-
人类白细胞抗原Ⅰ、Ⅱ类等位基因及单倍体多态性与中国南方汉族白血病的相关性
编辑人员丨6天前
目的:探讨人类白细胞抗原(HLA)Ⅰ类(A、B、C)、Ⅱ类(DRB1、DQB1、DPB1)等位基因和单倍体多态性与中国南方汉族急性淋巴细胞白血病(ALL)、急性髓系白血病(AML)以及慢性粒细胞白血病(CML)的相关性。方法:收集深圳市血液中心845例中国南方汉族白血病患者(323例ALL、350例AML及172例CML)和745名中国南方汉族健康献血者的外周血样本。应用聚合酶链反应反向序列特异性寡核苷酸探针杂交(PCR-rSSO)及测序分型(PCR-SBT)方法对HLA-A、-B、-C、-DRB1、-DQB1和-DPB1进行基因分型,鉴定HLA等位基因前4位数。采用Arlequin 3.5软件分析HLA单倍体;从HLA低分辨水平(等位基因前2位数)及高分辨水平(等位基因前4位数)分别统计分析HLA等位基因和单倍体多态性与3种白血病的相关性。结果:经Bonferroni校正,ALL组A*02(36.22%比28.26%, χ2=13.41, PC<0.01)及其单倍体A*02-B*46-C*01(15.35%比10.23%, χ2=10.90, PC=0.02)、DRB1*12(15.79%比11.10%, χ2=9.02, PC=0.03)、A*02:03(9.75%比5.32%, χ2=14.25, PC=0.002)及其单倍体A*02:03-B*38:02-C*07:02(3.80%比1.51%, χ2=10.41, PC=0.02)的频率均高于对照组,是ALL易感因素;AML组A*11-B*15-C*08-DRB1*15-DQB1*06-DPB1*02的频率高于对照组(1.34%比0.07%, χ2=12.54, PC=0.003),是AML易感单倍体;CML组A*02(36.63%比28.26%, χ2=9.33, PC=0.02)及其单倍体A*02-B*15-C*04(2.17%比0.29%, χ2=11.74, PC=0.02)、DRB1*03:01-DQB1*02:01-DPB1*02:01(1.86%比0.14%, χ2=13.10, PC=0.01)的频率均高于对照组,是CML易感因素;CML组DRB1*13的频率低于对照组(1.45%比5.25%, χ2=9.29, PC=0.03),是CML拮抗基因。 结论:在HLA低分辨及高分辨水平发现了白血病易感或拮抗HLA等位基因和单倍体,可为探究中国南方汉族白血病发病机制并制订有效治疗策略提供参考。
...不再出现此类内容
编辑人员丨6天前
-
T细胞表位模型和表达模型对非亲缘造血干细胞移植供受者HLA-DPB1基因错配风险的预测功能评估
编辑人员丨6天前
目的:评估T细胞表位(TCE)模型和表达模型对人类白细胞抗原(HLA)相合非亲缘造血干细胞移植(MUD-HSCT)供受者HLA-DPB1基因错配风险的预测功能。方法:回顾性分析2016至2019年陕西省血液中心进行HLA高分辨分型确认的MUD-HSCT供受者364例(182对)。182例受者中,男121例,女61例,年龄(26.3±14.2)岁;182例供者中,男148例,女34例,年龄(33.7±7.5)岁。应用聚合酶链反应-测序分型(PCR-SBT)、下一代测序(NGS)技术和基于LABScan ? 3D 平台的聚合酶链反应-序列特异寡核苷酸探针技术(PCR-SSO)等进行HLA-A、B、C、DRB1、DQB1、DPB1基因高分辨分型,采用PCR-SBT进行单核苷酸多态性(SNP)分型,运用TCE模型和表达模型评估MUD-HSCT供受者HLA-DPB1基因错配模式和急性移植物抗宿主病(aGVHD)风险。 结果:检出26种HLA-DPB1等位基因及其3′-UTR rs9277534 SNP基因型,发现并正式命名2个新等位基因HLA-DPB1*1052∶01 和HLA-DPB1*1119∶01。HLA-DPB1基因总错配率达90.66%(165/182),TCE模型允许错配占47.80%(87/182),不允许错配占42.86%(78/182);移植物抗宿主(GvH)方向的不允许错配为13.73%(25/182),宿主抗移植物(HvG)方向的不允许错配为29.12%(53/182)。