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转录组测序分析融合基因在染色体核型正常髓系白血病诊断中的应用
编辑人员丨6天前
目的:应用高通量转录组测序分析染色体核型正常的髓系白血病患者中可能存在的融合基因。方法:选择2017年5月至2019年1月南昌大学第一附属医院3例染色体核型正常并且常见融合基因阴性的髓系白血病患者为研究对象,通过高通量基因测序技术对患者骨髓单个核细胞进行转录组测序。采用Defuse软件分析转录组数据中的基因融合序列,用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)和Sanger测序验证具有明确病理意义的融合基因。结果:3例患者均经临床表现、骨髓细胞形态学、免疫学及组织化学染色确诊为髓系白血病,细胞遗传学检测为正常染色体核型,荧光原位杂交和RT-PCR检测BCR-ABL1、PML-RARA等常见融合基因均阴性。通过转录组测序和分析发现3例患者分别携带病理意义明确的罕见型融合基因BCR-FGFR1、CPSF6-RARG和NUP98-RARG。结论:应用转录组测序可准确分析染色体核型正常的髓系白血病患者中可能存在的少见型融合基因。
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编辑人员丨6天前
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伴NUP98基因重排急性髓系白血病5例
编辑人员丨6天前
例1,男,63岁,因发热伴下肢关节疼痛就诊。血常规:WBC 169×10 9 /L,HGB 91 g/L,PLT 61×10 9 /L,外周血原始细胞80%;骨髓穿刺干抽,骨髓细胞形态学:粒系占92.0%,原始粒细胞占74.5%,过氧化物酶(POX)染色原始幼稚细胞阳性,酯酶染色阴性。外周血染色体核型:46,XY,t(5;15)(q31;q26.1),t(7;11)(p15;p15)[20]。荧光原位杂交(FISH)检测:NUP98基因双色分离探针重排阳性百分率为90%。NUP98-HOXA9融合基因定性阳性。二代测序(NGS)检出GATA2 p.Ala372Thr位点非同义突变(45.68%),KRAS p.Lys117Asp位点非同义突变(2.32%),NRAS p.Gly13Asp位点非同义突变(11.49%),NRAS p.Gly12Asp非同义突变(26.78%),WT1 p.Ala382f移码型插入突变(2.34%),诊断急性髓系白血病(AML)M 2。予IA(去甲氧柔红霉素、阿糖胞苷)联合维奈克拉(100 mg第4天,200 mg第5天,300 mg第6~10天)方案诱导治疗1个疗程后,取得形态学、流式细胞学完全缓解(CR),NGS未再检出相关基因突变,FISH检测NUP98基因重排阳性率下降至6.4%。再次予原方案1个疗程后复查骨髓,仍保持形态学、流式细胞学CR,FISH未再检出NUP98基因重排。继续予去甲氧柔红霉素、中剂量阿糖胞苷联合维奈克拉巩固治疗2个疗程后保持CR状态。后续进行亲源单倍体异基因造血干细胞移植,预处理方案为:RIC-mBU3/CY-FLU+ATG,回输供者CD34 +造血干细胞2.72×10 6/kg,单个核细胞(MNC)5.36×10 8/kg,+14 d粒细胞植入,+13 d血小板植入,移植后无明显并发症,复查骨髓保持CR状态,供者嵌合率100%。目前移植后9个月,无进展生存14个月余,继续随访中。
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编辑人员丨6天前
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维奈克拉联合阿扎胞苷治疗初诊伴NUP98重排急性髓系白血病1例并文献复习
编辑人员丨6天前
