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蛋白质异常糖基化与卵巢上皮性癌发生发展关系的研究进展
编辑人员丨6天前
卵巢上皮性癌(卵巢癌)起病隐匿且进展迅速,是死亡率最高的妇科恶性肿瘤,认识卵巢癌发生、发展过程中的关键事件并从中寻找潜在的诊疗靶标,是改善患者预后的有效策略。蛋白质糖基化是在分泌蛋白和膜结合蛋白上普遍存在的翻译后修饰过程,恶性肿瘤常呈现蛋白质的异常糖基化。卵巢癌可表现为O-糖基化、N-糖基化、唾液酸化、岩藻糖基化等异常改变。这些异常糖基化不仅参与肿瘤的恶性转化以及进展过程,而且可作为诊断标志物和治疗靶点用于临床。本文对蛋白质的异常糖基化及其与卵巢癌发生发展的关系进行综述,并揭示其潜在的诊疗价值。
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编辑人员丨6天前
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淮安市H3N2亚型流感病毒全基因组序列的遗传特征分析
编辑人员丨6天前
目的:了解江苏省淮安市H3N2亚型流感病毒的生物学特性和变异情况,为流感疫情防控与疫苗研发提供参考依据。方法:选取4株2022年淮安市流感监测网络实验室分离的流感毒株,通过全基因组核酸提取、文库构建,应用Nanopore三代测序平台对H3N2亚型毒株进行全基因组序列测定,利用生物信息学软件比对基因组序列相似性、构建系统发育树,解析氨基酸变异特征。结果:8个基因节段之间的核苷酸相似性为97.1%~100.0%,相似性差异最大的是HA基因(97.1%~99.9%),差异最小的是MP基因(98.6%~99.9%)。核苷酸位点变异频率最高和最低的节段分别是HA基因(3.06%)和MP基因(1.43%),不同基因节段核苷酸变异率有统计学意义( χ2=14.293, P=0.046)。HA和NA基因发育树拓扑结构基本一致,3株隶属3C.2a1b.2a.1a进化簇,1株独立属于3C.2a1b.1b进化分支且糖基化位点相较于另外3株在HA1蛋白142NWT、149NGT和NA蛋白436NLS位点发生丢失。4株淮安株均对NA抑制剂和金刚烷胺类药物敏感。 结论:1株淮安株抗原性发生了改变,与当年疫苗株匹配性较低,建议持续加强H3N2流感病毒的基因监测,为流感防控及流感疫苗筛选提供科学依据。
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编辑人员丨6天前
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血清IgG N-糖链与胃癌Lauren分型的相关性
编辑人员丨6天前
目的:分析血清IgG N-糖链与胃癌Lauren分型的相关性。方法:对2017—2018年于复旦大学中山医院进行治疗的17例弥漫型和21例肠型胃癌患者进行回顾性分析。汇总并统计一般资料和临床特征。采用超高效液相色谱法定量检测血清免疫球蛋白G(IgG)N-糖链含量,比较血清IgG N-糖链在肠型与弥漫型胃癌之间的差异,并采用Logistic回归分析评估血清IgG N-糖链与Lauren分型的相关性。结果:IgG N-糖链分析包括27个直接检测到的糖链和4个糖链衍生性状。H为己糖,N为乙酰葡萄糖胺,F为岩藻糖,S为唾液酸。不同化疗方案之间的IgG N-糖链差异均无统计学意义。与肠型胃癌患者相比,弥漫型胃癌患者血清中H3N3F1( t=3.785, P=0.001)、H3N4( t=3.919, P=0.002)、H3N4F1( t=2.770, P=0.005)、H3N5F1( t=2.888, P=0.010)较少;H4N4F1(6)( t=?3.488, P<0.001)、H5N4F1( t=?3.401, P=0.003)、H5N5F1( t=?2.303, P=0.023)、H5N4F1S1( t=?3.068, P=0.008)较多。H3N3F1( OR:1.20, P=0.008)、H3N4( OR:1.32, P=0.005)、H3N4F1( OR:1.13, P=0.017)、H3N5F1( OR:1.78, P=0.015)、H4N4F1(6)( OR:0.43, P=0.008)、H5N4F1( OR:0.74, P=0.008)、H5N5F1( OR:0.32, P=0.036)、H5N4F1S1( OR:0.48, P=0.009)与Lauren分型显著相关。唾液酸化( t=?2.717, P=0.012)和半乳糖化( t=?3.400, P=0.001)的IgG N-糖链在肠型胃癌患者血清中较少。半乳糖化( OR:0.87, P=0.007)和唾液酸化( OR:0.62, P=0.015)与Lauren分型显著相关。 结论:部分IgG N-糖链与胃癌Lauren分型具有显著相关性,可作为辅助Lauren分型的潜在生物标志物。
