目的:探讨与多发性骨髓瘤（MM）患者长生存相关的骨髓免疫微环境特征。方法:在中山大学附属第一医院明确诊断为新诊断MM并接受新药诱导续贯自体造血干细胞移植以及免疫调节剂维持治疗的随访队列中，在2019年8月至2020年5月横断面研究期间，通过高通量NanoString技术比较16例无进展生存≥5年患者［长生存组，其中微小残留病（MRD）持续阴性亚组9例、MRD持续阳性亚组7例］与5例疾病进展患者（疾病进展组）骨髓中免疫细胞亚群及770个与免疫相关标志物的RNA表达。通过细胞特征性基因表达水平综合计算各免疫细胞功能分值，从而间接得出各免疫细胞亚群比例。统计学分析主要采用Mann-Whitney U检验、Kruskal Wallis秩和检验。 结果:（1）长生存组患者骨髓中中性粒细胞比例较疾病进展组显著增加［功能分值：13.61（13.33，14.25）比12.93（12.58，13.38）； Z=2.31， P=0.021］；与MRD持续阴性长生存亚组相比，MRD持续阳性长生存亚组患者骨髓肥大细胞显著增多［功能分值：7.09（6.49，8.57）比6.03（5.18，6.69）； H=2.18， P=0.029］。（2）相比疾病进展组，长生存组显著上调基因4个（CTSG、IFIT2、S100B、CHIT1），显著下调基因6个（C4B、TNFRSF17、CD70、IRF4、C2、GAGE1）；相比MRD持续阴性长生存亚组，MRD持续阳性长生存亚组显著上调基因CMA1，下调基因10个（ISG15、OAS3、MX1、IFIT2、DDX58、SIGLEC1、CXCL10、IL1RN、SERPING及TNFSF10），其中前5个基因均为干扰素反应通路相关基因。 结论:骨髓中性粒细胞增多、肥大细胞增多可能与移植后MM患者长生存相关。干扰素反应通路激活可能是MRD持续阴性长生存MM患者骨髓免疫微环境的特征之一。

目的:基于生物学信息多组学技术对儿童系统性红斑狼疮和皮肌炎共病患者相关基因的特征进行分析。方法:从GEO数据库下载儿童系统性红斑狼疮(childhood-onset systemic lupus erythematos，cSLE)与皮肌炎(juvenile dermatomyositis, JDM)相关基因芯片表达谱，将两者的差异基因取交集后进行GO功能富集及KEGG信号通路分析，通过Cytoscape软件构建蛋白质互作网络，筛选hub基因；使用CIBERSORT反卷积法分析关键基因和免疫细胞浸润的相关性，将经验证的关键基因导入Coremine Medical数据库筛选出治疗cSLE和JDM共病药物。结果:差异表达基因功能主要富集于I型干扰素通路以及抗病毒反应等；网络拓扑学分析、经外部数据集验证后共筛选出5个关键基因 STAT1、 ISG15、 MX1、 OASL、 DDX58，( P均<0.05)免疫浸润细胞相关性分析显示JDM和cSLE患者的M1巨噬细胞显著上调时与关键基因呈正相关，(P均<0.05)干扰素免疫调节、抗病毒制剂与 JDM和 cSLE共病患者的治疗存在密切关联，( P均<0.001) 结论:JDM与cSLE共同发病基因在多种生物活性、信号通路上发挥重要调控作用，筛选出的5个关键基因及药物预测可能成为共病发生的诊断与治疗开发的理论支持。

