目的:揭示H9N2亚型禽流感病毒(avian influenza virus, AIV)血凝素(hemagglutinin, HA)基因氨基酸位点的变异情况并探讨其分子进化趋势。方法:收集并比对EpiFlu数据库中2020年4月以前H9N2 AIV毒株HA基因序列信息，采用生物信息学的方法分析HA蛋白关键受体结合位点、裂解位点、糖基化位点的氨基酸差异。结果:84.92%(4 067/4 809)序列HA226位点的谷氨酰胺(glutamine, Q)被亮氨酸(leucine, L)替代；来自禽类的序列发生HA-Q226 L突变的占84.75%(4 013/4 735)，来自哺乳动物的序列发生HA-Q226 L突变的占72.97%(54/74)；96.26%(4 629/4 809)序列HA蛋白裂解位点基序模式仍保持低致病性AIV的特点，但有180条来自禽类的序列HA蛋白裂解位点插入了2个碱性氨基酸；58.68%(2 822/4 809)序列新增1个或者2个潜在糖基化位点，而66.44%序列(3 195/4 809)丢失糖基化位点HA210-212。结论:H9N2亚型AIV HA蛋白受体结合位点趋于结合人类受体，对哺乳动物的适应性增加，HA蛋白裂解位点和糖基化位点有向高致病性AIV的序列特征突变的倾向。

目的:开发用于甲型流感病毒快速分型的Taqman低密度芯片(Taqman low density array，TLDA)，可以同时开展甲型流感病毒通用、H1-H16及N1-N9亚型高通量快速鉴定，适用于流感样病例及禽流感标本中甲型流感病毒的快速分型鉴定。方法:设计甲型流感病毒通用、H1-16亚型、N1-9亚型的引物探针，并将其预先定制在TLDA反应芯片上；优化TLDA退火温度；用多种亚型的甲型流感病毒核酸进行10倍梯度稀释，结合微滴式数字PCR定量方法评价TLDA检测灵敏度；用乙型流感病毒、腺病毒、呼吸道合胞等其他多种常见的呼吸道病毒验证该TLDA检测特异性，同时选用多种已经明确分型的甲型流感病毒评价该TLDA的特异性和有效性；采集16例流感样病例标本及24例禽流感外环境标本用该芯片开展检测。结果:该TLDA的最佳退火温度为60 ℃；针对甲型流感病毒H1N1、H3N2、H5N6、H7N9和H9N2，其检测灵敏度为1.52~8.00拷贝/μl；能特异性检测甲型流感病毒，与其他常见呼吸道病毒无交叉反应，并能精准鉴定多种甲型流感病毒的亚型；应用该方法检测16例流感样病例标本和24例禽流感外环境监测标本，均可分型。结论:基于TLDA技术建立的甲型流感病毒高通量快速分型检测方法具有较好的灵敏度和特异性，适用于流感样病例和禽流感标本的病原快速检测，特别是对目前用常规商业化试剂尚无法鉴定的新型甲型流感病毒能够进行快速的亚型筛查与鉴定。

目的:了解不同亚型禽流感病毒与不同动物来源红细胞的凝集特性，为流感环境样本监测工作选择更适宜的检测用红细胞。方法:选取2009-2016年我国禽流感环境监测中分离到的不同亚型的禽流感毒株，采用红细胞凝集试验，选用5种动物红细胞(鸡、火鸡、豚鼠、马和绵羊)进行检测；应用流式细胞仪检测不同动物红细胞表面唾液酸受体的表达及类型，通过氨基酸序列分析病毒血凝素蛋白受体结合区(receptor binding domain, RBD)的特征。结果:本研究共检测了14种亚型的28株禽流感病毒。结果显示所有毒株均能与火鸡和豚鼠红细胞发生凝集，其余红细胞均出现不能与某些毒株产生凝集的现象；其中1株H9N2(A/环境/安徽/43762/2015)毒株与鸡红细胞不产生凝集反应；1株H1N1(A/环境/山东/76972/2014)和2株H9N2(A/环境/重庆/79449/2014和A/环境/安徽/43762/2015)毒株与马红细胞不产生凝集反应；2株H9N2(A/环境/重庆/79449/2014和A/环境/安徽/43762/2015)和2株H13N8(A/环境/青海湖/166/2012和A/环境/青海湖/13/2012)毒株与绵羊红细胞不产生凝集反应。流式检测结果显示在火鸡、鸡和豚鼠红细胞表面可检测到两种类型唾液酸受体α2，3和α2，6，但两种受体表达比例不同；马和绵羊红细胞表面唾液酸受体只检测到表达α2，3。序列分析提示病毒RBD关键区域的氨基酸替换可能是影响病毒红细胞结合特性的重要因素。结论:在禽流感病毒检测中，火鸡和豚鼠红细胞在红细胞凝集试验中敏感性最好。不同来源的红细胞其受体表达及类型会显著影响不同亚型禽流感病毒的凝集反应，同时RBD关键区域的氨基酸变化也会影响病毒与不同红细胞的结合。

