目的:对活禽市场环境中检出的3份H5N6亚型禽流感病毒（avian influenza virus，AIV）标本进行测序鉴定和基因特征分析，为预防人感染H5N6亚型AIV提供依据。方法:通过实时荧光定量PCR确定病毒型别，采用二代测序方法对病毒血凝素（hemagglutinin，HA）和神经氨酸酶（neuraminidase，NA）基因序列进行测序。使用NCBI中BLAST模块进行比对，用Mega7.0软件构建进化树并进行基因特征分析。结果:3份H5亚型阳性标本经测序鉴定为H5N6亚型AIV，属于Clade2.3.4.4支系。病毒的HA蛋白存在6个连续碱性氨基酸（LRERRRKRGL，其中R，K为碱性氨基酸）；病毒HA蛋白的受体结合位点238~240位氨基酸是QRG（氨基酸排序以H3-HA为准），受体特征为禽源；NA蛋白第69~73位点氨基酸未出现茎缺失。结论:环境中3份H5亚型AIV核酸阳性病毒鉴定为新型H5N6亚型AIV，属于高致病AIV，但具有不容易感染人的受体结合特征。活禽市场中持续存在H5N6病毒，对人类健康和公共卫生存在威胁，需要继续加强监测。

目的:分析淮南市2016年度外环境标本中H7N9禽流感病毒基因组特征。方法:采集活禽市场禽类粪便、笼具、台面或砧板、脱毛机、禽类饮水、污水等标本，选取H7N9、H9亚型PCR检测阳性标本( Ct值≤30)，鸡胚分离培养后提取RNA，扩增8个基因节段进行基因序列测定、分子特征与进化分析。 结果:2016年150份淮南市外环境标本检出H7N9亚型46份、H9亚型71份、H5亚型38份；2份H7N9亚型分离成功。基因进化分析显示，淮南市2株H7N9禽流感毒株血凝素(hemagglutinin, HA)和神经氨酸酶(neuraminidase, NA)基因均处于长三角分支内，其余6个内部基因无明显地域分布聚类；HA氨基酸受体位点出现G186V、Q226L位点变异，NA茎区缺失了"QISNT"序列，R294K、E119V耐药位点没有发生突变；聚合酶发生PA基因I550L，PB1基因I368V，PB2基因I504V突变；NS1基因出现增强致病力的位点N205S、P42S改变；耐药相关位点出现M1基因N30D、T215A，M2基因S31N突变。结论:2016年淮南市活禽市场禽流感病毒高度流行，H7N9亚型感染人类的能力有所增强，M2离子通道抑制剂耐药，NA抑制剂仍为敏感有效药物。

目的:建立一种快速、灵敏、可视化的H7亚型禽流感病毒等温核酸扩增检测方法。方法:针对H7N9禽流感病毒的HA片段保守区序列设计引物、探针，优化反应温度，建立H7亚型禽流感病毒的重组酶聚合酶扩增结合侧流层析试纸条检测技术，评价其特异性和敏感性，并与Real time PCR方法进行比较。结果:该方法检测H7亚型禽流感病毒的最低检出限为20拷贝/μL，与其他流感/禽流感病毒无交叉反应，反应可在20~50℃温度范围内进行，临床样本检测结果与Real time PCR法一致性为100.0％。结论:该检测方法具有快速、特异及灵敏的特点，为在基层和现场快速检测H7亚型禽流感病毒提供了新的方法。

目的:预测2019新型冠状病毒(2019 novel coronavirus，2019-nCoV)刺突蛋白的抗原表位，分析刺突蛋白的变异规律。方法:从基因库(GenBank)和全球共享禽流感数据倡议组织数据库下载2019-nCoV的基因序列(截至2020年3月4日)。应用ClustalW、MEGA 7.0、免疫表位数据库等生物信息学软件，预测刺突蛋白潜在的B淋巴细胞和T淋巴细胞表位，分析比较刺突蛋白的变异在表位区与非表位区的特点。统计学分析采用 χ2检验。 结果:刺突蛋白有130个潜在表位，包括25个线性B淋巴细胞表位、18个非线性B淋巴细胞表位、71个人类白细胞抗原(human leukocyte antigen，HLA)Ⅰ类限制性T淋巴细胞表位和16个HLA Ⅱ类限制性T淋巴细胞表位。S 404-426肽段有较高的抗原性，且在中国的人群覆盖率达73.4%。与1月31日之前的2019-nCoV刺突蛋白相比，其在1月31日之后的变异频率在非表位区(15.4%比21.7%)和表位区(6.2%比8.7%)都有所增加，但差异均无统计学意义(均 P>0.05)。 结论:2019-nCoV刺突蛋白有多个抗原表位，为2019-nCoV疫苗的研究提供了参考依据。刺突蛋白的变异有增加趋势，需进一步关注和研究。

