目的:应用高通量测序和生物信息学分析技术，从一起经货轮输入的新冠肺炎(COVID-19)聚集性病例标本中直接测定新型冠状病毒(2019 novel coronavirus，2019-nCoV)全基因组序列，并从全基因组水平分析2019-nCoV的基因组变异特征，追溯病毒的潜在来源。方法:采用2019-nCoV全基因组靶向扩增结合Ion S5二代测序的技术，对来源于同一艘货轮的8例COVID-19确诊病例咽拭子标本进行病毒全基因组测序。应用在线分析平台，判断病毒型别，分析病毒突变位点。利用进化分析软件，构建系统发育树，结合病例流行病学资料，推测病毒的来源。结果:成功测序获得8条长度为29 822~29 865 bp的2019-nCoV全基因组序列，平均测序深度为11 928×~33 588×，基因组覆盖度为99.73%~99.87%；Pangolin分型结果显示8个2019-nCoV基因组均属于VOC/Delta(B.1.617.2)进化分支；全基因组突变分析显示，与武汉参考株(NC_045512.2)相比，8个2019-nCoV基因组序列核苷酸突变的中位数为35个(31个~38个)，氨基酸突变的中位数为26个(24个~28个)，突变位点分布于8个编码区(ORF1a、ORF1b、S、ORF3a、M、ORF7a、ORF8、N)；进一步分析发现8个2019-nCoV基因组中含有23个属于2019-nCoV Delta(B.1.617.2·AY.2)变异株的特征性突变位点；但因8个2019-nCoV基因组间的突变位点并非完全重合，且流调报告显示货轮中途经停多个口岸且有人员更替，故推测该起聚集性COVID-19疫情可能有不同传播来源；进化分析显示，8个2019-nCoV序列共同处于B.1.617.2进化分支的AY.2子分支上，同Pangolin分型及突变分析结果一致。结论:本研究从一起经货轮输入的COVID-19聚集性疫情病例标本中测序获得8个Delta变异株全基因组序列，本研究所构建的测序方法和分析结果可在COVID-19防控中为2019-nCoV的变异分析和病例溯源提供参考。

新型冠状病毒（severe acute respiratory syndrome coronavirus 2，SARS-CoV-2）易发生变异。刺突（spike，S）蛋白是SARS-CoV-2与宿主细胞结合的重要结构，S蛋白的基因突变可能会改变病毒传染性、致病性、抗体应答等临床特征。世界卫生组织根据病毒的传染性、致病性和免疫逃逸能力，提出存疑变异株（variant of interest，VOI）和关切变异株（variant of concern，VOC）的分类。本文将对D614G变异株及流行的Alpha（B.1.1.7）、Beta（B.1.351）、Gamma（P.1）、Delta（B.1.617.2）和Epsilon（B.1.427/ B.1.429）变异株的最新研究进展进行概述。

目的:分析甘肃省新型冠状病毒（新冠病毒）Delta变异株（B.1.617.2）引起疫情的流行病学特征，为疫情防控工作提供科学依据。方法:收集2021年10月17日至11月25日甘肃省新冠病毒肺炎（COVID-19）确诊病例资料，包括基本信息、流行病学史、发病日期、诊断日期、暴露场所、发现方式、感染来源等。采用Excel 2016、SPSS 22、ArcGIS 10.7软件进行数据整理分析。结果:截至2021年11月25日，甘肃省累计报告COVID-19病例146例，疫情波及5个市10个县（区），流行过程可分为输入病例期、输入-本地病例期和本地病例期3个阶段。年龄分布为1~87岁，其中18~59岁占59.59%（87/146）。男女性别比为1∶1.12（69/77）；职业以商业服务人员（17.12%，25/146）、离退人员（15.75%，23/146）、学生（13.70%，20/146）、家务及待业人员（12.33%，18/146）为主。3个阶段中，18~59岁年龄段病例比例分别为44.44%、54.41%、70.00%，呈上升趋势（趋势 χ2=23.24， P<0.001）。3个阶段中，潜伏期有所缩短；重型/危重型病例比例分别占33.33%（6/18）、19.12%（13/68）、3.33%（2/60），呈下降趋势；社区筛查（25.34%，37/146）和密切接触者（密接）排查是发现病例的主要方式，密接排查在3个阶段中所占的比例分别为50.00%（9/18）、66.18%（45/68）和86.67%（52/60）；疫情具有明显的密闭场所聚集性，暴露方式以共同生活（24.66%）、同工/学习（11.64%）、同乘交通工具（9.59%）和共同就餐（9.59%）为主。 结论:本次疫情是一起新冠病毒Delta变异株引起、由输入病例引发的本土流行疫情，主要通过旅游、同乘交通工具、聚餐、居家接触等进行传播。疫情流行呈现阶段性变化特征，病例表现临床症状不明显和潜伏期缩短的特点，感染以≥18岁人群为主。

