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三种检测常见碳青霉烯酶型方法的评估研究
编辑人员丨4天前
目的:评估mCIM联合eCIM试验、Carba-5和Carba-R三种方法检测碳青霉烯类耐药细菌(carbapenem-resistant organisms,CRO)中常见碳青霉烯酶型的性能。方法:随机挑选2019年1月至2020年12月浙江大学医学院附属邵逸夫医院临床分离的122株非重复CRO菌株,应用生物梅里埃MALDI-TOF MS全自动快速质谱仪对菌株进行菌种鉴定,分别采用改良碳青霉烯类抗生素灭活试验(mCIM联合eCIM试验)、Carba-5检测条和Carba-R试剂盒对所有菌株进行碳青霉烯酶型检测;以PCR法检测结果为金标准,评价上述3种检测方法的性能。结果:122株CRO菌株属于12个不同菌种,PCR法碳青霉烯酶型检测结果:共112株检测结果阳性,KPC-2型阳性70株,占57%(70/122),其中肺炎克雷伯菌46株,铜绿假单胞菌12株,其他菌株12株;OXA-232型阳性19株占15%(19/122),均为肺炎克雷伯菌;NDM型阳性20株占16%(20/122),其中NDM-1型阳性7株和NDM-5型阳性13株,以大肠埃希菌为主(12/20);IMP-4型阳性2株,分别为肺炎克雷伯菌和阿氏肠杆菌;检测出1株同时产KPC-2和IMP-4的肺炎克雷伯菌;未检测到VIM型碳青霉烯酶;有10株未检出以上5种基因型。与金标准PCR方法相比mCIM联合eCIM试验灵敏度为95.65%(22/23),特异度为100.00%(90/90),阳性预测值(PPV)为100.00%(22/22),阴性预测值(NPV)为98.90%(90/91),诊断准确度为99.11%(112/113);Carba-5和Carba-R试验的灵敏度、特异性、PPV、NPV和诊断准确度均为100%。结论:碳青霉烯耐药肠杆菌目细菌和铜绿假单胞菌临床微生物实验室可以使用Carba-5试验快速、准确地检测常见碳青霉烯酶型,有条件的实验室还可以选择Carba-R试验,并监测患者是否存在碳青霉烯耐药菌的定植;而Carba-5和Carba-R检测结果阴性时,建议结合药敏结果进行mCIM联合eCIM试验检测。
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编辑人员丨4天前
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青岛市区5家医院耐碳青霉烯类肺炎克雷伯杆菌耐药基因检测及分析
编辑人员丨4天前
目的:通过对耐碳青霉烯类肺炎克雷伯杆菌(CRKP)的碳青霉烯酶表型的筛查及耐药基因检测,明确青岛市区该细菌耐药基因的分布及构成,为临床上合理应用抗菌药物治疗提供依据。方法:收集2016年10月至2019年9月青岛市区5家三甲医院临床分离出的非重复CRKP共54株,采用琼脂稀释法或纸片扩散法(K-B法)进行常用抗菌药物的药敏试验;应用改良Hodge试验进行碳青霉烯酶表型筛查;采用聚合酶链反应(PCR)扩增 blaKPC-2、 blaNDM-1、 blaOXA-48、 blaIMP、 blaVIM目的基因,扩增产物进行琼脂糖凝胶电泳。 结果:药敏试验显示,CRKP对阿米卡星耐药率最低(35.2%),其次为复方新诺明(53.7%)、庆大霉素(55.6%)、左氧氟沙星(75.9%)、亚胺培南/西司他丁(88.9%),哌拉西林/他唑巴坦、美罗培南、头孢噻肟、头孢哌酮/舒巴坦钠的耐药率均高于90%。改良Hodge试验阳性菌株有43株(阳性率为79.63%),阴性菌株为11株。PCR耐药基因检测共检出带有碳青霉烯酶耐药基因的菌株40株,目的耐药基因检出率为74.07%。其中35株携带KPC-2基因,7株携带OXA-48基因,4株携带NDM-1基因,1株携带IMP基因,其中携带有OXA-48基因的菌株均同时携带KPC-2基因,未检测出携带VIM基因的菌株,剩余14株未检测出目标碳青霉烯酶基因。结论:青岛市区5家医院CRKP携带的产碳青霉烯酶基因主要为KPC-2,其次为OXA-48及NDM-1。
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编辑人员丨4天前
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致血流与腹腔共同感染大肠埃希菌表型和基因型特征分析
编辑人员丨4天前