TCE模型中共有73对供受者符合表达模型评估标准,其中TCE允许错配组的受者DP5错配占34.25%(25/73),根据表达模型预测其移植后aGVHD风险为高风险;TCE不允许错配组的受者DP2错配占6.85%(5/73),受者DP5错配占10.86%(8/73),均被预测为aGVHD高风险。两种模型之间的整体一致性为27.27%,不一致性为16.97%。结论:TCE模型和表达模型是预测MUD-HSCT供受者HLA-DPB1基因错配风险的有效工具,综合应用两种模型有助于移植风险分层评估。
...不再出现此类内容
编辑人员丨6天前
-
cDNA分子克隆法鉴定 KIR3DL3*064新等位基因
编辑人员丨6天前
目的:应用cDNA分子克隆测序方法,鉴定中国南方汉族1个 KIR3DL3新等位基因。 方法:采集1例 KIR3DL3基因测序结果异常的无偿志愿捐血者的外周血样,提取mRNA并逆转录为cDNA。设计1对具有 KIR3DL3基因特异性的PCR引物对cDNA进行扩增,扩增产物纯化后进行分子克隆测序。 结果:经分子克隆测序,检出1个正常的 KIR3DL3*00802等位基因和1个 KIR3DL3*064新变异等位基因。 KIR3DL3*064与 KIR3DL3*00601等位基因的序列最为接近,仅有编码区存在nt1184 C>T错义变异,导致第9外显子中的第374密码子由ACT变为ATT,所编码的苏氨酸(Thr)变为异亮氨酸(Ile)。该等位基因被世界卫生组织HLA因子命名委员会KIR分委会正式命名为 KIR3DL3*064。 结论:cDNA分子克隆测序法能够鉴别常规测序分型中的异常结果,可用于鉴定 KIR3DL3新等位基因。
...不再出现此类内容
编辑人员丨6天前
-
KIR2DS4基因分型方法建立及新等位基因KIR2DS4 *016的鉴定
编辑人员丨6天前
目的:建立稳定的KIR2DS4基因测序分型法并研究KIR2DS4在中国汉族人群中等位基因多态性。方法:采用PCR序列特异性引物(sequence specific primer,SSP)分析法对222名随机中国汉族个体基因组中的KIR2DS4基因进行阴阳性初筛鉴定,对KIR2DS4阳性的标本采用高保真、长片段PCR测序分型技术(PCR-sequence based typing, PCR,PCR-SBT)对KIR2DS4基因的第4、5外显子的片段进行扩增、测序及分型。结果:建立的PCR-SBT方法成功扩增出KIR2DS4基因的第4、5外显子序列,长度达3.2 kb。探究中国汉族人群中KIR2DS4等位基因型及频率。检出KIR2DS4阳性个体为209个,阳性率为94.1%。测序分型共发现12种基因型和7种等位基因,6种已知的等位基因及其检出频率为:KIR2DS4 *00101/011(180次,81.1%), KIR2DS4 *010(53次,23.9%),KIR2DS4 *004(34次,15.3%), KIR2DS4 *003(15次和6.8%), KIR2DS4 *006(2次,0.9%)以及KIR2DS4 *015(1次,0.5%)。发现并鉴定一个新等位基因KIR2DS4 *016,与其最相近的等位基因KIR2DS4 *010区别在第5外显子,KIR2DS4 *010的第5外显子是22 bp缺失型,而KIR2DS4 *016的第5外显子为完整型。该新等位基因在受检人群中被发现3次,频率为1.4%,并非罕见等位基因,该等位基因序列已向GenBank(登录号:KC414890)及IPD-KIR数据库(提交号:IWS40001804)提交,并获得世界卫生组织HLA系统命名因子委员会的命名。 结论:本文中我们成功建立了KIR2DS4基因4、5外显子测序分型方法,并对其等位基因多态性进行了探究,发现了新的KIR2DS4等位基因型,丰富了中国汉族人群KIR2DS4基因多态性数据。
...不再出现此类内容
编辑人员丨6天前
-
p表型个体的血清学特点和分子机制研究1例
编辑人员丨6天前
