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基于基因芯片公共数据库及生物信息学方法筛选类风湿关节炎滑膜组织关键基因及通路
编辑人员丨4天前
目的:通过生物信息学的方法分析健康者和RA患者滑膜组织的差异基因,从转录组学水平上探讨RA可能的发病机制及潜在治疗作用靶点。方法:从美国国家生物技术信息中心(NCBI)的子数据库基因芯片公共数据库(GEO)下载符合筛选标准的健康人群和RA患者的芯片信息,利用R语言及相关软件包进行分析获得差异表达基因、GO富集分析和KEGG信号通路富集分析结果。利用STRING、Cytoscape等工具探讨差异基因的蛋白交互作用网络和生物学通路,分析关键基因与通路,寻找潜在作用靶点。结果:①与健康者滑膜相比,RA患者的滑膜有231个差异基因,其中表达上调的基因126个,表达下调的基因105个。② GO富集分析表明上调基因主要参与了免疫应答的正向调节、细胞因子的产生、细胞表面组成、信号受体活动等生物学过程,下调基因主要参与了细胞增殖的负调控、细胞外基质组成、转录调控区域DNA结合等生物学过程。③ KEGG上调基因信号通路富集分析主要是细胞因子受体相互作用通路,下调基因富集通路主要是癌症转录失调等。④通过STRING建立蛋白交互作用网络,使用Cytoscape的MCODE插件筛选出3个显著模块,选取各模块中的基因进行通路富集分析,3个模块基因主要富集在趋化因子受体通路、磷脂酰肌醇-3-激酶/蛋白激B(PI3K/Akt)通路等。结论:RA患者滑膜差异基因表达主要集中在细胞因子与受体间的相互作用信号通路、趋化因子信号通路、PI3K-Akt信号通路等方面,其中PI3K-Akt信号通路在RA的发生发展中发挥了重要作用,有望成为诊断和治疗的重要靶点。
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编辑人员丨4天前
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Leber先天性黑矇患者致病基因与临床表型分析
编辑人员丨4天前
目的:观察分析Leber先天性黑矇(LCA)致病基因类型及临床表型特征。方法:回顾性临床研究。2019年至2020年于天津医科大学眼科医院就诊并经基因检测确诊的LCA患者2例及其家系成员6名纳入研究。2例患者来自2个无血缘关系家系,均为先证者。详细询问患者病史并行裂隙灯显微镜、超广角眼底照相、自身荧光(AF)、闪光视觉诱发电位(F-VEP)检查。采集所有受检者外周静脉血3~5 ml,提取全基因组DNA。采用新一代目标区域捕获测序技术对包含381个致病基因的遗传眼病捕获芯片进行测序以获得致病基因及突变。对可疑致病突变位点进行Sanger验证,生物信息学分析确定突变位点的致病性。Sanger测序、实时定量聚合酶链反应、家系内共分离验证突变位点。结果:2例患者均为男性,年龄分别为3、27岁。自幼双眼视物不见,伴眼球震颤、指压眼征1例。家系1先证者(F1-Ⅱ-3),视盘边界清楚,视网膜血管走行及黄斑中心凹未见异常。F-VEP检查可见双眼最大正向波隐含期大致正常,振幅大幅下降。家系2先证者(F2-Ⅱ-1),视盘蜡黄,视网膜骨细胞样色素沉着,黄斑区视网膜脉络膜萎缩呈"金箔样"改变。双眼视网膜大片弱AF。家系成员眼部表型未见异常。基因检测结果显示,F1-Ⅱ-3携带 GUCY2D基因c.835G>A(p.D279N)(M1)及等位基因外显子9~19号缺失(M2)复合杂合突变。其父亲、母亲分别携带M2、M1杂合突变。F2-Ⅱ-1携带 CRB1基因c.1576C>T(R526X)(M3)、c.1522T>C(C508R)(M4)复合杂合突变。其父亲、母亲分别携带M3、M4杂合突变。M2、M4为新发现突变位点。 结论:GUCY2D、 CRB1基因的相关致病性突变分别导致家系1和家系2患者罹患LCA1型、LCA8型;不同致病基因其临床表型存在明显差异。
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编辑人员丨4天前
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生殖细胞特异基因-2敲低导致体内胶质瘤增殖抑制及其机制研究
编辑人员丨4天前
