目的 通过基于基因表达综合(GEO)数据集的生物信息学方法筛选和分析甲型H1N1流感病毒性肺炎的潜在生物标志物.方法 从GEO数据库获取甲型H1N1流感病毒性肺炎的数据集,并筛选差异表达基因,使用STRING 12.0数据库和Cytoscape 3.9.1软件对这些差异表达基因进行分析并筛选出Hub基因,使用DAVID数据库对这些差异表达基因进行功能富集分析.结果 筛选出1 019个差异表达基因,其中上调基因522个,下调基因497个.富集结果显示,这些差异表达基因的功能主要富集于细胞质、蛋白质磷酸化、免疫应答、补体成分、激酶活性、T细胞受体信号通路及FoxO信号通路等.最终确定了 CDK1、CCNA2、CCNB2、CDC20、TOP2A、KIF20A、DLGAP5、BUB1、KIF11和TPX2为Hub基因.结论 本研究阐明了 10个Hub基因(CDK1、CCNA2、CCNB2、CDC20、TOP2A、KIF20A、DLGAP5、BUB1、KIF11 和 TPX2)有可能作为甲型H1N1流感病毒性肺炎诊断和治疗的潜在生物标志物,但仍需更多的实验来进一步探索这些Hub基因在甲型H1N1流感病毒性肺炎中的具体机制.

Bub1通过参与组装纺锤体组装检查点(SAC)以保证姐妹染色单体正确分离。Bub1异常表达可导致SAC功能缺陷，增加染色体不稳定性及非整倍体细胞的发生率。近年来研究发现Bub1在多种恶性肿瘤中呈异常表达，并通过影响肿瘤细胞增殖、侵袭、迁移及肿瘤干细胞活性等参与恶性肿瘤发生发展。进一步了解Bub1在恶性肿瘤中的作用机制有望为肿瘤靶向治疗提供新方法。

目的:通过生物信息学方法研究去势抵抗性前列腺癌发展成为神经内分泌性前列腺癌的关键基因。方法:从cBioPortal数据库下载前列腺癌的转录本测序数据，使用R语言和加权基因共表达网络分析(WGCNA)软件包进行数据分析，明确癌症类型相关性最高的基因集。对该基因集进行基因本体论(GO)分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析，明确该群基因和细胞周期及细胞分裂的相关性。再利用STRING数据库计算该基因集内基因的相关性，导入Cytoscape软件中构建基因网络，并计算出处于网络核心的前10个基因。然后在GSE105416数据集中验证这10个基因的表达。最后选择关键基因UBE2C和NUF2做GSEA分析。结果:鉴定了10个在前列腺癌神经内分泌转化中的关键基因，分别是BUB1、CDCA8、CENPF、HJURP、KIF23、KIF2C、NUF2、PTTG1、TPX2和UBE2C。结论:本研究对前列腺癌的神经内分泌转化提供了新视角，鉴定出关键基因可作用于影响前列腺癌细胞的细胞周期和AR信号通路来影响其神经内分泌转化。

目的:探讨Jagged1和苯并咪唑出芽抑制解除同源物蛋白-1 (BUB1)在非小细胞肺癌(NSCLC)组织中的表达及临床意义。方法:收集2018年8月至2022年5月广东医科大学附属医院临床病理及病历资料完整的108例NSCLC患者癌组织标本和对应癌旁组织标本，采用免疫组织化学法检测上述组织中Jagged1及BUB1的表达水平，采用 χ2检验分析Jagged1及BUB1的表达水平与NSCLC临床病理参数的关系。 结果:NSCLC患者癌组织中Jagged1阳性表达率为81.48%(88/108)、对应癌旁组织中Jagged1阳性表达率21.30%(23/108)，两者差异有统计学意义( χ2＝78.301、 P<0.01)；Jagged1表达水平与NSCLC组织学分化程度、淋巴结转移、TNM分期明显相关( χ2＝8.062、5.268、4.477， P<0.05)，Jagged1表达水平与NSCLC性别、年龄无明显相关( χ2＝0.238、0.008， P>0.05)。NSCLC患者癌组织中BUB1阳性表达率为75.00%(81/108)、对应癌旁组织中BUB1阳性表达率33.33%(36/108)，两者差异有统计学意义( χ2＝37.762、 P<0.01)。BUB1表达水平与NSCLC淋巴结转移、TNM分期明显相关( χ2＝4.945、6.008， P<0.05)，BUB1表达水平与NSCLC年龄、组织学分化程度、性别无明显相关( χ2＝0.013、0.012、0.234， P>0.05)。 结论:Jagged1和BUB1在NSCLC患者癌组织高表达，Jagged1和BUB1的表达水平异常升高与NSCLC恶性程度和不良预后有关，一定程度上参与NSCLC发生发展。

