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应用高通量测序技术诊断7q36缺失综合征一例
编辑人员丨5天前
男,9岁,因"智力低下"就诊。患儿系第5胎第2产,母亲孕12周时感染水痘。患儿孕39周顺产,出生后大运动发育落后,8个月翻身、11个月抬头、13个月独坐、18个月爬、48个月独立行走。现主要临床表现为轻度智力低下,生长发育迟缓,小头畸形,特殊面容,多动。查体:身高112 cm(<3 SD)、体重22 kg(<3 SD)、头围46 cm(<3 SD)。短颈,盾状胸,面部特征为鼻梁低平,眼距宽,下颌稍前突,耳大(图1),牙齿排列不规则。韦氏智力量表测试总分51分。眼部检查、脑电图及头部磁共振检查均未见异常。经患儿亲属签署同意书后,对患儿及其父母行相关遗传学检查,患儿染色体核型未见异常;全基因组测序分析(copy number variation sequencing,CNV-seq)结果提示患儿7q36.1q36.3区域存在约8.99 Mb缺失(150 082 924-159 068 966)×1(图2)。患儿父母染色体核型及CNV-seq检测均未见异常。本研究经吉林大学第一医院伦理委员会批准(临审2021-353号)。
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编辑人员丨5天前
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星状神经节阻滞对创伤后应激障碍模型小鼠条件性恐惧记忆的影响及其神经环路机制
编辑人员丨5天前
目的:探讨星状神经节阻滞(stellate ganglion block,SGB)对创伤后应激障碍(post-traumatic stress disorder,PTSD)模型小鼠条件性恐惧记忆的调控作用及其机制。方法:选取8~9周龄SPF级雄性C57BL/6J小鼠,根据随机数字表法分组,并完成以下实验:(1)32只小鼠分为PTSD组、PTSD+七氟烷组(Sev组)、PTSD+生理盐水组(NS组)、PTSD+SGB组(SGB组),每组8只。采用条件性恐惧实验建立PTSD模型,检测4组小鼠的恐惧记忆;(2)取3只小鼠,采用伪狂犬病病毒(pseudorabies virus,PRV)逆行示踪观察星状神经节(stellate ganglion,SG)到脑内的神经投射;(3)取24只小鼠,分为空白对照(negative control,NC组)、Sev组、NS组、SGB组,每组6只,采用免疫荧光染色观察蓝斑核(locus coeruleus,LC)去甲肾上腺素(norepinephrine,NE)能神经元(LC NE)中c-Fos的表达;(4)取3只小鼠,采用霍乱毒素B亚基(cholera toxin subunit B,CTB)逆行示踪LC到基底外侧杏仁核(basolateral amygdala,BLA)的神经投射;(5)使用化学遗传学和光遗传学方法,借助病毒载体增强神经元活性,观察LC NE-BLA神经环路的化学或光遗传学激活对小鼠恐惧记忆的影响。采用GraphPad Prism 8.0对数据进行单因素方差分析。 结果:(1)造模后,NS组小鼠在测试阶段僵立时间百分比[(59.83±6.31)%]与PTSD组[(62.21±7.90)%]和Sev组[(63.61±8.48)%]相比均差异无统计学意义(均 P>0.05),SGB组小鼠僵立时间百分比[(47.78±7.02)%]低于NS组( P<0.05)。(2)SG注射PRV病毒示踪结合免疫荧光结果显示,LC NE神经元投射至SG。(3)免疫荧光染色检测小鼠LC NE神经元活动性,结果显示与NC组[(5.52±2.70)%]相比,NS组[(16.75±3.44)%]和Sev组[(14.90±2.73)%]小鼠LC NE神经元中c-Fos表达均明显较高(均 P<0.01),SGB组小鼠c-Fos表达[(10.90±3.29)%]较NS组低( P<0.05)。(4)CTB逆行追踪结果显示,LC神经元投射到BLA。(5)SGB小鼠经化学遗传激活后,其僵立时间百分比高于激活前[(67.02±9.49)%,(45.97±7.15)%] ( P<0.01);SGB组小鼠经光遗传学激活后,小鼠的僵立时间百分比也明显高于激活前[(77.37±11.66)%,(47.76±9.63)%] ( P<0.001)。 结论:SGB可以有效降低PTSD模型小鼠的恐惧记忆,并降低了小鼠LC NE神经元活动性,这可能是通过抑制LC NE-BLA神经环路机制实现的。
