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脓毒症儿童的肠道菌群特征及益生菌的干预作用
编辑人员丨4天前
目的:分析脓毒症儿童肠道菌群特征及益生菌的干预作用。方法:采用前瞻性观察性研究方法,纳入收住我院儿童重症医学科(PICU)的脓毒症患儿34例随机分为两组,一组予以常规治疗(常规组,A组, n=17),另一组在常规治疗基础上添加益生菌辅助治疗(益生菌组,B组, n=17),同时选取健康儿童20例作为对照组(C组)。入组24 h内记录所有脓毒症患儿的一般情况及序贯器官衰竭评分(SOFA),并于入组后5~7 d,采集患儿的粪便样本,同期留取健康患儿粪便样本,运用高通量16S rRNA基因测序技术进行肠道菌群检测,进行生物信息学分析并预测肠道菌群功能,比较组间差异。 结果:α多样性指数及β多样性指数分析显示,两组脓毒症患儿肠道菌群的丰度均较健康儿童明显下降,同时菌群的个体差异也呈加大趋势,但是服用益生菌后,上述指标得到了显著改善( P<0.05);在菌门水平上,常规治疗组的拟杆菌门和放线菌门比例最低,变形菌门的数量明显增加( P<0.05);在菌属水平上,肠球菌成为常规治疗组中的优势菌种,而在益生菌组中双歧杆菌、普氏粪杆菌及丹毒丝菌、扭链胃球菌的比例明显提高( P<0.05);益生菌组与常规组相比,两者在线粒体合成、外泌体、mRNA转录降解及半胱氨酸代谢等通路的丰度存在明显差异。 结论:脓毒症儿童肠道菌群的多样性下降,结构稳定性差,同时拟杆菌减少伴变形杆菌增多,而添加益生菌辅助治疗后可增加患儿双歧杆菌及普氏粪杆菌等有益菌的比例,减少肠球菌等机会致病菌的数量,其差异性代谢通路可能与益生菌的作用机制相关。
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编辑人员丨4天前
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COL1A2基因p.G247R变异致成年发病成骨不全合并 KCNB1基因p.M460V变异致癫痫1例
编辑人员丨4天前
目的:探讨1例成年发病成骨不全合并癫痫患者的临床遗传学特点。方法:采用高通量测序技术分析1例以腰背部疼痛为首发表现成年发病成骨不全合并癫痫的遗传学特点。结果:患者,男,30岁,因腰背部疼痛入院,基因检测发现该患者存在 COL1A2基因c.739G>C (p.G247R)及 KCNB1基因c.1378A>G (p.M460V)杂合变异,该位点遗传自父亲。 结论:COL1A2基因突变及 KCNB1基因突变是导致患者成年发病成骨不全合并癫痫的遗传学病因。
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编辑人员丨4天前
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宏基因组高通量测序协助诊断异基因造血干细胞移植术后患者感染病原体的价值分析
编辑人员丨4天前
目的:探讨宏基因组高通量测序技术(mNGS)在异基因造血干细胞移植术后感染患者中的应用价值。方法:回顾性分析2019年4月至2020年11月于北京大学血液病研究所进行异基因造血干细胞移植术后出现局部或全身感染症状的83例患者,并进行mNGS检测。标本包括外周血、脑脊液、肺泡灌洗液、脓腔穿刺液等,同时分析同期细菌/真菌培养、病毒PCR检测结果,将mNGS结果和常规检测结果进行比对。结果:83例患者112份样本进行了mNGS检测,共确定病原微生物34种。其中细菌11种,共17例次,最常见为大肠埃希菌(4/17)。真菌7种,共10例次,白色念珠菌(2/10)。病毒16种,共129例次,细环病毒30.2%(39/129)、CMV 25.6%(33/129)、EBV 14.0%(18/129)。以常规检测手段为金标准,mNGS敏感性为86.5%,特异性为45.0%。单一病原体感染的样本,mNGS与常规检测手段结果一致的共82.9%(29/35);共感染样本中,mNGS与常规检测结果一致的占16/17。结论:mNGS有助于确定感染病原体,可作为常见手段的补充诊断方式。