目的:探讨沉默信息调节因子2(SIRT2)和苯并咪唑出芽抑制解除同源物蛋白-1(BUB1)在结直肠癌组织中的表达水平及其临床价值。方法:以2020年1月至2022年12月长治医学院附属和平医院诊治的120例结直肠癌患者癌组织和相匹配的肿瘤边缘>5 cm的癌旁组织标本作为研究对象，采用免疫组织化学法检测SIRT2和BUB1在上述组织的表达，收集患者临床资料，应用 χ2检验分析两者的表达水平与结直肠癌患者病理特征和预后的关系。 结果:SIRT2在结直肠癌组织中阳性表达率为41.67%(50/120)，明显低于癌旁组织中阳性表达率为80.83%(97/120)，两者差异有统计学意义( χ2＝38.78， P<0.01)。SIRT2表达水平与结直肠癌患者组织学分化程度、淋巴结转移、TNM分期明显相关( χ2＝5.481、6.607、4.631， P<0.05)，SIRT2表达水平与结直肠癌患者性别、浸润深度、年龄、肿瘤部位无明显相关( χ2＝0.001、0.004、0.089、0.571， P>0.05)。BUB1在结直肠癌组织中阳性表达率为71.67%(86/120)，明显高于癌旁组织中阳性表达率为21.67%(26/120)，两者比较差异有统计学意义( χ2＝60.268， P<0.01)。BUB1表达水平与结直肠癌患者TNM分期、浸润深度、淋巴结转移明显相关( χ2＝5.363、7.164、6.225， P<0.05)，BUB1表达水平与结直肠癌患者年龄、组织学分化程度、肿瘤部位、性别无明显相关( χ2＝0.161、0.031、0.060、0.571， P>0.05)。 结论:结直肠癌组织中SIRT2低表达、BUB1高表达，SIRT2和BUB1有助于判断结直肠癌恶性程度和预后。

目的:高通量筛选三阴型乳腺癌（triple negative breast cancer，TNBC）预后相关的重要分子标志物，探讨纺锤体检测点蛋白BUB1B表达与TNBC临床病理特征及预后相关性。方法:收集2009—2017年四川大学华西医院诊断TNBC的临床病理资料和预后信息。选取符合纳入标准的新鲜样本47例，肿瘤原发灶石蜡样本139例。对新鲜肿瘤样本进行转录组测序（RNA-seq）与基因表达综合数据库（gene expression omnibus，GEO）数据集GSE38959和GSE65194差异分析并取交集，进行富集分析和蛋白相互作用（protein-protein interaction，PPI）分析。利用Kaplan-Meier Plotter数据库分析目的基因的表达水平与TNBC预后的关系。采用免疫组织化学染色验证其在TNBC中的表达情况及与临床病理特征和预后的相关性。结果:利用edgeR对47例TNBC肿瘤组织与其中12例正常组织进行差异分析得到1 559个上调基因和1 376个下调基因，与GEO2R对GSE38959和GSE65194差异分析后的差异基因取交集后得到131个基因。富集分析主要富集在细胞周期、JAK-STAT信号通路、p53信号通路。利用Cytoscape分析得到Degree最高的10个基因：TOP2A、BUB1B、MKI67、PLK1、RRM2、PCNA、KPNA2、SMC4、PBK、IGF1。Kaplan-Meier Plotter数据库中分析发现BUB1B表达与TNBC预后显著相关［总生存期，HR=0.52，95% CI（0.35~0.77）， P=0.001；无远处转移生存期，HR=0.72，95% CI（0.52~0.98）， P=0.038］。139例肿瘤原发灶石蜡样本免疫组织化学的结果显示BUB1B低表达与TNBC预后不良具有显著相关性［HR=0.41，95% CI（0.18~0.95）， P=0.024］。 结论:BUB1B蛋白低表达与TNBC预后不良相关，其预后相关分子机制和潜在治疗靶点有待进一步研究。