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编辑人员丨5天前
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基于随机森林的电离辐射诱导DNA双链断裂分类模型的构建与应用
编辑人员丨5天前
目的:构建预测电离辐射诱导DNA双链断裂(DSB)水平的随机森林分类模型,初步研究DSB在基因组中的分布规律。方法:将GRCh38参考基因组分为50 kb的片段,根据MCF-7细胞的测序数据把片段分为电离辐射诱导的DSB低水平和高水平区域,以8种表观遗传学特征作为输入,随机将数据集的2/3列为训练集,1/3列为测试集,构建含100棵决策树的随机森林分类模型。分析分类模型中表观遗传学的特征重要性,展示这些标记在不同DSB水平区域的富集差异。结果:随机森林分类模型在测试集上预测的准确率为99.4%,精准率为98.9%,召回率为99.9%,受试者操作特征曲线下面积为0.994。8个特征中H3K36me3和DNase标记的重要性最高,富集分析表明DSB高水平区域的这两类标记明显高于DSB低水平区域。结论:以表观遗传学数据作为特征输入,随机森林分类模型可在50 kb基因组区域上准确预测电离辐射诱导的DSB水平,分析表明这些DSB可能主要分布在基因组中转录活跃的部位。
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编辑人员丨5天前
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SCN2A和 ABCB1与 CYP2C19*3单核苷酸多态性与抑郁症遗传易感性的关联分析
编辑人员丨5天前
目的:遗传因素可增加抑郁症的发病风险,本研究通过分析13个候选基因与抑郁症的关联,探讨中国汉族人群抑郁症的遗传风险因子。方法:采用病例对照研究。选择2020年2月至2021年9月在广州医科大学附属脑科医院情感障碍科、成人精神科和老年科住院的439例抑郁症患者作为病例组,男性158例、女性281例,年龄为(29.84±14.91)岁;464名体检健康者作为对照组,男性196名、女性268名,年龄为(30.65±12.63)岁。应用基质辅助激光解吸电离飞行时间(Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization Time of Flight,MALDI-TOF)质谱仪分析所有受检对象的13个候选基因20个位点。性别比较采用Pearson卡方检验,年龄和基因型分布的比较采用独立样本 t检验。采用PLINK软件中“哈迪-温伯格”和“等位基因频率”程序用于分析哈迪-温伯格平衡与基因频率,采用PLINK软件中“标准病例/对照关联测试”、“Max(T)置换”和“Bonferroni多次测试校正”程序用于分析基因与疾病的关联。 结果:PLINK分析显示,Bonferroni校正前 SCN2A rs17183814、 ABCB1 rs1045642与 CYP2C19*3 rs4986893、 NAT2*5A rs1799929与抑郁症有关联(χ 2=10.340, P=0.001;χ 2=11.010, P=0.001;χ 2=9.781, P=0.002;χ 2=4.481, P=0.034)。以上位点在对照组中的较小等位基因频率分别为12.07%、43.64%、2.59%和3.88%;病例组中较小等位基因频率分别为17.43%、35.99%、5.47%和6.04%;比值比(odds ratio, OR)分别为1.538、0.726、2.178和1.592。采用Max(T)置换程序经1 000 000次置换测试后上述4个位点的差异仍有统计学意义,经验 P值(EMP1)分别为0.002、0.001、0.003和0.042。Bonferroni校正后,只有 SCN2A rs17183814、 ABCB1 rs1045642与 CYP2C19*3 rs4986893位点的差异有统计学意义,校正后 P值分别为0.026、0.018和0.035。 结论:SCN2A rs17183814、 ABCB1 rs1045642与 CYP2C19*3 rs4986893位点与抑郁症易感性有关,其中 SCN2A rs17183814与 CYP2C19*3 rs4986893的A等位基因可能是中国汉族人群抑郁症的危险因素,而 ABCB1 rs1045642的T等位基因可能为中国汉族人群抑郁症的保护因素。