目的:分析淮南市2016年度外环境标本中H7N9禽流感病毒基因组特征。方法:采集活禽市场禽类粪便、笼具、台面或砧板、脱毛机、禽类饮水、污水等标本，选取H7N9、H9亚型PCR检测阳性标本( Ct值≤30)，鸡胚分离培养后提取RNA，扩增8个基因节段进行基因序列测定、分子特征与进化分析。 结果:2016年150份淮南市外环境标本检出H7N9亚型46份、H9亚型71份、H5亚型38份；2份H7N9亚型分离成功。基因进化分析显示，淮南市2株H7N9禽流感毒株血凝素(hemagglutinin, HA)和神经氨酸酶(neuraminidase, NA)基因均处于长三角分支内，其余6个内部基因无明显地域分布聚类；HA氨基酸受体位点出现G186V、Q226L位点变异，NA茎区缺失了"QISNT"序列，R294K、E119V耐药位点没有发生突变；聚合酶发生PA基因I550L，PB1基因I368V，PB2基因I504V突变；NS1基因出现增强致病力的位点N205S、P42S改变；耐药相关位点出现M1基因N30D、T215A，M2基因S31N突变。结论:2016年淮南市活禽市场禽流感病毒高度流行，H7N9亚型感染人类的能力有所增强，M2离子通道抑制剂耐药，NA抑制剂仍为敏感有效药物。

禽流感病毒通常在野生鸟类和家禽中传播，但也可感染人类和其他哺乳动物。可感染人类的禽流感病毒主要有H3、H5、H6、H7和H9等亚型。2024年1月27日，中国安徽出现一例人合并感染H10N5亚型禽流感病毒和季节性H3N2流感病毒确诊病例。这是全球报告的首例人感染H10N5亚型禽流感病毒病例。该患者死前曾接触过活禽，而家禽样本经检测也呈H10N5阳性。在全球范围内，H3N2亚型感染最为普遍，与H10N5合并感染可能会增加死亡率。全球家禽养殖场数量庞大，这大大增加了人与禽类的接触，而病毒可以通过直接或间接接触被感染的禽类或鸟类传播。H10N5和H3N2合并感染可能对公共卫生构成全球性风险，而人群中尚未形成针对此种合并感染的免疫力，这可能会迅速升级为严重的全球大流行。此外，禽流感病毒在禽类中的固有储存库将持续加剧对公共卫生的威胁。接种流感疫苗、做好个人防护以及定期对禽类相关场所进行清洁、消毒等措施可以有效预防人感染禽流感病例发生。

上海市CDC试点实施了成年人急性呼吸道感染综合监测，对流感样病例（ILI）和严重急性呼吸道感染（SARI）开展主动监测和多种呼吸道病原体的检测鉴定。在2019年172例ILI中以流感病毒感染为主，其中新甲型H1N1型、H3N2亚型和B/V亚型流感病毒的检出阳性率分别为30.81%、14.53%和30.55%，新甲型H1N1型的流行高峰为第一季度。肠道病毒/人鼻病毒总检出阳性率为6.40%，高峰在第三季度。腺病毒总检出阳性率为4.65%，高峰在第二季度。人类冠状病毒OC43型2份、HKU1型和NL63型各1份、229E型未检出；金黄色葡萄球菌检出率为17.44%，肺炎克雷伯菌检出率为9.88%；1 447例SARI病例也以流感病毒感染为主，其中新甲型H1N1型、H3N2和B/V亚型流感病毒的检出率分别为5.46%、1.73%和0.30%，新甲型H1N1型流感流行高峰也为第一季度，检出阳性率为17.50%。肠道病毒/人鼻病毒总检出阳性率为2.97%，高峰在第一季度。肺炎支原体检出阳性率为3.25%，军团菌检出阳性率为1.04%。检出人类冠状病毒229E型5份、OC43型10份、HKU1型7份、NL63型6份；细菌培养检出金黄色葡萄球菌8株，铜绿假单胞菌4株，肺炎克雷伯菌3株。通过开展主动监测，不仅发现了个别少见的新发传染病如人感染H7N9禽流感病例，同时也初步掌握了上海市急性呼吸道感染病例的流行病学特征、病原谱特征及其季节性变化趋势。近年来，通过逐步增加监测哨点医院，不断改进监测方法，尤其是在应对新型冠状病毒肺炎过程中在全市推广了基于医院HIS系统的监测信息上报系统，初步建立了覆盖全市的急性呼吸道感染综合监测网络，为开展新发呼吸道传染病主动监测预警打下了基础。