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编辑人员丨6天前
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类甲基转移酶3通过促进叉头框蛋白O3的N6-甲基腺苷修饰及其表达参与糖尿病诱导的内皮细胞凋亡
编辑人员丨6天前
目的:探讨类甲基转移酶3(METTL3)通过促进叉头框蛋白O(FOXO)3的N6-甲基腺苷修饰(m6A)及其表达参与糖尿病诱导的内皮细胞凋亡的机制。方法:构建晚期糖基化终末产物(AGE)诱导的人主动脉内皮细胞(HAEC)损伤模型,将HAEC分为6组:细胞对照组、细胞AGE组、细胞对照+阴性对照小干扰RNA(siRNA)组、细胞AGE+阴性对照siRNA组、细胞AGE+ FOXO3 siRNA组、细胞AGE+ METTL3 siRNA组,每组设置3个平行组。采用甲基化RNA免疫沉淀测序(MeRIP-Seq)及生物信息学技术检测并分析其m6A修饰谱,采用RNA结合蛋白免疫沉淀(RIP)检测 FOXO3 mRNA的m6A修饰水平,采用流式细胞术检测细胞凋亡,采用实时荧光定量PCR(RT-PCR)检测 FOXO3 mRNA表达水平,Western blotting法检测FOXO3和METTL3蛋白水平。6只6周龄载脂蛋白E基因敲除雄性小鼠按随机数字表法分为单纯动脉粥样硬化组和糖尿病动脉粥样硬化组,每组均为3只。通过Western blotting检测小鼠FOXO3、METTL3蛋白表达,采用免疫荧光共定位检测小鼠FOXO3、METTL3在内皮细胞中的表达。采用两独立样本 t检验进行组间比较。 结果:与细胞对照组相比,细胞AGE组的总m6A修饰及FOXO3的m6A修饰显著升高( P<0.001),FOXO3和METTL3的蛋白表达显著升高( P<0.05)。与单纯动脉粥样硬化组相比,糖尿病动脉粥样硬化组小鼠主动脉斑块区域内皮细胞的FOXO3和METTL3的蛋白表达显著升高( P<0.05)。与细胞AGE+阴性对照siRNA组相比,细胞AGE+ FOXO3 siRNA组的凋亡显著降低( P<0.01)。与细胞AGE+阴性对照siRNA组相比,细胞AGE+ METTL3 siRNA组FOXO3的m6A修饰( P<0.001)及FOXO3蛋白表达均显著下降( P<0.05),且凋亡显著降低( P<0.001)。 结论:AGE诱导的HAEC中m6A修饰发生了显著变化,METTL3通过促进 FOXO3 mRNA的m6A修饰并调控其表达,从而参与糖尿病诱导的血管内皮细胞凋亡。
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编辑人员丨6天前
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2015年福建省莆田市G基因型腮腺炎病毒全基因组序列测定及分析
编辑人员丨6天前
目的:了解福建省莆田市2015年G基因型腮腺炎病毒(mumps virus,MuV)全基因组序列特征。方法:选择福建省莆田市2015年分离得到的2株腮腺炎流行株进行研究,命名为MuV15-01和MuV15-23。采用逆转录-聚合酶链式反应(reverse transcription polymerase chain reaction,Rt-PCR)对分离株全基因组进行扩增,并对产物进行测序拼接,结合GenBank下载的不同基因型腮腺炎参考株及现有疫苗株序列比对分析分离株基因序列遗传差异及抗原位点变异情况。结果:福建省莆田市MuV分离株基因全长15 384个核苷酸,与其它基因型毒株相比,全基因组核苷酸差异在3.7%~6.0%之间,其中与A基因型(疫苗株)的遗传差异最大,与N和B基因型的遗传差异最小;在基因组编码7种病毒蛋白核苷酸序列上,SH基因变异最大,M和L基因最为保守;在N基因和HN基因已知抗原相关位点上分别存在7和11个氨基酸位点变异;相比于疫苗株福建分离株在HN基因的464位点上多增加了一个N-糖基化位点。结论:现流行于福建省莆田市的G基因型MuV与腮腺炎其他基因型及疫苗株之间在全基因上存在较大的差异,提示需要进一步加强腮腺炎流行株与疫苗株之间的遗传差异性监测,为更好的腮腺炎防控提供科学依据。
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编辑人员丨6天前
