目的:通过全外显子组测序(WES)技术筛查原发性胆汁性胆管炎(PBC)家系共有的低频变异位点，以期发现与PBC相关的新易感基因。方法:收集2000年1月至2017年12月于天津医科大学总医院诊断的3个PBC家系的7例PBC患者和2名健康对照者的临床资料，提取血液DNA样本并进行WES，应用SAMtools 1.3软件检测基因单核苷酸多态性(SNP)和得失位变异位点，并于已知数据库1000 Genome、ExAC、ESP6500和诺禾-中华基因数据库筛选低频变异位点。应用Pymol V2.3.2软件模拟主要组织相容性复合体-Ⅱ(MHC-Ⅱ)分子三维结构，观察家系间共有变异位点对应的氨基酸位置。结果:7例PBC患者首诊年龄为(61.2±10.2)岁。血清检测结果示7例患者的ALP为(306.9±242.5) U/L，GGT为(121.7±85.9) U/L，ALT为(47.6±33.1) U/L，AST为(55.7±34.1) U/L，免疫球蛋白G为(14.9±3.1) g/L；抗核抗体核型均存在胞质颗粒型特征；抗线粒体抗体均为阳性。5例PBC患者出现腹腔内淋巴结肿大；2例患者合并肝外自身免疫病；2例患者肝脏活组织检查结果均提示界面性肝炎和小胆管病变。3个PBC家系间共有18个SNP位点，分别位于 OTOA、 OBSCN和人类白细胞抗原- DRB1( HLA- DRBI)基因。 OTOA基因的rs200988634是3个家系共有的多态性位点； OBSCN基因的rs746424683、rs545316651、rs553144914、rs533059830和rs56087721分别导致9种氨基酸的改变；基因 HLA- DRB1共有12个不同的SNP位点，分别导致12种氨基酸的改变，其中rs16822698、rs112796209和rs11554463核苷酸突变分别导致MHC-Ⅱ分子β链的G154A、Y152C和Y107X氨基酸改变，Y107X氨基酸位于MHC-Ⅱ分子与抗原肽结合凹槽区域。 结论:对PBC家系进行WES是阐明恶性变异候选基因 OBSCN和 OTOA较好的策略。 HLA- DRB1为PBC的易感基因，可能通过改变氨基酸序列影响MHC-Ⅱ分子介导的抗原提呈过程。

目的:鉴定分析人类白细胞抗原(human leukocyte antigens，HLA)新等位基因A*24：191序列，并对其MHC蛋白分子三维结构及其氨基酸残基改变在空间结构中的可能影响进行模拟预测分析。方法:应用Luminex及PCR-SBT进行序列鉴定。应用Phyre2及RCSB PDB分析软件，对其MHC蛋白分子三维结构进行模拟预测分析。Histocheck对比分析与A*24常见等位基因间差异。结果:相较A*24：02序列，新等位基因A*24：191在256、265、270位发生G>C、G>C、A>T改变。MHC分子三维结构预测分析显示，相较HLA-A*24：02，A*24：191第62位氨基酸残基由A*24：02的酸性谷氨酸(Glu)改变为中性谷氨酰胺(Gln)，(Risler’s score, R＝2)，其残基侧链伸展方向都为自α螺旋向外指向groove凹槽；65位由向α螺旋内伸展小分子中性甘氨酸(Gly)改变为向螺旋上外伸展的长链碱性精氨酸(Arg)( R＝52); 66位由长链碱性赖氨酸(Lys)改变为中性天冬酰胺(Asn)( R＝31)，伸展方向都为自α螺旋指向groove凹槽。以上残基均位于构成抗原肽结合凹槽侧壁α螺旋上。其总相异性值DSS Score＝3.85。从蛋白分子表面结构模拟图像上，可以清楚看到氨基酸残基改变致α螺旋表面结构形状发生明显改变。 结论:分析预测以上氨基酸残基性质、大小及构型的改变，将可能改变其多肽结合功能，并影响其与TCR及抗体的结合特性。