目的:探讨生殖细胞特异基因-2(GSG2)基因在神经胶质瘤中的作用。方法:通过慢病毒敲除GSG2的U87细胞系构建裸鼠成瘤模型。随后进行瘤体体积、重量测量和动物活体成像分析,并应用蛋白芯片技术探讨下游分子机制。采用非配对 t检验或 χ2检验来计算两组之间的差异。 结果:GSG2敲低后1个月裸鼠瘤体明显减小[敲低(KD)组:(109.42±209.94) mm 3,对照(NC)组:(1 070.00±410.28) mm 3, P<0.05],凋亡相关蛋白Fas、Fas配体(FasL)、p27、p53、SMAC的表达水平显著上调( P<0.05),SMAC蛋白激活最为明显。 结论:GSG2在体内促进神经胶质瘤细胞凋亡,并降低胶质瘤增殖。
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编辑人员丨4天前
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高危型HPV感染率及民族特异性分布研究
编辑人员丨4天前
目的:分析克拉玛依市女性HPV感染率及人群分布特点,为本地区宫颈癌预防及人群筛查提供参考依据。方法:2010年1月至2011年11月在克拉玛依市对21~59岁妇女,采用液基细胞学联合HC2-HPV检测初筛宫颈癌及癌前病变。任一结果检测阳性者采用导流杂交基因芯片技术进行HPV分型检测,细胞学和/或高危HPV阳性者再转诊做阴道镜和组织活检。结果:4 536名研究对象HPV总感染率为21.52%,汉族和少数民族人群的感染率分别为17.63%和27.88%( x2=42.081, P<0.01)。HPV感染率与年龄、族别密切相关,少数民族人群显著高于同年龄组汉族人群( P<0.05)。汉族女性感染高峰为24~30岁和41~45岁年龄组;随着年龄的增长,HR-HPV的感染率呈下降趋势。少数民族女性感染高峰年龄分别为36~40岁和51~59岁年龄组,随着年龄的增高,HR-HPV的感染率呈上升趋势。HSIL与宫颈癌中,汉族与少数民族人群的主导亚型为HPVl6、58、52、18、53,其中少数民族女性HPVl8、52型显著高于汉族人群( x2=5.98, P=0.04; x2=11.64, P<0.01)。少数民族人群中宫颈疾病患者HPV多重感染率27.04%(43/159)显著高于汉族6.97%(27/387)( x2=13.84, P<0.01)。 结论:HPV感染率随年龄变化呈双峰状态且存在民族特异性,HPVl6、58、52、18、53为本地区少数民族及汉族女性中常见的基因型别,少数民族女性宫颈病变标本的多重感染率显著高于汉族。
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编辑人员丨4天前
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锌对小鼠腭突融合期细胞增殖和凋亡的影响及腭裂发生相关Sp家族候选基因研究
编辑人员丨4天前
目的:研究不同浓度锌离子喂养孕鼠对其子代胚胎腭突融合期细胞增殖和细胞凋亡的影响,进一步筛选参与该过程的腭突组织之间锌指蛋白Sp家族相关差异候选基因,探索锌在腭裂发生过程中的作用机制。方法:C57BL/6J雌雄小鼠合笼,将144只孕鼠按随机数字表法分为4组,每组36只,按饲料的锌离子浓度不进行喂养,常锌组含锌30 mg/kg、缺锌组为Flanagan缺锌饲料(0 mg/kg)、低锌组含锌5 mg/kg、富锌组含锌100 mg/kg。HE染色观察ED14.5、ED16.5胎鼠腭部发育状况和形态学变化,PCNA染色观察ED14.5胎鼠腭胚突融合期细胞增殖情况,TUNEL染色观察ED14.5胎鼠腭胚突融合期细胞凋亡情况;通过mRNA表达谱芯片杂交技术,收集富锌组、常锌组、缺锌组腭突组织基因表达情况并相互比较组间差异表达,采用2倍表达差异倍数对差异基因进行筛选并分析锌指蛋白Sp家族基因表达是否有差异,利用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)验证差异表达基因。结果:ED14.5时,常锌组、富锌组、低锌组和缺锌组的腭裂发生率分别为8%(3/36)、2%(1/39)、29%(12/41)和39%(15/38)。ED14.5时的HE染色结果显示,常锌组左右腭突均已上抬,相互接触、贯通;缺锌组左右侧腭突仍位于舌体两侧垂直向下最终形成腭裂;低锌组左右侧腭突上抬但并未接触,最终形成腭裂;富锌组与常锌组无明显差异。ED14.5时,常锌组和富锌组的胎鼠腭突增殖细胞阳性率(80.29%±7.39%和87.69%±6.62%)均显著高于缺锌组(56.05%±16.13%)和低锌组(56.22%±9.61%)( t=4.32, P<0.05);缺锌组和低锌组胎鼠腭突细胞凋亡指数(38.80%±3.10%和28.80%±6.19%)均显著高于常锌组(16.80%±1.82%)( t=19.35, P<0.001; t=5.81, P<0.001)。