目的:利用纳米孔测序技术对新型重组H3N2禽流感病毒进行测序鉴定并分析病毒的基因特征。方法:对2021年广州市某农贸市场外环境H3N2禽流感阳性样本进行鸡胚培养，联合病毒全基因组序列靶向扩增和纳米孔测序技术进行病毒高通量测序。通过生物信息学软件，分析病毒基因特点。结果:系统发育进化树显示，该毒株各基因片段均属于欧亚进化分支，宿主来源均为禽源。其HA基因与我国H3N6禽流感病毒亲缘关系较近。NA基因与2017-2020年我国H3N2禽流感病毒亲缘关系较近。PB1基因与2016-2022年我国广西壮族自治区、福建省H5N6禽流感病毒亲缘关系较近，与广州市H5N6禽流感流行株PB1基因亲缘关系较远。其余内部基因片段来源复杂，具有明显的遗传多样性。分子特征显示，该毒株具有典型的低致病性禽流感病毒分子特征，倾向结合禽源受体。生物特性相关重要蛋白位点上，该毒株发生PB2-L89V、PB1-L473V、NP-A184K、M1-N30D/T215A、NS1-P42S/N205S等致病性增强突变。结论:本研究通过纳米孔测序鉴定一株新型重组H3N2禽流感病毒，分析发现该病毒与H5N6禽流感病毒发生了基因重组。目前该病毒跨种传播能力较低，但有必要密切关注H3亚型禽流感病毒的流行和变异。

目的:了解不同亚型禽流感病毒与不同动物来源红细胞的凝集特性，为流感环境样本监测工作选择更适宜的检测用红细胞。方法:选取2009-2016年我国禽流感环境监测中分离到的不同亚型的禽流感毒株，采用红细胞凝集试验，选用5种动物红细胞(鸡、火鸡、豚鼠、马和绵羊)进行检测；应用流式细胞仪检测不同动物红细胞表面唾液酸受体的表达及类型，通过氨基酸序列分析病毒血凝素蛋白受体结合区(receptor binding domain, RBD)的特征。结果:本研究共检测了14种亚型的28株禽流感病毒。结果显示所有毒株均能与火鸡和豚鼠红细胞发生凝集，其余红细胞均出现不能与某些毒株产生凝集的现象；其中1株H9N2(A/环境/安徽/43762/2015)毒株与鸡红细胞不产生凝集反应；1株H1N1(A/环境/山东/76972/2014)和2株H9N2(A/环境/重庆/79449/2014和A/环境/安徽/43762/2015)毒株与马红细胞不产生凝集反应；2株H9N2(A/环境/重庆/79449/2014和A/环境/安徽/43762/2015)和2株H13N8(A/环境/青海湖/166/2012和A/环境/青海湖/13/2012)毒株与绵羊红细胞不产生凝集反应。流式检测结果显示在火鸡、鸡和豚鼠红细胞表面可检测到两种类型唾液酸受体α2，3和α2，6，但两种受体表达比例不同；马和绵羊红细胞表面唾液酸受体只检测到表达α2，3。序列分析提示病毒RBD关键区域的氨基酸替换可能是影响病毒红细胞结合特性的重要因素。结论:在禽流感病毒检测中，火鸡和豚鼠红细胞在红细胞凝集试验中敏感性最好。不同来源的红细胞其受体表达及类型会显著影响不同亚型禽流感病毒的凝集反应，同时RBD关键区域的氨基酸变化也会影响病毒与不同红细胞的结合。