目的:通过对抗黑色素瘤分化相关基因5（MDA5）抗体阳性和抗Jo-1抗体阳性的肌炎患者外周血单个核细胞（PBMCs）进行基因表达谱的分析，以阐明特发性炎性肌病亚型的病理生理学机制。方法:①用Illumina HT-12 v4表达谱芯片对12例抗MDA5抗体阳性和16例抗Jo-1抗体阳性的肌炎患者及43名健康对照者的PBMCs进行基因表达谱筛查和分析。应用非配对 t检验，经Benjamini-Hochberg校正，选取基因表达信号倍数变化的绝对值≥2且校正 P<0.05为差异表达基因。将差异基因集进行基因本体论数据库（GO）功能富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析，以 P<0.05作为显著性富集的阈值。②用实时荧光聚合酶链反应（real time-PCR）对差异表达基因进行验证，采用Kolmogorov-Smirnov检验对连续型变量进行正态性检验，符合正态分布且方差齐性，采用单因素方差分析，不符合正态分布则用Kruskal-Wallis检验， P<0.05为差异有统计学意义。 结果:①分析抗MDA5抗体和抗Jo-1抗体阳性患者PBMCs的基因表达谱，发现2种肌炎亚型患者PBMCs的基因表达存在明显差异。抗MDA5抗体阳性患者特异性表达上调的差异基因为407个，GO功能富集分析主要富集于固有免疫应答（ P<0.001）、病毒应答（ P<0.001）和干扰素应答（ P<0.001）等生物过程，KEGG通路富集分析主要富集于病毒感染相关通路（ P<0.001）、视黄酸诱导基因Ⅰ（RIG-Ⅰ）样受体通路（ P<0.001）和Toll样受体通路（ P=0.002）等。抗MDA5抗体阳性组中特异性下调的259个差异基因，GO功能富集分析主要富集于免疫应答（ P=0.006）、TGF-β受体信号通路（ P=0.010）和自然杀伤细胞介导的免疫（ P=0.015）等生物过程。抗Jo-1抗体阳性患者特异性表达上调的差异基因有162个，GO功能富集分析主要富集于核小体组装（ P<0.001）、细胞增长的负调控（ P=0.001）、凋亡负调控（ P=0.004）和黏膜固有免疫（ P=0.012）等生物过程，KEGG通路富集分析主要富集于代谢相关信号通路（ P<0.001）和免疫相关通路（ P<0.001）等。②Real time-PCR证实与健康对照组相比RIG-Ⅰ样受体通路中的干扰素诱导的解旋酶C结构域1（IFIH1）（ P=0.037）、干扰素刺激基因15（ P<0.001）和DEAD（Asp-Glu-Ala-Asp）盒多肽58（DDX58）（ P=0.032）以及人单核细胞趋化蛋白1（MCP-1）（ P<0.001）、人单核细胞趋化蛋白2（MCP-2）（ P<0.001）和转录因子人碱性亮氨酸拉链转录因子激活蛋白1家族样转录因子2（BATF2）（ P<0.001）、炎症信号通路相关的髓样分化因子88（MYD88）（ P<0.001）在抗MDA5抗体阳性肌炎患者的PBMCs呈高表达。 结论:抗MDA5抗体阳性患者PBMCs基因表达谱特征提示其发病机制与固有免疫应答、病毒应答和干扰素应答等生物过程密切相关。

目的 探究维甲酸诱导基因Ⅰ(DDX58)中的单核苷酸多态性位点(SNPs)是否与乙型肝炎病毒(HBV)感染慢性化有关.方法 2009年9月-2010年3月间,选取张家港市20个村的48 417人进行健康检查并定期随访,于2020年11月共纳入842例基线乙肝表面抗原(HBsAg)阳性患者为研究对象,其中无症状感染者674例,慢性乙型肝炎(CHB)患者168例.对2个单核苷酸多态性位点(DDX58 rs9695310、rs10738889)进行基因分型,采用t检验、x2检验、多因素logistic回归等多种统计学方法,探讨其与HBV感染慢性化的关系.结果 rs9695310基因多态性与HBV感染慢性化相关(P=0.004).与无症状感染者相比,rs9695310的突变C等位基因与患者慢性化显著相关(显性模型:OR=1.74,95％CI:1.18～2.54).同时,rs9695310、性别、年龄、血小板、白球比例及总胆固醇是HBV感染慢性化的独立预测因子(P均＜0.05).ROC曲线显示,以上6个独立因素都能够较好地将HBV感染慢性化感染者同无症状感染者进行区分(AUC=0.738).结论 位于DDX58上的rs9695310的突变C等位基因与中国汉族人群HBV感染慢性化具有相关性,可作为HBV感染转归的预测指标.