目的:研究2017—2018年佛山市活禽交易市场禽流感病毒检出率、混合流行情况和基因变异分析，评估活禽市场禽流感的潜在风险。方法:采用荧光PCR检测2017年4月至2018年3月间1 440份活禽交易市场环境监测标本，对部分H9N2阳性标本进行血凝素（hemagglutinin，HA）全长测序，结合采集时间、采集地点、标本种类和基因进化情况综合分析。结果:1 440份标本中甲型流感阳性422份。阳性标本中检出H9N2单独阳性标本213份（213/422，50.47%），混合阳性标本38份（38/422，9.00%）。H5N6单独阳性标本44份（44/422，10.43%），混合阳性标本26份（26/422，6.16%）。H7N9单独阳性标本4份（4/422，0.95%），混合阳性标本16份（16/422，3.79%）。来自外环境标本混合阳性检出率明显高于来自活禽标本（14.7% vs 1.75%， x2=20.10， P<0.01），零售市场混合阳性检出率高于批发市场但无明显差异（13.46% vs 8.18%， x2=1.97， P=0.1602）。9株测序的H9N2标本HA基因序列与国内疫苗株共同处于h9.4.2亚分支上。 结论:H9N2亚型禽流感病毒在佛山市活禽市场中存在比例较高，是与其他禽流感病毒混合感染率最高的亚型，后期应重点监测。

目的:研制用于H7N9禽流感病毒诊断的血凝素线性B细胞抗原表位单克隆抗体。方法:采用H7N9禽流感病毒血凝素特异性线性B细胞抗原表位免疫BALB/c小鼠，通过杂交瘤细胞技术和间接ELISA法筛选、鉴定获得稳定分泌抗H7N9禽流感病毒血凝素单克隆抗体的杂交瘤细胞株；通过SDS-PAGE、间接ELISA和斑点免疫印迹技术鉴定其亚型、效价、纯度等生物学特征。结果:共获得2株单克隆抗体（7C8H8和8E9E2），其中7C8H8抗体亚类为IgG2a，腹水抗体效价>1∶512 000，且可以特异性结合H7N9禽流感病毒血凝素。8E9E2仅具有较低的H7N9禽流感病毒血凝素蛋白结合力。结论:获得1株可分泌高效价、高特异性的抗H7N9禽流感病毒血凝素单克隆抗体的杂交瘤细胞株7C8H8。

目的:通过对2021—2022年北京市通州区农贸市场的外环境及相关人员标本的禽流感病毒检测结果及基因特征分析，为我市禽流感防控策略提供依据。方法:2021—2022年共采集外环境及食品涂抹标本2 184例，相关人员咽拭子标本124例。利用实时荧光RT-PCR法对标本进行核酸检测，采用illumina二代测序平台对病毒载量高的阳性标本进行全基因组测序，分析其基因特征。结果:实时荧光RT-PCR核酸检测结果显示，外环境及食品涂抹标本检出2例H5N8阳性、78例H7N9阳性、177例H9N2阳性、2例H5N8和H9N2共感染、1例H7N9和H9N2共感染，124例人员标本检测结果均为阴性。对病毒载量高的阳性标本进行全基因组测序分析，1例H5N8病毒的HA基因属于为2.3.4.4分支，HA基因的HA0裂解位点序列为多个连续性碱性氨基酸（REKRRKR/ GLF），2例H7N9病毒的HA基因与Yangtza river delta属于同一分支，HA基因的HA0裂解位点序列为多个连续性碱性氨基酸（VPKRKRTAR/GLF），均属于高致病性禽流感病毒。遗传进化树分析提示，H5N8和H7N9的HA基因与国内报道的病毒株亲缘关系较近。结论:农贸市场是禽流感病毒分布的主要场所，高致病性及低致病性禽流感病毒同时空交叠感染现状，提示应加强禽流感病毒的监测防控工作及防范知识的宣传。

目的:分析活禽市场相关环境中检出的H7N9禽流感病毒(avian influenza virus，AIV)的遗传进化和分子特征。方法:采集禽类粪便、污水，以及脱毛机和案板擦拭拭子等标本，实时荧光定量PCR鉴定甲型流感病毒和H7N9亚型。对于H7N9阳性标本以甲型流感病毒通用引物扩增病毒全基因组并测序，利用BLAST和MEGA X软件进行序列比对、系统进化和分子特征分析。结果:2023年2月采集于许昌市活禽市场的7份外环境标本中检出4份H7N9 AIV阳性，3份H7N9 AIV阳性标本测序成功，其各基因核苷酸一致性较高(98.37%～100.00%)。BLAST分析显示主要与我国2020—2021年国内禽中分离的H7N9毒株一致性最高。遗传进化分析显示3株病毒株聚在同一分支，与最近环境分离株相聚较近，而与最近人/禽感染病毒株关系较远。通过与各时期的代表性病毒株序列比对发现，本研究检出的病毒株呈禽高致病性，裂解位点处插入了4个氨基酸KRAA，病毒株血凝素受体结合位点为QSG，属于禽结合受体，血凝素出现G186I位点突变。聚合酶碱性蛋白2未出现哺乳动物适应性E627K突变。未检测到与神经氨酸酶抑制剂(奥司他韦)和聚合酶酸性蛋白抑制剂(巴洛沙韦)耐药相关的R292K和I38T位点突变，提示病毒对上述药物敏感性未降低。M2蛋白出现S31N突变，提示对烷胺类药物耐药。结论:从活禽市场检出的3株H7N9病毒株呈禽高致病性，与既往感染人/禽代表株相比，未明显增加人受体结合力、哺乳动物致病性、病毒传播力和耐药相关分子位点。