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MeCP2诱导的视网膜色素上皮细胞转录组和m6A的改变
编辑人员丨6天前
目的:探讨重组人甲基CpG结合蛋白2(MeCP2)处理的视网膜色素上皮(RPE)细胞中mRNA和N6-甲基腺嘌呤(m6A)改变及其机制。方法:将传代ARPE-19细胞贴壁培养后分为正常对照组和MeCP2组,正常对照组细胞采用正常培养液培养,MeCP2组细胞于含终质量浓度20 ng/ml重组人MeCP2蛋白培养液中,连续培养72 h。提取细胞内总RNA进行转录组测序(RNA-seq)和甲基化免疫共沉淀测序(MeRIP-seq)分析。采用edgeR软件包根据 P<0.05筛选差异表达基因(DEGs)和差异甲基化基因(DMGs)。采用基因本体论(GO)富集分析对差异基因进行生物学功能描述,采用京都基因和基因组百科全书(KEGG)进行通路富集分析。筛选出DEGs与DMGs交集的基因,采用实时荧光定量PCR技术检测各组差异基因mRNA表达水平。 结果:共筛选出DEGs 100个,DMGs 7 441个,富集分析发现DEGs与细胞外基质(ECM)-受体相互作用、细胞分裂、细胞周期和磷脂酰肌醇3激酶/蛋白激酶B(PI3K/AKT)信号通路等相关,DMGs与微管细胞骨架、血管生成、表皮生长因子受体(ErbB)信号通路、晚期糖基化终末产物(AGEs)-糖基化终末产物受体(RAGE)信号通路、哺乳动物雷帕霉素靶蛋白(mTOR)信号通路、Notch信号通路和转化生长因子β(TGF-β)信号通路等相关。DEGs中24个基因表达增加,76个基因表达减少;DMGs中5个基因含有高甲基化峰,7 439个基因含有低甲基化峰,注释峰后,正常对照组有7 626个基因发生m6A甲基化,MeCP2组有8 006个基因发生m6A甲基化,2个组间有7 360个交集基因。正常对照组和MeCP2组的m6A甲基化富集于转录本的CDS、内含子和3'-非翻译区(3'UTR)区域,其甲基化比例分别为23.62%/22.27%、48.53%/48.35%和23.66%/25.28%。联合分析发现2个上皮-间充质转化(EMT)相关基因 CSPG5和 RBP1的mRNA和m6A水平均降低。荧光定量PCR结果显示,MeCP2组 GSPG5、 RBP1、 ZNF484 mRNA相对表达量均明显低于正常对照组,差异均有统计学意义( t=7.885、7.613、7.345,均 P<0.01)。 结论:RPE细胞中MeCP2对EMT的调控机制与m6A甲基化修饰相关。 CSPG5和 RBP1基因可能是m6A甲基化的靶基因,参与MeCP2调控的EMT过程。
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编辑人员丨6天前
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H9N2亚型禽流感病毒血凝素基因的分子进化分析
编辑人员丨6天前
目的:揭示H9N2亚型禽流感病毒(avian influenza virus, AIV)血凝素(hemagglutinin, HA)基因氨基酸位点的变异情况并探讨其分子进化趋势。方法:收集并比对EpiFlu数据库中2020年4月以前H9N2 AIV毒株HA基因序列信息,采用生物信息学的方法分析HA蛋白关键受体结合位点、裂解位点、糖基化位点的氨基酸差异。结果:84.92%(4 067/4 809)序列HA226位点的谷氨酰胺(glutamine, Q)被亮氨酸(leucine, L)替代;来自禽类的序列发生HA-Q226 L突变的占84.75%(4 013/4 735),来自哺乳动物的序列发生HA-Q226 L突变的占72.97%(54/74);96.26%(4 629/4 809)序列HA蛋白裂解位点基序模式仍保持低致病性AIV的特点,但有180条来自禽类的序列HA蛋白裂解位点插入了2个碱性氨基酸;58.68%(2 822/4 809)序列新增1个或者2个潜在糖基化位点,而66.44%序列(3 195/4 809)丢失糖基化位点HA210-212。结论:H9N2亚型AIV HA蛋白受体结合位点趋于结合人类受体,对哺乳动物的适应性增加,HA蛋白裂解位点和糖基化位点有向高致病性AIV的序列特征突变的倾向。
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编辑人员丨6天前
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蛋白质O-GlcNAc修饰在氧糖剥夺/复氧复糖小鼠神经细胞氧化应激损伤中的作用
编辑人员丨6天前