目的:分析1例p表型个体的血清学特征和分子机制。方法:选取2021年5月在嘉兴市中心血站进行血型鉴定的1例p表型个体为研究对象。用血型血清学方法鉴定其ABO、RhD、P1PK血型和意外抗体。采用PCR-直接测序法(PCR-SBT)对编码P1和PK抗原的α1,4-半乳糖基转移酶基因( A4GALT)的编码区进行测序分析。 结果:该个体的血型为A型、RhD阳性、P1PK系统为罕见的p表型,血清中存在抗-PP1Pk。测序结果显示其 A4GALT基因编码区存在c.343A>T纯合变异。 结论:A4GALT基因c.343A>T纯合变异很可能导致了p表型个体。
...不再出现此类内容
编辑人员丨6天前
-
单倍型 dce中 RHCE* ce等位基因变异致e抗原减弱1例的分子生物学研究
编辑人员丨6天前
目的:探讨1例RhD(-)女性先证者的 RH基因型及其分子生物学机制。 方法:选取2019年8月就诊于郑州大学第一附属医院的1例26岁女性先证者作为研究对象。采集先证者及其父母的外周血样,对其进行卡式法Rh表型检测。用PCR-基于序列法(PCR-sequence-based typing, PCR-SBT)和基因测序法检测先证者及其父母的 RHD合子型和 RH基因型。用生物信息学软件进行Rh蛋白同源建模,并通过分子动力学模拟变异所造成的蛋白结构改变。本研究通过郑州大学第一附属医院医学伦理委员会的审查(伦理号:2023-KY-0870-003)。 结果:血清学检测显示先证者及其父亲Rh分型e抗原减弱。PCR-SBT及基因测序显示3人的基因型分别为 dce/ dCE、 dce/ DcE、 dCE/ DcE,先证者 RHD和 RHCE的基因型分别为 RHD*01N.01/ RHD*01N.16、 RHCE*01.01/ RHCE*04。蛋白模拟和分子动力学分析显示 RHCE* ce(c.48G>C)所导致的ce_16C变异将造成膜内外环结构的改变,主要影响膜外第2、6环和膜内第3、4的摆动性。 结论:RHCE* ce等位基因的c.48G>C变异可能是导致先证者e抗原减弱的原因。
...不再出现此类内容
编辑人员丨6天前
-
HLA新等位基因A*24:191序列及其MHC编码蛋白分子三维结构模拟预测分析
编辑人员丨6天前
目的:鉴定分析人类白细胞抗原(human leukocyte antigens,HLA)新等位基因A*24:191序列,并对其MHC蛋白分子三维结构及其氨基酸残基改变在空间结构中的可能影响进行模拟预测分析。方法:应用Luminex及PCR-SBT进行序列鉴定。应用Phyre2及RCSB PDB分析软件,对其MHC蛋白分子三维结构进行模拟预测分析。Histocheck对比分析与A*24常见等位基因间差异。结果:相较A*24:02序列,新等位基因A*24:191在256、265、270位发生G>C、G>C、A>T改变。MHC分子三维结构预测分析显示,相较HLA-A*24:02,A*24:191第62位氨基酸残基由A*24:02的酸性谷氨酸(Glu)改变为中性谷氨酰胺(Gln),(Risler’s score, R=2),其残基侧链伸展方向都为自α螺旋向外指向groove凹槽;65位由向α螺旋内伸展小分子中性甘氨酸(Gly)改变为向螺旋上外伸展的长链碱性精氨酸(Arg)( R=52); 66位由长链碱性赖氨酸(Lys)改变为中性天冬酰胺(Asn)( R=31),伸展方向都为自α螺旋指向groove凹槽。以上残基均位于构成抗原肽结合凹槽侧壁α螺旋上。其总相异性值DSS Score=3.85。从蛋白分子表面结构模拟图像上,可以清楚看到氨基酸残基改变致α螺旋表面结构形状发生明显改变。 结论:分析预测以上氨基酸残基性质、大小及构型的改变,将可能改变其多肽结合功能,并影响其与TCR及抗体的结合特性。
...不再出现此类内容
编辑人员丨6天前
-
HLA-DQB1*03:90N碱基缺失的序列分析及确认
编辑人员丨6天前