人感染 H7N9 禽流感是由 H7N9 禽流感病毒引起的急性呼吸道感染性疾病，其中重症肺炎者常合并急性呼吸窘迫综合征，往往需要体外膜氧合（ECMO）支持，但并发症及严重程度是影响预后的主要因素，出血是最常见的并发症，严重出血将危及患者生命，气道出血比较多发，如气道出血发展迅猛、量大，容易造成气道堵塞、窒息等，处理不及时将危及生命。现报道一例经支气管镜下冷冻成功抢救人感染H7N9禽流感患者在ECMO治疗中并发气道大出血，巨大血凝块形成阻塞气道引起肺不张病例，以提高临床医生对ECMO并发症防治的意识。

目的:分析甘肃省首例人感染H7N9禽流感病例流行病学特征，为H7N9禽流感防控提供科学依据。方法:采用流行病学调查方法调查甘肃省首例人感染H7N9禽流感病例的发病和就诊经过、可能感染来源、传播途径及暴露因素等，并排查密切接触者实施健康医学观察，同时开展外环境采样检测和疫点消毒。结果:甘肃省确诊的首例人感染H7N9禽流感本地感染病例为82岁男性，城市居民，2017年3月29日因发热、全身乏力前往私人诊所就诊，4月3日到酒泉市医院就诊，有在检出H7N9病毒核酸的活禽销售店附近活动史，咽拭子检测H7N9禽流感病毒核酸阳性；该病例经治疗于发病17 d后治愈出院；9名密切接触者实施为期7 d的医学健康观察，未出现健康异常；强化监测全市共报告流感样病例和不明原因肺炎357例，H7N9禽流感病毒核酸阳性2例。酒泉市发现的3例H7N9病例均有活禽市场暴露史，其中1例死亡。结论:暴露于出现H7N9禽流感病毒的外环境是人感染H7N9主要危险因素，需要加强散养家禽和活禽市场管理；外环境禽流感监测对人感染H7N9禽流感防控具有重要的预警作用。

目的:揭示H9N2亚型禽流感病毒(avian influenza virus, AIV)血凝素(hemagglutinin, HA)基因氨基酸位点的变异情况并探讨其分子进化趋势。方法:收集并比对EpiFlu数据库中2020年4月以前H9N2 AIV毒株HA基因序列信息，采用生物信息学的方法分析HA蛋白关键受体结合位点、裂解位点、糖基化位点的氨基酸差异。结果:84.92%(4 067/4 809)序列HA226位点的谷氨酰胺(glutamine, Q)被亮氨酸(leucine, L)替代；来自禽类的序列发生HA-Q226 L突变的占84.75%(4 013/4 735)，来自哺乳动物的序列发生HA-Q226 L突变的占72.97%(54/74)；96.26%(4 629/4 809)序列HA蛋白裂解位点基序模式仍保持低致病性AIV的特点，但有180条来自禽类的序列HA蛋白裂解位点插入了2个碱性氨基酸；58.68%(2 822/4 809)序列新增1个或者2个潜在糖基化位点，而66.44%序列(3 195/4 809)丢失糖基化位点HA210-212。结论:H9N2亚型AIV HA蛋白受体结合位点趋于结合人类受体，对哺乳动物的适应性增加，HA蛋白裂解位点和糖基化位点有向高致病性AIV的序列特征突变的倾向。

禽流感是由正黏病毒科A型流感病毒属中的禽流感病毒（avian influenza virus，AIV）引起多种禽类及野鸟的一种感染和/或疾病综合征。自1997年香港报告全球首例H5N1亚型高致病性禽流感感染人病例，多种亚型AIV跨越种间屏障感染人事件层出不穷，对公共卫生安全造成持续威胁。回顾历次禽流感感染人案例发现，人类感染病例的源头主要为携带AIV的禽类，感染途径多为"禽-人"或"禽-环境-人"，感染症状因AIV致病力不同而有所差异。分子特征分析显示，当前流行于禽群中的AIV多数已发生促进跨种传播的关键变异。鉴于AIV对公共卫生的威胁性，一方面需持续开展AIV的流行病学调查工作，实时监测病毒流行动态；另一方面要深入开展病毒跨宿主感染机制研究，系统阐明决定病毒跨宿主感染的关键因素，从源头防控AIV对家禽养殖业和公共卫生的威胁。