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编辑人员丨5天前
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CACNA1C rs58619945基因型对双相情感障碍Ⅰ型患者注意网络皮质厚度的影响
编辑人员丨5天前
目的:探讨 CACNA1C rs58619945基因型对双相情感障碍Ⅰ型(BD-Ⅰ)患者注意网络皮质厚度的影响。 方法:选取2013年8月至2019年8月在广州医科大学附属脑科医院门诊和住院部就诊的155例BD-Ⅰ患者与来自社区和大学招募的82名健康对照者(HC)为研究对象。对BD-Ⅰ患者和HC受试者进行 CACNA1C rs58619945基因分型,并采用3.0 T磁共振成像系统进行扫描,获取警觉、定向和执行控制这3个亚注意网络的皮层厚度。采用一般线性模型(GLM)评估 CACNA1C rs58619945基因型对注意网络皮质厚度的影响,同时采用重复性成套神经心理状态测验(RBANS)和剑桥神经心理自动化成套测试软件中快速视觉信息处理测试(CANTAB RVP)评估注意维度功能。本研究通过广州医科大学附属脑科医院医学伦理委员会的审查[伦理号:(2013)第(056)号]。 结果:与HC组相比,BD-Ⅰ组的双侧前额叶皮层、双侧后顶叶皮层和双侧颞上回皮层的厚度均减少( P<0.05)。 CACNA1C基因型与诊断(HC vs. BD)之间在右前额叶皮层、右后顶叶皮层和右颞上回叶皮层厚度上均存在显著交互作用( P<0.05)。偏相关分析结果显示,CANTAB RVP和RBANS注意力指数与右前额叶皮层、右后顶叶皮层和右颞上回皮层厚度均呈显著正相关( P<0.05),且主要在BD-Ⅰ G等位基因携带者中。 结论:CACNA1C rs58619945 G等位基因与BD-Ⅰ患者的警觉和定向网络中的右前额叶皮层、右后顶叶皮层和右颞上回皮层的形态学变化存在相关性。
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编辑人员丨5天前
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高深度全基因组测序应用于胎儿结构异常的测试开发和初步实施的专家共识
编辑人员丨5天前
包括染色体数目异常、基因组拷贝数变异、单核苷酸变异、小片段插入缺失在内的遗传变异是胎儿发育异常和出生缺陷的主要病因。基于二代测序的全基因组测序(WGS)是新兴的遗传病检测技术,可对上述类型的变异同时进行检测。近年来,高深度(>30×)的WGS也在临床上逐渐开展,并被证明是明确胎儿发育异常遗传学病因的重要手段。为进一步推动将WGS用于胎儿异常的产前诊断,本学组组织专家参考国内外相关指南、共识和研究成果,就WGS的分析流程、报告建议及咨询内容等形成了以下共识。
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编辑人员丨5天前
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异戊酰基肉碱代谢异常新生儿的遗传学分析
编辑人员丨5天前
目的:探讨新生儿异戊酰基肉碱(C5)代谢异常的遗传学原因。方法:回顾性研究。以2018年1月至2021年12月在浙江大学医学院附属儿童医院经串联质谱法筛查为C5增高的34例新生儿为研究对象,收集其筛查与临床随访资料。采集乙二胺四乙酸(EDTA)抗凝静脉血,提取基因组DNA,采用液相捕获技术靶向捕获 ACADSB、 IVD、 ACADM等79个遗传代谢病相关基因,通过高通量测序和生物信息学分析获取基因的变异信息,参考美国医学遗传学与基因组学学会分类标准进行分级。依据基因检测情况,将C5增高新生儿分为未检出变异组(11例)、 ACADSB变异组(16例)、 IVD变异组(7例),采用威尔科克森秩和检验分析组间差异。 结果:34例新生儿中16例检出 ACADSB变异,涉及6种变异型,其中c.461G>A(p.G154E)、c.746delC(p.P249Lfs*15)为新发现的变异型;7例检出 IVD变异,涉及11种变异型,其中c.118A>G(p.N40D)、c.296-10C>G、c.302A>G(p.Y101C)、c.537G>A(p.M179I)、c.667C>T(p.R223W)、c.983A>G(p.K328R)、c.1147+5G>A为新发现的变异型。3个组别新生儿的C5初筛浓度值比较差异无统计学意义( P>0.05)。 结论:该地区新生儿筛查出现C5增高的主要遗传学原因为 ACADSB与 IVD基因变异。对于新发现的基因变异型,建议联合多种生物信息学分析软件进行功能预测,且后续的临床随访与评估仍然重要。