目的:通过生物信息学方法筛选银屑病合并重度抑郁障碍的关键基因与信号通路,分析两者可能的共病机制,探究具有诊断价值的关键基因,并预测具有潜在疗效的中药.方法:从公共基因芯片数据库(GEO)中分别下载包含银屑病和重度抑郁障碍患者的基因数据集,分别应用Limma筛选出差异表达基因(DEGs),合并两种疾病的DEGs得到共同差异基因(co-DEGs),将交集基因导入metascape数据库进行GO和KEGG富集分析;基于STRING数据库和Cytoscape 3.9.0软件构建的蛋白相互作用网络筛选出关键基因,并使用OmicStudio在线工具对核心基因的诊断价值进行验证,最后通过Coremine Medical平台预测具有潜在疗效的中药.结果:共纳入1个银屑病数据集(GSE30999)、2个重度抑郁数据集(GSE19738和GSE76826)和2个验证数据集(GSE13355和GSE38206),得到1 554个银屑病DEGs和475个重度抑郁障碍DEGs,取交集后获得87个co-DEGs.GO和KEGG分析提示,co-DEGs主要富集在226个生物过程、18个细胞结构、34个分子功能及19条信号通路上.基于蛋白相互作用网络锁定了 9个可能的关键基因,经验证其中7个具有一定的诊断价值,并预测出46味具有潜在疗效的中药.结论:银屑病合并重度抑郁障碍的机制可能与NOD样受体信号通路及RIG-Ⅰ样受体信号通路相关,STAT1、DDX58、MX1、GBP1、IRF7、IFIT3、IFI44、RSAD2、ISG15可能是诊断和治疗的关键基因,生地黄、大青叶、黄芩、莪术、郁金、当归、人参等中药可能成为治疗的潜在药物.

目的 研究地塞米松(DEX)对内毒素诱导性葡萄膜炎(EIU)的治疗效果及转录组测序探讨其潜在的机制.方法 将125ng脂多糖(LPS)注射入雌性BALB/c小鼠玻璃体内建立EIU模型,每隔4h用0.1％ DEX滴眼,共6次.注射LPS后24h用裂隙灯观察小鼠眼前房炎症情况并进行临床评分.苏木精-伊红染色法观察小鼠眼部形态学变化.RNA-seq对EIU模型组和DEX治疗组小鼠的视网膜进行转录组测序并进行GO和KEGG功能分析.Real-time PCR检测小鼠视网膜炎症细胞因子表达及验证选出的差异基因.结果 连续滴眼6次后,DEX可减轻EIU前房的炎症,并下调炎症因子白介素-6(IL-6)、肿瘤坏死因子-α(TNF-α)、单核细胞趋化蛋白-I(MCP-1)和细胞间黏附分子-1(ICAM-1)mRNA的表达.RNA-seq共检测出52个差异基因,与DEX+LPS组相比,LPS组中上调的基因有37个,下调的基因有15个.差异基因的功能分析未发现显著富集的GO条目.KEGG富集分析显示有6个显著上调的KEGG通路和2个显著下调的KEGG通路.KEGG结果提示DEX治疗后可下调RIG-I类受体信号通路(Ddx58、Ifihl和Isgl5)及一些免疫炎症相关基因(Ifitl、H2-T24、Mx2和Eif2ak2).结论DEX对LPS引起的小鼠内毒素诱导性小鼠葡萄膜炎有保护作用,此保护作用可能与下调RIG-I类受体信号通路及一些免疫炎症相关基因有关.

目的 通过生物信息学方法,寻找在银屑病中差异表达的基因,明确其功能,探讨银屑病的发病机制.方法 从Gene Expression Omnibus(GEO)数据库中下载GSE6710数据集,以P＜0.05及表达变化大于1.5倍筛选差异基因.结果 共筛选出275个差异基因,其中160个上调基因,115个下调基因.对差异基因进行GO和KEGG富集分析,GO分析显示上调基因主要富集的生物过程为免疫应答、趋化作用、有丝分裂和炎症反应;下调基因主要富集的生物过程为糖代谢过程、药物反应、分泌调节和急性炎症反应.KEGG分析显示差异基因主要富集的信号通路包括:趋化因子信号通路、细胞因子-细胞因子受体信号通路、RIG-I样受体信号通路、PPAR信号通路.PPI网络分析得到的10个枢纽基因为:IL--8、CCNB1、CDC20、IFIT1、GBP1、DDX58、ISG15、MX1、OAS2、IRF7.结论 IL-8、CCNB1、CDC20、IFIT1等基因可能参与银屑病的发病机制.