富锌组与缺锌组的2倍差异表达基因为663个,其中表达上调基因为513个,表达下调基因150个,并发现Sp5位于其中。qRT-PCR结果显示,与常锌组(2.22±0.36)相比,缺锌组的腭突组织中Sp5mRNA的表达水平(1.23±0.38)显著升高,富锌组(3.68±0.90)显著降低( P<0.05)。 结论:母鼠孕期缺锌可抑制胚胎腭突间充质细胞增殖,促进细胞凋亡,致使腭突形态变异,上抬动力减弱,且使腭中缝上皮细胞持续存在,最终形成腭裂。缺锌可致子代胚胎融合期Sp5表达升高,富锌对可致子代胚胎融合期Sp5表达下降,推测Sp5在调控缺锌导致腭裂腭突融合的过程中起负性调节作用。
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编辑人员丨4天前
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前列腺癌差异基因表达及信号通路的生物信息学分析
编辑人员丨4天前
目的:通过生物信息挖掘技术对前列腺癌基因表达谱进行分析后得到差异基因及所涉及生物学信号通路。方法:使用生物信息挖掘技术对GSE46602、GSE55945、GSE69223基因表达谱芯片数据集进行分析后取交集得到差异表达基因(DEGs),后使用DAVID数据库对DEGs进行基因本体论(GO)及生物信号通路(KEGG)富集分析,使用STRING数据库及Cytoscape的cytoHubba应用程序得到蛋白互作(PPI)网络及关键基因并进行排序,最后将所得关键基因在TCGA数据库中进行验证。结果:通过对GEO数据库前列腺癌的3个数据集使用R软件等工具进行分析,总共发现了225个DEGs,其中55个表达上调、170个表达下调。通过GO功能富集分析及KEGG通路分析发现这些基因富集在细胞迁移调节和血管生成等功能中,以及磷脂酰肌醇3激酶/蛋白激酶(PI3K/Akt)和p53等信号上。构建DEGs的PPI互作网络并通过cytoHubba筛选出最重要的10个基因并与TCGA数据库数据进行对比,发现碱性螺旋环螺旋转录因子1(TWIST1)、Snail家族转录抑制因子2(SNAI2)、血管内皮生长因子受体2(KDR)等在前列腺癌发生发展中起重要作用的关键基因。结论:通过深层次的生物信息挖掘或许可以让人们进一步了解前列腺癌的发生发展,为将来前列腺癌的诊断及治疗提供新的靶点。
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编辑人员丨4天前
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微流控芯片在眼科基础与临床研究中的应用进展
编辑人员丨4天前
微流控芯片是一门多学科交叉技术。其中,微流控器官芯片技术飞速发展通过在微米量级对细胞和微环境进行精确调控,模拟体内生理环境,克服传统动物模型和细胞培养技术的不足。在眼科领域,微流控器官芯片模型主要集中在仿生角膜、视网膜和眼后房等以进行干眼、青光眼、年龄相关性黄斑变性和糖尿病视网膜病变等疾病模型的研究。另外,控芯片实现对泪液、眼内液标志物的连续监测和即时诊断已成为当下的研究热点。微流控芯片在药物分析、药物研发与筛选领域还具有广泛的应用前景。本文对近年来微流控芯片在眼科体外模型构建、即时检测和药物分析等应用方面的进展和不足进行总结,并对其未来的发展方向进行展望。
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编辑人员丨4天前
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不同血小板配型方案在血小板输注无效患者中的输注效果分析
编辑人员丨4天前
目的:分析不同血小板配型方案在血小板输注无效(PTR)患者中的输注效果。方法:回顾性分析2021年1至12月太原市血液中心接收的PTR患者94例,其中男26例,女68例,年龄[ M( Q1, Q3)]为53(34,66)岁。采用ELISA进行血小板抗体筛查,对于人类白细胞抗原(HLA)-Ⅰ类抗体阳性患者,利用Luminex平台液相芯片法鉴定抗体特异性,在本实验室建立的血小板供者基因数据库中寻找其特异性抗体对应等位基因表达抗原缺失的血小板;对于HLA-Ⅰ类抗体筛查阴性患者,通过聚合酶链反应-序列特异性核苷酸探针(PCR-SSO)技术进行HLA-A、B位点中、高分辨等位基因分型,采用HLA交叉反应组基因型配型方案,从血小板供者基因数据库中寻找相容性血小板或直接根据血清学交叉配型结果进行选择。