目的:探讨微小RNA(miR)-454-3p在结直肠癌细胞增殖和侵袭中的作用及其可能分子学机制。方法:选取2019年6月1日至2019年8月31日于郑州大学第一附属医院原发性结直肠癌的患者19例肿瘤组织及其对应的癌旁组织标本。应用应用荧光定量聚合酶链反应(RT-qPCR)技术检测样本中miR-454-3p的表达水平。通过细胞计数试剂盒(CCK-8)和Transwell实验评估结直肠癌细胞系CW-2、SW620细胞增殖和迁移侵袭能力。双荧光素酶报告基因验证miR-454-3p对下游靶基因BUB1蛋白的调控作用。组间采用配对样本 t检验。 结果:与邻近正常组织比较，肿瘤组织中miR-454-3p表达上调( P<0.01)，通过CCK-8测定miR-454-3p-inhibitor细胞的增殖，发现其显著低于miR-454-3p-NC组细胞( P<0.05)。transwell实验表明，与对照细胞比较，转染miR-454-3p-inhibitor的CW-2、SW620细胞迁移更慢，侵袭性更小。双荧光素酶报告分析。结果显示，miR-454-3p模拟和BUB1-wt共转染组的荧光素酶活性相对低于BUB1-wt和NC共转染组，而BUB1-mut组没有观察到显著变化( P<0.01)。此外，RIP分析表明，与RIPIgG比较，转染miR-454-3p模拟物导致RIP-BUB1中BUB1的显著上调( P<0.01)。qRT-PCR实验表明结直肠组织中BUB1和miR-454-3p表达呈正相关( P<0.01)。 结论:miR-454-3p可通过靶向抑制BUB1基因的表达促进结直肠癌细胞的增殖和侵袭。

目的:通过生物信息学寻找经肝动脉化疗栓塞(TACE)治疗肝细胞癌患者疗效的差异基因(DEGs)并深入分析其功能。方法:从基因表达数据库(GEO)中下载微阵列数据集GSE104580；利用在线工具GEO2R筛选DEGs；运用R语言"ClusterProfiler"数据包对筛选得到的TACE疗效的DEGs进行GO功能和KEGG通路富集分析；使用STRING数据库构建关键差异基因的蛋白质互作网络，应用Cytoscape软件筛选出TACE疗效差异的关键DEGs。利用UALCAN和GEPIA数据库分别对TACE疗效差异关键DEGs的表达和生存进行分析，使用Log-rank检验方法。结果:439个基因在TACE治疗肝细胞癌中表达有明显差异，其中上调基因228个，下调基因217个；差异基因的富集及其通路主要包括白细胞介素17 (IL-17)信号通路、肿瘤转录失调和视黄醇代谢等生物过程；Cytoscape共筛选出10个TACE疗效差异的关键DEGs。最后通过多数据库综合分析发现，筛选出的10个TACE疗效差异的关键DEGs均与肝细胞癌患者预后密切相关。高表达组CDK1、TOP2A、CDC20、BUB1、KIF2C、DLGAP5、CENPF、TPX2、BIRC5和TTK肝癌患者总体生存率均显著低于低表达组患者，其结果具有统计学意义( P<0.05)。 结论:筛选出的10个基因对TACE治疗肝细胞癌患者的耐药分子机制以及进行个体化精准治疗提供依据。

目的:探讨着丝粒蛋白A(CENP-A)基因在胰腺癌中的表达、临床意义及其在胰腺癌发生发展中的作用。方法:分别从高通量基因表达(GEO)数据库的1个包含45例胰腺癌患者微阵列数据集(GSE28735)和癌症基因组图谱(TCGA)数据库的1个包含177例胰腺癌患者数据集获得CENP-A mRNA表达谱和临床病理资料。采用生物信息学方法分析CENP-A在胰腺癌组织表达与临床病理指标的相关性以及对患者预后的影响。采用基因集富集分析(GESA)预测CENP-A在胰腺癌发生发展中调控的可能通路，同时结合STRING数据库中CENP-A蛋白质-蛋白质相关作用网络(PPI)筛选出与CENP-A相关的蛋白，并分析两者表达的相关性。结果:胰腺癌组织CENP-A mRNA的表达量显著高于癌旁组织，差异有统计学意义(4.492±0.361比3.431±0.405， P＝0.001)。胰腺癌组织CENP-A表达水平与肿瘤TNM分期和分级显著相关( P<0.05)。CENP-A高表达患者总体生存期显著低于CENP-A低表达患者( P<0.05)。CENP-A高表达的胰腺癌组织存在细胞周期和DNA复制两条通路基因集的富集( P<0.01，错误发现率<0.05)。通过PPI网络分析发现胰腺癌组织CENP-A与周期蛋白依赖性激酶1(CDK1)、纺锤体检测蛋白1(BUB1)呈显著相关( r值分别为0.861、0.825， P值均<0.001)。 结论:胰腺癌组织CENP-A基因高表达与其恶性生物学行为有关，其机制可能是通过与CDK1、BUB1的协同作用实现。