目的 分析预测新型冠状病毒(SARS-CoV-2)感染所致造血损伤及潜在的治疗药物,为临床救治SARS-CoV-2感染所致造血损伤提供理论依据.方法 利用基因表达数据库(GEO)筛选SARS-CoV-2感染相关的全基因组表达数据,使用R语言包对数据进行差异分析以及基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析.通过蛋白-蛋白相互作用数据库(STRING)在线分析网站进行蛋白互作(PPI)网络分析,筛选核心基因.应用自主研发的表观精准治疗预测平台(EpiMed)进行疾病、药物和关联靶基因分析.结果 共筛选出差异基因222个,其中上调172个,下调50个.GO富集分析结果显示,差异基因主要与Ⅰ型干扰素反应、细胞周期调节、炎性细胞迁移、先天免疫反应、血液微粒和囊泡分泌、趋化因子及其受体等有关.KEGG富集分析结果显示,差异基因主要与病毒感染、心肌损伤、补体及凝血级联、细胞趋化、血小板活化、急性炎症、免疫反应、细胞信号转导等相关信号通路有关.PPI网络分析筛选得到STAT1、IL-6、IRF7、TNF、MX1、ISG15、IFIH1、IRF9、DDX58和GBP1等10个核心基因.EpiMed平台筛选出具有潜在治疗作用的药物包括冬凌草、西罗莫司、糖皮质激素、鱼腥草、何首乌、赤芍、维甲酸、甘草、环孢素A、氟伐他汀等.结论 SARS-CoV-2感染可通过改变一系列基因的表达从而影响造血系统,据此筛选出的潜在治疗药物可为新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的基础和临床研究提供参考.

目的 研究戊型肝炎病毒(Hepatitis E virus,HEV)感染人肝癌细胞HepG2前后,HepG2细胞的相关基因表达变化,为初步探索HEV在宿主细胞内感染机制及致病机理奠定基础.方法 对HEV感染组HepG2细胞和对照组HepG2细胞的RNA进行高通量测序(RNA-seq技术),利用生物信息学方法对测序数据进行分析,对感染组和对照组的差异表达基因进行筛选、功能注释和通路富集分析.结果 以基因表达差异倍数在2倍及以上为标准,从感染组与对照组共筛选出差异表达基因132个,其中,感染组相比于对照组,上调表达基因127个,下调表达基因5个.Gene Ontology(GO)功能富集分析注释结果显示,差异表达基因主要富集在病毒防御反应、固有免疫应答、病毒基因组复制的负调控及干扰素应答等过程;主要行使RNA结合、蛋白结合、调节解旋酶活性、NAD+ ADP-核糖基转移酶的活性等分子功能.利用KEGG数据库作为参考,这些基因主要参与甲型流感、单纯疱疹感染、麻疹、C型肝炎、RIG-I样受体信号通路、病毒致癌、乙型肝炎、Toll样受体信号通路、胞质DNA传感通路、趋化因子信号转导通路和细胞凋亡等通路.结论 通过功能及通路筛选,发现DDX58、STAT1、CXCL8、STAT2、TLR3、CXCL10、EIF2AK2、IRF9和IFIH1等基因可能在HEV感染抗病毒免疫过程中发挥重要作用.

目的 通过生物信息学方法探究系统性红斑狼疮患者的全血细胞差异表达基因及其相关信号通路,寻找潜在的系统性红斑狼疮特异性分子标志物.方法 利用R语言软件校正、分析基因芯片GSE61635并筛选差异表达基因(DEGs),利用一系列生物信息学大数据库分析DEGs并获得其GO富集分析和KEGG信号通路分析的结果.利用STRING数据库构建蛋白质互作网络,再将结果导入Cytoscape软件中筛选关键基因并绘制蛋白质互作网络图,并利用GSE72754芯片对关键基因进行验证.结果 筛选获得了626个DEGs,其中表达上调的基因429个,表达下调的基因197个.GO富集分析显示,DEGs主要参与了细胞对Ⅰ型干扰素的反应、病毒基因组复制的负调控和Ⅰ型干扰素信号通路调节等生物学过程,KEGG信号通路分析主要包括了RIG-Ⅰ样受体信号通路、胞质DNA传感通路和单纯疱疹病毒感染通路.Degree算法分析获得了10个关键基因分别为OASL、OAS1、OAS2、OAS3、IFIT1、IFIT3、MX1、DDX58、RSAD2和IRF7,经验证证实上述关键基因在GSE72754芯片中表达仍明显上调.结论 通过生物信息学分析获得系统性红斑狼疮的DEGs、关键基因、生物学功能和信号通路等信息,为探究系统性红斑狼疮致病相关分子机制、发掘潜在诊断标志物及开发治疗新靶点提供理论依据与新的方向.