目的:对河南省2021年7月31日本土新型冠状病毒肺炎疫情确诊病例的新型冠状病毒（SARS-CoV-2）全基因组进行溯源及特征分析。方法:采用全基因组测序技术对河南省2021年7月31日疫情相关的167例本土病例的SARS-CoV-2 核酸阳性样本进行全基因组测序和序列比对分析，分析病毒全基因组序列的一致性和变异进化情况。结果:通过高通量测序，共获得106例病例的SARS-CoV-2 全基因组序列。基因组分析结果显示，106例病例全基因组序列均属于VOC/Delta 变异株（B.1.617.2 进化分支）。其中，106例病例全基因组序列与郑州某医院收治的3例缅甸输入病例基因组在共享45个核苷酸位点的基础上增加1~5个核苷酸变异位点，基因组序列高度同源。结论:结合病毒基因组学、传播路径模拟实验及流行病学综合分析表明，判定河南省本次本土新冠疫情是由境外输入病例造成院内感染，并外溢造成社区局限感染，同时外溢到部分省辖市并发生局限性聚集性疫情。

目的:分析新型冠状病毒（新冠病毒）B.1.617.2（Delta）变异株引起的广州市荔湾区本土疫情流行特征，为Delta变异株疫情防控工作提供参考依据。方法:资料来源于中国疾病预防控制信息系统传染病报告信息管理系统和广州市荔湾区CDC，收集2021年5月21日至6月18日广州市荔湾区新冠病毒感染者（确诊病例和无症状感染者）相关信息。采用频数（构成比）、直方图、百分比堆积面积图等对本次Delta变异株疫情的流行病学特征进行描述，并应用潜伏期、动态再生系数（ R t）估计进行分析。 结果:截至6月18日广州市荔湾区累计报告新冠病毒感染者127例，年龄范围2~85岁，<18、18~59和≥60岁年龄组分别占18.9%（24/127）、43.3%（55/127）和37.8%（48/127）。男女性别比为1∶1.35（54∶73）；职业以离退休人员32.3%（41/127）、家务及待业18.1%（23/127）和学生16.5%（21/127）为主；主要集中在荔湾区的白鹤洞街道（70.1%，89/127）与中南街道（23.6%，30/127）；Delta变异株的中位潜伏期6（范围：1~15）d；临床分型以普通型（64.6%，82/127）为主；基本再生系数（ R0）=5.1， R t先上升后下降，最高达7.3；传播方式以密闭空间为主，具有明显的家庭聚集性，主要传播场所为家庭（26.8%，34/127）、餐馆（29.1%，37/127）、小区（3.9%，5/127）和市场（3.1%，4/127）。密切接触者筛查（66.1%）和社区排查（33.1%）是发现感染者的主要途径。 结论:本次疫情新冠病毒Delta变异株的传染性较强，广州市荔湾区本土疫情具有明显的家庭聚集性，新冠病毒感染者以18~59和≥60岁年龄组为主。

目的:对呼和浩特市6例确诊为SARS-CoV-2感染患者进行全基因组测序，了解病毒特征，追溯病毒来源。方法:采用Nanopore三代高通量测序技术对6份咽拭子样本进行病毒基因组测序，基于ARTIC病毒基因组组装流程，使用生物信息学软件将病毒序列与参考序列进行比对，分析进化情况。结果:获得4份样本的全基因组序列，均属于SARS-CoV-2变异株Delta （B.1.617.2-like），Pangolin分型为AY.122。测序时长1.5 h/样本，测序长度27 009~29 560 bp，覆盖度90.32%~98.85%。共鉴定出50个碱基位点突变、46处氨基酸变异，错义突变占比74%（37/50），错义突变中以ORF1ab基因占比最高45.95%（17/37）。结论:Nanopore单分子测序技术在病毒全基因组测序中具有读长长、测序时间短的特点。与武汉参考株比对发现，该病毒的核苷酸位点变异存在多态性，要密切关注病毒变异情况，切实做好防控措施。