目的:分析致血流与腹腔共同感染大肠埃希菌(CoECO)的表型和基因型特征,为经验性抗感染治疗提供线索。方法:回顾性分析2010至2020年解放军总医院第一医学中心检验科自血液和腹腔标本中分离出的大肠埃希菌菌株。使用质谱鉴定仪鉴定菌种。使用全自动细菌鉴定药敏仪测定最小抑菌浓度。采用2×150 bp双末端测序策略对大肠埃希菌进行高通量测序。基因组序列经拼接后,使用kSNP3软件对菌株序列进行单核苷酸多态性(SNP)分析,以明确菌株间的同源关系;若分离自两部位的菌株具有较高同源关系,视为同一菌株,则该病例为CoECO感染病例。使用PubMLST网站确定多位点序列型(MLST),使用CARD网站筛选耐药基因。结果:共筛选出70例CoECO感染病例,其中男45例,女25例,年龄(59.2±16.3)岁。每例CoECO感染病例选取1株大肠埃希菌进行后续分析,共计70株,分属于35种ST型,菌株数量较多的ST型包括:ST38( n=6)、ST405( n=6)、ST1193( n=6)、ST131( n=5),其他ST型所含菌株均少于5株。菌株间同源关系比较分散,整体呈现散发趋势,仅有个别菌株引起了小规模爆发。药敏结果显示:大肠埃希菌对氨苄西林的耐药率最高(91.4%,64/70),其次为氨苄西林/舒巴坦(74.3%,52/70)、头孢曲松(72.9%,51/70)、环丙沙星(71.4%,50/70)、左氧氟沙星(71.4%,50/70);对哌拉西林/他唑巴坦、碳青霉烯类和阿米卡星保持较高敏感性。耐药基因携带数量最多的是tet(A/B)(70.0%,49/70),其次分别为bla TEM(58.6%,41/70)、sul1(55.7%,40/70)、sul2(54.3%,38/70)、bla CTX-M-14(25.7%,18/70)、bla CTX-M-15(17.1%,13/70)、bla CTX-M-55(15.7%,11/70)、bla CTX-M-64/65(5.7%,4/70)、bla CTX-M-27(4.3%,3/70)、mcr-1(4.3%,3/70)、bla NDM-5(2.9%,2/70)。 结论:CoECO整体呈散发分布,无明显优势克隆,未发现具有明显优势的基因型;菌株虽然对部分抗菌药物耐药率较高,但携带耐药基因比例较低,对部分一线抗菌药物有较高敏感性。
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编辑人员丨4天前
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Xpert Carba-R在血培养碳青霉烯耐药基因快速检测中的应用与评估
编辑人员丨4天前
目的:评估Xpert Carba-R平台在血培养碳青霉烯耐药基因的快速检测中的应用价值。方法:本研究选取16株携带不同碳青霉烯耐药基因型的肠杆菌目菌株制备模拟阳性血培养样本,采用Xpert Carba-R直接检测模拟血培养液中的碳青霉烯耐药基因。收集2022年1—6月南京医科大学第一附属医院临床血培养鉴定为肠杆菌目的样本117份进行前瞻性研究,采用Xpert Carba-R检测5种碳青霉烯耐药基因,以PCR测序法为参考方法评价其灵敏度与特异性。同时收集阳性患者临床资料进行预后分析。结果:16份制备的模拟阳性血培养样本采用Xpert Carba-R检出 bla KPC阳性8份, bla NDM阳性5份, bla IMP阳性1份,阴性2份,与已知结果完全一致。117份临床血培养阳性样本中28份经Xpert Carba-R检出为碳青霉烯耐药基因阳性,其中 bla KPC阳性24份, bla NDM 2份, bla KPC+bla NDM 2份,与PCR测序法相比其敏感度和特异度均为100%,且检测用时明显减少。25例患者中9例采用单药治疗,5例治疗有效;16例采用联合治疗,12例治疗有效;共17例治疗有效,8例治疗无效其中3例死亡,病死率为12%(3/25)。 结论:Xpert Carba-R可快速、准确地检测血培养液中碳青霉烯耐药基因,为临床早期合理用药提供依据。
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编辑人员丨4天前
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烧伤患者感染肺炎克雷伯菌后对碳青霉烯类抗生素产生耐药的分子机制研究
编辑人员丨4天前