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编辑人员丨5天前
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临床应谨慎诊断视野前期青光眼
编辑人员丨5天前
视野前期青光眼(PPG)是指视野缺损出现前的原发性开角型青光眼(POAG),其存在与否以及如何判断尚无普遍共识。本文从正确看待眼压测量的临床意义,努力以POAG病因分类为基础,重视随访对PPG诊断的价值,提高检测设备和方法的准确性,结合POAG的遗传学因素5个方面,强调并指导临床谨慎诊断PPG,以便在临床实践中真正了解并不断深入认识PPG,进一步达成共识性意见,提高青光眼的诊疗水平。
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编辑人员丨5天前
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胰腺癌类器官模型的构建与应用
编辑人员丨1个月前
目的 构建胰腺癌类器官(patient-derived tumor organoid,PD O)并进行药物治疗评价,评估PDO模型的有效性.方法 收集胰腺癌患者新鲜手术标本,用于PDO培养;分析PDO模型与原发瘤的病理学和遗传学特征;利用PDO模型开展临床化疗药物的疗效评价,测试模型的有效性.结果 成功建立一例胰腺癌PDO模型,组织形态学分析显示PDO模型基本保持了原发肿瘤病理学特征.全外显子测序结果显示,PDO在基因突变类型和特征方面与原始肿瘤保持一致.药物筛选试验显示,PDO模型对临床常用的化疗药物吉西他滨、伊立替康具有较好的敏感性.结论 成功构建了一例胰腺癌PDO模型,该模型能够反应原始肿瘤的组织学和遗传学特征,并可以进行体外药物敏感性实验,证明了 PDO模型的有效性,有望应用于胰腺癌的个体化治疗.
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编辑人员丨1个月前
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循环浆细胞与高危多发性骨髓瘤及免疫球蛋白基因重排的关系
编辑人员丨2024/2/3
目的 探讨循环浆细胞(CPC)的预后意义和免疫球蛋白(IG)基因重排的关系.方法 收集 2017 年 1 月至2019 年 12 月我院新诊断的MM患者 118 例.采用多参数流式细胞术(MFC)进行CPC和骨髓浆细胞(BMPC)定量,并采用IGH FR1 和IGK引物基于NGS进行针对IG重链(IGH)和轻链(IGK)基因的的克隆性测试,确定CPC水平与临床病理特征和IG重排的关系.结果 118 例患者CPC水平为 0.02%(0,0.14),根据CPC水平的中位值 0.02%分为低CPC组和高CPC组.CPC与改良ISS分期、R2-ISS分期、β-2微球蛋白、乳酸脱氢酶、血红蛋白和BMPC/总淋巴细胞比值有关(P<0.05).将CPC水平进行对数转化后,CPC 与 BM 有核细胞或总淋巴细胞中浆细胞比例呈正相关[rs= 0.239(P= 0.009)和 rs= 0.317(P<0.001)].中位随访时间为 39.5 个月.改良ISS不能区分Ⅱ期和Ⅲ期之间的OS差异(P=0.361).但对改良ISS Ⅱ期和Ⅲ期患者进一步分层,高CPC组和低CPC组患者中位OS分别为 33.50 个月和 58.30 个月,差异有统计学意义(P=0.037).在有(+)或没有(-)克隆性IGH重排患者中,CPC比例分别为 0.025%(0.00,0.17)和 0.01%(0.00,0.13),P=0.027.此外,在克隆性IGH重排(+)和/或IGK重排(+)的患者中,CPC比例为 0.03%(0.00,0.15),高于克隆性IGH重排(-)且IGK重排(-)的患者[0.01%(0.00,0.015),P=0.030].结论 高水平CPC可以预测高危MM,IGH重排在高CPC组患者中更常见,为改良ISS危险分层,尤其是Ⅱ~Ⅲ期MM患者提供额外的预后信息.
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编辑人员丨2024/2/3