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编辑人员丨4天前
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一个丙酸血症家系的 PCCB基因两个新变异鉴定
编辑人员丨4天前
目的:分析1个丙酸血症(propionic acidemia,PA)家系的致病变异。方法:通过多重探针杂交富集患儿 PCCA和 PCCB基因的全部编码外显子及其侧翼区序列进行高通量测序,检测可疑变异,运用Sanger测序在家系中进行变异验证。提取患儿父亲外周血淋巴细胞RNA,应用逆转录-聚合酶链反应联合Sanger测序对新剪切变异进行验证;采用多种在线软件对错义变异进行致病性分析。 结果:在患儿 PCCB基因第1内含子和第7外显子检出复合杂合变异,分别是c.184-2A>G剪切变异和c.733G>A(p.G245S)错义变异,Sanger测序验证表明二者分别来自父母。mRNA水平验证表明,c.184-2A>G变异可导致 PCCB基因转录产物第2外显子的缺失;多个软件预测c.733G>A错义变异具有致病性,245位置的氨基酸在不同物种均具有高度保守性。 结论:PCCB基因变异可能是该家系患儿的致病原因,新变异的检出丰富了 PCCB基因的变异谱。
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编辑人员丨4天前
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前列腺孤立性导管内癌的临床病理学和分子特征分析
编辑人员丨4天前
目的:探讨前列腺孤立性导管内癌(isolated intraductal carcinoma of the prostate,iIDC-P)的临床病理特征、分子改变、鉴别诊断及预后。方法:回顾性收集宁波市临床病理诊断中心2016—2022年间的3例iIDC-P的临床病理学资料,进行光镜观察、免疫组织化学染色、高通量DNA靶向测序及随访,并复习相关文献。结果:例1~3患者年龄分别为61、67、77岁,术前总前列腺特异性抗原(TPSA)水平分别为7.99、7.99、4.86 μg/L。例1和例2包含前列腺穿刺和根治标本,例3为经尿道前列腺电切标本。镜下:例1穿刺标本仅1条组织见导管内癌(累及2个导管)、根治标本其中6张切片见导管内癌(病灶直径0.3~1.1 cm),其中1张切片见小灶低级别腺泡腺癌(病灶直径0.05 cm)。例2穿刺标本6条组织见导管内癌,根治标本其中13张切片见导管内癌(病灶直径0.5~1.6 cm),另外3张切片可见低级别腺泡腺癌(最大病灶直径0.6 cm)。例3电切标本其中5条组织见导管内癌。例1和例2导管内癌呈实性生长,导管-腺泡显著膨胀,核显著异型;例3呈致密筛状或疏松筛状结构,核显著异型,核仁明显。例2伴有粉刺样坏死,3例核分裂象均易见。导管内癌免疫表型:双标34βE12+P504s显示基底细胞表达34βE12/异型肿瘤细胞表达P540s,p63和CK5/6显示腺泡/导管周围基底细胞,肿瘤细胞表达NKX3.1、雄激素受体、前列腺特异性抗原、前列腺特异性酸性磷酸酶,不表达GATA3,导管内癌和腺泡腺癌均弱表达PTEN、不表达ERG。高通量DNA靶向测序:例2和例3伴有MAPK/PI3K通路基因改变(KRAS、MTOR和PTEN),例2伴有p53突变、例3伴有FOXA1突变。3例均未发现TMPRSS2::ERG融合,3例均显示微卫星稳定,肿瘤突变负荷低(2.1~3.1 muts/Mb)。随访16~91个月,均无生化复发及远处转移。结论:iIDC-P是一种特殊的前列腺导管内癌,不同于伴有高级别前列腺癌的前列腺导管内癌,具有独特的分子改变,可能代表一种特殊类型前列腺癌的原位病变。
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编辑人员丨4天前