目的:探讨烧伤患者感染肺炎克雷伯菌后对碳青霉烯类抗生素耐药的分子机制。方法:选择2018年5月至2019年10月就诊于浙江省台州市中心医院的感染肺炎克雷伯菌的烧伤患者,并分离10株耐碳青霉烯类抗生素肺炎克雷伯菌(CR-KP),然后分析CR-KP的耐药程度,采用聚合酶链反应(PCR)法检测常见的耐药基因,并通过质粒接合试验验证耐药基因的存在,同时分析膜孔OmpK36蛋白的表达量。结果:10株菌种均呈现了不同程度的耐药现象。PCR的结果显示全部耐药菌携带NDM基因,4株携带KPC基因,此外,仅有少部分的耐药菌携带产超广谱β-内酰胺酶基因和AmpC基因。质粒接合试验显示大部分接合菌对碳青霉烯类抗生素存在耐药,免疫蛋白印迹结果提示接合菌的膜孔OmpK36蛋白表达量减少。结论:烧伤患者感染肺炎克雷伯菌对碳青霉烯类抗生素耐药的主要原因是质粒介导的NDM基因插入以及膜孔OmpK36蛋白表达量减少。
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编辑人员丨4天前
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2型糖尿病、糖尿病前期、非糖尿病患者PCI术后远期预后的比较
编辑人员丨4天前
目的:探讨糖尿病前期(IGT)与2型糖尿病(T2DM)对冠心病经皮冠状动脉介入治疗(PCI)术后5年预后的影响。方法:采用便利抽样法,选择2011年12月—2013年9月的165例接受PCI治疗患者,根据口服糖耐量试验结果分为T2DM组(54例)、IGT组(52例)、非糖尿病(NDM)组(59例)。患者出院后门诊随访,记录患者在PCI术后5年之内的主要心血管不良事件(MACE)的发生情况,包括心源性死亡、非致死性再梗、非致死性卒中、心力衰竭再住院。结果:术后5年随访结果显示,72例患者发生MACE,其中15例死于心源性死亡,11例因心力衰竭入院,5例为非致死性卒中,41例为非致死性再梗。72例发生MACE的患者中,NDM组17例,IGT组30例,T2DM组25例,IGT组高于NDM组,差异有统计学意义( P<0.05),但与T2DM组比较差异无统计学意义( P>0.05)。41例非致死性再梗患者中,NDM组10例,IGT组19例,T2DM组12例,IGT组高于NDM组及T2DM组,差异有统计学意义( P<0.05)。 结论:IGT会增加PCI后患者再次发生心肌梗死的风险,是导致MACE事件发生的危险因素。
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编辑人员丨4天前
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基于全基因组测序技术分析深圳市人民医院2008—2016年碳青霉烯类耐药大肠埃希菌的耐药基因及分子流行病学特征
编辑人员丨4天前
目的:用全基因组测序技术分析深圳市人民医院2008—2016年碳青霉烯类耐药大肠埃希菌(CR-ECO)的耐药基因构成情况及相关分子流行病学特征。方法:收集深圳市人民医院2008年1月1日至2016年12月31日的CR-ECO菌株,采用改良碳青霉烯类失活法和EDTA碳青霉烯类失活法进行表型确证,并采用llumina HiSeq进行二代测序,分析其耐药基因及相关分子生物学特征。结果:共收集CR-ECO非重复菌株16株,经过全基因组测序发现携带IMP-4基因5株,IMP-26基因1株,NDM-1基因1株,NDM-5基因4株,NDM-13基因2株。16株菌株中检测出AmpC酶和(或)超广谱β内酰胺酶(ESBL)基因及各类外排泵基因,11株CR-ECO出现OmpC膜孔蛋白基因缺失;多位点序列分型、血清学分型呈多样化。结论:深圳市人民医院2008—2016年CR-ECO的耐药机制主要以产IMP型或NDM型碳青霉烯酶同时合并AmpC酶和(或)ESBL为主。利用全基因组测序可快速了解菌株在基因水平上的分子生物学信息。
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编辑人员丨4天前
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新生儿期起病的6例糖尿病临床特征和基因分析
编辑人员丨4天前
目的:探讨新生儿期起病的新生儿糖尿病(neonatal diabetes mellitus,NDM)患儿临床特征、基因变异特点及预后。方法:选择2015年1月至2022年1月西安交通大学附属西安市儿童医院新生儿科诊治的新生儿期起病的NDM患儿进行回顾性分析,总结患儿临床表现、生化指标、基因测序结果,以及治疗、转归、发育等情况。结果:共纳入6例NDM患儿,男女各3例,均为足月儿,5例出生时低体重;1例有糖尿病家族史;发现血糖增高时日龄为1~11 d,平均4 d;3例因低出生体重进行血糖筛查确诊,3例因感染和(或)合并糖尿病酮症酸中毒确诊。6例血C肽均降低;5例血胰岛素降低,1例在正常范围内较低水平。6例均行基因检测,异常4例,其中2例ABCC8基因变异[c.2060C>T(p.T687M)未报道、c.674T>C(p.L225P)已报道],1例KCNJ11基因变异[c.602G>A(p.Arg201His)未报道],1例父系单亲二倍体6q24(已报道)。所有患儿均给予胰岛素治疗,3例行格列本脲试验,1例有效并成功替代胰岛素。随访至今(最小4个月,最大5岁),4例诊断暂时性NDM,1例诊断永久性NDM,1例因4月龄死亡未分型。1例存在精神、运动及语言发育落后,其余患儿各项发育指标正常。结论:新生儿期起病的NDM患儿多为低出生体重儿,以暂时性NDM多见,常伴血胰岛素及C肽降低,积极基因检测可协助诊治。