目的:提高对伴NUP98重排急性髓系白血病的认识。方法:回顾性分析河北大学附属医院2023年4月收治的1例伴NUP98重排的初诊急性髓系白血病患者的临床资料,并复习相关文献。结果:患者为63岁女性,因头晕、乏力3个月余,发现全血细胞减少20 d余就诊。诊断时原始细胞数6%,骨髓形态学、骨髓活组织检查、流式细胞术均提示骨髓增生异常综合征可能,因染色体提示11p15异常,完善荧光原位杂交检查提示NUP98重排阳性,诊断为伴NUP98重排急性髓系白血病。经维奈克拉联合阿扎胞苷方案治疗后获得了可检测残留病阴性的完全缓解。结论:维奈克拉联合阿扎胞苷方案可能是伴NUP98重排急性髓系白血病患者的有效治疗方法之一,值得进一步探索。
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编辑人员丨6天前
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伴t(7;11)(p15;p15)/NUP98-HOXA9急性髓系白血病3例报告并文献复习
编辑人员丨6天前
核孔蛋白98(Nucleoporin 98,NUP98)基因位于11号染色体短臂末端的1区5带上,当发生累及11p15的平衡易位或倒位时,导致NUP98基因重排,截至目前已发现至少28种与之相关的伙伴基因 [ 1] ,以涉及同源异型盒(Homeobox,Hox)基因家族最为多见,涵盖了HOXA(7p15)、HOXB(17q21)、HOXC(12q13)、HOXD(2q31)四个基因簇,其中,由t(7;11)(p15;p15)形成NUP98-HOXA9融合基因是NUP98基因重排最常见的形式,以在急性髓系白血病(AML)中发生为主,发生率约为2.2% [ 2, 3] ,该融合基因参与诱导白血病的发生,且与不良预后密切相关。我们回顾性分析了我院2017-2020年发现的3例伴有t(7;11)(p15;p15)且NUP98-HOXA9融合基因阳性AML-M 2患者的临床和实验室资料,并进行相关文献复习。
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编辑人员丨6天前
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NUP98-DDX10融合基因阳性急性白血病2例并文献复习
编辑人员丨6天前
目的:探讨NUP98-DDX10融合基因阳性急性白血病(AL)患者的临床特点、诊断和治疗方法及预后。方法:回顾性分析分别于2020年4月和2021年2月就诊于中国医学科学院血液病医院的2例NUP98-DDX10融合基因阳性AL患者的临床资料。采用转录组基因测序检测融合基因,并应用反转录-聚合酶链反应扩增融合基因片段行Sanger测序明确序列,分析患者临床及实验室指标的特征,并进行文献复习。结果:经临床诊断,例1为急性髓系白血病M 5型(AML-M 5),例2为急性混合表型白血病无法分类型(ALAL-NOS);例1以严重出凝血异常起病,初诊时达到弥散性血管内凝血(DIC)临床诊断标准。2例患者转录组测序发现NUP98-DDX10融合基因阳性,并经反转录-聚合酶链反应证实。测序识别出两种不同剪接融合模式:一种是NUP98的第14号外显子与DDX10的第7号外显子融合,既往称为Ⅱ型;另一种是未见报道的剪接融合模式,NUP98的第14号外显子与DDX10的第13号外显子融合,将其命名为Ⅳ型。1997至2018年文献共报道16例NUP98-DDX10相关血液肿瘤,与本次报道的2例汇总分析,18例患者中男13例,女5例;中位年龄为31.5岁(0.08~61岁),中位生存期12个月(1~46个月)。 结论:在ALAL-NOS患者中识别一种NUP98-DDX10新的融合转录本。伴有NUP98-DDX10融合基因的血液肿瘤十分罕见,常规治疗反应差,需要通过异基因造血干细胞移植改善预后。
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编辑人员丨6天前
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急性髓系白血病融合基因表达特点分析
编辑人员丨6天前