目的:鉴定1例人类白细胞抗原(human leukocyte antigen，HLA)罕见等位基因C*08：84，并调查该基因的家系遗传情况，预测分析其氨基酸残基改变在编码蛋白分子三维空间结构影响。方法:应用单核苷酸序列分析、序列特异性寡核苷酸探针聚合酶链反应及单等位基因组特异性测序确定 HLA- C分型并对该基因的先证者进行家系调查。应用Swiss-Model服务器，Phyre2和FATCAT在线软件对其三级结构进行模拟分析，对差异氨基酸结构和所处位置及可能的影响进行推测。 结果:家系分析表明 HLA- C*08：84来自先证者母亲，与同源性最高的 HLA- C*08：01相比较存在g.512G>C(p.Trp147Ser)变异。其编码三级结构模拟分析表明氨基酸变异位置为α2链，该位置参与构成抗原多肽结合凹槽F。 C*08：84与 C*08：01、 C*08：02、 C*08：03、 C*08：22肽结合区182个氨基酸主链分子间抗原结合槽均方根偏差(RMSD)分别为1.70 nm、1.79 nm、0.71 nm、1.70 nm。 结论:确认并分析了罕见等位基因C*08：84，对其临床意义进行初步探讨和分析。

目的 鉴定分析人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)新等位基因A*24:257的序列变异及其氨基酸残基改变在其编码蛋白分子三维空间结构中的位置及影响.方法 应用PCR-SBT测序分型技术发现1例等位基因结果 异常样本,采用单等位基因特异性测序进行鉴定.应用Phyre2蛋白折叠识别在线建模服务器以及RasMol和PDB Protein Workshop分析软件,对其编码蛋白分子三级结构及其氨基酸残基改变特点在MHC分子三维空间结构中所处位置及可能影响进行模拟分析.结果样本A*24:198等位基因第2外显子第155位核苷酸碱基发生了T->A碱基替代.导致相应的第28位密码子由GTG→GAG.其编码氨基酸由缬氨酸(Val,V)变为谷氨酸(Glu,E).与A*24:02:01相比,A*24:257第28位编码氨基酸由中性缬氨酸(V)→酸性谷氨酸(E),第29位由酸性天冬氨酸(D)→中性天冬酰胺(N).其编码蛋白分子三级结构建模分析表明,该氨基酸变异位置位于 α1结构域β折叠片层底面的外侧第3β股链近转角处,接近抗原多肽结合槽中心外缘区域.结论 该等位基因序列被WHO HLA因子命名委员会正式命名A*24:257.分析预测其编码氨基酸改变将可能影响A*02:257分子的抗原多肽结合及呈递功能.

目的:鉴定分析HLA新等位基因A?02:355的序列变异并预测分析其氨基酸残基改变在编码蛋白分子三维空间结构中的影响.方法:应用Luminex SSO流式、PCR-SBT及单等位基因特异性测序对1例A位点变异序列进行鉴定.应用Phyre2蛋白折叠识别在线服务器以及RasMol和PDB Protein Workshop分析软件,对其编码蛋白分子三级结构及其氨基酸残基改变特点在MHC分子三维空间结构中所处位置及可能影响进行模拟分析.结果:相较于A?02:03:01,其第98、102位核苷酸发生T->A、A->C替代,导致其编码氨基酸发生9F→Y改变.其编码蛋白分子三维结构模拟分析表明,该氨基酸变异位置位于α1和α2结构域抗原多肽结合凹槽β折叠片层底面的第1β股链的中心位置,该位置亦参与构成抗原多肽结合凹袋B和凹袋C.结论:该等位基因序列被WHO HLA命名委员会正式命名为A?02:355.分析预测此编码氨基酸改变将可能影响其MHC分子的抗原多肽结合及呈递功能.