目的:确认人类白细胞抗原罕见等位基因HLA-DQB1*03:90N的序列,探讨检测方法,以提高HLA分型的准确性。方法:采用PCR-序列特异性寡核苷酸探针(sequence-specific oligonudeotide probe,SSOP)对2018年中国造血干细胞捐献者资料库深圳分库登记的2265例造血干细胞捐献者进行HLA分型检测,针对1例HLA-DQB1罕见等位基因进一步选择聚合酶链反应-直接测序分型(sequence-based tying,SBT)技术和基于Ion Torrent S5平台的二代测序(next generation sequencing,NGS)分析技术进行确认。结果:HLA-DQB1位点SSOP分型结果显示为罕见等位基因,经SBT复核发现序列在第2外显子疑似插入或缺失,最后通过NGS确认结果为DQB1*03:90N,DQB1*06:01。结论:经SSOP法检测得到的罕见等位基因不能轻易排除,应借助多种方法复核确认,保证HLA基因分型结果的准确性。罕见等位基因或新等位基因序列存在碱基缺失,采用二代测序技术可能得到更准确的结果。
...不再出现此类内容
编辑人员丨6天前
-
2型糖尿病与HLA-E基因相关性研究
编辑人员丨6天前
目的:探讨人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)-E基因与2型糖尿病(type 2 diabetes mellitus,T2DM)的相关性。方法:选择深圳市人民医院确诊的T2DM患者254例作为病例组,同期选取深圳市血液中心参加无偿献血的健康献血者272例作为对照组。采用聚合酶链式反应-直接测序分型法(polymerase chain reaction-sequence based typing,PCR-SBT)对两组人群进行HLA-E基因第3外显子和启动子区进行序列测定,比较分析病例组与对照组的基因频率。结果:HLA-E*01:01与HLA-E*01:03的差异主要体现在第3外显子756碱基处,当756位碱基只有G峰时,为HLA-E*01:03纯合子,当756位碱基只有A峰时,为HLA-E*01:01纯合子,当756位碱基是G+A峰时,为HLA-E*01:01/E*01:03杂合子。HLA-E*01:03基因频率比较结果显示,病例组中的HLA-E*01:03阳性基因频率显著高于健康对照组,差异有统计学意义[例(%):189(87.10)比209(76.84), χ2=8.39, P<0.05]。当NT-26位只有G时,为HLA-E*01:01:01:01纯合子,当NT-26位碱基只有T峰时,为HLA-E*01:01:01:06纯合子,当NT-26位碱基是G+T峰时,为HLA-E*01:01:01:01/E*01:01:01:06杂合子。NT-26T基因频率比较结果显示,病例组与对照组NT-26T基因频率的组间差异无统计学意义( P>0.05)。 结论:HLA-E*01:03基因是T2DM的易感基因,其可能成为预测、诊断或治疗T2DM的一项指标。
...不再出现此类内容
编辑人员丨6天前
-
一例Bw亚型的糖基转移酶等位基因鉴定及蛋白结构分析
编辑人员丨6天前
目的:对1例Bw亚型个体进行分子遗传学及蛋白结构分析。方法:采用血清学技术进行红细胞表面抗原和血清中抗体的测定,并用PCR-基于序列的分型(PCR-sequence-based typing,PCR-SBT)方法进行 ABO基因的全编码区序列和第1内含子区红系特异性调控元件的分析。进一步对存在突变位点的第5~7外显子扩增片段进行T-A克隆分离单倍体和序列验证分析。应用Pymol软件对突变蛋白进行3D结构的模拟,分析氨基酸残基的变化对蛋白结构稳定性的影响。 结果:该样本血清学表现为B抗原减弱,血清中含有抗-B抗体。 ABO基因全编码区测序初步确定其基因型为ABO*B.01/ABO*O.01.01伴有c.734C/T的杂合突变。第1内含子红系特异性调控元件区碱基序列无异常。通过单倍体克隆分离,确定突变位点c.734T位于ABO*B.01等位基因链,另一个等位基因为ABO*O.01.01。该突变将B糖基转移酶活性中心245位Thr置换为Ile。蛋白3D结构的模拟分析发现氨基酸置换后,与之结合的残基未发生改变而连接的氢键距离发生变化,同时增加了与远距离水分子之间的连接。 结论:B糖基转移酶基因c.734C>T突变导致酶活性中心氨基酸置换,影响了突变B糖基转移酶蛋白稳定性,引起酶活性减弱,从而产生了Bw变异型。
...不再出现此类内容
编辑人员丨6天前