目的:对2021年绍兴市上虞区由Delta变异株引起的新型冠状病毒肺炎（COVID-19）疫情的流行病学特征进行分析，为优化疫情防控措施提供科学依据。方法:收集2021年12月7-21日上虞区的COVID-19病例相关信息，分析本次疫情的三间分布，估算潜伏期以及实时再生数（ R t）。 结果:2021年12月7-21日上虞区累计发现COVID-19病例380例，均为确诊病例，年龄 M（ Q1，Q3）为52（38，61）岁；男女性别比为1∶1.25；职业以工人（36.58%）和农民（27.63%）为主；此次疫情共波及上虞区的9个乡镇/街道，主要集中在曹娥街道（57.10%）和百官街道（31.53%）。COVID-19病例的潜伏期 M（ Q1，Q3）为4.00（3.00，5.75）d。基本再生数（ R0）为4.06， R t早期最高为5.62，在疫情发现后呈下降趋势，10 d内降至1.00以下。疫情自发现后14 d（12月7-21日）单日发病人数首次下降为0，主要的发现方式为集中隔离发现（55.53%）和居家隔离发现（40.00%）；密切接触者（密接）和密接的密接（次密）新型冠状病毒感染率分别为2.06%和0.46%。 结论:2021年绍兴市上虞区COVID-19疫情病毒潜伏期较短，波及人员数量多，存在聚集性疫情，提示新型冠状病毒Delta变异株的传染性强，密接和次密人群的排查与管理、风险区管控或为控制疫情的关键。

目的:了解新冠病毒感染者病毒RNA脱落时间与病毒单核苷酸突变和感染者人口、基础疾病等因素的关系，为新冠病毒感染动力学的研究提供更多线索。方法:收集江苏省2021年7月至9月暴发的一起新冠肺炎聚集性疫情感染者流行病学、临床表现、基础疾病等资料，采集病例鼻咽拭子样本，采用二代测序技术对样本进行病毒全基因组测序。利用在线分析平台判断病毒型别、分析突变位点，利用Cox比例风险模型分析新冠病毒RNA脱落时间与各研究因素的关系。结果:本起新冠疫情最终获得病毒全基因组序列的人员350例，其中女性占60.3%，年龄中位数49岁[四分位数间距( IQR，37~65岁)]，中位病毒RNA脱落时间33天( IQR，26~44天)。全基因组测序分析显示，同武汉参考株序列相比，感染者序列存在34~41个核苷酸突变位点，属于VOC/Delta变异株(B.1.617.2进化分支)，C346T、C1060T、T2803C、T7513C、A29681C为本起疫情350例病例新冠病毒基因组序列主要单核苷酸变异位点(SNP)。单因素Cox回归分析显示，年龄、基础疾病、临床分型、疫苗接种情况、SNP T2803C和T7513C对新冠病毒RNA的脱落时间存在影响；调整后的多因素Cox回归结果显示，年龄[ HR＝0.73，95% CI(0.55，0.95)]及T7513C[ HR＝0.37，95% CI(0.18，0.77)]仍然是新冠病毒RNA脱落时间延长的危险因素。 结论:本研究从病例个体因素和病毒单核苷酸变异两个角度分析了对病毒RNA脱落时间的影响，发现年长、患有高血压、较重临床症状、未接种或未全程接种疫苗，感染病毒存在T7513C突变者，存在新冠病毒RNA脱落时间较长的风险，应给予重点关注和康复后随访。

最近出现的一些以B.1.1.7(Alpha)、B.1.351(Beta)、P1(Gamma)、B.1.617.2(Delta)和B.1.1.529(Omicron)为代表的严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)变异株具有更高的传播性和致病性,尤其是Omicron因其在传染性和疫苗逃逸上的高度突变造成了全球恐慌,它们的出现使疫情变得更加难以控制.而最新的研究报告显示这些新冠变异株可能首先在免疫抑制患者这一特殊人群中变异而来,并且长期的感染以及人为的免疫治疗可能促进了SARS-CoV-2的变异.不仅如此,全球有大量的先天性或后天性免疫抑制患者,免疫抑制患者感染SARS-CoV-2后还会对社会的公共卫生安全造成不同的影响.因此,应加强对免疫抑制人群的关注.本文以综述的形式对免疫抑制人群与SARS-CoV-2变异的相关性作一简要分析.

从新型冠状病毒肺炎(COVID-19)疫情初始至今,COVID-19的病原体新型冠状病毒(SARS-CoV-2)不断进化和变异,产生传播力和毒力变化的变异株,如Alpha(B.1.1.7)、Beta(B.1.351)、Gamma(P.1)、Delta(B.1.617.2)以及Omicron(B.1.1.529)变异株.深入研究不同变异株感染所致的COVID-19潜伏期有助于追溯传染源,确定密切接触者的留验、检疫和医学观察期限,为及时调整COVID-19疫情防控措施提供依据.本文主要综述了国内外感染SARS-CoV-2野生株和不同变异株的COVID-19潜伏期的相关研究,研究发现,感染SARS-CoV-2野生株的潜伏期在4～8 d,中位潜伏期约为5.5 d.感染Beta、Gamma变异株的潜伏期与野生株基本类似,约为5 d.感染Alpha、Delta和Omicron变异株的潜伏期则低于其他毒株,分别为4 d、4 d和3 d.