目的 确认1例汉族个体携带的人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)B位点的新等位基因,分析其核苷酸序列,并模拟其编码蛋白的三维分子结构.方法 应用DNA测序分型技术(sequencing-based typing,SBT)对1名中华骨髓库汉族捐献者的HLA-A、-B、-DRB1基因进行分型,对可疑结果采用单链测序基因分型技术直接测定基因序列,分析其与同源性最高的HLA等位基因序列的差异,最后用Swiss-Model对新等位基因进行三维分子结构模拟.结果 该个体HLA-B位点的一个等位基因为B* 44:03:01,另一个等位基因为B*51组的新等位基因.与同源性最高的HLA-B* 51:01:01:01相比,其第2外显子nt329位置的A突变为C,并导致相应的86位密码子由AAC变为ACC,所编码氨基酸由天冬酰胺(Asn)变为苏氨酸(Thr).结论 确认了1个HLA-B新等位基因,被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA-B* 51:159,构建了其三维分子结构模型.

目的:鉴定分析1例携带人类白细胞抗原(HLA)罕见等位基因DQB1*02:106,分析其核苷酸和氨基酸序列,预测分析其氨基酸残基改变在编码蛋白分子三维空间结构的影响并分析其家系遗传单体型.方法:应用直接测序(PCR-SBT)和序列特异性寡核苷酸探针(PCR-SSOP)对1例急性髓细胞白血病患者进行异基因造血干细胞移植前HLA-A/B/C/DQB1/DRB1高分辨确认分型时发现DQB1位点存在模棱两可,应用下一代测序技术(NGS)确定HLA-DQB1分型;分析其与同源性最高的HLA-DQB1等位基因氨基酸差异和位置,用Swiss-Model分析差异氨基酸位置,Phyre2软件进行同源建模后FATCAT在线软件对分子间三维结构进行差异比对.结果:该个体HLA-DQB1位点的结果为HLA-DQB1*02:106;与同源性最高的HLA-DQB1*02:01:01:01相比,在第3外显子619位置G突变为A,并导致相应的175位密码子由GTG变为ATG,编码氨基酸由缬氨酸变为蛋氨酸.该突变位置为β2链β片层,DQB1*02:106和DQB1*02:01分子β1和β2链均方根偏差(RMSD)为1.65.经家系分析,DQB1*02:106相关的单体型为A*31:01-B*15:18-C*04:01-DRB1*03:01-DQB1*02:106.结论:确认并分析了1个能够稳定遗传的HLA-DQB1罕见等位基因及家系单体型,经同源建模显示罕见等位基因HLA-DQB1*02:106与常见基因型存在氨基酸三维结构差异,提示移植医生应予以关注.

目的:鉴定分析HLA新等位基因B*46:30序列,对其MHC蛋白分子三级结构及氨基酸残基改变对蛋白结构的可能影响进行模拟分析,并对其血清学表型进行鉴定.方法:应用Luminex SSOP流式、PCR-SBT及单等位基因特异性测序对HLA序列进行序列鉴定.应用SWISS-MODEL及RCSB PDB分析软件,对HLA序列蛋白分子三维结构进行模拟分析.His?toCheck、FATCAT对比分析蛋白分子间差异.使用Terasaki分型板进行血清型表型鉴定.结果:相较于B*46:01,新等位基因B*46:30第559、560位发生C->G、T->A替代.MHC分子结构预测分析表明,B*46:30第163位氨基酸残基由疏水性脂肪族亮氨酸Leu→B*46:30带负电荷的酸性谷氨酸Glu,R值为32.该氨基酸变异位置位于α2结构域构成抗原多肽结合凹槽侧壁的α螺旋顶端,总差异值DSS Score=1.32,均方根偏差RMSD=0.59?,血清型表型检测为B46强阳性.结论:HLA新等位基因序列被WHO HLA命名委员会正式命名为B*46:30,分析预测此编码氨基酸残基改变将可能影响其抗原多肽结合功能,并影响其与TCR及抗体的结合特性,血清型表型鉴定为B46.