统计分析不同错配位点组以及不同配型方案组的血小板计数增长值(PCI)达标率和输注总有效率。 结果:在94例PTR患者中检出血小板抗体39例,阳性率为41.5%,抗体特异性全部为HLA-Ⅰ类抗体,其中1例伴人类血小板抗原(HPA)抗体。采用规避抗体配型法为39例HLA-Ⅰ类抗体阳性患者提供了134次相容性血小板,输注总有效率为97.8%(131/134);HLA-A抗原错配、HLA-B抗原错配及HLA-A、B抗原同时错配组的PCI达标率分别为81.6%(31/38)、86.5%(32/37)、78.6%(22/28),输注总有效率分别为97.4%(37/38)、94.6%(35/37)、100%(28/28),差异均无统计学意义(均 P>0.05)。采用HLA抗原交叉反应组基因型配型和血清学交叉配型方法为55例HLA-Ⅰ类抗体筛查阴性患者提供了118次相容性血小板,随访收集到输注效果90次,输注总有效率为76.7%(69/90)。 结论:联合使用血小板不同配型方案可提高PTR患者的PCI达标率和输注总有效率。
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编辑人员丨4天前
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一个Vici综合征家系的 EPG5基因变异分析
编辑人员丨4天前
目的:探讨一个Vici综合征家系的遗传学病因,为其遗传咨询和产前诊断提供依据。方法:提取染色体核型和单核苷酸多态性微阵列芯片分析未见明显异常的双侧侧脑室增宽、胼胝体缺如胎儿的脐血及其父母和患病姐姐的外周血样DNA,应用全外显子组测序(whole exome sequencing,WES)技术进行基因变异检测,针对可疑变异进行Sanger测序验证和生物信息学预测。结果:WES和Sanger证实胎儿和姐姐 EPG5基因均存在c.2427delC (p.T809fs)和c.1886A>T (p.E629V))复合杂合变异,分别遗传自其母亲和父亲,两个变异均为未报道过的新变异。按照美国医学遗传学学会变异分类指南,c.2427delC变异为可能致病变异,c.1886A>T变异为临床意义不明确变异。c.1886A>T变异经PolyPhen-2和PROVEAN软件预测可能为有害变异。 结论:EPG5基因c.2427delC和c.1886A>T变异为该Vici综合征家系的致病原因。上述发现丰富了 EPG5基因变异谱,为家系的产前诊断和再生育提供了指导。
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编辑人员丨4天前
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抗氨基甲酰化蛋白抗体对急性冠状动脉综合征患者的诊断价值
编辑人员丨4天前
目的:探讨抗氨基甲酰化蛋白(CarP)抗体对急性冠状动脉综合征(ACS)患者的诊断价值及其与颈动脉粥样硬化斑块之间的关系。方法:选取2021年10月至2022年10月上海市第七人民医院收治的86例ACS患者纳入疾病组,36例非ACS伴颈动脉斑块患者纳入疾病对照组,同一时期41例健康体检者纳入健康对照组。应用自建微阵列蛋白芯片技术检测三组抗CarP抗体表达水平,分析抗CarP抗体对ACS患者的诊断效能,并应用Spearman相关分析抗CarP抗体表达与ACS患者颈动脉粥样硬化斑块之间的关系。结果:疾病组的抗CarP抗体表达水平显著高于疾病对照组和健康对照组(均 P<0.01)。疾病组患者的抗CarP抗体检测诊断ACS与临床诊断的一致性较好(Kappa值=0.756, P<0.05),诊断ACS的准确度为89.53%、灵敏度为89.61%、特异度为88.89%、阳性预测值为98.57%、阴性预测值为50.00%。疾病组患者颈动脉不稳定斑块(软斑和混合斑)比例显著高于疾病对照组( P<0.05),颈动脉稳定斑块(硬斑)比例及严重颈动脉狭窄发生率显著低于疾病对照组(均 P<0.05)。疾病组患者抗CarP抗体表达与颈动脉不稳定斑块呈正相关( P<0.05),与颈动脉稳定斑块呈负相关( P<0.05)。 结论:抗CarP抗体在ACS患者中的高表达及其在诊断ACS时所表现的高准确度、灵敏度、特异度及阳性预测性,使其有望成为早期诊断ACS及评估预后的血清学补充指标。不仅如此,抗CarP抗体与ACS患者颈动脉粥样硬化斑块之间的相关性,更使得其有望成为预测ACS患者颈动脉粥样硬化斑块发生的重要指标。
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编辑人员丨4天前