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编辑人员丨4天前
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肾移植术后产NDM型金属β-内酰胺酶CRKP感染治疗的效果研究
编辑人员丨4天前
目的:探讨头孢他啶/阿维巴坦联合氨曲南治疗肾移植术后产新德里金属β内酰胺酶(NDM)耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(CRKP)感染的临床效果。方法:回顾性分析2018年11月至2019年12月西安交通大学第一附属医院和上海交通大学附属仁济医院收治的11例感染产NDM型金属β-内酰胺酶CRKP的肾移植受者临床资料,根据抗感染治疗方案不同分为头孢他啶/阿维巴坦-氨曲南组(CZA-ATM组,5例)以及其他有效抗生素组(OAA组,6例),分析比较两组受者的年龄、性别、感染类型、耐药基因、体温及白细胞计数变化、疗程和预后等。结果:全部11例感染受者的年龄为(38.9±14.4)岁,范围在19~66岁,7例为男性,4例为女性。3例受者为肺部和泌尿系混合感染,2例为泌尿系感染,1例为肺部感染,5例为肾周感染。所有分离菌株均含有NDM型碳青霉烯酶基因,其中5例分离株同时携带KPC型碳青霉烯酶基因,1例分离株同时含有IMP和VIM碳青霉烯酶基因。5例受者采用CZA-ATM作为治疗方案,6例使用其他有效抗生素(OAA)进行治疗。使用CZA-ATM治疗的受者未发生不良反应,有2例使用OAA治疗的受者发生纳差和腹泻的不良反应。CZA-ATM和OAA组受者感染发生后30 d的治愈例数分别为4例和5例,两组30 d均无受者死亡;CZA-ATM组治疗90 d无受者死亡,OAA组1例死于感染性休克。结论:对于感染产NDM型碳青霉烯酶CRKP的肾移植受者,CZA联合氨曲南可能是一种有效的治疗方案。
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编辑人员丨4天前
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NG-Test Carba5用于碳青霉烯酶快速检测的评价研究
编辑人员丨4天前
目的:评价NG-Test Carba5对耐碳青霉烯肠杆菌科细菌(CRE)中碳青霉烯酶的检测能力。方法:收集2018—2022年中国21个省77家医院的1 210株CRE菌株,采用NG-Test Carba5快速检测菌株中的碳青霉烯酶酶型,以全基因组测序结果为金标准,比较分析NG-Test Carba5的检测性能。结果:NG-Test Carba5对不同菌属CRE菌株中的5大类碳青霉烯酶[肺炎克雷伯菌碳青霉烯酶(KPC)、新德里金属β内酰胺酶(NDM)、亚胺培南酶(IMP)、维罗纳整合子编码金属β内酰胺酶(VIM)、苯唑西林酶(OXA)-48]均表现出优异的检测性能,其敏感度达98.47%(1 161/1 179),特异度100%(31/31),阳性预测值为100%(1 161/1 161)。NG-Test Carba5对OXA-48、NDM、IMP和VIM酶的敏感度为100%(307/307),对KPC酶的检测敏感度为97.70%(763/781)。对于11株产KPC-25、KPC-78和KPC-93型KPC突变体的菌株,NG-Test Carba5可报告所有KPC酶阳性(11/11),但对于产KPC-33、KPC-77型KPC突变体的菌株,NG-Test Carba5未能检出KPC酶。此外,对于同时产2种或3种碳青霉烯酶的CRE菌株,NG-Test Carba5的敏感度达100%(91/91)。结论:NG-Test Carba5对于CRE菌株中的碳青霉烯酶的快速检测显示出优异的检测性能。然而,对于NG-Test Carba5检测阴性的菌株,必须结合其他表型检测及基因型检测方法以避免漏检。
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编辑人员丨4天前