目的:评价蛋白质糖基化(O-GlcNAc)修饰在氧糖剥夺/复氧复糖小鼠神经细胞氧化应激损伤中的作用。方法:标准小鼠海马神经细胞系,以5×10 4个/ml的密度接种于培养板或培养皿,采用随机数字表法分为4组( n=20):正常组(N组)、O- (连接) N-乙酰葡糖胺水解酶(OGA)抑制剂Thiamet G组(T组)、氧糖剥夺/复氧复糖组(D/R组)以及Thiamet G+氧糖剥夺/复氧复糖组(T-D/R组)。采用低糖培养基在94%N 2-5%CO 2-1%O 2混合气体培养6 h进行糖氧剥夺,随后更换正常培养基进行复氧复糖12 h。T-D/R组在氧糖剥夺/复氧复糖前4 h时细胞培养液中加入终浓度1 mmol/L的Thiamet G,T组于提取细胞蛋白前4 h换成含终浓度1 mmol/L Thiamet G的培养基。复氧复糖完成后,采用DCFH-DA染色法检测细胞ROS累积量,Jc-1染色法检测线粒体膜电位,免疫荧光法检测O-GlcNAc修饰水平,Western blot法检测核因子E2相关因子2(Nrf2)和c-Jun氨基末端激酶(JNK)、磷酸化JNK(p-JNK)、p53抑癌基因(p53)表达水平。 结果:与N组比较,T组神经细胞O-GlcNAc表达上调,D/R组神经细胞ROS累积量增多,JC-1单体升高,JC-1聚合物降低,Nrf2表达下调,p-JNK、p53表达上调,T-D/R组神经细胞O-GlcNAc表达上调,ROS累积量增多,JC-1单体与JC-1聚合升高,Nrf2表达下调,p-JNK、p53表达上调( P<0.05)。与D/R组比较,T-D/R组神经细胞O-GlcNAc表达上调,ROS累积量减少,JC-1单体降低,JC-1聚合物升高,Nrf2表达上调,p-JNK、p53表达下调( P<0.05)。 结论:小鼠神经细胞氧糖剥夺/复氧复糖时,蛋白质O-GlcNAc修饰作为内源性保护机制水平增强,可减轻氧化应激损伤,机制可能与调控Nrf2介导的JNK通路有关。
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编辑人员丨6天前
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慢病毒稳定下调ADP核糖基化因子的GTP酶激活蛋白1表达对肺腺癌细胞增殖和侵袭的影响
编辑人员丨6天前
目的:探讨慢病毒稳定下调腺苷二磷酸核糖基化因子的三磷酸鸟苷酶激活蛋白1(ASAP1)表达对肺腺癌细胞增殖和侵袭的影响。方法:收集郑州大学第一附属医院病理科2022年8月1日至2023年5月1日手术切除肺腺癌及配对癌旁组织各5例,免疫组织化学(IHC)检测ASAP1在人肺腺癌组织中的表达,结合在线数据库(KM-plotter、HPA、UALCAN)分析ASAP1表达与肺腺癌患者预后的关系。在体外用ASAP1阴性对照慢病毒(NC)和ASAP1敲低短发夹RNA慢病毒(ASAP1 KD)感染A549和HCC4006细胞,构建稳定下调ASAP1表达的肺腺癌细胞系。蛋白印迹(WB)检测ASAP1蛋白下调效率,通过平板克隆实验、细胞活力检测试剂盒(CCK-8)、迁移实验、Transwell侵袭实验、蛋白印迹检测下调ASAP1对细胞增殖侵袭的影响和对上皮-间充质转化(EMT)相关蛋白表达的影响,两组间比较采用独立样本 t检验。 结果:ASAP1在人肺腺癌组织中的表达远高于癌旁正常组织(209.70±9.02比48.33±2.89, t=29.51, P<0.01),且多个数据库显示ASAP1的表达与患者不良预后明显相关[KM-plotter数据库( P<0.0001)、HPA数据库( P<0.001)、UALCAN数据库( P<0.01)];体外实验结果显示,较NC组,ASAP1 KD组的ASAP1蛋白表达明显下调(A549细胞株:0.99±0.03比0.36±0.01, t=27.39, P<0.01;HCC40006细胞株:1.02±0.07比0.27±0.07, t=11.08, P<0.01),细胞形成的克隆数量明显减少(A549细胞株:233.70±5.51比33.67±10.02, t=69.28, P<0.01;HCC4006细胞株:333.3±30.55比50.33±5.508, t=14.17, P<0.01),细胞在450nm波长处的吸光度值降低(A549细胞株:1.18±0.06比0.64±0.11, t=8.20, P<0.05;HCC4006细胞株:0.94±0.04比0.57±0.09, t=4.79, P<0.05)。