采用二元logistic回归构建重度急性放疗不良反应发生风险的预测模型。以美国RTOG急性放射性损伤评价标准评定的放疗期间最严重等级的不良反应是否重度为金标准,采用受试者工作特征(ROC)曲线分析依据构建的各模型判断重度急性放疗不良反应发生的效能。 结果:85例患者中,男性68例,女性17例;中位年龄[ M( Q1, Q3)]49岁(43岁,60岁);所有患者均接受根治性放疗,其中64例联合化疗或靶向治疗。19例(22.1%)出现重度急性放疗不良反应。1、2、3级急性放射性口腔黏膜炎患者放疗前血浆白细胞介素22受体A1(IL-22RA1)、白细胞介素18受体1(IL-18R1)、嗜酸性粒细胞趋化因子(CCL11)、肿瘤坏死因子超家族成员14(TNFSF14)、酪氨酸激酶受体3配体(Flt3L)和单核细胞趋化蛋白2(MCP-2)水平差异均有统计学意义(均 P<0.05);1、2、3级急性放射性皮炎患者放疗前血浆CD244、CC趋化因子配体20(CCL20)、白血病抑制因子受体(LIF-R)和白细胞介素(IL)-4水平差异均有统计学意义(均 P<0.05);1级和2级口干患者放疗前血浆IL-12B、CXC型趋化因子配体11(CXCL11)、LIF-R和IL-33水平差异均有统计学意义(均 P<0.05)。单因素方差分析中,各临床因素与严重急性放疗不良反应均不相关(均 P>0.05),根据文献选取年龄、T分期、N分期、临床分期、是否接受化疗、是否患有糖尿病6个临床因素建立二元logistic回归模型M1。根据细胞因子功能和既往文献,在差异细胞因子中选取IL-22RA1、IL-18R1、MCP-2、CCL11、CD244、CCL20和IL-33建立二元logistic回归模型M2。结合上述临床因素和细胞因子建立二元logistic回归模型M3。ROC曲线分析显示,预测模型M1、M2和M3判断重度急性放疗不良反应发生的曲线下面积分别为0.787、0.841、0.868。 结论:不同等级急性放疗不良反应鼻咽癌患者间放疗前血浆中多种炎性细胞因子表达水平有差异,基于患者首次放疗前血浆炎性细胞因子水平结合临床因素构建模型能较好地预测重度急性放疗不良反应发生风险。
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编辑人员丨4天前
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多组学技术阐明创伤后脓毒症发病机制的作用研究进展
编辑人员丨4天前
脓毒症是一种机体对感染反应失调的全身炎症反应综合征,具有持续感染、过度炎症和免疫抑制等特点,通常会导致器官功能障碍进而危及生命,是创伤后常见的并发症。由于创伤后脓毒症的病因、病程进展、预后等因素错综复杂,目前其发病机制尚不明确。多组学技术可将两个及以上的单一组学联合起来进行全面综合分析的技术,能够从多角度、多方面揭示疾病相关分子间相互作用网络,对创伤后脓毒症发病机制解析具有重大意义。为此,笔者从基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学、单细胞转录组学及多组学技术联合等方面就多组学技术对阐明创伤后脓毒症发病机制作用的研究进展进行综述,为创伤后脓毒症的研究方法提供参考。
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编辑人员丨4天前
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高度近视蛋白质组学研究及展望
编辑人员丨4天前
高度近视是全世界低视力和致盲眼病的主要原因之一,并且有着日渐严峻的形势,已造成严重的经济和社会负担,然而其发病机制复杂,目前尚未完全阐明。近年来,随着生物学技术的不断进步,利用蛋白质组学技术寻找高度近视动物模型和患者组织中差异表达的功能蛋白质,以期获得与高度近视相关的特异性生物学标志物,为探索高度近视发病机制、诊断方法和治疗措施提供新的思路。本文就高度近视的临床特点、蛋白质组学研究内容及策略、高度近视蛋白质组学在模型动物眼组织和患者血液、晶状体、房水中的研究进展进行综述,分析蛋白质组学技术在高度近视研究中的突出优势和已有成果,从功能蛋白视角探索高度近视的病理机制,为开发具有治疗价值的特异性分子药物提供理论依据。
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编辑人员丨4天前