目的:分析初诊急性髓系白血病(AML)患者融合基因表达情况,进一步探讨不同融合基因家族患者的免疫表型及基因突变的特点。方法:回顾性分析2016至2020年4192例初诊AML患者的多重融合基因筛查结果,并结合免疫表型分析以及高通量测序所获得的基因突变筛查结果,系统地进行差异性分析。结果:①4192例AML患者中1948例(46.47%)检出融合基因,共检出29种不同的融合基因,其阳性率呈现为"幂律分布"。②随着AML患者年龄增长,融合基因的阳性率先上升而后逐步下降。儿童患者融合基因总阳性率及MLL相关融合基因(MLL-FG)阳性率均显著高于成人患者(69.18%对44.76%,15.35%对8.36%)。③MLL-FG及NUP98相关融合基因(NUP98-FG)阳性患者伴随的基因突变均以FLT3及RAS信号通路相关基因为主。④MLL-FG及NUP98-FG阳性患者未见特异性的免疫表型特点。结论:采用多重PCR方法分析,近半数的AML患者伴有特异的融合基因表达,儿童和成人患者融合基因阳性类型构成比例存在差异。不同融合基因阳性AML患者常见的分子突变、免疫表型有一定规律。
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编辑人员丨6天前
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急性髓系白血病患者异基因造血干细胞移植前后监测NUP98::NSD1融合基因的临床意义
编辑人员丨6天前
目的:观察急性髓系白血病(AML)患者异基因造血干细胞移植(allo-HSCT)前后核孔蛋白98(NUP98)::NSD1融合基因表达的动态变化,并初步分析其作为可检测残留病(MRD)评估指标预测移植后白血病复发的临床价值。方法:16例在北京大学人民医院诊断为NUP98::NSD1融合基因阳性AML并接受allo-HSCT的患者纳入研究,移植前后监测NUP98::NSD1融合基因、流式细胞术(FCM)检测白血病免疫残留等指标来评估其MRD状态。结果:所有患者中位随访时间为526(139~1136)d,共有4例(25.0%)患者在移植后出现血液学复发,中位复发时间为474(283~607)d。3例(18.8%)患者死亡,其中2例(12.5%)死于白血病复发。数据齐全的初诊患者在初诊时NUP98::NSD1的中位表达水平为78.550%(18.900%~184.400%)。移植后NUP98::NSD1阳性患者复发率更高,NUP98::NSD1阳性患者中44.4%发生复发,移植后NUP98::NSD1阴性患者中无发生复发。移植后NUP98::NSD1水平预测复发的ROC曲线下面积(AUC)=1.000(95% CI 1.000~1.000, P=0.003)。4例复发患者中,NUP98::NSD1较FCM检测免疫残留和Wilms肿瘤基因1(WT1)更为敏感。 结论:NUP98::NSD1融合基因可用于评估该类AML的MRD状态。移植后NUP98::NSD1阳性患者复发率高,预后差。NUP98::NSD1比FCM和WT1预测移植后复发更为敏感。
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编辑人员丨6天前
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TEL-ABL1和NUP98-HOXA9融合基因双表达的急性髓系白血病一例报告并文献复习
编辑人员丨6天前
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编辑人员丨6天前
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变异型急性早幼粒细胞白血病相关融合基因的新进展
编辑人员丨6天前
经典型急性早幼粒细胞白血病(APL)患者常伴有特征性t(15;17)(q22;q21)易位,形成PML/RARA融合基因。变异型APL患者临床少见,其相关融合基因繁多,包括ZBTB16/RARA、NPM/RARA、NuMA/RARA、STAT5b/RARA、PRKAR1A/RARA、FIP1L1/RARA、BCOR/RARA、OBFC2A/RARA、TBLR1/RARA、GTF2I/RARA、IRF2BP2/RARA、FNDC3B/RARA、STAT3/RARA、NUP98/RARG、PML/RARG、CPSF6/RARG、RARG/CPSF6、NPM1/RARG/NPM1、TBL1XR1/RARB融合基因等。上述融合基因的形成均涉及维甲酸受体(RAR)A、RARG、RARB。不同变异型APL相关融合基因具有不同分子学特征,因此携带不同APL相关融合基因患者的治疗效果和临床转归存在个体化差异。笔者就变异型APL的发病机制,变异型APL相关融合基因的结构、功能、致病机制,以及患者治疗反应等方面的新进展进行阐述。