此外,ASAP1 KD组穿过小室成功迁移的细胞数量明显减少(A549细胞株:137.00±8.54比19.67±5.03, t=32.00, P<0.01;HCC4006细胞株:42.67±3.51比12.33±2.51, t=45.50, P<0.01),穿过基质胶成功侵袭的细胞数量明显减少(A549细胞株:207.70±9.07比(41.33±4.73, t=49.17, P<0.01;HCC4006细胞株:35.00±5.00比6.67±1.53, t=9.39, P<0.01);ASAP1 KD组EMT相关蛋白E-钙粘蛋白(E-cadherin)表达升高(A549细胞株:0.45±0.2比0.82±0.06, t=10.58, P<0.01;HCC4006细胞株:0.42±0.06比0.78±0.07, t=6.59, P<0.01);N-钙黏蛋白(N-cadherin)表达降低(A549细胞株:0.79±0.05比0.39±0.03, t=11.67, P<0.01;HCC4006细胞株:0.72±0.06比0.25±0.02, t=11.91, P<0.01);波形蛋白(Vimentin)表达降低(A549细胞株:0.69±0.02比0.36±0.01, t=24.56, P<0.01;HCC4006细胞株:0.79±0.03比0.48±0.02, t=13.25, P<0.01)。 结论:ASAP1在肺腺癌中高表达并与患者不良预后相关,下调ASAP1表达可抑制肺腺癌细胞的增殖和侵袭。
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编辑人员丨6天前
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胆管癌差异性甲基化基因综合分析及预后相关基因氨基葡萄糖(N-乙酰)转移酶1和神经营养受体酪氨酸激酶3的鉴定
编辑人员丨6天前
目的:鉴定并筛选胆管癌差异性甲基化基因以预测胆管癌患者的预后。方法:选择2019年10月至2020年5月福建省立医院8例胆管癌患者胆管癌组织及癌旁组织进行850K甲基化测序分析,获取差异性甲基化基因。从癌症基因组图谱(TCGA)数据库中下载2018年36例患者胆管癌全基因组甲基化数据及临床信息,从基因表达综合(GEO)数据库下载2012年胆管癌甲基化数据(GSE32879),从GEPIA2数据库下载2018年TCGA数据库胆管癌总生存(OS)及无病生存(DFS)差异生存基因组数据。联合送检样本850K甲基化测序分析的差异甲基化位点(DMP)和差异甲基化区域(DMR)结果、TCGA和GEO数据库中甲基化基因以及胆管癌生存基因,在Sangerbox VENN工具中进行多数据集合分析,交集筛选得出共同差异性甲基化基因。在Sangerbox中运用最小 P值法确定基因表达的临界值,分为差异性甲基化基因高、低表达组,比较两组胆管癌患者OS、DFS、疾病特异性生存(DSS)、无病间隔(DFI)、无进展间隔(PFI)。进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。 结果:8例患者的胆管癌组织与癌旁组织850K甲基化测序共鉴定出121 954个DMP,DMR中共鉴定出差异性甲基化基因1 399个;交集鉴定得出共同预后相关基因氨基葡萄糖(N-乙酰)转移酶1(GCNT1)和神经营养受体酪氨酸激酶3(NTRK3)。GCNT1在胆管癌组织中表达高于癌旁组织,差异有统计学意义( P=0.040);NTRK3在胆管癌组织中表达高于癌旁组织,差异无统计学意义( P=0.790)。采用最小 P值法,以GCNT1及NTRK3联合表达情况预测胆管癌患者预后,按两基因表达量总和排序,以排序的30%为临界值时,胆管癌高表达组及低表达组间DFS差异最为显著( P<0.001);两组间OS差异无统计学意义( P=0.065)。GO功能分析结果显示,GCNT1与蛋白质糖基化、大分子糖基化、糖化、糖蛋白生物合成过程、糖蛋白代谢过程、转移酶活性和转移糖基、蛋白质O-聚糖基化、O-聚糖加工等有关;NTRK3与神经营养素信号通路、Ras信号通路、EGFR酪氨酸激酶抑制、ErbB信号通路、磷脂酶D信号通路、癌症中枢碳代谢、自然杀伤细胞介导的细胞毒性等有关。KEGG分析结果显示,GCNT1主要与黏蛋白型O-聚糖生物合成、代谢途径等系统功能相关联,NTRK3主要与细胞表面受体通路、细胞内信号转导、刺激反应的正向调节、跨膜受体蛋白酪氨酸激酶信号通路、酶联受体蛋白信号通路、MAPK信号通路级联及调节、蛋白质磷酸化信号转导等系统功能相关联。 结论:胆管癌差异性甲基化基因GCTNT1、NTRK3表达对胆管癌患者预后有一定预测作用。
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编辑人员丨6天前