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蛛网膜下腔出血细胞模型应用p38抑制剂后的蛋白组学分析
编辑人员丨4天前
目的:探讨在蛛网膜下腔出血(SAH)早期阶段运用p38抑制剂后神经细胞线粒体蛋白表达的差异。方法:采用氧合血红蛋白(OxyHb)刺激Neuro-2a细胞(小鼠来源神经瘤母细胞,购买自中国科学院上海细胞库),模拟SAH后血液中氧合血红蛋白对于神经细胞的刺激状态,建立体外SAH细胞模型,设立对照组(Con)、蛛网膜下腔出血组(SAH)及p38抑制剂组治疗组(p38+SAH组),提取线粒体蛋白进行质谱分析,Maxquant软件和Perseus软件进行查库和非标记定量分析,两组间蛋白差异比较应用 t检验。对差异蛋白(p38+SAH/SAH组)进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路的富集分析;应用Multiple Experiment Viewer软件进行分层聚类热图分析;STRING在线工具构建出蛋白与蛋白互作网络(PPI);通过蛋白质印迹法(Western blot)和实时定量反转录聚合酶链反应(RT-qPCR)验证差异蛋白。 结果:3组中共筛出239个差异蛋白,上调差异蛋白105个,下调差异蛋白134个(符合差异倍数(FC)>1.5或<0.667, P<0.05)。GO富集分析表明,差异蛋白富集在调节丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)的级联正调控、内吞作用、凋亡过程负调控等细胞生物学功能。在KEGG中:差异蛋白主要在p53信号通路、磷脂酰肌醇3激酶(PI3K)-蛋白激酶B(Akt)信号通路、轴突导向信号等通路富集。通过PPI分析:以Rab7a、Cox5a、Cacybp等蛋白为核心的9个蛋白互作网络SAH组Rab7a的表达低于CON组(蛋白:0.345±0.014比0.226±0.045, t=13.920, P<0.05;mRNA:1.00比0.76±0.04, t=9.813, P<0.05);P38+SAH组中Rab7a的表达高于SAH组(蛋白:0.226±0.045比0.282±0.023, t=-4.768, P<0.05;mRNA:0.76±0.04比0.95±0.02, t=-6.802, P<0.05),与蛋白组学结果一致。 结论:p38抑制剂并不是通过单一途径改善SAH后神经细胞线粒体功能障碍,而与多种蛋白及信号通路的调控有关。
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编辑人员丨4天前
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2023 AUA年会泌尿系结石研究热点精粹及解读
编辑人员丨4天前
2023年美国泌尿外科学会(AUA)年会中关于泌尿系结石的研究热点及最新进展主要包含了结石代谢和基础研究、药物治疗和饮食预防、微创碎石新技术应用、新型器械设备开发、人工智能与医工结合创新等几大方面。在基础研究方面,Randall斑的形成机制和结石微生物组学与蛋白质组学有新的突破。新型碎石手术器械和相关设备的更新迭代让微创技术更加安全高效。人工智能机器学习和影像组学的拓展应用在术前诊断和术后预测方面显示出强大的优势。针对基因相关遗传性结石病的药物治疗和饮食预防被重点关注。此外,公共社交平台和医疗自媒体开始为大众提供较活跃的科普和宣教。
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编辑人员丨4天前
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特发性矮小症多组学生物标志物的研究进展
编辑人员丨4天前
特发性矮小症(idiopathic short stature,ISS)是一类没有明确病因的矮小症的统称,其病因存在异质性和复杂性,多为遗传和环境因素共同作用所致。由于缺乏特异性的症状、体征以及生物标志物,目前ISS主要依靠排除性诊断。近年来,随着各种高通量检测技术的发展,与ISS相关的转录组学、蛋白质组学、代谢组学、微生物组学等研究逐渐成为热点,为阐明ISS的病因、进行早期诊断和指导治疗提供了新的思路。该文综述了与多组学相关的生物标志物在ISS的发病机制和早期诊断中的研究进展。
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编辑人员丨4天前