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编辑人员丨6天前
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伴 NUP98- TOP1融合基因复发/难治性急性髓细胞白血病1例临床分析并文献复习
编辑人员丨6天前
目的:探讨伴核孔蛋白(NUP)98-DNA拓扑异构酶( TOP) 1融合基因复发/难治性急性髓细胞白血病(AML)患者的临床、实验室检查特点及诊疗策略,并进行相关文献复习。 方法:选择2022年2月15日海军军医大学附属第一医院(上海长海医院)收治的1例39岁伴 NUP98- TOP1融合基因复发/难治性AML女性患者为研究对象(患者1)。采用回顾性分析方法,对其病史、临床特征、实验室检查结果等进行分析。根据患者1的临床表现、实验室检查结果,对其进行诊断和治疗。对患者1随访时间截至2022年6月30日。本研究以"核孔蛋白98"" NUP98""t(11; 20)"" NUP98- TOP1融合基因""染色体易位""急性髓细胞白血病""AML""nucleoporin 98"" NUP98- TOP1 fusion gene""chromosome translocation""acute myeloid leukemia"为中、英文关键词,检索中国知网数据库、维普数据知识服务平台、万方数据知识服务平台和PubMed数据库中相关文献,总结伴t(11; 20)易位AML患者相关病例的诊疗。检索时间为上述数据库建库至2022年6月30日。本研究符合2013年修订的《世界医学协会赫尔辛基宣言》要求,并取得受试者知情同意。 结果:①患者1因"无明显诱因发热,伴胸闷、恶心1周"于当地医院就诊,经检查诊断为AML,因外院治疗缓解后复发,遂转入本院进一步治疗。②入院后,患者1血常规检查结果示,白细胞计数(WBC)、红细胞计数、血红蛋白(Hb)值、血小板计数分别为5.34×10 9/L、3.91×10 12/L、143 g/L和154×10 9/L。骨髓细胞形态学检查结果示未缓解。染色体核型为46,XX,t(11;20)(p15;q12)[10]/46,idem,del(9)(q12q22)[4]/46,XX[6];荧光原位杂交(FISH)结果示, NUP98重排, NUP98- TOP1融合基因;逆转录PCR结果示, NUP98- TOP1、 TOP1- NUP98融合基因均呈阳性。③患者1被诊断为伴 NUP98- TOP1融合基因复发/难治性AML。予患者1小剂量HAG[高三尖杉酯碱1 mg/(m 2·d),d1~7;阿糖胞苷10 mg/(m 2·d),d1~7;重组人粒细胞集落刺激因子2 000 μg/(m 2·d),d1~14,当中性粒细胞绝对数>5×10 9/L或者WBC>20×10 9/L时,暂停用药]方案化疗后,对其进行人类白细胞抗原(HLA)全相合异基因造血干细胞移植(allo-HSCT)。移植后患者获得造血重建,未见白血病残留细胞,嵌合度为99.6%。截至随访结束,其一般状况良好。④按照本研究设定的文献检索策略,共纳入10篇文献,报道10例伴t(11;20)易位AML患者(患者2~11),加上患者1,共计11例患者被纳入以下研究。其中,5例(患者1、3、5、6、10)伴 NUP98- TOP1融合基因,1例(患者9)伴 FLT3突变。7例(患者1~4、6、9、10)接受化疗。2例患者(患者1、2)接受allo-HSCT,其生存期长于未接受造血干细胞移植(HSCT)者。 结论:在初诊AML患者中常规检测 NUP98重排,有利于发现伴 NUP98重排患者,从而选择个体化治疗方案,allo-HSCT可改善患者预后。
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编辑人员丨6天前