目的:分析染色体结构维持蛋白4( SMC4)基因在脑胶质瘤中的表达情况及其临床意义。 方法:(1)下载中国脑胶质瘤基因组图谱计划(CGGA)数据库中749例胶质瘤组织的 SMC4 mRNA表达数据及其患者的临床资料。采用单因素和多因素Cox回归分析明确胶质瘤患者预后不良的独立影响因素。绘制并比较 SMC4 mRNA高表达组、 SMC4 mRNA低表达组患者的生存曲线。采用受试者工作特征(ROC)曲线分析 SMC4 mRNA对患者1、3、5年生存率的预测效能。(2)使用基因表达谱数据动态分析(GEPIA)评价癌症基因组图谱(TCGA)数据库中胶质瘤组织的 SMC4 mRNA表达水平与其患者总生存率的关系。通过人类蛋白质图谱(HPA)在线数据库测定高级别胶质瘤(胶质母细胞瘤)、低级别胶质瘤中SMC4蛋白的表达。(3)基因组富集分析比较 SMC4 mRNA高表达组、 SMC4 mRNA低表达组胶质瘤间基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路的差异。采用基因共表达分析与 SMC4 mRNA存在相关关系的基因。 结果:(1)多因素Cox回归分析显示 SMC4 mRNA( HR=1.314， 95%CI：1.209~1.428， P=0.000)、原发-复发-继发(PRS)类型、WHO分级、年龄、化疗、异柠檬酸脱氢酶( IDH)突变和染色体1p/19q缺失是胶质瘤患者预后不良的独立影响因素。生存分析显示 SMC4 mRNA低表达组患者的总生存率高于 SMC4 mRNA高表达组，差异有统计学意义( P<0.05)。ROC曲线分析显示， SMC4 mRNA预测患者1年、3年和5年生存率的曲线下面积(AUC)分别为0.712、0.784、0.791。(2)低级别、高级别胶质瘤中 SMC4 mRNA表达水平均高于正常对照脑组织，差异均有统计学意义( P<0.05)。低级别胶质瘤中 SMC4 mRNA低表达组患者的总生存率高于 SMC4 mRNA高表达组，差异有统计学意义( P<0.05)。高级别胶质瘤中 SMC4 mRNA低表达组与 SMC4 mRNA高表达组患者的总生存率差异无统计学意义( P>0.05)。低级别胶质瘤组织中SMC4蛋白表达显著低于高级别胶质瘤。(3)基因组富集分析显示 SMC4 mRNA高表达组胶质瘤中富集的GO是凝聚核染色体、驱动蛋白复合体、减数分裂细胞周期、减数分裂细胞周期过程；富集的KEGG通路包括细胞周期、DNA复制、错配修复、P53信号通路、胰腺癌等相关通路。基因共表达分析显示与SMC4 mRNA表达呈正相关关系的前5个基因为苯并咪唑出芽抑制解除同源物蛋白1(BUB1)、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(WEE1)、着丝粒蛋白L(CENPL)、驱动蛋白超家族23(KIF23)、Shugoshin样蛋白2(SGOL2)，与 SMC4 mRNA表达呈负相关关系的前5个基因为F框/WD40域蛋白4(FBXW4)、副肿瘤样抗原-L2(PNMAL2)、成熟酶蛋白K(MATK)、PASL10A、长链编码基因CTD-2210P24.4。 结论:SMC4 mRNA表达水平较高的胶质瘤患者预后较差， SMC4 mRNA为高危因素，可作为胶质瘤患者的独立预后指标，其生物学功能与胶质瘤的DNA复制相关。