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高通量测序确诊一例ASXL3基因变异所致的Bainbridge-Ropers综合征
编辑人员丨4天前
目的:对1例表现为精神发育迟滞、语言运动发育迟缓的患儿进行临床及遗传学分析。方法:对患儿进行常规染色体G显带核型以及高通量测序分析,对疑似致病变异进行Sanger测序验证和生物信息学分析。结果:患儿ASXL3基因存在c.4090G>T(p.Gly1364X)杂合变异,其父母均未携带相同变异,为新生变异。结论:ASXL3基因c.4090G>T(p.Gly1364X)变异可能是患儿的遗传学病因。
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编辑人员丨4天前
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复杂性肛瘘患者肠道微生态检测及分析
编辑人员丨4天前
目的:通过16S rDNA基因测序检测复杂性肛瘘患者的肠道菌群分布,探讨其与健康人的菌群分布是否存在差异。方法:采用病例对照研究方法,回顾性收集2020年6月至12月期间杭州市第三人民医院接受手术治疗的30例复杂性肛瘘患者临床资料(复杂性肛瘘组),并按1∶1配比选择本院健康体检人群30例作为对照组(健康对照组)。病例纳入标准:(1)符合腺源性肛瘘诊断的标准,且症状持续3个月以上;(2)术前已行电子结肠镜检查排除肠道炎性反应、炎性肠病等;(3)复杂性肛瘘的定义为符合下面情况之一者:瘘管跨越2/3及以上的肛门括约肌;包含两个以上的外口或瘘管;既往已行肛瘘手术后确认复发者。排除标准:(1)合并有炎性肠病、慢性腹泻或便秘、糖尿病、消化道恶性肿瘤、肝肾功能障碍等;(2)克罗恩病、外伤、特殊感染(如放线菌病和结核病)等引起的肛瘘;(3)近1个月内使用过抗生素、益生元、益生菌等可能影响肠道微生态制剂者;(4)认知缺陷不能配合者。提取研究对象的粪便样本总DNA,扩增细菌16S rDNA基因序列的V4高变区,利用Illumina Miseq平台进行高通量测序,最后进行操作分类单元(OTU)聚类、进行Alpha多样性和LEfSE数据分析,其中Chao指数或ACE指数越大,表明微生物区系的预期物种丰度越高,Simpson指数越小或Shannon指数越大,表明微生物区系多样性越高。两组间性别、年龄、体质指数(BMI)、饮酒吸烟史基线资料比较差异均无统计学意义(均 P>0.05),说明两组具有可比性。本研究观察指标包括两组的测序和质量控制、Alpha多样性分析和物种及其丰度分析以及LEfSE分析。 结果:复杂性肛瘘组与健康对照组的主要优势菌都是厚壁菌门和拟杆菌门,分别占93.4%±32.0%和87.4%±41.2%;在属水平上,复杂性肛瘘组的普雷沃菌属(4.9%±7.4%比0.1%±1.1%, P<0.001)、巨细胞菌属(3.9%±8.2%比0.5%±4.2%, P<0.05)和毛螺菌属(2.6%±5.7%比0.1%±3.4%, P<0.05)的丰度明显更高,而变形菌属(0.02%±4.2%比9.3%±14.4%, P<0.01)、肠球菌属(0.02%±2.3%比9.3%±19.6%, P<0.05)、拟杆菌属(24.7%±9.9%比29.8%±9.1%, P<0.05)和克雷伯菌属(0.4%±4.2%比3.9%±7.3%, P<0.05)相对更低。与健康对照组相比,复杂性肛瘘组肠道菌群多样性更丰富,表现为ACE指数更高[(293.30±44.00)比(218.75±33.83), t=102.069, P<0.001],Chao指数也更高[(318.40±41.99)比(250.00±46.38), t=77.818, P=0.028],Shannon指数更高[(3.36±0.29)比(2.43±0.34), t=9.657, P=0.001];而Simpson指数更低[(0.103±0.013)比(0.131±0.013), t=5.551, P=0.046],差异均有统计学意义(均 P<0.05)。韦荣菌科、Selenemondales 及厌氧菌纲(均属于厚壁菌门)的菌株总体上对两组样本肠道菌群差异的影响最大(LDA 值均>4)。 结论:与健康对照组相比,复杂性肛瘘患者肠道菌群多样性更丰富,提示某些肠道菌群及其代谢产物可能在肛瘘发病中发挥了一定的作用。
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编辑人员丨4天前
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LMNA基因突变导致家族性局部脂肪代谢障碍2型一家系报道
编辑人员丨4天前
报道1例27岁确诊的 LMNA基因杂合突变所致家族性局部脂肪代谢障碍(FPLD)2型家系。先证者以“发现血糖升高6年余”为主诉收入住院,结合临床资料及家族史诊断为FPLD 2型。先证者及其父母全外显子高通量二代测序结果显示存在 LMNA基因c.1444C>T(p.R482W)杂合突变。先证者予以胰岛素强化治疗,辅以调脂治疗,血糖控制较前稳定,血脂异常较前明显改善。该文结合文献探讨 LMNA基因突变致FPLD患者的临床特征、诊治要点,旨在提高临床对其认识。
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编辑人员丨4天前
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八十八种隐性遗传病相关基因变异在1 314例郴州人群中的分布
编辑人员丨4天前
目的:分析郴州地区人群常见单基因遗传病致病变异的携带情况,为开展携带者筛查提供参考。方法:采用目标区域捕获联合高通量测序的方法,针对88种基因型-表型联系明确的单基因遗传病相关的79个基因进行扩展性携带者筛查,分析目标疾病的类型及变异位点,为高风险夫妇提供必要的产前诊断。结果:在1 314例样本中,共检出携带者355例,检出率为27.02%。携带率超过1%的疾病有8种,携带率最高的疾病为地中海贫血11.72%(154/1 314)和常染色体隐性耳聋5.48%(72/1 314)。10对受试者为高风险夫妇(5例为X隐性遗传病女性携带者),7例接受了产前诊断,确诊患儿3例。结论:本地区常见的单基因隐性遗传病的类型及变异位点与既往报道存在一定的差异,需进一步扩大样本量,以确定适合本地人群的筛查类型及变异位点。
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编辑人员丨4天前
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罕见鸟氨酸氨基甲酰转移酶缺乏症合并MECP2重复综合征一个家系的基因变异分析及产前诊断
编辑人员丨4天前
目的:分析1例鸟氨酸氨基甲酰转移酶缺乏症(OTCD)合并MECP2重复综合征家系的基因变异特征,并为该家系提供产前诊断。方法:回顾性分析2017年12月19日就诊于甘肃省妇幼保健院新生儿重症监护中心的1例患儿(先证者)及其家系成员的临床资料。高通量测序结合多重连接探针扩增(MLPA)技术对患儿进行致病性变异分析。短串联重复序列(STR)连锁分析、MLPA以及拷贝数变异测序(CNV-seq)对胎儿进行产前诊断。结果:先证者为出生3 d的女婴,测序发现其携带 OTC基因第7 ~ 9外显子杂合缺失。根据美国医学遗传学与基因组学会变异相关指南,该变异被评级为可能致病性变异(PVS1+PM2_Supporting+PP4),与其急性脑病发作合并代谢异常(血氨显著升高、血瓜氨酸降低、尿乳清酸增高)的临床表现相符,确诊其为OTCD。产前诊断未发现胎儿携带与先证者相同的 OTC基因缺失变异,但存在Xq28区重复,涵盖MECP2重复综合征的全部区域,且 SRY(+),母亲及先证者均证实携带该重复。结合先证者存在X染色体失活的可能性,考虑先证者同时罹患OTCD与MECP2重复综合征,而胎儿为MECP2重复综合征男性患者。 结论:基因检测明确了OTCD合并MECP2重复综合征家系的致病变异,可为患者家庭的精准治疗、遗传咨询及再次生育提供依据。
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编辑人员丨4天前
